APOBEC3基因拷贝数变异与乳腺癌易感性的关联

为了探讨APOBEC3基因缺失拷贝数变异的多态性与汉族女性乳腺癌易感性的关联性,本研究应用聚合酶链式反应-限制性多态性内切酶技术检测281例乳腺癌和292例正常对照组。我们发现APOBEC3基因拷贝数变异位点的等位基因、基因型频率分布在乳腺癌和对照组之间比较有显著性差异(p<0.05),校正混杂因素后基因型Del/Del,Del/Ins,显性模型和加性模型下对乳腺癌的风险预测值分别为2.753 (95%Cl:1.363～3.560; p=0.005)、1.462(95%Cl:1.021～2.094; p=0.038)、2.282(95%Cl:1.155～3.508; p=0.018)和1.596(95%Cl:1.129～2.256; p=0.008)。研究表明APOBEC3基因的缺失变异位点多态性与乳腺癌的发病风险存在关联,等位基因del是乳腺癌发病的危险因素。本研究的结果可以为本地区群体的乳腺癌易感基因的筛选以及评估易感基因对患病的风险程度提供参考数据,为乳腺癌的防治、诊断和个体化治疗研究提供了帮助。     

新一代测序的拷贝数变异检测算法研究与设计

基于不同的测序技术,基因拷贝数变异的检测方法有多种,但时间复杂度较高,而新一代测序技术的发展为基因拷贝数变异检测的研究开辟了新领域。通过仿真实验、置换检验设计出一种新的基于新一代测序的拷贝数变异检测算法。不同于其它算法,本算法无需参考样本,通过直接研究比对后的序列以及reads与拷贝数的关系,来研究检测拷贝数变异,实验结果表明在时间复杂度上能提高50%以上的运算速度,这对今后拷贝数与疾病的研究具有重要意义。     

应用荧光实时定量PCR方法检测重组慢病毒滴度及其感染效率

慢病毒载体已经广泛应用于动物模型中基因治疗的研究和转基因动物的制备．而准确地测定重组慢病毒的滴度和感染效率是其关键步骤．通过荧光实时定量PCR的方法定量分析重组慢病毒的颗粒数以及病毒的活性滴度,并以GFP报告基因的方法作为对照来验证定量PCR方法的准确性．研究结果显示,应用荧光实时定量PCR法与GFP报告基因法测定得到的病毒活性滴度成正相关,而且前者可以更加准确地测定病毒滴度和病毒感染效率．     

11G工程细胞株人尿激酶原基因拷贝数的测定

采用DNA印迹和狭线印迹(Slot blot)的方法,对高效表达人尿激酶原(Pro-UK)的工程细胞11G含有的pro-UK基因拷贝数进行了测定。结果显示,11G工程细胞株内所含的pro-UK拷贝数为100～200/细胞。结果证明,11G细胞株是稳定高表达pro-UK的工程细胞,符合WHO规定的关于用于基因工程产品的外源基因转化细胞的标准。     

肺鳞状细胞癌癌症发展模式识别分类模型及特征基因识别

本文利用先进的生物信息学方法,首次从全基因组水平综合基因表达、甲基化水平和拷贝数变异三类数据,寻找与肺鳞状细胞癌(LUSC)发生和发展密切相关的特征基因,为进一步解释其内在机理、开发新的靶向药物和治疗手段提供更加深入的理论依据.为克服全基因组数据超高维高噪声小样本特性对机器学习算法性能的影响,防止信息饱和现象的干扰,本文创新性地组合应用4种特征基因筛选方法,分别从特异性、相关性、生物学功能和对肿瘤分类模型的贡献等多个方面,通过迭代降维技术递归筛选真正的特征基因.研究中,我们以TCGA(The Cancer Genome Atlas project)数据库中的LUSCⅠ~Ⅲ期病人样本为例,对其基因表达数据(GE)、基因甲基化数据(ME)以及拷贝数变异数据(CNV)进行分析.结果筛选出67个GE特征基因,对3类样本分类的平均准确率达到86.29%,70个ME特征基因,相应的分类准确率为90.92%,31个CNV特征基因,相应的分类准确率为69.16%.KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)和IPA(Ingenuity Pathway Analysis)对上述3类特征基因集在代谢通路水平和基因调控网络水平上的分析,证明了其在调控水平上的密切关系.同时也表明,识别的特征基因与LUSC肿瘤进展之间有着重要的直接关系,这对了解肿瘤机理以及新靶向治疗的发展非常重要.     

