Brain tumors: Cancer stem-like cells interact with tumor microenvironment

Cancer stem-like cells (CSCs) with potential of self-renewal drive tumorigenesis. Brain tumor microenvironment (TME) has been identified as a critical regulator of malignancy progression. Many researchers are searching new ways to characterize tumors with the goal of predicting how they respond to treatment. Here, we describe the striking parallels between normal stem cells and CSCs. We review the microenvironmental aspects of brain tumors, in particular composition and vital roles of immune cells infiltrating glioma and medulloblastoma. By highlighting that CSCs cooperate with TME via various cellular communication approaches, we discuss the recent advances in therapeutic strategies targeting the components of TME. Identification of the complex and interconnected factors can facilitate the development of promising treatments for these deadly malignancies.     

梨果黑斑病菌AaCaMK基因克隆、生物信息学分析及其在侵染结构分化中的表达分析

[背景] 钙/钙调素依赖型蛋白激酶（Calcium/Calmodulin-Dependent Protein Kinase,CaMK）是真核生物细胞钙信号途径中钙调素下游的一类重要靶蛋白,对病原物生长、胁迫响应及致病性等具有重要的调控作用。[目的] 对梨果黑斑病菌互隔交链孢（Alternaria alternata）AaCaMK基因进行克隆、生物信息学分析,并对其在侵染结构分化过程中的基因表达情况进行分析,为进一步研究梨果黑斑病菌钙离子信号途径中AaCaMK对A.alternata侵染结构分化调控的分子机制提供一定的理论依据。[方法] 采用同源克隆法从A. alternata JT-03中克隆得到3个AaCaMK基因;通过TMHMM、ProtScale、SOPMA等软件对AaCaMK基因进行生物信息学分析;利用实时荧光定量PCR （RT-qPCR）技术分析AaCaMK在梨果黑斑病菌侵染结构分化过程中的表达情况。[结果] 克隆得到片段分别为1 212、1 200、2 349 bp的AaCaMK1、AaCaMK2和AaCaMK3基因;生物信息学分析表明,AaCaMK1、AaCaMK2和AaCaMK3均含有典型的蛋白激酶超家族催化结构域（PKC_Like Superfamily）,并且AaCaMK1和AaCaMK2共同含有CaMK类丝/苏氨酸蛋白激酶催化结构域（STKc_CaMK）,AaCaMK3含有LKB1/CaMKK类丝/苏氨酸蛋白激酶催化结构域（STKc_LKB1_CaMKK）;同源性分析表明,AaCaMK1、AaCaMK2和AaCaMK3分别与玉米大斑病菌CAK1、CAK2和CAK3的相似性高达94.32%、97.49%和86.57%;RT-qPCR分析表明,AaCaMK1、AaCaMK2和AaCaMK3在疏水及果蜡诱导A. alternata侵染结构分化过程中均显著上调表达（P<0.05）,而且果蜡诱导作用更显著。其中AaCaMK1和AaCaMK2在附着胞形成时期（6 h）表达量为对照的1.51倍和3.05倍,而AaCaMK3在侵染菌丝形成阶段（8 h）表达量最高,为对照的2.86倍,并且在果蜡诱导下,这3个基因在芽管伸长阶段（4 h）的上调表达量显著高于疏水界面。[结论] 钙信号中AaCaMK基因在疏水及果蜡诱导A.alternata侵染结构分化过程中发挥重要的调控作用。     

The Bio3D packages for structural bioinformatics

Bio3D is a family of R packages for the analysis of biomolecular sequence, structure, and dynamics. Major functionality includes biomolecular database searching and retrieval, sequence and structure conservation analysis, ensemble normal mode analysis, protein structure and correlation network analysis, principal component, and related multivariate analysis methods. Here, we review recent package developments, including a new underlying segregation into separate packages for distinct analysis, and introduce a new method for structure analysis named ensemble difference distance matrix analysis (eDDM). The eDDM approach calculates and compares atomic distance matrices across large sets of homologous atomic structures to help identify the residue wise determinants underlying specific functional processes. An eDDM workflow is detailed along with an example application to a large protein family. As a new member of the Bio3D family, the Bio3D‐eddm package supports both experimental and theoretical simulation‐generated structures, is integrated with other methods for dissecting sequence‐structure–function relationships, and can be used in a highly automated and reproducible manner. Bio3D is distributed as an integrated set of platform independent open source R packages available from: http://thegrantlab.org/bio3d/ .     

