基于质粒DNA匹配问题的分子算法

给定无向图,图的最小极大匹配问题是寻找每条边都不相邻的最大集中的最小者,这个问题是著名的NP-完全问题.1994年Adleman博士首次提出用DNA计算解决NP-完全问题,以编码的DNA序列为运算对象,通过分子生物学的运算操作解决复杂的数学难题,使得NP-完全问题的求解可能得到解决.提出了基于质粒DNA的无向图的最大匹配问题的DNA分子生物算法,通过限制性内切酶的酶切和凝胶电泳完成解的产生和最终接的分离,依据分子生物学的实验手段,算法是有效并且可行的.     

全错位排列问题的一种改进的表面DNA计算模型

文章提出全错位排列问题的一种改进的表面计算模型,通过巧妙的编码,不但继承了表面计算的诸多优点,而且摆脱了以往模型难以推广的不足.同时,设计中采用了荧光淬灭的有关技术,利用观察荧光淬灭来确定问题的非解,这种读解方法简单有效,算法是有效可行的.     

0-1整数规划问题的半自动化DNA计算模型

对一般的0—1整数规划问题提出了一种半自动化的DNA计算模型。首先产生所给定的0—1整数规划问题的所有可能解,然后设置对应于0—1整数规划问题的约束不等式的探针,利用这些探针设计半自动化装置对所有可能解进行自动分离,最终找出0—1整数规划问题的解。该模型的最大优点在于具有自动化的特点;同时,从理论上来讲,该模型适合含有任意变量的任意0—1整数规划问题的求解。     

基于氨基酸分类的基本氨基酸秩序的研究

在分析了基本氛基酸分类的基础上,提出基本氛基酸存在着一种参考排列秩序,以此固定的氛基酸排列秩序为参考标准,分析蛋白质一级结构相对此参考秩序的变化规律,能够找到构成蛋白质的二级结构的某些信息．     

最小Hamilton路算法在蛋白质结构预测中的应用

本文对蛋白质loop结构进行了反向研究,即对由n个残基构成的loop已知其空间结构,求匹配的n个氨基酸残基序列.把loop的3D信息转化为一个加权完全图Kn模型,然后求加权Kn图的最小Hamilton路.这条H路对应与寻找一个氨基酸残基序列,使该序列能够折叠成这个立体结构模型.根据Bayesian定律得到一个加权表,应用对loop的预测问题,取得预期的结果.     

粉防己根的化学成分及抗肝纤维化活性研究CSCD

研究粉防己根的化学成分和抗肝纤维化活性。采用硅胶、Sephadex LH-20、ODS和半制备HPLC对粉防己根的乙醇提取物进行分离纯化得到13个化合物。根据化合物的理化性质和波谱数据鉴定其结构,分别为cyclanoline(1)、coclaurine(2)、5-hydroxymethyl-1-[2-(4-hydroxyphenyl)-ethyl]-1H-pyrrole-2-carbaldehyde(3)、isosalsoline(4)、thalifoline(5)、northalifoline(6)、2-甲基-3-羟基吡啶(7)、(+)-lyoniresinol(8)、icariside B5(9)、丁香酸(10)、对羟基苯乙酸(11)、对羟基苯甲酸(12)、对羟基苯乙酸甲酯(13)。化合物1~13为首次从该植物中分离得到,在千金藤属植物中化合物3、4、6~9也未见报道。初步评价了化合物1~13的抗肝纤维化活性,化合物2、5、6、10~12对TGF-β1诱导的LX-2细胞增殖具有显著抑制作用。     

分子信标芯片计算在0-1整数规划问题中的应用

生物芯片技术和DNA计算分别是近年来生命科学与信息科学的新兴研究领域,对信息高度并行的获取与处理是二者的本质特性．而0-1整数规划问题作为运筹学中一个重要的问题,到目前为止还没有好的算法．在DNA计算和DNA芯片基础上,提出了基于分子信标芯片解决0-1整数规划问题的DNA计算新模型．与以往DNA计算模型相比,该模型具有高信息量和操作易自动化的优点,同时指出分子信标芯片技术有望作为新型生物计算的芯片．     

第二遗传密码与蛋白质结构优化算法

核苷酸通过“三联密码”决定氨基酸顺序 ,这就是第一遗传密码。多肽链中氨基酸的一定顺序就是蛋白质的一级结构。 2 0世纪 5 0年代Ａｎｆｉｎｓｅｎ提出假说 ,认为蛋白质特定的三维空间结构是由氨基酸排列顺序所决定的 ,现在已被广泛接受。从无结构的氨基酸序列到有特定功能的蛋白质的信息传递 ,即蛋白质中的氨基酸序列与其空间结构的对应关系 ,被称为第二遗传密码。收稿日期 :2 0 0 2 - 0 6 - 1 1 ;修回日期 :2 0 0 2 - 0 9- 1 8作者简介 :王华伟 (1 978- ) ,男 ,湖北孝感人 ,硕士生 ,从事生物信息学、ＤＮＡ分子生物计算研究。许进 (1 959…     

DNA芯片在0-1规划问题中的应用

生物芯片技术和DNA计算分别是近年来生命科学与信息科学的新兴研究领域,对信息高度并行的获取与处理是二者的本质特性.而0-1规划问题作为运筹学中一个重要的问题,到目前为止还没有好的算法.在DNA计算和DNA芯片基础上,提出了基于DNA芯片解决0-1规划问题的DNA计算新模型,与以往DNA计算模型相比,该模型具有高信息量和操作易自动化的优点.同时指出DNA芯片技术有望作为新型生物计算的芯片.     

基于三链核酸的DNA计算

一种研究DNA计算的新模型——三链DNA计算模型在本文中提出。此模型是在近年三链核酸的研究成果的基础上建立的。并应用于求解可满足性问题（SAT）,这是一个困难的NP-完全问题。不同于以住的DNA计算方法,基于三链核酸的分子算法通过寡聚脱氧核苷酸（ODN）在RecA蛋白的介导下与同源的双链DNA匹配成三链DNA进行基本的运算,这样可以有效减少计算中的错误。依据分子生物学的实验方法,该算法切实可行并且有效。