染色质转座酶可及性测序研究进展

染色质转座酶可及性测序(assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,ATAC-seq)诞生于2013年,具有比脱氧核糖核酸酶I超敏感位点测序(deoxyribonuclease I hypersensitive site sequencing, DNase-seq)和微球菌核酸酶敏感位点测序(micrococcal nuclease sequencing, MNase-seq)更快速、灵敏、简便的优点,是目前分析全基因组范围染色质开放区域的热点技术。通过该技术能获得染色质开放区域的相关信息,从而映射出转录因子等调控蛋白的结合区域和核小体定位等信息,对于研究表观遗传分子机制具有重要意义。本文比较了5种获取染色质开放区域技术的优缺点,重点介绍了ATAC-seq的原理和主要流程,描述了利用ATAC-seq技术研究染色质开放区域的发展概况以及ATAC-seq的相关应用,期望对真核生物全基因组水平的染色质开放区域研究、顺式调控元件鉴定以及遗传调控网络的解析等提供借鉴。     

名刊封面

《结构》2010.10 伴侣蛋白的立体结构 科研人员将X光晶体学和电子显微镜学相结合,得到了酸菌属腾冲品系S5第Ⅱ组伴侣蛋白的完全高分辨率开放结构,并且阐明了从开放状态到闭合状态的构象变化。     

大白菜细胞质雄性不育系RAPD特异扩增片段的克隆及其序列分析

利用RAPD技术从大白菜细胞质雄性不育系CMS3411-7的DNA中得到1个特异扩增片段CMSO-PL01670,进一步以该片段为探针进行Dot和Southern杂交证实了该片段为不育系所特有。回收该特异扩增片段并将其克隆到pGEM-T Easy载体上进行序列测定。测序结果表明该片段全长673bp,其碱基组成为A T=67.16％。通过与GenBank EMBL DDBJ PDB中的455 972个序列进行比较,同源性均小于30％,表明该片段为一新发现序列。并且该序列的 4 - 216的区域内含有1个可编码70个氨基酸的开放阅读框架。上述结果为今后从分子水平进一步研究大白菜细胞质雄性不育打下了坚实的基础。     

温度诱导的下丘脑神经元Kv簇状开放的特性

采用膜片钳细胞贴附式技术 ,观察和记录了32℃、37℃和39℃时下丘脑神经元电压依赖性K +单离子通道 (Kv)的活动 ,探讨Kv簇状开放 (Burstopening)与开放概率的关系。结果表明 ,温度升高时 ,单位时间内记录到的Burst开放明显增多 ,开放概率NPo从37℃时的0.175±0.124升至39℃时的0.696±0.187(P<0.01)。明显影响NPo的Burst开放有关参数包括Burst内部的开放数目和两个Burst开放的间期。温度升高 ,Burst开放内部开放数目增多 ,两个Burst开放间期明显缩短 ,39℃时出现较多的近Burst开放     

后腹腔镜根治术对肾癌患者免疫功能的影响

目的:探讨后腹腔镜肾癌根治术对患者免疫功能的影响。方法:选择2013年5月-2015年5月在我院接受手术治疗的肾癌患者67例,根据手术方法不同分为研究组(37例)及对照组(30例)。研究组患者采用后腹腔镜肾癌根治术治疗,对照组患者采用传统开放手术治疗。观察并比较两组患者的手术时间、术中出血量、住院时间以及手术前后患者外周血T淋巴细胞亚群的变化情况。结果:研究组患者的手术时间、术中出血量及住院时间均少于对照组,差异具有统计学意义(P0.05)。两组患者术前外周血T淋巴细胞CD3~+、CD4~+、CD8~+及CD4~+/CD8~+比较,差异无统计学意义(P0.05);两组患者术后外周血T淋巴细胞CD3~+、CD4~+及CD4~+/CD8~+明显降低,但研究组高于对照组,差异具有统计学意义(P0.05);两组患者术后CD8~+比较,差异无统计学意义(P0.05)。结论:与传统开放手术相比较,后腹腔镜肾癌根治术对患者免疫功能的影响较小,手术时间短,术中出血量少,临床疗效显著,值得推广及应用。     

