目标?鄄诱饵库搜索策略在蛋白质组质谱鉴定和质控中的应用及研究进展

基于串联质谱的蛋白质组研究会产生海量的质谱数据,这些数据通常使用数据库搜索引擎进行鉴定分析,并根据肽段谱图匹配(PSM)反推真实的样品蛋白质．对于高通量蛋白质组数据的处理,其鉴定结果的可信是后续分析应用的前提,因此对鉴定结果的质量控制尤为重要,而基于目标-诱饵库(target-decoy)搜索策略的质量控制是目前应用最为广泛的方法．本文首先介绍了基于目标-诱饵库搜索策略搜库和质量控制的实施流程,然后综述了基于目标-诱饵库搜索策略的质量控制工具,并提出了目标-诱饵库搜索策略的不足及改善方法,最后对目标-诱饵库搜索策略进行了总结与展望．     

云杉矮槲寄生遗传多样性及其群体遗传结构分析

该研究采用CTAB法提取云杉矮槲寄生(Arceuthobium sichuanense)的基因组DNA,利用ITS1片段的序列信息对中国9个不同地理群体的62份云杉矮槲寄生样本的遗传多样性及群体遗传结构进行分析。结果表明:(1)62条ITS1序列共定义16个单倍型(H1~H16),表现出较低的遗传多样性水平(h=0.678 5,π=0.005 9),而群体间的遗传多样性水平则表现出较大差异(h=0~1.000 0,π=0~0.009 4);AMOVA分析显示云杉矮槲寄生群体内的遗传变异占到51.37%,群体间为48.63%。(2)Network单倍型网络分析表明,单倍型H1和H12较为古老,且所有群体对2种单倍型无共享现象;单倍型H1是广布单倍型,存在于青海和甘肃的6个群体中,单倍型H12仅在四川的2个群体中有分布。(3)基于最大似然法(ML)构建的群体聚类和中介邻接法构建的单倍型网络图均显示,四川的3个群体为独立类群,区别于青海、甘肃群体,且甘肃和青海的群体之间没有明显分化。该研究首次报道了云杉矮槲寄生遗传多样性和遗传结构,为进一步研究其进化及后续的病害防控提供了一定的参考。     

籼粳稻杂交衍生RIL系的苗期抗旱性评价

为鉴定籼粳稻杂交衍生系的苗期抗旱性,以课题组自育的高代抗逆品系ZD15为母本、籼稻品种IR29为父本,以及杂交衍生的重组自交系群体120份为试验材料,利用PEG-6000对各材料苗期进行干旱胁迫处理,测定根长、根冠比、地上部鲜重、地下部鲜重、地上部干重和地下部干重;利用PEG-6000对各材料芽期进行干旱胁迫处理,测定芽鞘长和芽长。采用主成分分析和隶属函数法对各材料的抗旱性进行综合评价,根据综合抗旱D值可将122份材料分成3类,D值在0.201～0.400之间的有33份,属于不抗旱材料;D值在0.401～0.600之间的有79份,属于中等抗旱材料;D值在0.601～0.800之间的有10份,属于抗旱材料。利用D值进行逐步回归分析,结果表明根长、根冠比、地上部鲜重、地下部鲜重、地上部干重、地下部干重、芽鞘长和芽长8个性状均可作为水稻苗期抗旱性的评价指标。本研究筛选出的抗旱材料,可作为育种中间材料进一步培育,或作为育种资源加以利用,以丰富本区水稻育种的资源库。     

酱香型白酒酿造酒醅中酵母菌多样性研究

为解析酱香型白酒酿造酒醅中酵母菌的菌群结构,获取酒醅中的主要酵母菌,采用高通量测序法分析酱香型白酒酒醅中酵母菌多样性及主要功能菌群,同时采用可培养分离方法获取酒醅中酵母菌活性菌株。从酱香型白酒下沙至五轮次酒醅中共检出59个属、129个种的酵母菌,分离得到酵母菌活性菌株41种,检测到的酵母菌种类与获得的酵母菌活菌在各香型白酒中最多。不同时期酒醅中的酵母菌种类和数量差异明显,其中下沙、造沙轮次以Pichia kudriavzevii为绝对优势酵母菌;一至五轮次随着轮次的递增,酒醅中优势酵母菌的种类增多,其中主要的优势酵母菌有Pichia kudriavzevii、Pichia manshurica、Zygosaccharomyces bailii、Saccharomyces cerevisiae、Candida apicola。酱香型白酒酒醅中蕴藏着极其丰富的酵母菌资源,对酵母菌菌群结构的解析有助于科学地认识酱香型白酒酿造过程中产酒与风味代谢机理,为发酵过程的调控提供一定依据。     