毛竹APX基因系统进化与表达分析

抗坏血酸过氧化物酶(aseorbate peroxidase, APX)是植物活性氧代谢中重要的抗氧化酶之一,尤其是叶绿体中清除H₂O₂的关键酶,也是维生素C代谢的主要酶类。该文基于生物信息学方法,利用毛竹的基因组及转录组数据鉴定毛竹中的APX基因家族成员,并对其编码的蛋白基本理化性质、基因结构、启动子元件、系统进化及共线性关系、重复串联基因、GO注释及表达模式进行综合分析,共鉴定出21种编码APX的基因。结果表明:(1)PeAPX基因家族成员多为不稳定疏水蛋白,基因结构、基序及结构域相对较为保守,大多数APX基因具有高度保守的内含子模式。(2)系统进化关系显示毛竹APX基因与水稻APX基因有着较高的同源性关系,PeAPX具有较高的进化保守性。(3)Ka/Ks分析表明PeAPX基因都经历了纯化选择压力,此外在每个APX基因的启动子序列中发现有许多与应激反应和植物激素相关的顺式作用元件,结合表达量分析,表明毛竹APX基因在毛竹生长发育中起着正向促进作用。该研究为进一步了解毛竹APX基因家族基本功能及其抗氧化机制提供了一定的参考,为毛竹APX基因功能的深层次鉴定提供了重要依据。     

不同体质量指数对腹腔镜结直肠癌切除术患者临床疗效和远期预后的影响

摘要 目的：研究不同体质量指数（BMI）对腹腔镜结直肠癌切除术患者临床疗效和远期预后的影响。方法：将从2014年1月～2016年1月于我院接受腹腔镜结直肠癌切除术治疗的110例患者纳入研究。将所有受试者根据BMI的差异分作正常组（18.6 kg/m²≦BMI<23.0 kg/m²）35例、超重组（23.0 kg/m²≦BMI<25.0 kg/m²）53例、肥胖组（BMI≧25.0 kg/m²）22例。分析三组患者各项基线资料,临床疗效,术后并发症发生情况,远期预后等方面的差异。结果：三组患者各项基线资料比较差异均不明显（均P＞0.05）。肥胖组手术时长为（268.01±36.14）min,均明显高于正常组、超重组的（211.73±30.56）min、（224.12±34.87）min（均P＜0.05）;三组术中失血量、肛门排气时间以及住院康复时间对比均不明显（均P＞0.05）。三组患者术后肺部感染、下肢静脉血栓、切口感染以及吻合口出血发生率对比均不明显（均P＞0.05）。正常组5年生存率为45.71%（16/35）,超重组5年生存率为47.17%（25/53）,肥胖组5年生存率为45.45%（10/22）,三组比较差异无统计学意义（均P＞0.05）。结论：不同BMI对腹腔镜结直肠癌切除术患者的手术时长具有一定影响,但和远期预后无关,值得临床重点关注。     

熊去氧胆酸联合非诺贝特对原发性胆汁性胆管炎的临床疗效及安全性

摘要 目的：分析熊去氧胆酸联合非诺贝特对原发性胆汁性胆管炎无熊去氧胆酸生化反应的临床疗效及安全性。方法：151例原发性胆汁性胆管炎无熊去氧胆酸患者按随机数表法分为73例对照组和78例研究组。对照组在常规治疗基础上给予安慰剂联合熊去氧胆酸治疗,研究组在常规基础上给予非诺贝特联合熊去氧胆酸治疗,两组均持续治疗12个月。比较两组临床疗效,肝功能,血脂指标,肝纤维化指标,免疫球蛋白G（IgG）、免疫球蛋白M（IgM）,瘙痒及乏力评分,不良反应发生情况。结果：治疗后,研究组总有效率高于对照组,比较差异有统计学意义（P<0.05）。治疗后,两组肝功能指标均降低,研究组低于对照组,比较有统计学意义（P<0.05）。治疗后,两组总胆固醇（TC）、甘油三酯（TG）均降低,研究组低于对照组,比较有统计学意义（P<0.05）,两组治疗前后低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）、高密度脂蛋白胆固醇（HDL-C）比较无统计学意义（P>0.05）。治疗后,两组肝纤维化指标均降低,研究组低于对照组,比较有统计学意义（P<0.05）。治疗后,两组IgG、IgM均降低,研究组低于对照组,比较有统计学意义（P<0.05）。治疗后,两组瘙痒、乏力评分均降低,研究组低于对照组,比较有统计学意义（P<0.05）。两组不良反应发生率比较差异无统计学意义（P>0.05）。结论：熊去氧胆酸联合非诺贝特对原发性胆汁性胆管炎无熊去氧胆酸生化反应的疗效较好,能够改善肝功能,且未明显增加药物不良反应。     

