蛋白质功能预测方法概述

蛋白质是生物体内最必需也是最通用的大分子,对它们功能的认识对于科学领域和农业领域的发展有着至关重要的作用。随着后基因组时代的发展,NCBI数据库中迅速涌现出大量不明结构与功能的蛋白质序列,这些蛋白质序列甚至一跃成了研究的热点。近几十年来蛋白质功能预测的方法不断被完善。由最初的仅基于蛋白质序列或3D结构信息的方法衍生出更多的基于序列相似性、基于结构基序、基于相互作用网络等新方法,这些新型方法采用新的算法、新的研究思路和技术手段,力求得到准确性与普遍性并存,能够被广泛应用的蛋白质功能预测方法。本文综述了近年来蛋白质功能预测的方法,并将这些研究方法分类归纳,各自阐明了每类方法的优缺点。     

基于非数据依赖的鞘脂菌蛋白质组学分析方法的建立

【背景】鞘脂菌是一类可高效降解以菲为代表的多环芳烃有机污染物的菌株,其在环境污染治理及生物技术领域具有广阔的应用前景。【目的】为了优化测试方法,获得更完整的鞘脂菌Sphingobium yanoikuyae SJTF-8在菲胁迫下表达差异的蛋白。【方法】利用数据依赖型及数据非依赖型两种蛋白质组学数据采集方法,比较了鞘脂菌SJTF-8在菲胁迫下蛋白质水平的表达变化。【结果】两种技术方法下共得到580个表达差异蛋白,这些蛋白在细胞代谢、转运和调控等方面发挥一定功能。【结论】数据非依赖性采集(data-independent acquisition,DIA)技术在重复性以及低丰度蛋白的检测上明显好于数据依赖型采集(datadependentacquisition,DDA)技术,因此,DIA在实际可用的表达差异蛋白检出方面具备明显优势,为发现菲胁迫下细胞诱导表达的低丰度调控蛋白提供帮助。     

A Novel Integrated Method Tor Large-scale Detection,Identification, and Quantification of Widely Targeted Metabolites： Application in the Study of Rice Metabolomics

Liquid chromatography-mass spectrometry （LC-MS）-based metabolomics has been facilitated by the con- struction of MSz spectral tag （MS2T） library from the total scan ESI MS/MS data, and the development of widely targeted metabolomics method using MS/MS data gathered from authentic standards. In this report, a novel strategy called step- wise multiple ion monitoring-enhanced product ions （stepwise MIM-EPI） was developed to construct the MS2T library, in which stepwise MIM was used as survey scans to trigger the acquisition of EPI. A total number of 698 （almost） non- redundant metabolites with MS2 spectra were obtained, of which 135 metabolites were identified/annotated. Integrating the data gathered from our MS2T library and other available multiple reaction monitoring （MRM） information, a widely targeted metabolomics method was developed to quantify 277 metabolites, including some phytohormones. Evaluation of the dehydration responses and natural variations of these metabolites in rice leaf not only suggested the coordinated regulation of abscisic acid （ABA） with metabolites such as serotonin derivative（s）, polyamine conjugates under drought stress, but also revealed some C-glycosylated flavones as the potential markers for the discrimination of indica and japonica rice subspecies. The new MS2T library construction and widely targeted metabolomics strategy could be used as a tool for rice functional genomics.     

科学出版社生物分社2013年3、4月书讯

分子生物学(第五版)作者:(美)Robert F.Weaver著ISBN:9787030368539定价:160开本:16装帧:平装页码:944初版时间:3/1/2013专业分类:01Q-3075·0101读者对象:《分子生物学(第五版)》中理论讲述逻辑严密,实验过程提炼清晰,特色鲜明、内容详尽,图文并茂,易读易记,是一本生命科学相关专业的研究生,以及从事该方面科研、教学工作的人员不可多得的优秀参考书。     

粉虱和蓟马类害虫的抗药性监测方法

粉虱和蓟马类害虫是我国经济作物上的主要害虫,为害呈逐年加重趋势,其抗药性也是生产中的主要问题。抗药性水平监测是害虫抗性早期预警和治理的基础,了解害虫抗药性水平须建立一套准确易于操作的监测方法。分别针对粉虱成虫和蓟马的琼脂保湿浸叶法和叶管药膜法的最大特点是快速、便于操作,接虫前的准备工作可以提前1² d完成,可监测当代试虫的抗性水平,结果更接近于田间实际,适合在粉虱和蓟马抗性监测中推广使用。     

田间昆虫的取样调查技术

田间昆虫取样调查技术直接关系到昆虫种群数量估计以及预测预报的准确性。田间取样调查结果的有效性由调查时抽样方法、抽样数和样本采集方法选取的科学合理性所决定。抽样方法有随机抽样、分层抽样、多重抽样、选择性抽样和顺序抽样。抽样方法的选择需根据昆虫种群的空间分布及作物类型而定。抽样数的多少由要求的调查结果的准确程度及调查种群数量的变异程度所决定。现有的昆虫样本的采集方法较多,主要有直接目测法、振落法、扫网法、吸虫器法和诱集法等。样本采集方法的选择要遵循"调查结果准确、操作简单方便和工作量小"的原则。总之,田间昆虫种群的取样调查,既要保证调查结果的准确性,也要保证调查时间和花费的经济性。     

落叶松腮扁叶蜂Cephalcia lariciphila (Wachtl)形态特征及防治对策

自1990年代中期起,北京市门头沟区小龙门林场等地的华北落叶松(Larix principis-rupprechtii Mayr)遭受一种扁叶蜂的危害,不少年份成片的落叶松针叶被食。因雌蜂的触角节数与国内的文献资料不符,该种一直没有鉴定到种。本研究鉴定该种为落叶松腮扁叶蜂Cephalcia lariciphila(Wachtl),对各虫态进行描述并提供彩色图片,同时提出了防治策略,以利用黄绿色胶带诱杀成虫和人工挖除入土的预蛹和蛹为主,以保护作为水源地的生态环境。     

“遗传的基本规律”的复习教学建议

“遗传的基本规律”是复习教学的重点和难点,其综合性和思维性都十分显著。复习教学中可以用科学方法教育统领教学过程,用细胞学知识验证遗传的基本规律,用模拟实验直观感知遗传的基本规律。     

家域研究进展

家域是动物行为学和保护生物学的重要概念之一,它在动物对资源环境的适应与选择,种群密度及社会关系等生态学过程研究中有着重要的作用.对家域的内涵、特征、估算方法(包括取样方法,样本含量,位点数据自相关,模型评价等)等方面进行阐述,总结了家域估算模型的发展过程及发展方向,评述了3种主要家域估算模型的优势与不足,并结合最新的理论和应用,对未来的研究方向提出建议.     

卫生部手术分级管理系统实现方法

就卫生部下发的《手术分级管理制度》与《手术分级目录（2011版）》在医院管理系统提出具体的实现方法,结合手术分级管理工作的经验,从手术分级目录建立、科常用手术名称维护、医师分级维护与审批、手术申请与变更、手术分级与手术编码五个方面进行了阐述,旨在将卫生部手术分级管理真正落实到实处,为促进医院手术规范管理打下基础。