MicroPhenoDB Associates Metagenomic Datawith Pathogenic Microbes,Microbial Core Genes,and Human Disease Phenotypes

Microbes play important roles in human health and disease. The interaction between microbes and hosts is a reciprocal relationship, which remains largely under-explored. Current computational resources lack manually and consistently curated data to connect metagenomic data to pathogenic microbes, microbial core genes, and disease phenotypes. We developed the MicroPhenoDB database by manually curating and consistently integrating microbe-disease association data. MicroPhenoDB provides 5677 non-redundant associations between 1781 microbes and 542 human disease phenotypes across more than 22 human body sites. MicroPhenoDB also provides 696,934 relationships between 27,277 unique clade-specific core genes and 685 microbes. Disease phenotypes are classified and described using the Experimental Factor Ontology (EFO). A refined score model was developed to prioritize the associations based on evidential metrics. The sequence search option in MicroPhenoDB enables rapid identification of existing pathogenic microbes in samples without running the usual metagenomic data processing and assembly. MicroPhenoDB offers data browsing, searching, and visualization through user-friendly web interfaces and web service application programming interfaces. MicroPhenoDB is the first database platform to detail the relationships between pathogenic microbes, core genes, and disease phenotypes. It will accelerate metagenomic data analysis and assist studies in decoding microbes related to human diseases. MicroPhenoDB is available through http://www.liwzlab.cn/microphenodb and http://lilab2.sysu.edu.cn/microphenodb.     

基于CRISPR/Cas生物传感原理的病原菌检测技术研究进展*

病原菌的快速准确检测是实现疫情高效防控、疾病精准治疗、污染环境及时处置的关键。而现有的病原菌现场快速检测技术,主要以定性分析为主,假阳性/假阴性受到诟病,检测准确性仍有待提升,亟待发展基于新原理、新方法的病原菌快速检测技术。基于CRISPR(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)的生物传感技术因具有高灵活性(对不同的基因靶点只需改变crRNA序列)、高特异性(单碱基分辨)、高灵敏(优于10^-18 mol/L浓度)、可编程、可模块化、低成本、可在各种体外介质中高效稳定运行等独特优势,打破了传统分子诊断与检测技术的局限性,正在成为下一代病原菌检测技术的引领者。在该技术中,Cas效应蛋白被用作高特异性的序列识别元件,结合不同的生物传感机制,即可用于病原菌的高特异性快速灵敏检测。在总结CRISPR/Cas生物传感技术原理的基础上,综述了用于病原菌检测的CRISPR/Cas12和CRISPR/Cas13生物传感技术研究进展。通过阐述CRISPR/Cas生物传感技术在实际应用中面临的挑战,展望其未来的发展前景。     

胃肠道手术患者术后感染病原菌及感染危险因素分析

目的探究胃肠道手术患者术后感染病原菌及其感染高危因素,为该类患者的治疗提供参考。方法选择2017年1月至2019年10月于我院行胃肠道手术的106例患者为研究对象,检测感染患者病原菌分布,同时检测感染与非感染患者肠道菌群情况,分析患者术后感染的相关危险因素。结果 106例胃肠道手术患者中感染18例(16.98%),共分离出病原菌23株,其中革兰阴性菌占52.17%(12/23),以大肠埃希菌(34.78%,8/23)为主;革兰阳性菌占43.48%(10/23),以金黄色葡萄球菌(26.09%,6/23)为主;真菌占4.35%(1/23)。感染患者肠道大肠埃希菌、肠杆菌数量均明显高于未感染患者,双歧杆菌数量明显低于未感染患者(均P0.05)。Logistic分析显示,年龄60岁、急诊手术、普通手术室、参观手术人数3人、手术时间2 h、接台手术均为胃肠道手术患者术后感染的独立危险因素(均P0.05)。结论胃肠道手术患者术后感染风险较高,同时会出现肠道菌群失衡。重视患者高危因素对提高患者手术效果,调整肠道菌群失衡和改善患者预后意义重大。     

《免疫学基础与病原生物学》移动交互式数字教材在“抗疫”时期在线教学中的应用

新型冠状病毒肺炎疫情暴发以来,全国各级各类学校延期开学,但停课不停教、停课不停学。各学校教师利用各种网络资源开展在线教学,也为深入挖掘"互联网+教育"教学新模式带来了契机。本文以《免疫学基础与病原生物学》移动交互式数字教材(云教材)应用为例,介绍如何应用移动交互式数字教材创设合理的学习情境,从而实现交互式学习,提升线上学习教学效果。     

