Computational Analysis of Cysteine Proteases （Clan CA, Family C1） of Leishmania major to Find Potential Epitopic Regions

Leishmania is associated with a broad spectrum of diseases, ranging from simple cutaneous to invasive visceral leishmaniasis. Here, the sequences of ten cysteine proteases of types A, B and C of Leishmania major were obtained from GeneDB database. Prediction of MHC class I epitopes of these cysteine proteases was performed by NetCTL program version 1.2. In addition, by using BcePred server, different structural properties of the proteins were predicted to find out their potential B cell epitopes. According ...     

How Do Variable Substitution Rates Influence Ka and Ks Calculations？

The ratio of nonsynonymous substitution rate (Ka) to synonymous substitution rate (Ks) is widely used as an indicator of selective pressure at sequence level among different species, and diverse mutation models have been incorporated into several computing methods. We have previously developed a new γ-MYN method by capturing a key dynamic evolution trait of DNA nucleotide sequences, in consideration of varying mutation rates across sites. We now report a further improvement of NG, LWL, MLWL, LPB, MLPB, and ...     

内皮祖细胞与血管重新内皮化

血管内皮是循环血液和血管壁组织间的一层天然屏障,在维持血管的正常形态和功能中起重要作用。内皮受损后可引起炎症反应、单核细胞浸润和血管平滑肌细胞增生,促发动脉粥样硬化和再狭窄。因此,直接修复受损血管内皮,促使血管重新内皮化已经成为防止动脉粥样硬化及再狭窄领域的重要课题。大量研究表明,内皮祖细胞(EPC)参与受损血管的重新内皮化。该文就内皮祖细胞的来源、鉴定、参与重新内皮化进行综述。     

基于独立元分析的脑磁图源定位

在脑磁图源定位问题中,通常感兴趣的是脑内众多神经活动源中的一个或几个,而传统源定位方法,如多信号分类方法,需要将所有源的位置都确定后,通过重组信号波形才能获得所感兴趣源的位置信息。为了提高定位效率,文章作者提出了一种结合独立元分析的脑磁图源定位方法。实验结果表明,该方法能加快定位的速度,同时能够在一定程度上克服噪声的影响,具有更强的抗噪声能力。     

2010生命系统建模与仿真国际会议和2010可持续能源与环境中的智能计算国际会议通知

<正>2010生命系统建模与仿真国际会议(LSMS 2010)和2010可持续能源与环境中的智能计算国际会议(ICSEE 2010)将于2010年9月17￣20日在中国无锡举行。LSMS-ICSEE 2010是面向全世界生命系统建模与仿真、可持续能源与环境智能计算理论、方法和应用等相关研究领域科技人员和学者的国际学术会议。     

心脏修复的新方法

美国加州大学格拉德斯通心血管疾病研究所通过对成纤维细胞进行重新编程,直接变成心肌细胞的新方法来修复受损的心脏。现已将老鼠心脏内的成纤维细胞直接变成心肌细胞。此法一旦在人体试验中获得成功,再生的心肌组织将可用以修复因自然衰老和心搏停止导致的损伤,同时还可避免干细胞疗法的安全隐患。     

计算RNA组学:非编码RNA结构识别与功能预测

真核生物基因组中包含大量非编码RNA基因,计算RNA组学采用信息科学等多学科方法解析ncRNA的结构与功能.本文就ncRNA数据存储与管理、ncRNA基因识别与鉴定、ncRNA靶标识别与功能预测等问题,对目前计算RNA组学的主要研究方法和内容进行了评述.     

计算系统生物学:理论、方法及在药物研发中的应用

计算系统生物学是一个多学科交叉的新兴领域,旨在通过整合海量数据建立其生物系统相互作用的复杂网络。数据的整合和模型的建立需要发展合适的数学方法和软件工具,这也是计算系统生物学的主要任务。生物系统模型有助于从整体上理解生物体的内在功能和特性。同时,生物网络模型在药物研发中的应用也越来越受到制药企业以及新药研发机构的重视,如用于特异性药物作用靶点的预测和药物毒性评估等。该文简要介绍计算系统生物学的常见网络和计算模型,以及建立模型所用的研究方法,并阐述其在建模和分析中的作用及面临的问题和挑战。     

0-1整数规划问题的半自动化DNA计算模型

对一般的0—1整数规划问题提出了一种半自动化的DNA计算模型。首先产生所给定的0—1整数规划问题的所有可能解,然后设置对应于0—1整数规划问题的约束不等式的探针,利用这些探针设计半自动化装置对所有可能解进行自动分离,最终找出0—1整数规划问题的解。该模型的最大优点在于具有自动化的特点;同时,从理论上来讲,该模型适合含有任意变量的任意0—1整数规划问题的求解。     

RNA模式分析进展

研究表明,R N A模式在基因表达调控方面起着重要作用.由于RN A模式不仅与初级序列有关,更多的表现为高级结构(一般为二级结构)的保守性,所以R N A模式的识别比D N A模式的识别要复杂的多.近十几年里,对R N A模式分析作了大量的计算方面的研究,包括:R N A结构的预测、识别和已知的类型相似的R N A模式、在一组功能或进化相关的基因中找出共同的R N A模式.这里对上述3个方面的计算方法的发展和研究进行了综述.