红花尔基不同龄级天然樟子松外生菌根真菌群落结构特征

红花尔基被誉为樟子松Pinus sylvestris var. mongolica的故乡,樟子松是我国北方主要的造林树种之一,也是典型的菌根依赖型树种。研究樟子松根围外生菌根真菌（ectomycorrhizal fungi,ECMF）群落结构特征对红花尔基沙地樟子松生态系统的保护具有重要意义。本研究以红花尔基天然樟子松根围土壤为研究对象,采用Illumina MiSeq测序技术研究了4个龄级（<10、11-20、21-30和31-40年,分别称作Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ龄级）天然樟子松根围土壤ECMF群落结构特征。结果表明：（1）测序共获得87 516条ECMF序列,划分为177个OTUs（operational taxonomic units,OTU）,隶属于2个门,4个纲,12个目,26个科,43个属。（2）Ⅳ龄级中Ace丰富度指数和Shannon-Wiener多样性指数均显著高于Ⅰ龄级（P<0.05）。（3）不同龄级根围ECMF优势属占比不同,Ⅰ龄级中占比最大的为Inocybe（42.55%）;Ⅱ和Ⅲ龄级中占比最大的均为Tricholoma,分别为31.64%和27.69%;Ⅳ龄级中占比最大的为Cortinarius（28.80%）。（4）冗余分析表明,土壤pH值对ECMF的影响程度最大,其次为速效钾和碱解氮;同时,不同理化因子对群落中优势属的影响也存在差异。     

结核分枝杆菌硫醇乙酰基转移酶基因敲除株的构建及其生物学特性分析

为探索硫醇乙酰基转移酶(mycothiol acetyltransferase,MshD)在结核分枝杆菌中的生物学特性,本实验利用噬菌体为载体的同源重组技术,构建结核分枝杆菌mshD基因敲除株、mshD基因回补株,用实时定量聚合酶链反应(real time-quantitative polymerase chain reaction, RT-qPCR)对所构建的菌株进行验证。分别收集H37Ra野生株、mshD基因敲除株、mshD基因回补株对数生长期菌液各5 mL, 离心收集菌体并培养,以观察菌落形态、生物膜形成及生长曲线测定;用5 mmol/L H₂O₂、0.05% SDS,50 ℃热激及低氧条件下分别处理基因敲出菌株和野生菌株,将菌液进行10倍梯度稀释,培养4～6周后检测抗胁迫能力并计算存活率。结果显示, 与野生株H37Ra相比,mshD基因敲除株菌落褶皱减少且菌落偏小,生长趋势较为缓慢;生物膜形成所需时间增长且褶皱明显减少;抗逆能力下降,存活率略低于野生株和回补株。揭示了mshD基因对结核分枝杆菌的生长具有重要作用,为进一步揭示该基因的功能和作用机制奠定了基础。     

复方雷公藤逐痛颗粒辅助治疗痰瘀互结型类风湿关节炎的临床效果观察

目的:评价复方雷公藤逐痛颗粒治疗活动期类风湿关节炎痰瘀互结证的临床有效性和安全性。方法:选择2013年2月～2015年5月在上海光华中西医结合医院类风关内科门诊及住院的活动性痰瘀互结型类风湿关节炎患者63例,按治疗方式分为对照组33例和中西医结合治疗组30例,对照组采用西医治疗(甲氨蝶呤+青霉胺),治疗组采用中西医结合治疗(复方雷公藤逐痛颗粒+甲氨蝶呤+青霉胺)。治疗12周后,比较两组患者的临床疗效及各项观察指标的改善情况。结果:治疗后,两组患者晨僵持续时间、关节肿胀数、关节压痛数、中医症候积分、血沉(ESR)、血清CRP水平,疼痛VAS评分、患者总体状态自我VAS评分及DAS28评分均较治疗前显著下降(P0.05),且治疗组患者的上述各项指标均明显低于对照组(P0.05)。治疗期间,两组患者均未出现严重不良反应而中断治疗的情况,监测肝肾功能指标均未发现明显异常。结论:复方雷公藤逐痛颗粒辅助治疗痰瘀互结型类风湿关节炎的临床疗效确切,明显优于单用西医治疗,其有助于增强西医治疗对患者临床症状的缓解效果,提高患者的生活质量,且用药安全。     