泌尿系感染常见病原菌的分布及耐药性分析

【摘 要】 目的 探讨解放军第44医院住院患者泌尿系感染病原菌的分布及耐药性,为临床合理应用抗菌药物提供参考。方法 通过法国生物梅里埃VITEK 2 compact及ATB-Expression细菌鉴定分析仪对2012年该院收治的698例住院患者送检中段尿标本进行细菌鉴定,并用K-B法对分离病原菌进行体外药敏试验。结果 698例患者中有512例培养阳性,其中女性患者阳性率为81.5%,男性患者阳性率为19.0%,二者比较差异有统计学意义(P＜0.05)。512例阳性患者中段尿标本中共分离出病原菌536株,其中革兰阴性杆菌占68.8%,革兰阳性球菌占22.8%,真菌占8.4%。分离病原菌对常用抗菌药物呈现多重耐药性,革兰阴性杆菌对氨苄西林、哌拉西林、头孢噻吩、复方新诺明的耐药率高于60.0%,对亚胺培南、阿米卡星敏感。革兰阳性球菌对克林霉素、红霉素、青霉素的耐药率高于70.0%,对万古霉素、替考拉宁高度敏感。结论 泌尿系感染病原菌对常用抗菌药物耐药严重,及时了解泌尿系感染病原菌的分布特点及耐药性,对临床合理选用抗菌药物具有重要意义。     

血液或无菌体液培养阳性标本中病原菌检测结果分析

目的：了解血培养（包括血液、无菌体液培养,下同）阳性标本中病原菌的分布及阳性报警时间,为临床及时明确病原菌和正确用药提供参考依据。方法：无菌条件下采集血培养标本注人相应的培养瓶,经仪器扫描后放入血培养仪进行检测,报警后及时进行菌种鉴定和药敏试验。结果：364例阳性报警标本中真阳性标本为176例,其中革兰阳性菌占61．7％,革兰阴性菌占35．0％,真菌占3．3％;188例为假阳性标本,其中革兰阳性菌占54％,革兰阴性菌占41．9％,真菌占4．0％;新生儿科的感染阳性率最高;不同种类病原菌的阳性报警时间多重叠;临床医生经验用药正确或根据药敏结果更换用药的百分比为78．2％。结论：本院引起血液、无菌体液感染的病原菌以革兰阳性细菌为主,病原菌种类较多,存在一定的污染;当新生儿有局部感染时要警惕脓毒血症;单独靠血培养仪报警时间来鉴定区分病原菌与污染菌不一定可靠,及时了解血培养结果及标准药敏结果可以辅助找出感染性疾病的病因,尽早正确合理的使用抗菌药物,从而优化抗菌治疗。     

绍兴地区2型糖尿病尿路感染病原菌及其耐药性分析

摘要：目的 回顾分析本院2型糖尿病伴尿路感染患者的病原菌分布特点及其耐药性,为指导临床用药提供参考。方法 收集2013年1月至2014年1月2型糖尿病合并尿路感染患者186例,留取中段尿分离培养病原菌,用VITEK-2细菌鉴定仪鉴定,纸片扩散法（K-B）测定药物敏感性。结果 186例患者中段尿共培养出病原菌137株,其中革兰阴性菌102株（74.45%）,革兰阳性菌21株（15.33%）,真菌14株（10.22%）。革兰阴性菌以大肠埃希菌为主,检出79株占57.66%,对青霉素类,头孢菌素类,喹诺酮类抗菌药耐药率较高均＞50.00%,对头霉素类药物如头孢替坦、含酶抑制剂复合物如哌拉西林/他唑巴坦以及碳青霉烯类药物敏感率均达100.00%;革兰阳性球菌以无乳链球菌为主,检出10株占7.30%,对克林霉素及红霉素耐药率较高,耐药率＞50.00%,而对氯霉素、呋喃妥因、利奈唑烷、替加环素、万古霉素敏感率均达100.00%。除1株光滑假丝酵母菌对氟康唑和伊曲康唑中介,其余13株真菌对两性霉素B、5-氟胞嘧啶、伏立康唑、氟康唑、伊曲康唑这5种抗真菌药物均敏感。结论 2型糖尿病患者发生尿路感染的病原菌以大肠埃希菌为主,且有较高的耐药率。     

