序列比对程序Blat在转录组数据分析中的应用

随着功能基因组学研究领域的快速发展,人们已经开始系统地研究全基因组的转录以及全部基因发挥功能的动态机制。为实现此目标,需要从海量的转录组数据中提炼出能够揭示基因功能以及表达调控的重要信息。采用高性能的序列比对程序以满足规模化的比对需求是其中的瓶颈环节。通过综合比较目前流行的各种序列比对软件的性能,并针对不同的转录组数据分析任务对Blat进行详细的应用分析,结果发现,Blat能够解决转录组数据分析过程中的序列比对这一瓶颈,可广泛应用于功能基因组相关的数据分析任务。     

25-O-乙酰升麻醇-3-0-β-D-木糖苷对HepG2细胞基因表达的影响

研究环菠萝蜜烷三萜化合物25-0-乙酰升麻醇-3-0-β-D-木糖苷对肿瘤细胞HepG2基因表达的影响,探讨其细胞毒作用机制。利用人低密度cDNA microarray研究细胞基因表达的改变,发现9个表达改变基因,6个下调,3个上调。结论表明25—O-乙酰升麻醇-3—0-β-D-木糖苷对HepG2细胞的细胞毒性与MAPK等信号传导途径相关。     

M-PCR： a powerful method for rapid molecular identification of Trichogramma wasps （Hymenoptera： Trichogrammatidae）

Two species-specific primers were designed depending on ITS2 sequence variation of 37 Trichogramma wasps, and these primers were applied to establish an assay,multiplex PCR (M-PCR), for molecular diagnosis of two important Trichogramma wasps,T. confusum and T. dendrolimi, in China. Multiplex-PCR results showed that only target species produced two PCR products, one product of ITS2 region species-specific amplification and one product of its ITS 1 region universal amplification, but other species produced only one ITS1 universal PCR product. Using this method, the target Trichogramma species can be distinguished from other Trichogramma species. Molecular identification based on M-PCR has particular value over morphological technology and other approaches, such as normal molecular and biochemical methods. Furthermore, because M-PCR assay can avoid false negative results, which frequently happen in PCR reaction, this method will be much more accurate and useful for Trichogramma identification, and can be developed as an easy and rapid diagnostic kit applied in the identification and quality monitoring of Trichogramma mass products both in the factory and in the field. Such an easy and rapid diagnostic kit will be valuable in the application of Trichogramma species as a biological control.     

博尔纳病病毒与人类神经精神性疾病

博尔纳病病毒是一种宿主范围很广的动物病毒,因其可能与人类的某些神经精神性疾病有关而备受重视.但其在人体的感染,致病还存在很多争议.需要通过建立高效灵敏和准确的检测技术进行更加全面的研究,同时对其可能致病机制的分子生物学研究也会有助于澄清有关争议.如果能够确认某些人类的神经精神性疾病与博尔纳病病毒有关,将会极大地帮助人们控制这类危害越来越大的疾病.     

新生隐球菌感染与细胞因子的相互关系

新生隐球菌是重要的条件致病真菌,可导致免疫抑制患者产生致命的新生隐球菌性脑膜炎;继而在脑部损伤部位有多种细胞因子的表达和炎症细胞的浸润,形成了一个细胞因子网络,介导一系列致病机制和防御机制的产生。为明确细胞因子与新生隐球菌在致病和防御过程中的相互作用,本文就新生隐球菌与细胞因子的关系进行综述。     

超级基因表达连续分析技术

转录过程分析在宿主与病原体相互作用研究中的应用已为发病机制的认识提供了重要的见解,并与宿主及其病原体基因组序列资料的累积同步发展。本文介绍基因表达连续分析的一种改良方法,即超级基因表达分析（SuperSAGE）,这种方法可应用于宿主与病原体相互作用中转录过程分析的研究。在SuperSAGE方法中所形成的26bp尾端序列可以译解“相互作用转录过程”,即可同时定量测定宿主体内真核细胞内病原体的基因表达。此外还讨论了靶基因的快速功能分析。     

