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基于支持向量机的人类5’非翻译区剪接位点识别 总被引:5,自引:0,他引:5
基因非编码区域剪接位点的识别是基因识别中一个非常具有挑战性的问题,尤其是5’非翻译区中剪接位点的识别。与一般剪接位点不同,5’非翻译区剪接位点的两侧不存在由编码到非编码的状态转移,所以通常的剪接位点识别算法在非翻译区的性能不太理想。文章采用了基于支持向量机的方法对5’非翻译区中的剪接位点进行识别。为了提高识别精度,采用了基于矩阵相似性度量的核函数参数选取方法,它能够简单快速地确定合适的核函数参数,进而提高核函数的识别性能。通过实验验证,经过参数选择后的支持向量机能够较好地识别5'非翻译区剪接位点。 相似文献
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模式发现是生物信息学的一个重要研究方向,但目前的大部分算法还不能保证获得最优的模式.文章推导了针对三个序列片段相似性关系的判据,将其作为剪枝规则,提出并实现了一种深度优先的穷举搜索算法——判据搜索算法(criterion search algorithm,CRISA),理论分析表明,对绝大多数模式发现问题,CRISA具有多项式的计算时间复杂度和线性的空间复杂度。对仿真的和实际的生物序列数据的测试也表明,CRISA能够快速而完全地识别出序列中所有的模式,具有优于其它算法的总体评价,能够应用于实际的模式发现问题。 相似文献
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DNA序列功能位点的识别是目前生物信息学领域的一个研究热点,剪接位点的识别就是其中之一.为了充分利用剪接位点的特征模式,从而更好地识别剪接位点,建立了一个基于改进Winnow算法的剪接位点识别系统.与其他方法相比较,改进的Winnow算法具有更好的鲁棒性,适用于高维特征空间,能够融合多种模式信息,即使在包含很多不相关特征的情况下,也能有很好的性能.同时在训练的时候,对特征集进行了剪枝,把一些对识别几乎没有贡献的特征去除,这样做对结果的影响可以忽略,而且提高了算法的效率.通过实验验证,改进的Winnow算法可以很好地识别剪接位点,其多个性能指标达到或超过目前国际上流行的剪接位点识别软件. 相似文献
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