基于单细胞测序构建胶质母细胞瘤预后模型

[目的]基于单细胞测序筛选胶质母细胞瘤特征基因并构建预后模型。[方法]分析GEO数据库单细胞RNA测序数据集GSE84465,筛选出GBM细胞分化相关的差异基因。下载TCGA数据库GBM的基因表达谱和临床数据,采用Lasso回归、Cox回归分析筛选出特征基因构建预后模型,根据独立预后因素构建列线图,GSE83300作为外部验证集。基于风险评分中位数将患者分组,比较两组生存差异。[结果]通过scRNA-seq得到492个分化差异基因,经过回归分析得到基于6个基因(PLAUR、RARRES2、G0S2、MDK、SERPINE2、CD81)的预后模型。其1、3、5年ROC曲线下面积均大于0.7;KM分析显示高低风险组预后存在差异(P<0.001),GSE83300验证结果与TCGA一致。多因素Cox回归分析表明年龄和风险评分可以作为独立影响因素(P<0.01);C-Index(0.679)、校准图显示列线图预测模型有良好的拟合度。GSEA分析示高低风险组差异基因集参与细胞因子受体相互作用、抗原处理与提呈等通路。[结论]由PLAUR、RARRES2、G0S2、MDK、SERPINE...     

喜旱莲子草原产地和入侵地种群的植物-土壤反馈差异

植物-土壤反馈是植物通过生长改变根际土壤环境,从而影响后续植物生长发育的生态学过程。入侵植物从原产地扩散到入侵地后,可能会经历植物本身的适应性进化而对土壤环境产生不同影响,从而使负向植物-土壤反馈降低,甚至转为正反馈。以往对入侵植物的植物-土壤反馈研究多集中于比较其与本地种、其他入侵种之间的差异,而较少关注入侵植物的入侵地种群和原产地种群在入侵地的差异。本研究采用同质园实验比较了喜旱莲子草(Alternanthera philoxeroides)入侵地(中国)和原产地(阿根廷)种群是否存在对入侵地土壤的植物-土壤反馈差异以及如何通过土壤微生物群落来影响反馈结果。结果表明:(1)喜旱莲子草入侵地种群的反馈表现为正,原产地种群表现为中性。(2)入侵地种群显著增加了土壤的细菌和真菌群落多样性,原产地种群与对照土壤无显著差异。这些结果表明,喜旱莲子草入侵地种群在扩散过程中,对土壤微生物群落的调节作用发生了改变,从而产生正向的植物-土壤反馈效应。     

不同预处理对小鼠粪样菌群高通量测序分析结果的影响

应用高通量测序技术比较不同预处理对小鼠粪样菌群结构的影响,以期为后续相关研究提供参考依据。采集昆明小鼠新鲜粪样,分为原始粪样组、生理盐水处理组和PBS处理组,提取粪样DNA,采用Illumina MiSeq平台进行测序对3组样本的16S rRNA V3~V4区基因文库进行生物信息学分析。结果显示,3组样本拥有共同的OTUs 188个,不同预处理对粪样微生物多样性和丰度产生影响,生理盐水处理组、PBS处理组和原始粪样组分别检出14、11、12个门,3组样本共有门11个;分别检出24、21、21个纲,3组样本共有纲20个;分别检出62、55、59个科,3组样本共有科26个;分别检出147、126、137个属,3组样本共有属117个。总体来看,生理盐水处理组微生物多样性和丰度相对最高,原始粪样组次之,PBS处理组最低。粪样经生理盐水处理后,能在一定程度上提高肠道菌群检测的准确性。     

59个Y-STR基因座的法医学多态性应用效能评估

为了评估法医学DNA数据库建设中涉及的59个Y-STR基因座的遗传多态性和法医学应用效能,通过AGCU Y SUPP PLUS试剂盒和AGCU Y37试剂盒检测374个广东汉族无关男性个体,将检测出的59个Y-STR基因座按照突变率的高低进行分类组合和统计分析。结果显示,59个Y-STR基因座联合运用在374个无关男性个体中检出了374个单倍型,其中44个中低突变Y-STR组合、15个高快突变Y-STR组合分别检出373和372个单倍型。59个Y-STR的基因多态性数值分布在0.055 1 (DYS645)~0.958 0 (DYF387S1 a/b)之间。结果表明,这59个Y-STR在广东汉族群体中均具有良好的多态性,按中低突变Y-STR组合和高快突变Y-STR组合研发新的检测体系可更好地满足法医实践的不同需求。     

菰属系统与演化研究—胚形态

本文采用光学显微镜对全世界菰属４种２亚种及其有关属种共４属７种的胚形态进行系统研究后,获得菰属Ｚｉｚａｎｉａ Ｌ．与山涧草Ｃｈｉｋｕｓｉｃｈｌｏａ ａｐｕａｔｉｃａ Ｋｏｉｄｚ．的胚型为Ｆ＋ＦＰ,稻Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ．与拟菰Ｚｉｚａｎｉｏｐｓｉｓ ｍｉｌｉａｃｅａ（Ｍｉｃｈｘ．）Ｄｏｅｌｌ ＆ Ａｓｃｈｅｒｓ．的胚型为Ｆ＋ＦＰ,其中山涧草的胚型为首次报导。根据胚型,这４属均应位在禾本科Ｇ     