衣原体主要外膜蛋白的研究现状

衣原体主要外膜蛋白作为外膜复合物中的主要成分,与衣原体致病密切相关。该蛋白是一种跨膜蛋白,为衣原体引起机体免疫应答的重要免疫原,并为衣原体菌株进化及分类提供相关依据。因此,探讨衣原体主要外膜蛋白的结构与功能将有助于对衣原体致病机制及其诊断和预防等方面的研究。     

高价值的医药分子农业

植物转基因技术使传统农业逐渐向分子农业转型。农业的作用由原来的简单的提供衣、食、住扩展到为医药业、工业提供优质、低廉的原料或产品。医药分子农业作为分子农业的重要组成部分,已改变了传统农业的生产结构,并因其自身具有较高的经济价值而将给农业带来巨大的经济效益。     

胡杨种子散布的时空分布格局

以额济纳胡杨为研究对象,对种子雨的散布时间、强度、散布距离以及种子雨和空气湿度、风之间的关系进行了研究。胡杨种子雨可以分为初始期、高峰期和消退期3个阶段,大部分的种子集中在高峰期落下。种子的散布主要受湿度和风的影响。湿度对种子雨的强度起主要作用,在一天之中,种子在湿度较低的中午和下午集中散落。应用一元线性回归模型对种子雨强度和相对湿度进行分析后表明二者之间存在显著的负相关关系。对种子的散播距离进行研究后发现,大部分种子落在母树附近,少部分种子能够进行长距离传播。风对种子的传播的方向和距离起决定性的作用,不同方向上的种子传播距离和强度相差很大。在顺风方向上,种子的传播距离最远,所有的长距离传播现象几乎都发生在这一方向上;而在主风向的垂直方向和逆风方向上,种子的散布距离较小,很少有种子能够进行长距离传播。对风的观测表明中午后和下午初的风力较强,而此时种子雨强度又最大,有利风力条件和高种子雨强度出现的同步性可能是促进胡杨种子进行长距离传播最有效的生物控制机制。由于胡杨种子在自然条件下的存活时间非常短暂,所以研究中不同胡杨母树林间种子散播时间的差异可能是胡杨种群内部为适应不同洪水期所表现出的风险分摊机制所造成的。     

唇受精卵的皮层反应及其引发机制

唇皮层小泡1-4层,在光镜和透射电镜下均具5种形态,由外及内,小泡内颗粒直径逐渐减少。在H．E染 色中,动物极低纬度区和精孔器附近的卵膜和质膜之间,具少量均匀的着色非常深的紫色斑点,与Ⅰ型皮层小泡内 容物形态结构相似,在透射电镜下,这些斑点和卵膜、质膜有明显的界限,其外没有包被膜相结构,我们称之皮层反 应引发斑,这是在鱼类受精卵中发现的一个新的结构。扫描电镜下,引发斑成絮状。引发斑对皮层反应的引发具 有重要作用。皮层反应可分为潜伏期、始发期、高潮期、衰退期四个时期,潜伏期没有皮层反应发生,始发期只是位 于受精卵外围的少量皮层小泡释放,高潮期为多个皮层小泡相互融合形成一个大的泡状体,泡状体再与质膜接触、 融合后,随后破裂,释放内容物,可分为两个阶段,衰退期释放Ⅴ型皮层小泡和其他残存的皮层小泡以及未完全降 解卵黄颗粒碎屑;皮层反应是由Ⅰ型皮层小泡和引发斑诱导的爆发性的链式反应,卵子外侧的皮层反应可以诱导 内侧皮层反应。皮层反应有两个起始区域,在受精后35s开始于动物极低纬度区,稍后出现在精孔器前庭附近,随 后在这两个始发区向四周扩散,并在前庭以外的区域愈合、打通。皮层小泡分批多次释放,质膜多次重组。精子入 卵位点附近没有皮层小泡,不发生皮层反应,这提示皮层反应对鱼类多精受精的抑制效应有限。