重组人肝再生增强因子对梗阻性黄疸大鼠肝细胞线粒体DNA的保护作用

目的:初步探讨重组人肝再生增强因子(rhALR)保护及改善梗阻性黄疸大鼠肝细胞线粒体功能及肝功能的机制.方法:144只健康wistar大鼠随机分为SHAM组,BDO-RBF组,BDO-RBF-rhALR组,利用荧光定量PCR方法,对各组大鼠肝细胞总mtDNA、缺失型mtDNA进行相对定量检测.结果:胆道梗阻后,肝细胞线粒体总mtDNA拷贝数出现明显下降(P<0.01).BDO-RBF-rhALR组总mtDNA拷贝数下降程度明显低于BDO-RBF组(P<0.05);对于缺失型mtDNA占总mtDNA的百分比,在SHAM组,未检测出缺失型mtDNA,而在BDO-RBF组及BDO-RBF-rhALR组,均可见缺失型mtDNA,BDO-RBF组的缺失型mtDNA占总mtD-NA的百分比明显高于BDO-RBF-rhALR组(P<0.05);在胆道梗阻解除后,BDO-RBF-rhALR组的总mtDNA的拷贝数及缺失型mtDNA修复速度明显快于BDO-RBF组(P<0.05).结论:rhALR可通过保护及修复梗阻性黄疸大鼠肝细胞受损的mtDNA,达到保护及改善梗阻性黄疸大鼠肝细胞线粒体功能及肝功能的目的.     

数字PCR技术及应用研究进展

数字PCR是继实时定量PCR之后新兴发展起来的一种绝对定量分析技术。通过将单个DNA分子转移入独立的反应室,PCR扩增反应后,对荧光信号进行检测分析,实现单分子的绝对定量。数字PCR技术摆脱了对标准曲线的依赖,具有更高灵敏度和准确度,在基因突变检测、拷贝数变异检测、微生物检测、转基因食品检测以及下一代测序等方面均得到广泛应用。本文介绍数字PCR技术的定量方法,并评述该技术在主要应用领域的研究进展。     

产腈水合酶重组大肠杆菌的质粒稳定性研究

成功构建了腈水合酶(nitrile hydratase,NHase)高表达的重组大肠杆菌E.coliBL21(DE3)/pETNH^M(Kan^r),研究了重组质粒pETNH^M在重组菌株中的质粒稳定性。结果表明,pETNH^M具有较好的结构稳定性,连续传代60代后质粒的基因序列没有明显缺失,且能够正常表达腈水合酶。pETNH^M具有分离不稳定性,在无抗生素选择压力下,连续传代48代后质粒丢失的无质粒细胞开始出现。琼脂糖凝胶电泳定量分析表明,2/3的质粒pETNH^M以二聚体形式存在,导致质粒拷贝数的下降。进一步研究表明,重组细胞的连续高速分裂及腈水合酶的高表达也会造成质粒拷贝数的下降,从而降低其分离稳定性。反之,重组菌株相对于宿主菌株的较高比生长速率有利于保持含质粒细胞的生长优势,卡那霉素的选择压力则能够保证质粒的稳定遗传。     

11G工程细胞株人尿激酶原(pro-UK)基因拷贝数的测定

采用Southernblot和狭缝（Slotblot）杂交的方法,对高效表达人尿激酶原（pro-UK）的工程细胞──11G原代细胞及传134代后细胞含有的pro-UK基因拷贝数进行了测定。结果显示,11G工程细胞株内所含的pro-UK的拷贝数为100—200拷贝／细胞,传134代后其拷贝数基本不变,说明11G细胞株是稳定高表达pro-UK的工程细胞,符合WHO规定的关于重组DNA转化细胞用于生产的要求。     

基于数字PCR的不同品种鸭组织中线粒体与核DNA拷贝数差异研究

肉和肉制品是人类生活的重要营养来源,但近年来肉制品中发生的掺假使假事件屡见不鲜,使得肉品的质量安全问题已经成为全世界关注的热点话题。以核酸为目标的动物源鉴定是当前普遍使用的方法。在核酸检测中,常用线粒体基因或核基因作为靶标,缺乏统一标准。以绍兴鸭和北京鸭等不同品种及生鲜组织(鸭血、鸭胸肉、鸭肝、鸭皮、鸭心和鸭腿肉)为实验材料,提取DNA后利用微滴式数字PCR开展线粒体和核DNA拷贝数的比较研究,以两者拷贝数及其比值的变异系数为判定依据。结果显示,核DNA的拷贝数在不同品种鸭组织间相对稳定,且变异系数小于线粒体DNA,表明核DNA是开展鸭肉制品掺假定量检测的最适DNA来源。鸭腿肉中线粒体/核DNA拷贝数比值的变异系数最小,表明线粒体DNA作为靶基因的鸭肉掺假比例定量检测时,鸭腿肉来源的肉制品是最佳选择。