谷氨酸棒杆菌SYPS-062合成L-丝氨酸的代谢通量分析

以一株由自然界筛选获得的能够利用糖质原料直接产L-丝氨酸的谷氨酸棒杆菌Corynebacterium glutamicum SYPS-062为研究对象,考察了一碳单元循环中的辅因子—叶酸和维生素B12对菌株生长、蔗糖消耗及L-丝氨酸生成的影响,同时对处于对数生长期的菌株进行了代谢流量分析。结果发现,添加扰动因子叶酸和维生素B12对磷酸戊糖途径(HMP)碳流影响较大,碳源主要用于细胞生长及合成能量,而流向目的产物L-丝氨酸的碳流减少。同时在添加维生素B12时,增大了G3P节点的L-丝氨酸合成途径的分流比,但造成三羧酸循环(TCA)的流量不足,需要大量回补,从而限制了产物合成速率的进一步提高。     

《PLoS遗传学》：脑癌细胞系全基因组测序完成

美国加州大学洛杉矶分校琼森综合癌症研究中心的科学家在1月29日的《公共科学图书馆·遗传学》（PLoS Genetics）专刊上发表论文指出,他们首次完成了脑癌细胞系全基因组测序,这也是截至目前对单个癌症细胞系所做的最为彻底的测序分析。通过使用最新技术,此项测序工作得以在一个月内完成,测序成本大约为3．5万美元。     

响应面分析法优化(R)-扁桃酸发酵培养基

采用响应面分析法对Bacillussp.HB20菌株合成(R)-扁桃酸的培养基成分进行优化。首先利用Plackett-Burman试验设计筛选出影响(R)-扁桃酸产率的三个主要因素:麦芽糖、蛋白胨和牛肉膏。在此基础上用最陡爬坡路径逼近最大响应区域,再利用Box-Behnken试验设计及响应面分析法进行回归分析。结果表明,麦芽糖、蛋白胨和牛肉膏浓度与(R)-扁桃酸产率存在显著的相关性,通过求解回归方程得到最佳质量浓度:蛋白胨11.507g/L,牛肉膏6.708g/L,麦芽糖10.907g/L,(R)-扁桃酸产率理论最大值达到66.87%。经模型验证,预测值与验证试验平均值接近,在优化条件下(R)-扁桃酸产率提高了25.87%。     

响应面法优化枯草芽孢杆菌产脂肪酶的合成培养基

对枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)CICC20034利用合成培养基液体发酵产脂肪酶的条件进行了优化。首先采用单因子实验筛选出最适诱导剂为三丁酸甘油酯,氮源为尿素,碳源为葡萄糖,无机盐为MgSO4。在此基础上,利用Plackett-Burman设计对影响产酶因素的效应进行评价,筛选出具有显著效应的三丁酸甘油酯、尿素、KH2PO4和培养基起始pH值4个最显著的因素。用最陡爬坡路径逼近最大产酶区域后,利用响应面中心组合设计对显著因素进行优化,获得最适合成培养基组分为:葡萄糖8g/L,尿素8.57g/L,三丁酸甘油酯2.62%,KH2PO42.59g/L,MgSO4.7H2O0.5g/L,TritonX-1000.5g/L,pH9.47。优化后的B.subtilis CICC 20034胞外脂肪酶活力达0.483U/ml,比初始酶活力0.072U/ml提高了6.7倍。     

特种稻不育系巨胚813A的选育与研究

用350 Gy剂量的Co60-γ射线照射水稻三系保持系813B种子,获得巨胚突变体,命名为巨胚813B（简称813geB）。用巨胚813B回交813A育成特种稻不育系-巨胚813A（简称813geA）。对巨胚813B及巨胚813A的生物学特性进行研究,结果表明：巨胚813A与813A的主要农艺性状、雄性不育性及产量构成因素均无明显差异。巨胚813B与813B具有相似的农艺性状,但绝对胚重由0.61mg提高到1.36mg,相对胚重由2.70%提高到6.96%。巨胚813B糙米的蛋白质、粗脂肪、粗纤维及必需氨基酸含量均比813B高。其中蛋白质含量9.77%,比813B提高了8.80%;粗脂肪含量5.28%,比813B提高了87.23%;8种必需氨基酸含量均有提高。利用巨胚恢复系与巨胚813A可组配成巨胚杂交稻。     

内葵杂3号染色体核型分析

对内蒙古地区的栽培品种内葵杂3号三交种和单交种了进行了核型分析。其结果为:内葵杂3号三交种和单交种的染色体数均为2n=34,各具一对随体染色体。三交种第2对染色体具随体且为近中部着丝粒染色体,其余为中部着丝粒染色体,染色体相对长度变异范围4.105%～7.703%,核型公式为2n=2x=34=32m+2sm(2sat),核型类型属于1A型;单交种均为中部着丝粒染色体,第4对染色体具随体,染色体相对长度变异范围3.661%～8.128%,其核型公式为:2n=2x=34=34m(2sat),核型类型属于1B型。     

基于Petri网T不变量的PHB新陈代谢建模分析(英文)

从拓扑结构的角度分析生化反应网络是生物信息学研究中的一个热点问题。通过将两种传统的途径分析方法(基元模式和极端途径)与Petri网的T不变量分析进行了比较,结果表明:它们本质上是一致的,但是采用Petri网的T不变量分析更便捷。然后,利用Petri网技术构建了PHB代谢模型。对该模型作了结构分析,将计算得到的23个T不变量进行了分组:I组表示简单的可逆反应,II组表示循环的反应,III组可用于调控ATP/ADP比率,IV组是与PHB生产直接相关的反应,可用于代谢工程以提高PHB的产率。最后讨论了Petri网的T不变量分析在这个领域中的应用。     

基于多分类支持向量机的基因表达系列分析

基因表达系列分析(Serial analysis of gene expression,SAGE)是一种基因表达数据,反映了细胞内的动态变化。模式识别和可视化方法是分析SAGE数据的基本工具,但是由于缺乏描述数据的统计特性,传统的聚类分析技术不适用于SAGE数据的分析。本文提出了一种基于多分类和支持向量机的SAGE数据的分析法。经过对模拟数据和人类癌症SAGE数据的分析,基于径向基核函数的多分类支持向量机算法"一对一"(one-against-one,OAO)算法提供了比PoissonC和PoissonS更好的分类结果。     

香菇单孢杂交子代群体灰色关联度和ISSR分析

以香菇Lentinula edodes栽培菌株秋6和K95-1为亲本,通过单孢菌株配对杂交获得21个杂交子,观察杂交子及亲本菌丝体生长情况,进行栽培出菇试验。采用灰色关联度分析法,对9个正常出菇的杂交子从8个性状方面进行综合评价,结果表明,杂交子QK-8和QK-15关联度仅次于亲本秋6,农艺性状和子实体性状表现最好。采用ISSR技术对21个杂交子及亲本进行DNA多态性聚类分析,单孢杂交后代遗传分化十分明显,归于同一类群的杂交子在菌丝生长、子实体形态和农艺性状等方面常表现相似,ISSR分析能为优良杂交子初步筛选提供重要参考。