DNA 序列中模式发现的一种快速算法

模式发现是生物信息学的一个重要研究方向,但目前的大部分算法还不能保证获得最优的模式．文章推导了针对三个序列片段相似性关系的判据,将其作为剪枝规则,提出并实现了一种深度优先的穷举搜索算法——判据搜索算法(criterion search algorithm,CRISA),理论分析表明,对绝大多数模式发现问题,CRISA具有多项式的计算时间复杂度和线性的空间复杂度。对仿真的和实际的生物序列数据的测试也表明,CRISA能够快速而完全地识别出序列中所有的模式,具有优于其它算法的总体评价,能够应用于实际的模式发现问题。     

大蒜超临界萃余物提取SOD的工艺研究

大蒜超临界萃取大蒜油后有大量的萃余物,本文对大蒜超临界萃余物提取SOD工艺进行了初步研究,并对所提萃余物中的SOD酶活性与从新鲜原料大蒜提取SOD进行了比较,实验结果表明：超临界萃取工艺对大蒜原料中SOD酶活力损失很少,从大蒜萃余物中提取的SOD酶活力比直接从新鲜大蒜中提取的SOD酶活力相差不到10％,且粗酶提取物已显著脱臭。说明萃余物有很大的再利用价值,对萃余物进行深度开发具有重要意义。     

长期施肥对东北黑土酶活性的影响

在中国科学院海伦农业生态实验站长期定位试验基础上,研究了长期施用化肥和有机肥对黑土0～20 cm和20～40 cm土层土壤脲酶、磷酸酶、过氧化氢酶和转化酶活性及土壤全碳和全氮的影响.结果表明：长期施用化肥和有机肥均不同程度地提高了0～20 cm和20～40 cm土层土壤磷酸酶、脲酶和转化酶活性,特别是化肥和有机肥配合施用显著增加了该3种土壤酶的活性,增幅分别为43.6%～113.2%、25.9%～79.5%、14.7%～134.4%(0～20 cm)和56.1%～127.2%、14.5%～113.8%、16.2%～207.2%(20～40 cm),长期施用化肥对土壤过氧化氢酶活性影响不大.随着土层深度的增加,土壤磷酸酶、脲酶和转化酶活性均有所降低;长期施用氮肥对土壤脲酶、施用磷肥对土壤磷酸酶有明显的促进作用;长期施肥对土壤全C、全N含量及C/N也有明显影响.     

luxAB基因标记的K2116L菌株在棉花根际中的定殖

采用三亲本杂交法将发光酶luxAB基因转移进棉花根际促生菌芽胞杆菌K2116菌株中,获得标记菌株K2116L.标记菌株连续传代15次均未发生质粒丢失现象,表明标记菌株具有较好的遗传稳定性;K2116L菌株的生长及其释钾能力未受到标记质粒的影响.K2116L菌株在灭菌和非灭菌的黄褐土、黄潮土和红壤3种土壤中均能长期存活;在灭菌土壤中的数量稍高于非灭菌土壤;在3种土壤中的数量依次为:黄褐土＞黄潮土＞红壤;在不同土壤中,K2116L菌株具有与土著菌株进行空间和营养竞争的能力.采用根盒试验追踪标记菌株在棉花根部的定殖动态,棉花播种12d时标记菌株在0～2、2～4 cm深度根际土壤定殖密度达到最大;18 d时在4 cm以下的深度达到最高水平.棉花播种18 d时标记菌株在所有深度的根表均达到最高定殖水平,0～2 cm根段定殖密度为1.76×106cfu·g-1,8cm以下根段达到1.6×105cfu·g-1.补充营养后,根际和根表标记的菌株数量均有明显上升.试验数据显示,随着根的生长标记菌株不断向根尖方向扩散.     

渗滤液负荷和灌溉深度对土壤氧化亚氮与二氧化碳释放的影响

采用预设取样器和静态箱气相色谱法,对渗滤液灌溉条件下,土柱土壤不同深度剖面 N₂O的浓度以及N₂O和CO₂的表面释放通量进行了监测.结果表明: 渗滤液灌溉可促进N₂O的生成和释放,灌溉后24 h内土柱N₂O的释放通量与表土下10 cm（r=0.944,P< 0.01）、20 cm（r=0.799,P<0.01）、30 cm（r=0.666,P<0.01）和40 cm（r=0.482,P<0.05）处所生成的N₂O浓度呈显著相关,且相关程度依次递减.渗滤液灌溉还促进了CO₂的释放,但N₂O与CO₂释放通量之间无显著相关性（P>0.05）.渗滤液的灌溉负荷主要决定温室气体释放总量的强弱（N₂O和CO₂,以CO₂当量计）,灌溉负荷为6 mm·d^-1条件下温室气体释放总量为灌溉负荷2 mm·d^-1的3倍多.采用表土下20 cm处灌溉方式可比表土下10 cm处灌溉方式削减47%的温室气体释放总量.渗滤液灌溉土壤14 d内,N₂O释放量约占温室气体释放总量的57.0%～91.0%.     

