基于邻接矩阵分解的肿瘤亚型特征提取方法

基于肿瘤基因表达谱的肿瘤分类是生物信息学的一个重要研究内容。传统的肿瘤信息特征提取方法大多基于信息基因选择方法,但是在筛选基因时,不可避免的会造成分类信息的流失。提出了一种基于邻接矩阵分解的肿瘤亚型特征提取方法,首先对肿瘤基因表达谱数据构造高斯权邻接矩阵,接着对邻接矩阵进行奇异值分解,最后将分解得到的正交矩阵特征行向量作为分类特征输入支持向量机进行分类识别。采用留一法对白血病两个亚型的基因表达谱数据集进行实验,实验结果证明了该方法的可行性和有效性。     

广东西部云开山自然保护区蕨类植物多样性调查

野外调查和标本鉴定结果表明,云开山自然保护区共有185种蕨类植物,其中10种为广东新分布:中华桫椤(Alsophila costularis)、白桫椤(Sphaeropteris brunoniana)、有刺凤尾蕨(Pteris setulosacostulata)、禾秆亮毛蕨(Acystopteris tenuisecta)、高大短肠蕨(Allantodia muricata)、细裂铁角蕨(Asplenium tenuifolium)、无盖肉刺蕨(Nothoperanema shikokianum)、蓝色鳞毛蕨(Dryopteris polita)、云南舌蕨(Elaphoglossum yunnanense)和黑鳞剑蕨(Loxogramme assimilis)。该地蕨类植物区系主要由亚洲热带亚热带分布和东亚分布成分(各占约37%的种类)构成,以鳞毛蕨科(Dryopteridaceae)、水龙骨科(Polypodiaceae)、金星蕨科(Thelypteridaceae)、蹄盖蕨科(Athyriaceae)和铁角蕨科(Aspleniaceae)的植物最为丰富,包含13种中国特有种但缺乏本地特有成分。垂直分布的统计结果表明,绝大多数植物(143种)生活在海拔900~1300 m的常绿阔叶林下,局限分布于海拔800 m以下的植物有15种,而局限分布于海拔1400~1700 m的植物有23种。该地的珍稀蕨类植物有马尾杉(Phlegmariurus phlegmaria)、华南马尾杉(P. austrosinicu)、薄叶阴地蕨(Sceptridium daucifolium)、小黑桫椤(Gymnosphaera metteniana)、中华桫椤、白桫椤、长柄车前蕨(Antrophyum obovatum)、黑鳞复叶耳蕨(Arachniodes nigrospinosa)、两广鳞毛蕨(Dryopteris liangkwangensis)、云南舌蕨、燕尾蕨(Cheiropleuria bicuspis)、锯蕨(Micropolypodium okuboi)和穴子蕨(Prosaptia urceolaris)。     

量子点免疫荧光技术在病理诊断中的初步应用

目的利用量子点(quantum dots,QDs)免疫荧光技术检测石蜡包埋组织中不同蛋白的定位与免疫酶法进行比较,以及两种蛋白的共表达,并探讨其初步应用价值。方法利用QDs免疫荧光和免疫酶组织化学方法分别检测正常阑尾组织LCA、乳腺肌上皮组织Calponin、肺癌组织p53蛋白的表达,并利用QDs免疫荧光双标法同时检测了宫颈上皮内瘤变组织内CK和PCNA蛋白、乳腺癌组织内Her-2和CK蛋白的共表达。结果QDs免疫荧光和免疫酶组织化学技术分别检测LCA、Calponin和p53蛋白的定位完全一致。QDs免疫荧光双标法结合多光谱成像可同时观察到宫颈上皮内瘤变组织内CK和PCNA蛋白、乳腺癌组织内Her-2和CK蛋白的共表达。结论QDs免疫荧光组织化学法具有与免疫酶法等同的应用价值。QDs免疫荧光双标法可同时检测不同蛋白的共定位。     

应用反向线点杂交技术鉴定临床常见曲霉属和毛霉目真菌

目的应用反向线点杂交技术(reverse line blot hybridization,RLB)快速鉴定临床常见的曲霉属和毛霉目真菌。方法收集我院真菌和真菌病研究中心保存的5种曲霉菌(烟曲霉、黄曲霉、黑曲霉、土曲霉、构巢曲霉)和7种毛霉目真菌(冻土毛霉菌、总状毛霉菌、卷枝毛霉菌、少根根霉、小孢根霉、微小根毛霉、伞状犁头霉),共计98株菌株。利用真菌通用引物ITS1和ITS4对菌株进行PCR扩增,用12个真菌种特异性探针与扩增后产物进行反向线点杂交。将RLB结果与真菌传统形态学鉴定结果、ITS区DNA测序结果进行比较。结果 RLB可以正确鉴定98株实验菌株,与形态学方法和ITS区测序方法鉴定结果100%一致,种特异性探针之间未见交叉杂交,显示出该方法的高度敏感性和特异性。8株阴性对照菌株(白念珠菌、茄病镰刀菌、尖端赛多孢、马尔尼菲青霉、疣状瓶霉、棒曲霉、日本曲霉以及雅致小克银汉霉),使用RLB方法无法鉴定。通过烟曲霉基因组DNA浓度10倍倍比稀释法验证RLB的敏感性为1.8×10-3 ng/μL。结论 RLB技术为实验室早期快速诊断、鉴定临床常见的曲霉属和毛霉目真菌提供参考。     

