黑麂Y染色体的鉴别和Sry基因的克隆及定位

以流式细胞仪分离小麂(Muntiacus reevesi)Y染色体和黑麂(Muntiacus crinifrons)Y1,Y2,X+4和1号染色体,利用DOP-PCR技术富集了分离的各单条染色体。然后,将小麂的Y染色体的DOP-PCR产物经Cy3标记后直接作为涂染探针,应用染色体涂染技术与雌雄黑麂的核型标本进行杂交,确认了黑麂真正的Y染色体为Y2染色体。再以黑麂的Y1,Y2,X+4和1号染色体的DOP-PCR产物为模板,用人的特异性的SRY（sex determining region of the Y chromosome）基因引物对其进行扩增,结果表明黑麂只有Y2染色体出现了SRY扩增片段。然后扩增产物克隆和测序,比较它与人的同源性,初步把黑麂的Sry基因定位在Y2染色体上。最后提取雄性黑麂的基因组DNA,并用同一对引物对其进行扩增,亦得到Sry基因的片段,对此扩增片段进行克隆,测序,结果表明其与Y2染色体得到的Sry基因片段完全一样,与人SRY基因的同源性均为83%。 Abstract：The single Y chromosome of Muntiacus reevesi and Y1,Y2 ,X+4,1 chromosome of Muntiacus crinifrons were obtained by flow-sorting ,then they were amplified through DOP-PCR . After that, the metaphase karyotype of Muntiacus crinifrons were painted by using the product of the DOP-PCR of the Y chromosome of Muntiacus reevesi as a special probe and the result showed that Y2 chromosome was the real Y chromosome of Muntiacus crinifrons. Secondly the product of the DOP-PCR of Y1,Y2,X+4,1 chromosome of Muntiacus crinifrons were used as the templates of the next amplification using the special primer devised according to the human SRY gene .One band was obtained only from Y2 chromosome, then it was cloned to the T-vector and sequenced. The Sry gene sequence of Muntiacus crinifrons was acquired and the conclution was that there are 83% homology between the human and Muntiacus crinifrons. It was testified that in all mammal Sry gene is consertive. On the other side the Sry gene was located to the Y2 chromosome of the Muntiacus crinifrons.     

黑麂栖息地利用的季节变化

动物对栖息地的利用和选择是研究动物生境需求的核心内容。它可以为栖息地评价、容纳量估计、能量代谢以及种间关系等研究提供有价值的基础资料,也对重建、恢复和管理野生动物尤其是濒危动物栖息地具有参考价值。以往有关黑麂生态学的研究主要集中在种群特征、食性、繁殖、人工驯养和资源状况等方面(欧善华等,1981;盛和林等,1987,1990,1992;鲍毅新,2002;吴海龙等,2003),对黑麂栖息地的利用只有简单的描述(盛和林,1987,1992),没有系统的定量化报道。故从2002年4月至2003年12月在浙江省九龙山自然保护区和古田山自然保护区开展了黑麂栖息地利…     

黑麂和费氏麂四种卫星DNA的克隆特征和染色体定位

近年来,分子细胞遗传学研究已基本证实了染色体的串联融合(端粒-着丝粒融合)是麂属动物核型演化的主要重排方式。尽管染色体串联融合的分子机制还不清楚,但通过染色体的非同源重组,着丝粒区域的卫星DNA被认为可能介导了染色体的融合。以前的研究发现在赤麂和小麂染色体的大部分假定的串联融合位点处存在着非随机分布的卫星DNA。然而在麂属的其他物种中,这些卫星DNA的组成以及在基因组中的分布情况尚未被研究。本研究从黑麂和费氏麂基因组中成功地克隆了4种卫星DNA(BMC5、BM700、BM1.1k和FM700),并分析了这些卫星克隆的特征以及在小麂、黑麂、贡山麂和费氏麂染色体上的定位情况。结果表明,卫星I和IIDNA(BMC5,BM700和FM700)的信号除了分布在这些麂属动物染色体的着丝粒区域外,也间隔地分布在这些物种的染色体臂上。其研究结果为黑麂、费氏麂和贡山麂的染色体核型也是从一个2n=70的共同祖先核型通过一系列的串联融合进化而来的假说提供了直接的证据。     

