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为探索组蛋白浓度对核小体体外装配的影响,本研究表达纯化了4种组蛋白,通过控制实验反应体系中组蛋白的浓度,利用盐透析法在体外装配了核小体,检测分析了组蛋白浓度与核小体组装效率的关系。以此实验数据为基础,提出了核小体组装过程组蛋白浓度依赖性的动力学模型。实验结果发现,反应体系中组蛋白浓度与核小体生成量呈典型的线性关系。依据动力学理论模型,进行线性回归拟合,回归系数达到0.963;经计算601 DNA序列组装核小体的反应速率常数k为1.49×10^-5mL·h·μg^-1。CS1序列验证动力学模型的线性回归相关系数为0.989,反应速率常数为1.52×10^-5mL·h·μg^-1。该实验方法及动力学模型中反应速率常数k可用于评价相同长度的DNA序列组装核小体的能力、组蛋白与其突变体以及组蛋白变体之间形成核小体结构能力的差异。该动力学模型的建立为理解核小体装配、核小体定位、染色质结构等相关问题提供了理论指导。 相似文献
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给出描述36个四体内三基对平面间相互方位和碱基对间沿长轴方向位移的参数集。考虑到碱基对梯阶间的非紧邻相互作用,提出DNA宏观弯曲的经验预测规则。给出DNA宏观弯曲的定义,使用联系碱基对梯阶间的变换矩阵计算宏观弯曲。对18个与人类遗传病有关的三核苷酸重复及相关序列预测了宏观弯曲。理论结果和相应的实验数据作了比较,对结果的理论含义作了讨论。 相似文献
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序列依赖的DNA局域结构和DNA弯曲 总被引:1,自引:0,他引:1
单晶X射线衍射技术分析表明,DNA双螺旋并不是理想的均匀螺旋,而是存在明显的局部偏差。一般认为DNA双螺旋携带着两种遗传信息:其一,遗传信息本身,以三联体密码写成,用来确定蛋白质顺序;其二,选择性表达指令,诸如转录调控过程中基本因子,活化子等识别有特定碱基顺序的DNA区。后者或许就是靠DNA螺旋结构的局部偏差和弯曲。理解这种偏差和弯曲的根源,并提出从DNA序列预测其局域结构和弯曲的模型已成为人们关注的重点。1DNA的局域结构1.1DNA局域结构参数的定义Dickerson[1]等按照1988年在… 相似文献
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三种快速制备含重复序列质粒PCR模板的方法 总被引:1,自引:1,他引:0
为了探索含重复序列质粒PCR模板的快速简易制备方法,分别利用高速离心法、TE煮沸法和TE/SDS煮沸法处理过夜培养的含重组质粒大肠杆菌菌体,制备模板后进行PCR扩增发现,均能得到比较清晰的目的条带,可以用于含重复序列质粒的初步鉴定。相比较而言,高速离心5 min、TE煮沸3 min、TE/SDS煮沸2.5 min制备的样品PCR扩增后效果较好。这3种方法快速、简便、费用低、无污染,简化了PCR模板制备的过程,为重组质粒大量筛选鉴定的研究奠定了基础。 相似文献
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DNA动力学柔性的统计力学模型 总被引:3,自引:1,他引:2
考虑碱基对之间的非紧邻相互作用、涨落的序列依赖效应和非对称涨落,提出了DNA构象的统计力学模型,给出了DNA柔性的新定义。作为模型的应用,对12种三核苷酸重复序列的动力学柔性作了预测。理论预测与其它方法得到的结论比较,有很好的一致性。对模型和结论的理论意义作了讨论。 相似文献
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作为泌尿系统常见的肿瘤之一,肾肿瘤发病率在逐年上升。针对Affymetrix hgu133b的基因芯片数据进行差异表达基因筛选,应用加权基因共表达网络分析算法构建肾肿瘤差异表达基因的共表达网络。分析肾部正常组织和肿瘤组织差异表达基因之间的关联模式;选取与肿瘤发生关联程度最高的模块,筛选枢纽基因。最后,针对枢纽基因进行基因本体富集分析。细胞衰老是抑制肿瘤发生的主要机制之一,分析结果显示枢纽基因PLA2R1和TBX3与细胞衰老有关,可能对肾肿瘤的形成具有重要影响。该结果与基因PLA2R1通过促进细胞衰老抑制肾部肿瘤发生的研究结论一致。 相似文献