食管癌组织中β-catenin、PTTG及c-myc的表达及其临床意义*

目的:探讨食管癌组织中β-链接素(β-catenin)、垂体肿瘤转化基因(PTTG)、原癌基因(c-myc)的表达及其临床意义。方法:将2015年6月至2017年6月期间新疆医科大学附属肿瘤医院手术切除的食管鳞癌标本98例作为观察组,同时切取癌旁正常黏膜组织标本98例作为对照组,观察两组β-catenin、PTTG、c-myc蛋白表达情况,对比观察组不同病理特征患者β-catenin、PTTG、c-myc蛋白阳性表达情况,并分析食管癌组织中PTTG与β-catenin、c-myc蛋白表达的相关性。结果:观察组β-catenin、PTTG、c-myc蛋白表达阳性率均显著高于对照组,差异有统计学意义(P0.05)。观察组β-catenin、PTTG、c-myc蛋白阳性表达均与患者的TNM分期和淋巴结转移有关(P0.05),与患者的性别、年龄、肿瘤直径以及分化程度无关(P0.05)。食管癌组织中PTTG与β-catenin、c-myc蛋白表达均呈正相关(P0.05)。结论:食管癌患者β-catenin、PTTG、c-myc蛋白表达阳性率较高,与患者的TNM分期和淋巴结转移有关,且PTTG与β-catenin、c-myc蛋白表达呈正相关,三者可作为早期诊断和评估食管癌预后的重要参考指标。     

内镜黏膜下剥离术和挖除术治疗上消化道肿瘤的疗效及安全性分析

目的:分析内镜黏膜下剥离术(ESD)和黏膜下挖除术(ESE)治疗上消化道肿瘤的疗效及安全性。方法:回顾性分析2017年1月至2019年4月我院消化内科接受ESD或ESE治疗的68例上消化道肿瘤住院患者的临床资料,收集患者基础疾病、手术时间、病变部位大小、整块切除率、并发症等资料,同时采用Logistic回归分析对术中穿孔进行危险因素分析。结果:64例患者完整切除瘤体(94.12%),肿瘤平均直径(16.98±8.29)mm。食管病灶病理类型以高级别上皮内瘤变为主,有15例(22.06%);胃部病灶分布以胃体、胃底和胃窦居多,分别有18例(26.47%)、16例(23.53%)和12例(17.65%),病理类型以间质瘤最多,占36.76%;11例患者发生并发症(16.18%),4例患者出现术后出血(5.88%),经过内镜下止血后好转,8例患术中穿孔(11.76%),均行内镜下尼龙绳联合钛夹行荷包缝合,其中1例患者术中穿孔合并术后迟发性出血;病灶最大直径(≥25 mm,P=0.036)和病灶部位(胃底,P=0.015)是导致ESD或ESE术中穿孔的独立危险因素。结论:ESD和ESE治疗上消化道肿瘤安全有效,但需注意病灶大小和胃底病变,因其是导致术中穿孔的独立危险因素。     

后腹腔镜下肾部分切除术对肾癌患者肾功能和预后的影响

目的:探讨后腹腔镜下肾部分切除术对肾癌患者肾功能以及近远期预后的影响。方法:回顾性分析2012年1月～2017年8月在我院接受手术治疗的肾癌患者92例,根据不同手术治疗方法分为观察组(n=48)和对照组(n=44)。对照组行传统开放手术治疗,观察组行后腹腔镜下肾部分切除术。对比两组患者术前、术后血清肌酐(Cr)、血尿素氮(BUN)、β2-微球蛋白(β2-MG)、C反应蛋白(CRP)、白细胞介素-6(IL-6)水平的变化,术后1年、3年、5年生存率及切口感染、肺部感染、腹部疼痛、肾周血肿等并发症的发生情况。结果:观组患者手术时间、术后胃肠功能恢复时间、住院时间均明显短于对照组(P0.05),术中出血量、术后引流管引流量均显著低于对照组(P0.05)。术后1个月、术后2个月,两组患者血清Cr、BUN、β2-MG表达水平均较治疗前上升,且观察组以上指标显著低于对照组(P0.05)。术后,两组患者血清CRP、IL-6水平虽有升高,但观察组以上指标明显低于对照组(P0.05)。两组患者术后3年、5年的生存率均较术前下降,但观察组均分别高于对照组(P0.05)。术后,两组患者均有出现切口感染、肺部感染、腹部疼痛、肾周血肿等并发症,观察组总发生率(10.42%)明显低于对照组(29.54%,P0.05)。结论:后腹腔镜下肾部分切除术治疗肾癌患者可缩短患者的住院时间,对肾功能影响小,明显提高患者术后3年、5年生存率,且安全性更高。