基于红外相机技术和MaxEnt模型的黑麂(Muntiacus crinifrons)活动节律分析和潜在适生区预测

黑麂是中国特有的濒危鹿科动物,分布于浙闽赣皖四省的部分山地丘陵。为明确黑麂的活动节律及适宜环境温度,探讨四省区域的潜在分布区情况,2018年1月至2019年1月,在遂昌牛头山林场内布设57台Ltlacorn红外相机,对黑麂及其同域物种进行研究。监测期间红外相机共有效监测到黑麂26次,相对多度指数为1.79。根据监测到黑麂位点与文献记录,共确定黑麂出现位点16个。根据黑麂栖息地特征选择6个生境因子为预测背景,利用MaxEnt模型预测黑麂在浙闽赣皖四省的潜在适生区。模型预测结果准确性较高（AUC=0.976）。结果表明：（1）黑麂年活动高峰季节为夏季,日活动高峰为7：00-9：00和16：00-18：00;（2）温度是影响黑麂活动的重要因素,其活动最适宜温度范围为18-28℃;（3）黑麂潜在适生区总面积约为25980.62 km²,占四省总面积的4.87%;（4）黑麂潜在适生区分为浙赣皖潜在分布区、浙赣潜在分布区、洞宫山潜在分布区和括苍山潜在分布区4个区域。建议（1）加强潜在分布区内种群资源的调查;（2）识别并建立各适宜生境之间的生态廊道;（3）建立黑麂保护网络。     

宁夏兽类新纪录——小麂 (Muntiacus reevesi Ogilby, 1839)

During the camera-trapping survey at Wanghuannan, Erlonghe and Hongxia Forest Farms in the Liupan Mountain National Nature Reserve in Guyuan City, Ningxia Hui Autonomous Region, 49 independent detections of Reeve’s muntjac, Muntiacus reevesi were captured by eight infrared-triggered camera-traps with 274 photographs and 12 video clips from July, 2017 to August, 2018. The Reeve’s muntjac is an endemic species of China and mainly distributed in south China, such as Jiangxi, Guangdong, Guangxi, Hunan, Hubei, Yunnan, Sichuan, Guizhou and Taiwan Provinces, and also distributed in Shaanxi and Gansu Provinces adjacent to Ningxia Hui Autonomous Region. This species was for the first time recorded in Ningxia Hui Autonomous Region, so its distribution range has been expanded in China. This discovery has enriched the distribution information of Reeve’s muntjac. This discovery will also play an important role in the study of biodiversity and species integrity in the area of Liupan Mountain.     

基于粪便DNA 的九龙山黑麂种群的遗传多样性

近年来,由于人类活动的干扰使黑麂的栖息地明显减少并呈斑块状分布。因此,深入了解该物种各地理分布种群的遗传现状是制定保护及管理策略的重要科学依据。本研究运用非损伤取样技术在浙江省九龙山国家级自然保护区的黑麂分布区共采集61 份粪便样品、2 份肌肉样品和2 份皮张样品,采用8 个特异微卫星位点对61 份粪便样品中提取的DNA 进行检测,肌肉和皮张样品DNA 的检测结果作为对照,分析了九龙山国家级自然保护区黑麂种群的遗传多样性。经多次重复提取和PCR 扩增后,发现61 份粪便样本中有38 份可被稳定扩增,且不同样本间的条带大小有较大差异,因此我们认为38 份粪便样本来源于38 只不同的黑麂个体。8 个微卫星位点共检测到50 个等位基因,平均等位基因数(A)为6 (5 ～ 8);平均有效等位基因数(Ne)为5. 297 (4.031 ～6.353);平均期望杂合度(He) 为0.817 (0.763 ～ 0.855);平均多态信息含量(PIC ) 为0. 775 (0.709 ～0.822)。8 个位点的平均个体识别率(DP)为0.931,累积个体识别率(CDP)为0.999 9。有1 个微卫星位点(BM1706)极显著地偏离了Hardy-Weinberg 平衡(P < 0.01)。以上结果显示该分布区黑麂种群具有较高的遗传多样性。     