基于小流域尺度的土壤可蚀性K值空间变异

采用传统统计学和地统计学相结合的方法,以邓下小流域为研究区,利用EPIC模型中土壤可蚀性K值算法,研究了小流域尺度下土壤可蚀性K值空间变异特征及不同植被类型对其影响.结果表明:(1)研究区K值的变化范围为0.1498 ～0.4981,均值为0.3316,变异系数为22.11%,小流域土壤可蚀性存在中等程度的空间变异性.(2) 研究区土壤可蚀性K值总体分布趋势是从西北向东南增大,条带状分布明显,K值较高处以"岛状"嵌于小流域中南部.北部森林覆盖区土壤抗侵蚀能力较强,中南部耕作种植及居住生活区土壤抵抗侵蚀能力较弱.(3)研究区8种不同植被类型除旱耕地外,K值垂直变异特征均是K0～20cm＜K20～40cm＜K40～60cm,土壤可蚀性随土壤垂直剖面深度增大而增大,土壤表层(0～20cm)抗侵蚀性能力最强.8种不同植被类型土壤表层K值(K0～20cm)的大小顺序为:休闲地 >茶园 >旱耕地 >草地 >阔叶林 >灌木林 >针叶林 >毛竹林.     

肺癌CT征象与核因子-kappa B表达

目的:观察肺癌的核因子-kappa B(NF-κB)表达水平与CT影像的特点,探讨二者之间的相关性.方法:收集未经任何治疗的80例周围型肺癌及19例炎症占位组织学标本,采用免疫组织化学streptavidin peroxide(S-P)法检测NF-κB的核内表达水平.同时收集所有病变的CT图像资料,观察肿瘤的影像学特点并进行记录.首先分析NF-κB表达在良恶性占位中有无差异,再分析在不同病理类型的肺癌中有无差异.然后以肿块大小(直径≤5cm组和＞5cm组)、有无毛刺、分叶、坏死、转移这五个特点各分为两组,并就各组对应的NF-κB表达进行分析.结果:NF-κB在肺癌中表达明显高于在炎症病变中的表达,而在不同病理类型的肺癌中的表达无差异.CT表现有毛刺、已有转移者标本中NF-κB表达较没有毛刺及未发生转移组高;瘤体有坏死者表达较没有坏死者低.肿瘤大小组间及有无分叶之间其NF-κB表达未见明显差异.结论:NF-κB在肺癌中表达明显高于在炎症病变中的表达,对应的CT征像有其特点,可能与肺癌的浸润及转移相关.     

MMP-3、TIMP-3在人胃癌组织中的表达及意义

目的:探讨MMP-3和TIMP-3在人胃癌组织中的表达及其意义.方法:根据胃癌的病理大体分型将40例胃癌组织分为早期组和晚期组.其中,早期组同时不伴有淋巴结转移,晚期组伴有淋巴结转移.采用光镜、透射电镜和免疫组化方法对这两组胃癌组织的超微结构,MMP-3,TIMP-3表达和MMP-3/TIMP-3的比值进行检测.结果:MMP-3和TIMP-3主要表达于癌细胞胞浆内.早期组MMP-3阳性表达细胞较少,晚期组阳性细胞较多,二者数密度和面密度比较,具有统计学意义(P＜0.01);早期组TIMP-3阳性表达细胞较多,晚期组阳性细胞较少,二者比较,具有统计学意义(P＜0.01)MMP-3/TIMP-3的比值在胃癌晚期较早期增大,具有统计学意义(P＜0.01);电镜观察显示胃癌早期淋巴细胞浸润较多,癌细胞穿基膜不明显,晚期则淋巴细胞浸润较少,癌细胞穿基膜明显.结论:MMP-3,TIMP-3的表达程度和MMP-3/TIMP-3的比值可作为判定胃癌的侵袭和转移的指标,对其预后的判断具有参考价值.     

急性髓性白血病SCID小鼠模型的建立及鉴定

目的:探讨建立急性髓性白血病小鼠模型,并对模型建立过程进行观察、分析和鉴定.方法:重症联合免疫缺陷小鼠(SCID)建立HL-60细胞白血病动物模型,观察SCID小鼠一般情况,监测小鼠外周血HL-60细胞、白细胞、红细胞、血小板的变化,用流式细胞术、骨髓染色体检查等检测小鼠骨髓,濒死或死亡小鼠行组织病理学检查.结果:接种后3-5周,外周血白细胞上升,外周HL-60细胞占非红系有核细胞比例为3%-11%.骨髓HL-60细胞占非红系有核细胞中比例为40%-58%,骨髓细胞中CD33抗原阳性率8.18%-24.45%.小鼠骨髓细胞中有中、亚中部着丝点染色体.结论:HL-60细胞静脉接种SCID小鼠,白血病发病率为100%.其发病症状及组织浸润与人类白血病相类似,可用于研究白血病增殖、分化等机制,是探索新的白血病治疗手段及判断患者预后的重要载体.     

立体视觉中的牵挂现象及其神经机制

目的:探讨立体视觉中单眼线索和双眼线索之间的牵挂机制.方法:选择该校视力或矫正视力正常的硕士研究生10名作为受试者,刺激呈现在校准过的SD2320W三维液晶显示器上.①一对具有清晰边沿的立方体,以及一对移除连接Y节点三条线后余下的立方体轮廓和Y节点所组成的图形,考察两组图形融合后,Y节点的深度情况;②三对连接Y的点的三条线是不连续的立方体,呈现一种逐渐变短的趋势,分别观察各组图形融合后,Y节点的深度变化.结果:①在实验1中,被试知觉到上面立方体的Y节点是突出来的,保证了一个完好的立方体结构,而下面立方体轮廓中的Y节点是凹进去的,离被试最远.②在实验2中,被试知觉到随着连接Y节点的三条线逐渐变短,Y节点的深度逐渐增加,以至最后完全陷了进去.结论:体视刺激的某些信息,当在单眼线索和双眼线索上发生了双重定义,且描述的深度信息不一致,便会产生视觉上的牵挂现象.