鼻饲中药抗休克合剂治疗重症烧伤休克期患者的疗效及对胃肠道复苏的影响

摘要 目的：探讨中药抗休克合剂经鼻饲给药法治疗重症烧伤休克期患者的疗效及对胃肠道复苏的影响。方法：选取上海中医药大学附属第七人民医院2017年10月至2020年9月期间收治的重症烧伤休克患者共计60例,将其按照随机数字表法分为对照组和实验组,每组各30例。对照组患者进行常规抗休克治疗,实验组在常规抗休克的基础上经鼻饲法给予中药抗休克合剂治疗。观察并记录两组患者复苏前、复苏后1 d、2 d、3 d的动脉血乳酸、内毒素水平,心率、尿量及补液量,腹胀缓解肠鸣音恢复时间、肛门排气时间,消化道不良反应、消化道出血发生率及有无继发全身性感染情况。结果：两组患者经治疗后血清内毒素和动脉血乳酸水平均呈不同趋势下降,复苏后1 d、2 d两组患者实验室指标虽有降低,但两组组间比较差异不显著（P＞0.05）,实验组患者复苏后3 d血清内毒素和动脉血乳酸值下降显著,且明显优于对照组,差异有统计学意义（P＜0.05）。实验组复苏后1 d、2 d补液量均较对照组更低（P<0.05）;实验组复苏后1 d、2 d尿量与对照组比较无统计学差异（P>0.05）,而复苏后3 d尿量较对照组更多（P<0.05）;实验组复苏后1 d、2 d、3 d心率均优于对照组（P<0.05）。实验组腹胀缓解肠鸣音恢复时间、肛门排气时间和消化不良反应、消化道出血、继发全身性感染发生率均低于对照组(P＜0.05)。结论：经鼻饲法给予中药抗休克合剂配合西医常规抗休克治疗,可发挥中医药特色,治疗重症烧伤休克期患者临床疗效明确,有助于胃肠道复苏,降低并发症及感染机率,具有一定的临床价值。     

彩色多普勒超声对盆腔瘀血综合征的诊断价值及与临床因素的相关性研究

目的:探讨盆腔瘀血综合征患者彩色多普勒超声的影像学特征及与临床因素的相关性。方法:对112例盆腔瘀血综合征患者行彩色多普勒超声检查,按超声诊断分级Ⅰ级、Ⅱ级、Ⅲ级分为62例、27例、23例,观察彩色多普勒超声的影像学特征,分析静脉内径与病程的相关性,并分析超声诊断分级与临床症状积分、体质量指数(BMI)、妊娠次数、既往工作站立时间的相关性。结果:不同超声诊断分级患者的静脉内径、静脉丛范围和静脉流速差异具有统计学意义(P<0.05)。静脉内径与病程呈正相关(P<0.05),超声诊断分级与临床症状积分、妊娠次数、既往工作站立时间呈显著正相关(P<0.05),与BMI呈负相关(P<0.05)。结论:彩色多普勒超声对盆腔瘀血综合征具有特异性的诊断价值,超声诊断分级、静脉内径与临床因素存在一定的的关联性。     

骨水泥强化椎弓根螺钉联合椎间融合复位治疗老年重度腰椎滑脱的临床研究

摘要 目的：观察椎间融合复位联合骨水泥强化椎弓根螺钉治疗老年重度腰椎滑脱的临床效果。方法：回顾性分析我院于2016年3月~2019年3月期间收治的老年重度腰椎滑脱患者92例,根据治疗方案的不同可将患者分为A组（n=44）和B组（n=48）,A组给予椎弓根螺钉联合椎间融合复位治疗,B组给予骨水泥强化椎弓根螺钉联合椎间融合复位治疗,对比两组视觉疼痛模拟评分（VAS）、Oswestry功能障碍指数（ODI）及日本骨科协会（JOA）腰腿痛评分、临床指标、滑脱距离、滑脱率、椎间隙高度、椎间融合率、椎间孔高度、并发症及螺钉松动情况。结果：术后12个月,两组VAS、ODI、JOA评分均下降,且B组低于A组（P<0.05）。两组术中出血量对比组间无统计学差异（P>0.05）,B组手术时间长于A组,住院时间短于A组,椎间融合率高于A组（P<0.05）。术后12个月,两组滑脱距离、滑脱率均下降,且B组小于A组（P<0.05）。术后12个月,两组椎间隙高度、椎间孔高度均升高,且B组高于A组（P<0.05）。两组并发症发生率组间对比无差异（P>0.05）。结论：老年重度腰椎滑脱患者椎间融合复位联合骨水泥强化椎弓根螺钉治疗,虽一定程度上延长了手术时间,但可促进临床症状,改善椎间高度及腰椎滑脱程度,缩短住院时间,且不增加并发症发生率。