贺兰山同域分布岩羊和马鹿发情季节的生境选择差异

2007年和2008年9—12月,在宁夏贺兰山国家级自然保护区和内蒙古贺兰山国家级自然保护区利用痕迹检验法和直接观察法对同域分布的岩羊和马鹿发情季节生境选择进行研究。通过在选定的15条沟段里进行调查,分别测定了岩羊和马鹿的177个和154个样方的18种生态因子。结果表明,发情季节岩羊和马鹿在植被类型、地形特征、优势乔木、坡向、坡位、灌木密度、灌木高度、植被盖度、坡度、海拔高度、距水源距离、人为干扰距离、距裸岩距离和隐蔽级等生态因子选择上存在极显著差异(P0.01),乔木高度存在显著差异(P0.05),而其余生态因子无显著差异(P0.05),相对于马鹿选择的生境而言,岩羊发情季节更偏爱选择地势陡峭的山地疏林草原带,优势乔木以较高的灰榆为主,灌木密度低但高度较高,植被盖度较低,坡度较大的阳坡中上部,海拔较低,接近水源和裸岩,隐蔽程度低的生境。典则系数显示发情季节岩羊和马鹿的生境选择几乎完全分离,Wilk’sλ值也显示发情季节岩羊和马鹿的生境选择具有很高的差异性(Wilk’sλ=0.123,χ2=679.172,df=10,P0.001)。发情季节岩羊和马鹿的Fisher线性判别函数分别为:F岩羊=3.638×乔木高度+0.242×乔木距离+7.766×灌木高度+0.663×灌木距离+0.232×植被盖度+0.191×坡度+0.001×距水源距离+0.008×距裸岩距离+0.307×隐蔽级-31.078;F马鹿=4.850×乔木高度+0.321×乔木距离+12.024×灌木高度+0.929×灌木距离+0.192×植被盖度+0.482×坡度+0.002×距水源距离-0.001×人为干扰距离-0.003×距裸岩距离+0.511×隐蔽级-50.787。逐步判别分析表明在区分发情季节岩羊和马鹿生境方面有一系列生态因子发挥作用,依照贡献值的大小依次为坡度、人为干扰距离、隐蔽级、距裸岩距离、乔木高度、乔木距离、距水源距离、灌木高度、灌木距离和植被盖度,由这10个变量构成的方程对发情季节岩羊和马鹿生境的正确区分率达到99.7%。     

细鳞苔科psbA基因的适应性进化分析

在时间框架下,采用机理式模型(Mechanistic model)和MEC模型(Mechanistic-empirical combination model)以及Datamonkey对细鳞苔科psbA基因的进化式样进行了分析.结果均未检测到统计上显著的正选择位点,显示负选择对细鳞苔科psbA基因起主导作用.另外,基于UCLD分子钟估算出的细鳞苔科各分支分歧时间表明,该科物种丰富度的辐射式增长发生在新生代渐新世.     

利用Cre/lox重组系统获得无选择标记的SKTI抗虫转基因烟草

将置于两个同向lox位点之间的Bar基因表达盒与大豆胰蛋白酶抑制剂SKTI基因表达盒融合后获得相应植物表达载体,转化烟草Wisconsin 38后获得对棉铃虫具有明显抗性的SKTI转基因植株。SKTI转基因植株通过叶盘二次转化法导入Cre基因,对再生植株叶盘进行Basta的抗性检测,检测Bar基因的删除情况。结果表明:绝大多数再生植株对应叶盘在含8 mg/L PPT的筛选培养基上无法再生,Bar基因被删除的效率在38%~100%之间。对Bar基因删除区域进行PCR及克隆测序后发现Bar基因表达盒被精确删除。对Bar基因删除植株开花自交获得的分离后代进行NPTⅡ抗性检测,5株NPTⅡ敏感植株分子检测显示均只含有SKTI基因而无Cre基因存在,为无选择标记基因的SKTI转基因植株。     

矮败小麦轮回选择群体品质性状的分子改良

利用HMW-GS优异种质和矮败小麦遗传改良工具,通过苗期HMW-GS基因PCR分子跟踪并结合籽粒SDS-PAGE检测,将优异HMW-GS导入并聚合于矮败小麦,构建矮败小麦优质轮回选择群体.结果表明,在开花期对轮回选择群体的287个单株进行1Dx5和1Bx14基因的PCR检测,有225个单株携带1Dx5基因,有120个单株携带1Bx14基因;其中,有58个单株同时携带1Dx5和1Bx14基因.对群体中287个单株籽粒的HMW-GS组成进行分析,有22%籽粒在Glu-B1、Glu-D1位点发生了亚基聚合:224个单株携带5+10亚基,126个单株携带14+15亚基,有63个单株同时携带5+10+14+15.     