急性心肌梗死合并肺部感染患者多药耐药菌分布特征及心肌酶谱指标与炎性因子的关系分析

目的:分析急性心肌梗死合并肺部感染患者多药耐药菌分布特征及炎性因子与心肌酶谱指标的关系。方法:选择2015年2月~2018年10月期间中国人民解放军联勤保障部队第940医院收治的67例急性心肌梗死合并肺部感染患者作为感染组,选取同期收治的60例单纯急性心肌梗死患者作为未感染组,分析感染组多药耐药菌的分布及其耐药性,比较两组炎性因子与心肌酶谱指标水平,采用Pearson相关性分析感染组患者炎性因子与心肌酶谱指标的相关性。结果:67例患者痰培养标本中共分离出136株病原菌,其中有64株属于多药耐药菌,多药耐药菌中革兰阴性菌38株,占59.37%,革兰阳性菌26株,占40.63%。其中主要革兰阴性菌对哌拉西林/舒巴坦、头孢哌酮/舒巴坦、阿米卡星、美罗培南、亚胺培南等较为敏感,主要革兰阳性菌对替考拉宁、万古霉素、利福平等较为敏感。感染组患者白细胞介素-6(IL-6)、乳酸脱氢酶(LDH)、促血管生成素-2(Ang-2)、肌酸激酶(CK)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、谷草转氨酶(AST)、肌酸激酶同工酶(CKMB)水平均高于未感染组患者(P0.05)。经Pearson相关性分析可得,感染组患者血清IL-6、Ang-2、TNF-α水平与AST、LDH、CK、CK-MB水平均呈正相关(P0.05)。结论:急性心肌梗死合并肺部感染患者心肌酶谱与炎性因子水平关系密切,有助于判断患者病情严重程度,且急性心肌梗死合并肺部感染患者多药耐药现象较为严重,临床应针对病原菌合理选取抗菌药物。     

缺血性脑卒中患者介入治疗后并发相关性肺炎的病原菌分布及药敏分析

目的:探讨缺血性脑卒中患者介入治疗后并发相关性肺炎的病原菌分布情况及其耐药性,为临床合理选择抗菌药物进行抗感染治疗提供参考。方法:选择2016年5月-2018年6月大连医科大学附属大连市中心医院神经内一科收治的182例缺血性脑卒中介入治疗后并发相关性肺炎患者,对患者痰标本进行细菌培养和鉴定,并对培养阳性的病原菌进行药物敏感性试验。结果:182例患者共送检痰标本并进行细菌培养276次,其中阳性检出199次,阳性检出率为72.10%,检出病原菌215株,革兰阴性杆菌153株,占71.16%,其中鲍氏不动杆菌是主要病原菌,占24.19%,其次为肺炎克雷伯菌,占20.93%;革兰阳性球菌62株,占28.84%,其中金黄色葡萄球菌为主要的病原菌,占11.16%,其次为溶血葡萄球菌,占7.91%。革兰阴性杆菌和革兰阳性球菌中的主要病原菌对抗菌药物的耐药性较严重,且存在多药耐药性的现象。结论:缺血性脑卒中患者介入治疗后并发相关性肺炎的病原菌以革兰阴性杆菌为主,且存在多药耐药率高的现象,临床应合理选取抗菌药物进行治疗。     

肠道病毒71型致神经元病变的机制研究进展

中枢神经系统感染是由病原体侵犯中枢神经系统引起的一类具有较高的发病率和死亡率的疾病。病毒是引起中枢神经系统感染的重要病原体之一,其中肠道病毒71型在继发神经系统症状的重症手足口病患儿中较为常见。EV71致神经元病变是其感染中枢神经系统的基础,阐明肠道病毒71型致神经元病变的机制,不仅可以促进基础病毒学研究,也能为抗病毒药物的开发提供思路,对临床肠道病毒71型致中枢神经系统感染的治疗提供支持。本文主要从肠道病毒71型侵入神经元的受体途径、损伤神经元的线粒体途径、诱导凋亡与自噬、感染胶质细胞后对神经元的旁观者效应、免疫病理机制以及病毒自身因素等多个方面,对肠道病毒71型致神经元病变机制展开综述。