籼稻颖花分化与退化对不同播期温光的响应

试验以三系杂交籼稻‘五优308’和‘天优华占’以及常规籼稻‘黄华占’为材料,在大田条件下,设置10个播期,研究田间不同温光条件对籼稻生育期天数、颖花分化和退化数的影响.结果表明: 温度对3个籼稻品种生育期的影响比日照长度大,平均温度升高1 ℃,播种-穗分化始期天数平均减少1.5 d,而穗分化历期天数与光照和温度的关系均不密切.不同播期间每穗颖花数和颖花分化数存在显著差异.穗分化期间平均温度、最高温度和最低温度升高,有效积温增加,昼夜温差扩大,光辐射增强,有利于穗分化期干物质积累和颖花分化,各品种趋势一致.穗分化期间有效积温增加50 ℃,颖花分化数增加10.5朵,昼夜温差扩大1 ℃,颖花分化增加14.3朵,总光辐射量增加50 MJ·m^-2,颖花分化数增加17.1朵.颖花退化率与温度呈现二次项相关,极端高温或极端低温的自然条件不利于颖花形成,但低温天气对颖花退化的影响大于高温.温度低于临界温度,颖花退化率大幅增加,穗分化期临界积温为550～600 ℃,日平均温度为24.0～26.0 ℃,日最高温度为32.0～34.0 ℃,日最低温度为21.0～23.0 ℃.适宜高温、昼夜温差大、光照辐射强的自然条件利于颖花分化,并减少颖花退化.     

人类珠蛋白相关基因上游开放阅读框的变异分析

β-地中海贫血症是一种珠蛋白生成障碍的常染色体隐性遗传病。而γ珠蛋白基因的开放表达和胎儿血红蛋白的合成,是缓解β地中海贫血病人临床表型的一个重要因素。本研究针对202个血红蛋白相关调控基因或miRNA,对1802个β-地中海贫血症患者进行了目标区域捕获测序。通过生物信息学的分析,检测出了所有捕获区域内的突变。进一步对位于5′端非编码区(5′untranslated region, 5′UTR)的突变进行系统扫描,共计寻找到41个影响uORF(upstream open reading frame, uORF)有或无的功能性突变。从中选取了CHTOP基因(chr1:153606541 C>T)和TGFB1基因(chr19:41859418 G>A)的两个突变,通过定点诱变和双荧光素酶报告实验,在体外证实这两个突变均可显著地改变下游基因的表达。该研究结果为β-地中海贫血症临床表型的精确诊断提供了潜在的筛查靶点。     

MATLAB 7.X生物信息工具箱的应用——序列比对(二)

序列比对是基因序列分析中的一项重要工作.本文以人和鼠的基因为对象,介绍MATLAB 7.X生物信息工具箱中的序列比对方法,内容包括从数据库获取序列信息,查找序列的开放阅读框,将核苷酸序列转换为氨基酸序列,绘制比较两氨基酸序列的散点图,用Needleman-Wunsch算法和Smith-Waterman算法进行比对,以及计算两序列的同一性.     

植物向光素

向光素是继光敏色素、隐花色素之后发现的一种蓝光受体,分子量120 kD,能够结合黄素单核苷酸(FMN)进行自动磷酸化作用,它介导植物向光性运动、叶绿体移动与气孔开放等反应,在蓝光信号传导反应中它启动生长素载体的运动和诱导Ca2 的流动,从而调节植物细胞相关的反应.文章就这一领域的研究作介绍.     

大熊猫RPS15 cDNA的克隆及序列分析

本研究运用RT-PCR技术,首次从大熊猫 Ailuropoda melanoleuca的肌肉组织总RNA中成功克隆了核糖体蛋白S15 (RPS15)基因的表达序列,并对其进行了初步分析.结果 表明:大熊猫RPS15基因的表达序列全长为442 bp,开放阅读框(ORF)为438 bp,编码145个氨基酸,该蛋白的分子量为17.0401 KDa, 等电点为10.3,含有2个依赖于cAMP和cGMP的蛋白激酶磷酸化位点, 5个蛋白激酶C磷酸化位点,4个N-酰基化位点及1个RPS19蛋白signature位点.进一步分析发现,大熊猫RPS15基因的表达序列及其编码的氨基酸序列与已报道的部分哺乳动物具有很高的相似性.