基于集成类随机森林方法的神经胶质瘤特征基因选择的研究

神经胶质瘤(glioma)是一种严重的颅内肿瘤疾病,具有高复发率、高死亡率和低治愈率等特点。利用基因微阵列数据识别与神经胶质瘤相关的特征基因,对该疾病的临床诊断和生物医学研究将起到有益的参考和借鉴作用。作者针对神经胶质瘤数据,提出了一种集成类随机森林特征基因选择方法。首先应用有监督奇异值分解对数据进行降维并粗选出基因;其次应用类随机森林特征选择方法选出特征基因。实验结果显示,该方法对分类器的适应性强;对比其他方法,分类率优势明显;更重要的是,在选出的前50个特征基因中有39个基因与神经胶质瘤或肿瘤细胞生物过程存在着密切联系,证实该方法不仅保持了较高的分类率,而且保证了选择的特征基因具有很强的生物学关联意义,具有较高的可行性和实用性。     

CVNH结构域的进化分析和选择压力检测

蓝藻抗病毒蛋白-N(Cyanovirin-N,CV-N)具有广谱抗病毒活性,其同源物构成CVNH(Cyanovirin-N homology)蛋白家族,并且家族成员的抗人类免疫缺陷病毒结构域在进化上非常保守。文章通过重建基因树对CVNH结构域的"零散分布"特点作了更为细致的了解,发现在黑曲霉、费氏曲菌、产黄青霉、粗糙脉孢霉、蓝杆藻和水蕨等物种中存在多份该结构域拷贝。在此基础上,分别采用机理式模型(Mechanistic model)和MEC模型(Mechanistic-empirical combination model)对CVNH结构域序列位点进行适应性进化分析,结果显示:1)两类模型均未检测到统计上显著的正选择位点;2)净化选择对CVNH起主导作用;3)MEC模型更适合所研究的数据。进一步使用"支-特异"模型和"支-位点"模型对蓝杆菌菌株7822和7424的祖先分支进行检测,发现该分支经历过适应性进化,并且鉴定出6个正选择位点(34L、63L、13H、76C、78K和80I)。     

云南大中山黑颈长尾雉栖息地选择周年变化

采用比较利用和可利用栖息地的方法,分别对云南大中山黑颈长尾雉秋冬季、春季和夏季栖息地展开调查。检验和Bonferroni置信区间分析结果表明,黑颈长尾雉不同季节均偏向选择常绿阔叶林,偏向选择或回避选择的乔木、灌木和草本的种类不尽相同。利用和可利用样方差异性检验显示,不同季节对地形因素的选择性不明显,仅夏季距水源距离一个因子差异显著;植被因子中,春季差异显著的仅有乔木层盖度因子,夏季有乔木密度、乔木层盖度、落叶层盖度和草本层盖度等4个因子,秋冬季有乔木层盖度、草本层盖度和藤本密度等3个因子。主成分分析表明,不同季节利用样方负荷绝对值较大的因子在各主成分中的序位不尽相同,即栖息地选择的主要生态因子随季节发生变化。单因素方差分析和逐步判别分析表明,秋冬季与春季栖息地特征较接近,而与夏季差别较大。χ2     

基于SRAP标记分析的姜花属杂交育种的亲本选择

姜花属杂交育种的亲本选择中,除了考虑性状搭配之外,还应考虑该属的自交不亲和性带来的生殖障碍。本文通过分析姜花属20个种的22份材料和6个园艺品种的亲缘关系,探讨了亲缘关系与杂交结实率之间的关系,结果表明亲本材料的相似系数在0.4～0.6时结实率最高。结合实际育种工作,提出了姜花属亲本搭配的方法,首先从性状上进行搭配,包括苞片排列方式、香气和颜色等;另外考虑到其生殖特性,在选出的亲本过于远缘或过于近缘时,我们都必须考虑引入桥梁亲本,以集合更多的优良性状。     

CVNH 结构域进化分析及选择压力检测

蓝藻抗病毒蛋白-N(Cyanovirin-N,CV-N)具有广谱抗病毒活性;其同源物构成 CVNH 蛋白家族,并且家族成员的抗人类免疫缺陷病毒结构域在进化上非常保守。本研究通过重建基因树对 CVNH 结构域的“零散分布”特点作了更为细致的了解,发现在黑曲霉、费氏曲菌、产黄青霉、粗糙脉孢霉、蓝杆藻和水蕨等物种中该结构域存在多份拷贝。在此基础上,分别采用机理式模型和 MEC 模型对 CVNH 结构域序列位点进行适应性进化分析,结果显示：（1）两类模型均未检测到统计上显著的正选择位点;（2）净化选择对 CVNH 起主导作用;（3）MEC 模型更适合所研究数据。进一步使用“支-特异”模型和“支-位点”模型对蓝杆菌菌株7822和7424的祖先分支进行检测,发现该分支经历过适应性进化,并且鉴定出6 个正选择位点(34L、63L、13H、76C、78K 和 80I)。这些结果对后续的 CVNH 功能验证和借助基因工程手段改良蛋白的抗病毒活性具重要意义。     

三种螽斯的性选择行为比较研究

本文通过设计Y形迷宫实验,对螽斯属的优雅蝈螽Gampsocleis gratiosa、暗褐蝈螽Gampsocleis sedakovii obscura和鸣螽属的鼓翅鸣螽Uvarovites inflatus雌虫的性选择行为和交配行为进行了观察研究。结果表明:3种螽斯的交配行为谱一致,但交配时间上有差别;3种螽斯雌虫趋于选择体重较大的雄虫交配;体重和精包重之间呈现较复杂的相关性,但均以三次函数的拟合度(R2)最大;雄虫精包重占体重均在10.0%以上,分别为优雅蝈螽11.1%、暗褐蝈螽12.5%、鼓翅鸣螽14.9%。