通用选择指数的通径分析化模型

通过对各种选择指数的通径分析化模型进行系统化的研究,建立了通用选择指数的通径分析化模型,并给出了各种选择指数及其通径分析化的统一表示形式．用该模型可以充分利用各种信息来源,特别是在对各种信息来源需作各种约束时,为选种和评定优种提供了行之有效的计算方法和统一程序,避免了在实际应用中因计算体系不同而导致的混乱．     

两对等位基因群体熵的性质

研究了两对等位基因群体熵的性质,并对位点多样度D与基因相对信息量多样度S′(G)进行了比较研究．结果表明,在遗传变异的度量上,位点多样度D与基因相对信息量多样度S′(G)具有一致性,且S′(G)还具有信息学内涵．     

一种新的DNA序列进化距离及其应用

为了研究核苷酸变异,通过DNA序列的同源率,建立了DNA序列进化的动力学方程,进而得到了一种新的物种间进化距离dy(选择进化距离).由于核苷酸替代模型有很多,选用其中的4种模型,计算出其相应的选择进化距离dy,该进化距离包含了4种模型下的p距离、替代率为常数的距离d和替代率服从Г分布的Г距离dG.进一步根据动力学方程的特点,将模型转化为一元线性回归问题,用最小二乘法求得选择模型中的动力学参数b和各核苷酸位点每年的平均替代速率r.以16个物种的线粒体基因序列为例,说明这种新的进化距离并通过构建不同进化距离下的基因进化树来对各进化距离进行比较.结果表明:选择进化距离dy是一种有效的构建进化距离的方法.     

奶牛产奶性状与乳房炎相关基因CpG含量及分布特征的比较分析

DNA甲基化是表观遗传学的重要组成部分,基因启动子区及第一外显子区的CpG甲基化通常抑制该基因的表达,而去甲基化则促进基因表达。已有的研究发现荷斯坦牛的乳房炎指标SCC(Somatic cell count)与产奶量呈较强负相关。文章分析并比较了这两类性状的相关基因的启动子区、第一外显子、下游2 000 bp序列中CpG含量及分布特征。结果表明,乳房炎相关基因的启动子、第一外显子中CpG含量显著低于产奶性状相关基因,而两类性状基因下游2 000 bp序列中CpG含量无显著性差异。另外,文中提出了两个量化基因序列中CpG特征的指标,一个是CpG平均距离,用来衡量序列中的CpG分布;另一个是条件概率p(G|C),用以量化序列中二核苷酸CpG随碱基C出现的可能性,并对两类基因的启动子和第一外显子区域的这两个指标做了统计检验。研究结果对产奶性状与乳房炎相关基因的DNA甲基化调控研究奠定了基础。     

夜蛾科(鳞翅目)卵分类性状的定量分析

本文用主成分分析法对夜蛾科卵的分类性状进行定量分析,用以说明各主成分的生物含义和各变量对分类的重要性．     

非平衡群体基因变异测量的Shannon信息量方法

在Shannon信息量的基础上,对非平衡群体建立了群体基因型相对信息量S′（G）,纯合体相对信息量S′J（G）、杂合体相对信息量S′H（G）的概念,并赋予它们以遗传学意义,与基因一致度J和基因多样度D进行了理论比较,结果表明,二者在数量规律上有很好的一致性,但又是相对独立的指标体系,且各相对信息量还有新的内涵。S′（G）既能表征基因变异,又能反映基因型水平上的遗传变异,S′J（G）主要反映纯合体的遗传变异,S′H（G）主要反映杂合体的遗传变异,各相对信息量既可反映群体的遗传变异程度,又能比较不同位点间的遗传变异程度。     

多个典范选择性状的综合优化研究

利用综合优化方法,研究了在育种目标约束下,选择性状表现型向量与目标性状基因型向量的典范相关,提出了综合典范性状对的数学模型。综合典范性状对是Ｓ个间撞遗传系数较在的典范选择－目标性状对,在育种目标约束下间接遗传系数极大化的线性组合。综合典范选择性状,作为间接选择的指标,有较好地满足多目标育种的要求。     

基于DNA序列K-tuple分布的一种非序列比对分析

文章在基因组K-tuple分布的基础上, 给出了一种推测生物序列差异大小的非序列比对方法。该方法可用于衡量真实DNA序列和随机重排序列在K-tuple分布上的差异。将此方法用于构建含有26种胎盘哺乳动物线粒体全基因组的系统树时, 随着K的增大, 系统树的分类效果与生物学一致公认的结果愈加匹配。结果表明, 用此方法构建的系统进化树比用其他非序列比对分析方法构建的更加合理。