人类Y染色体常染色质部分DNA YAC重叠克隆构建

人类基因组研究的目标在于人类基因组全部DNA的核苷酸顺序的测定,及在此基础上的对所有基因的编码及其生化功能的研究。全基因组DNA的完全的物理图谱构成,包括全基因组DNA的大片段克隆,及覆盖完整基因组的克隆重叠排序是达成这一目标的首要步骤。     

杂交试验中的最佳样本含量

杂交试验是一项费时费钱的工作,因此在进行试验之前如能进行严密的设计,给出试验所需的样本大小是十分必要的,统计学中常见的估计样本容理的公式不宜应用于杂交试验,本文分两种情况给出了杂交试验中样本容量的估计公式,据此估计出的样本容量安排杂交试验,可在满足试验者要求的条件下,使试验的总成本最低或使试畜的总头数最少。     

血清5-HT、TNF-α、补体C1q对重性抑郁障碍急性期患者抗抑郁疗效的影响

摘要 目的：探讨血清5-羟色胺（5-HT）、肿瘤坏死因子-α（TNF-α）、补体C1q对重性抑郁障碍急性期患者抗抑郁疗效的影响。方法：选择2020年1月至2022年1月新疆精神卫生中心收治的185例首发重性抑郁障碍急性期患者,所有患者均接受抗抑郁药物治疗,根据疗效将患者分为无效组（32例）和有效组（153例）。治疗前、后检测血清5-HT、TNF-α、补体C1q水平,收集相关资料,多因素Logistic回归分析影响重性抑郁障碍急性期患者抗抑郁疗效的因素,受试者工作特征（ROC）曲线分析血清5-HT、TNF-α、补体C1q预测重性抑郁障碍急性期患者抗抑郁疗效的价值。结果：无效组治疗后血清5-HT、TNF-α、补体C1q与治疗前比较差异无统计学意义（P＞0.05）,有效组治疗后血清5-HT较治疗前增高（P＜0.05）,TNF-α、补体C1q较治疗前降低（P＜0.05）。无效组治疗后血清5-HT低于有效组,血清TNF-α、补体C1q高于有效组（P＜0.05）。多因素Logistic回归分析结果显示有自杀意念、高TNF-α、高补体C1q是重性抑郁障碍急性期患者抗抑郁治疗无效的危险因素,高5-HT是其保护因素（P＜0.05）。联合5-HT、TNF-α、补体C1q三项指标预测重性抑郁障碍急性期患者抗抑郁治疗无效的曲线下面积为0.828,高于单独指标预测的0.732、0.658、0.677。结论：重性抑郁障碍急性期抗抑郁治疗后无效患者血清5-HT偏低,TNF-α和补体C1q偏高,且与抗郁治疗无效有关,联合检测血清5-HT、TNF-α和补体C1q可预测抗抑郁疗效。     

山茶属植物的进化与分布

山茶属Camellia植物在其进化过程中,以雄蕊不定数、在某些类群中存在心皮离生至合生的中间过渡,认为是山茶科中较原始的一属,分布于亚洲东部和东南部,中国长江以南广袤的亚热带地区是该属的现代分布中心,中南半岛和我国云南、广西南部的热带地区种类虽少,却集中了本属原始或较原始的类群和种类。本属演化上的近缘属或姐妹群——核果茶属Pyrenaria（包括石笔术属Tutcheria）分布区大致与本属相似,其原始（子房5室,心皮先端多少分离,花柱离生）的种类也分布于此,它们可能同出于一个心皮离生的古老祖先,即生长于亚洲古热带森林环境中的类似千五桠果属（Dillenia）的原始山茶科植物,上述地区是该属的早期分化中心和起源地,大约在白垩纪特提斯海（古地中海）东岸的劳亚古陆和冈瓦纳古陆接触地带由原始五桠果类植物演化而来。山茶属植物自热带亚洲起源和分化发生后,向四周辐射状扩展,在亚洲大陆,类群和种类明显表现出由南向北、从热带向亚热带分化和替代的规律。在漫长的进化过程中,经历第三纪以来地史和古气候的变迁,分化发展为具花梗和花梗强烈缩短变无便的两个演化枝,分道扬镳平行发展,两枝在演化上相似地表现出雌、雄蕊数目的减少及合生水平的提高,本属最进化的类群是分布区南界的管蕊茶组 Sect．Calpandria和广布我国亚热带林下的连蕊茶组Sect．Theopsis,前一组花丝全部合生成肉质管,后一组雌、雄蕊高度合生,果通常1室发育,中轴退化。晚第三纪以来,古气候的变迂和亚洲山体的隆升,山茶组 Sect.Camellia,油茶组Sect．Paracamellia以及连蕊茶组 Sect．Theopsis在新的环境中产生进一步分化和自然杂交,出现了一些多倍体种群,细胞地理学研究表明,自中南半岛向北呈现出核型由对称到极不对称、染色体从二倍体到多倍体的变异系列,从而对山茶属中演化与分布的一致性提供了证据。