聚乙二醇介导鹅掌楸悬浮细胞与CdSe／ZnS量子点纳米颗粒共孵育的互作特征

利用纳米材料介导的药物靶向治疗和动物细胞转基因等相关研究,日益受到人们的关注．但植物因存在细胞壁的障碍,无论原位还是离体细胞培养条件下,利用纳米技术进行基因转移均存在很大难度．因此设想,如通过纳米颗粒材料物理尺寸的改变和表面化学修饰,能改变纳米颗粒与植物细胞壁界面上的生物物理或生物化学特征,从而有利于纳米颗粒材料穿越植物细胞壁进入植物细胞,将对推动纳米技术在植物转基因领域中的应用产生重要意义．根据以上设想,研究了不同的共孵育时间和温度等条件下,杂交鹅掌楸的胚性悬浮细胞与经不同表面化学修饰的CdSe／ZnS纳米颗粒之间相互作用过程的细胞生物学特征,以及CdSe／ZnS量子点的细胞毒性．结果表明,在共孵育后3h以内,激光共聚焦显微镜和电子扫描显微镜下,均可观察到经表面后修饰带正电荷的CdSe／ZnS纳米颗粒．同时,胞吞进入细胞内部的表面携带正电荷的CdSe／ZnS纳米颗粒的量明显与共培养时间、温度有明显的依赖关系,表明它们可以通过细胞的液相胞吞作用进入杂交鹅掌楸细胞内,且不影响细胞的活性;而表面带负电荷的CdSe／ZnS纳米颗粒则主要聚集在细胞外壁附近．在培养溶液中添加20％（质量比）聚乙二醇,可进一步提高鹅掌楸细胞胞吞CdSe／ZnS纳米颗粒的量和减轻CdSe／ZnS纳米颗粒的细胞毒性．本研究表明,以表面携带正电荷的CdSe／ZnS量子点纳米材料作为基因载体,在植物悬浮细胞的转基因研究和应用中具有广泛的前景．     

核蛋白体上结合位点的三点模型

核蛋白体上有３个ｔＲＮＡ的结合位点，Ａ位、Ｐ位和Ｅ位。蛋白质合成过程中，核蛋白体移位，脱氨酰ｔＲＮＡ只从Ｐ位点移到Ｅ位点，而不脱落，只有当Ａ位点与新的氨酰ｔＲＮＡ结合后，脱氨酰ｔＲＮＡ才与Ｅ位点脱离。如果错误的氨酰ｔＲＮＡ进入Ａ位，则结合不稳定，就会脱落下来，这样保证蛋白质合成的准确性。     

EDNRB基因编码区点突变及多态性在浙江地区散发性先天性巨结肠症中的检测与分析

本实验应用聚合酶链反应-单链构象多态性(single strand confbrmation polymorphism analysis of polymerase chain reaction products,PCR-SSCP)和DNA直接测序技术,对75例浙江地区散发性先天性巨结肠病例EDNRB基因编码区的全部7个外显子,进行了点突变与单核苷酸多态性的检测与分析,探讨浙江地区先天性巨结肠患者EDNRB基因的突变特征,阐明EDNRB基因与散发性先天性巨结肠症发病之间可能存在的关系。结果有6例患者在第4外显子上检测到密码子277位点 CTG→CTA的置换,导致亮氨酸的同义突变(L277L),属于单核苷酸多态性,发生率为8％(6/75)。有 2例患者在第2外显子上检测到密码子185位点GTG→ATG的置换,导致缬氨酸到蛋氨酸的错义突变(V185M),此突变型未在国内外文献中报道过,认为是新的基因突变型,突变率2．7％(2/75)。研究结果表明,浙江地区先天性巨结肠群体可发生EDNRB基因的杂合性突变,提示EDNRB基因与先天性巨结肠症的发病存在一定程度的关联。     

湖北九宫山珍稀植物鹅掌楸群落结构与物种组成

为了解珍稀植物鹅掌楸(Liriodendron chiniense)种群结构特征,加强其就地保护,基于湖北九宫山国家级自然保护区建立的1 hm2长期监测样地,分析了鹅掌楸所在群落的物种组成、优势种的径级结构和空间分布格局、鹅掌楸的种内关联及其与群落优势种的种间关联.样地共有胸径≥1 cm的木本植物7159株,隶属于40...     

相对特征在昆虫目级阶元图像自动鉴定中的应用

应用计算机图像技术并结合昆虫分类学原理,设计和开发了一套"昆虫目级阶元标本图像自动鉴定系统",提出了一组基于昆虫标本图像的相对特征,并通过前馈人工神经网络方法进行鉴定测试.测试结果表明,相对特征应用于昆虫目级阶元图像的自动鉴定是有效的,在对7个常见昆虫目的测试中,系统表现出良好的准确性和稳定性,最高正确识别率可以达到95%.     

毛竹的异质性空间点格局分析

毛竹是一种重要的经济用材,研究其空间分布格局有益于对其空间发生进行预测。选取了一块空间肥量分布不均的毛竹样地,使用异质性空间点格局分析方法对毛竹的空间分布进行了研究,结果发现毛竹在给定的距离尺度下呈现出显著的泊松分布,而并不是聚集分布。同时选用二元二次方程拟合观察的数据,发现对毛竹强度的拟合优度较高。研究揭示出异质性空间环境中毛竹的分布特点,潜在地表明土壤肥量的空间分布对毛竹空间分布的影响,对毛竹的集约化经营具有重要的指导意义;同时,鉴于国内生态研究中较少采用异质性空间点格局分析方法,研究对于推动这种方法在国内生态学研究中的普及还具有一定的参考价值。