基于单细胞测序构建胶质母细胞瘤预后模型 |
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引用本文: | 邓慧,呙文静,宋萍,张孟贤.基于单细胞测序构建胶质母细胞瘤预后模型[J].生物技术,2023(1):38-47. |
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作者姓名: | 邓慧 呙文静 宋萍 张孟贤 |
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作者单位: | 华中科技大学同济医学院附属同济医院肿瘤科 |
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基金项目: | 国家自然科学基金项目(81772680); |
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摘 要: | 目的]基于单细胞测序筛选胶质母细胞瘤特征基因并构建预后模型。方法]分析GEO数据库单细胞RNA测序数据集GSE84465,筛选出GBM细胞分化相关的差异基因。下载TCGA数据库GBM的基因表达谱和临床数据,采用Lasso回归、Cox回归分析筛选出特征基因构建预后模型,根据独立预后因素构建列线图,GSE83300作为外部验证集。基于风险评分中位数将患者分组,比较两组生存差异。结果]通过scRNA-seq得到492个分化差异基因,经过回归分析得到基于6个基因(PLAUR、RARRES2、G0S2、MDK、SERPINE2、CD81)的预后模型。其1、3、5年ROC曲线下面积均大于0.7;KM分析显示高低风险组预后存在差异(P<0.001),GSE83300验证结果与TCGA一致。多因素Cox回归分析表明年龄和风险评分可以作为独立影响因素(P<0.01);C-Index(0.679)、校准图显示列线图预测模型有良好的拟合度。GSEA分析示高低风险组差异基因集参与细胞因子受体相互作用、抗原处理与提呈等通路。结论]由PLAUR、RARRES2、G0S2、MDK、SERPINE...
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关 键 词: | 胶质母细胞瘤 单细胞测序 预后模型 癌症基因组图谱计划 生物信息学分析 |
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