晚更新世气候波动及长江阻隔对小麂皖南种群和大别山种群遗传分化与基因流模式的影响

通过对皖南山区和大别山区的101 个小麂的线粒体D-loop 区770 bp序列的分析,探讨了两个种群的遗传多样性、有效种群大小、历史种群动态和种群间的基因流模式。在101 个D-loop 区序列中共发现34 个单倍型,其中24 个分布在皖南种群,10 个分布在大别山种群,种群间无共享单倍型。皖南种群线粒体遗传多样性(h =0. 952,π = 0.016 8)明显高于大别山种群(h =0.734,π = 0. 007 7),雌性有效种群(N_E = 146830)亦大于大别山(N_E =19840)。通过歧点分布分析表明在更新世第四间冰期,小麂皖南种群经历过一次大规模的种群扩张事件(在约15. 7 万年前)。基因流的分析结果显示皖南种群和大别山种群间存在着明显不对等的基因流(M_{W N→DB} =0. 36;M_{DB→W N} =75. 00)。这种不对称的基因流模式可能反映出在晚更新世冰期循环中,作为天然地理屏障的长江在盛冰期和间冰期对物种扩散的阻隔能力上的差异。     

基于粪便DNA的小麂亲权鉴定和婚配制研究

2014年4月至2015年1月,在古田山国家级自然保护区内共收集634份粪便样本,2份肌肉样本。通过严格筛选,最终获得390份可用于PCR扩增的样本。用多态性较高的8个微卫星位点进行基因型分型,共识别出177个小麂个体。SRY基因性别鉴定显示研究样本中雄性84只,雌性93只。所使用的8个微卫星位点在177个样本中,平均等位基因数(A)为11,平均观测杂合度(Ho)在0.960—1.000之间,平均值为0.9685,平均期望杂合度(He)在0.799—0.887之间,平均值为0.8429,多态信息含量(PIC)在0.766—0.872之间,平均多态信息含量为0.8214,基因杂合度水平较高,为遗传多样性丰富的种群。采用Cervus3.0进行亲权分析,当置信度为95%和80%时,8个微卫星位点的鉴定率均达到100%。共鉴定出父-母-子24对,母-子23对,父-子19对,涉及到104只个体。根据亲缘关系分析小麂的婚配制,结果发现小麂的婚配制属于1雄多雌,但并不是目前所知的亚型,而可能是一种被称作"检查策略"的一雄多雌制。     

基于样线法和非损伤性标志重捕法对古田山小麂种群现状评价

为分析古田山自然保护区内小麂种群资源的现状,制定合理的保护和管理措施,本研究结合传统的样带调查法和非损伤性标志重捕法进行小麂种群资源的调查与评估。2014年4月、7月、10月和2015年1月在古田山自然保护区内进行了4次调查,结果显示：样带法得到全区的种群密度为(5.8±0.4)只/km²,种群数量为(473.5±29.2)只,其中核心区种群密度最高,为(7.5±0.7)只/km²,种群数量为(160.8±14.0)只;缓冲区为(5.7±0.6)只/km2,种群数量为(98.2±10.4)只;实验区密度最低,为(3.3±0.5)只/km²,种群数量为(140.5±20.7)只。非损伤性标志重捕法得到全区种群密度为(4.9±0.3)只/km²,种群数量为(397±26)只。样带法调查显示,不同功能区之间的种群密度随季节发生变化,核心区、缓冲区和实验区均是春季种群密度最高,保护区内小麂主要栖息在海拔400-800 m之间,夏季向高海拔区域迁移,冬季则向低海拔迁移。SRY性别鉴定结果表明,古田山小麂种群季节间平均雌雄性比1.17∶1,周年雌雄性比为1.11∶1（9只雌性,84只雄性）（x=0.458,P=0.499）,雌性个体的数量优势并不是很明显,若要进一步提高种群数量,则需要加强保护。