利用杂种F_2世代鉴定数量性状主基因-多基因混合遗传模型并估计其遗传效应

大量实验数据和OTL作图结果表明:控制数量性状的基因中既有遗传效应较大的主基因,又有遗传效应较小的多基因,其分离世代表现出多峰性,即出现多个分布混合的特征。本文利用混合模型理论的AIC信息准则在F_2世代中鉴定影响数量性状的主基因的存在,当主基因存在时通过分离分析估计主基因的遗传效应以及主基因的遗传变异占总变异的分量;同时还提出利用P_1、P_2、F_2和F_2 4个世代鉴定多基因存在的方法。以大豆开花期性状为例说明了该方法的应用,在所分析的骨绿豆×上海红芒早杂交组合的F_2世代数据中发现有主基因的存在,主基因表现出完全显性(晚开花),并且有多基因存在。     

两个位点主基因控制的质量—数量性状的遗传分析

应用极大似然法和EM算法提出了关于两个位点主基因控制的质量．数量性状的遗传分析方法,参照质量性状两位点互作在F_2代的分离比率建立了7种遗传假设及其似然比测验的程序,讨论了应用这一方法时应注意的几个问题．     

心室纤颤信号的自适应检测

在分析了心室纤颤信号和心动过速信号自相关性的基础上,运用自适应ＬＭＳ算法。以误差信号能量作为特征值,成功地检测了心室纤颤信号,比仅依赖心率来判别心跳是否正常可靠性要高一些。通过对１５６个数据学习和三次判断,其心室纤颤信号识别率达到９７．４％,心动过速信号识别率达到１００％．     

马钱子致大鼠体内毒性的研究*——“装袋”算法和16S rRNA基因测序技术在毒理学研究中的应用

目的 中药马钱子（Strychnos nux-vomica L.,SN）在临床上具有消肿止痛的功效,然而,由于含有生物碱类成分,马钱子具有一定毒性。人们对马钱子毒性所引起的大鼠内源性代谢变化及其对肠道微生物群代谢失调的潜在影响知之甚少,因此,马钱子的毒理学研究对其安全性评价具有重要意义。本研究将代谢组学和16S rRNA基因测序技术相结合来探索马钱子的致毒机制。方法 通过急性、蓄积性和亚急性毒性试验,分别确定马钱子的中毒剂量、毒性强度和毒性靶器官。超高效液相色谱-质谱联用技术用于分析大鼠灌胃马钱子后的血清、肝脏和肾脏样本。利用基于装袋算法的决策树和K最近邻（K nearest neighbor,KNN）模型对组学数据进行分类。从大鼠粪便中提取样本后,使用高通量测序平台对细菌的16s rRNA V3-V4区域进行分析。结果 装袋算法提高了样本分类的准确率。共鉴定出12个生物标志物,这些生物标志物的代谢失调可能是马钱子致体内毒性的原因。拟杆菌、粪厌氧棒菌、颤螺菌、双茎体菌等与肾肝功能的生理指标密切相关,这表明马钱子引起的肝肾损害可能与这些肠道细菌的代谢紊乱有关。结论 本文揭示了马钱子的体内致毒机制,为马钱子临床上的安全合理使用提供了科学依据。     

肺结节检测算法研究

探讨基于CT图像数据的肺结节自动检测算法。肺结节提取一般步骤为：CT图像预处理、肺实质分割、肺结节提取。     

基于改进的Winnow算法的剪接位点识别

DNA序列功能位点的识别是目前生物信息学领域的一个研究热点,剪接位点的识别就是其中之一.为了充分利用剪接位点的特征模式,从而更好地识别剪接位点,建立了一个基于改进Winnow算法的剪接位点识别系统.与其他方法相比较,改进的Winnow算法具有更好的鲁棒性,适用于高维特征空间,能够融合多种模式信息,即使在包含很多不相关特征的情况下,也能有很好的性能.同时在训练的时候,对特征集进行了剪枝,把一些对识别几乎没有贡献的特征去除,这样做对结果的影响可以忽略,而且提高了算法的效率.通过实验验证,改进的Winnow算法可以很好地识别剪接位点,其多个性能指标达到或超过目前国际上流行的剪接位点识别软件.     

基于动态规划的快速序列比对算法

序列比对算法是生物信息学中重要的研究方向之一,而动态规划法是序列比对算法中最有效最基本的方法．由于原有的基本动态规划方法时间和空间复杂度大,不适合实际的生物序列比对,因此本文在分析介绍几种相关动态规划算法的基础上,提出了一种基于动态规划的快速序列比对算法UKK_FA．实验结果表明,该算法有效地降低了时间复杂度,具有一定的实用性。     

一个新的多序列比对算法

多序列比对是生物信息学中基础而又重要的序列分析方法.本文提出一种新的多序列比对算法,该算法综合了渐进比对方法和迭代策略,采用加权函数以调整序列的有偏分布,用neighbor-joining方法构建指导树以确定渐进比对的顺序.通过对BAlibASE中142组蛋白质序列比对的测试,验证了本算法的有效性.与Multalin算法比较的结果表明,本算法能有效地提高分歧较大序列的比对准确率.     

蚂蚁群落优化算法在蛋白质折叠二维亲-疏水格点模型中的应用

氨基酸的亲疏水格点模型是研究蛋白质折叠的一种重要的简化模型,其优化问题是一个非确定型的多项式问题。采用蚂蚁群落优化算法对这一问题进行了研究,对测试数据的计算结果表明,在一定规模下,此算法能够有效地获得亲-疏水格点模型的最优解,其效率优于传统的Monte Carlo仿真等方法。     

昆虫行为研究中日长的计算

提供了一种计算日长的算法及其FORTRAN77源程序。经过多年来在观测昆虫起飞行为、计算昆虫迁飞轨迹、确定昆虫临界光周期等行为学和生态学研究中的应用 ,表明该算法简单易行且具有足够的精度 (同于天文年历 ) ,是一种方便的实用工具