嗜盐放线菌生物学特性初步研究*

通过对从新疆,青海等地采集的盐碱土样中分离获得的43株嗜盐或耐盐放线菌以及4株典型菌株的NaCl耐受实验,对不同浓度的Na^ ,K^ ,Mg^2 ,Ca^2 的选择性实验及pH耐受实验进行了研究。发现耐盐放线菌对Na^ ,K^ ,Mg^2 有广泛的适应性,只有少数耐盐放线菌能在较低浓度的CaCl2条件下生长;嗜盐放线菌对Na^ 有广泛的适应性,多数嗜盐放线菌生长所需的Na^ 可被K^ ,Mg^2 所替代,而不能被Ca^ 所替代,少数嗜盐放线菌的生长离不开Na^ ,对Na^ 有高度的专一性,是专嗜Na^ 的嗜盐放线菌,说明不同嗜盐放线菌对Na^ ,K^ ,Mg^2 ,Ca^2 的适应有选择性。因此,提出自然环境中是否也存在类似的专嗜K^ 或专嗜Mg^2 的嗜盐放线菌的推测。无论是嗜盐还是耐盐放线菌其pH生长范围都在6．0～10之间,生长最适pH7．0～8．0。另外,嗜盐放线菌的分布与分离地点也有一定的相关性。     

嗜盐放线菌的研究进展

嗜盐放线菌是极端微生物的重要组成部分 ,也是一类极具应用前景的微生物资源。就嗜盐菌的分类标准、嗜盐放线菌的分离、分布及系统学研究的历史、现状及其发展趋势、应用前景进行了概述。同时还讨论了嗜盐放线菌的分离及其生理学、分类学研究中存在的问题及困难     

16S rRNA二级结构的研究进展及其在系统分类中的应用

16S rRNA作为研究系统进化的生物大分子极受重视,是系统分类中必不可少的一个指标。然而,在进行系统发育分析时通常的序列联配方法有明显的局限性,即无法摆脱一级结构的束缚。20世纪80年代以来,一些研究者把目光投向了16S rRNA二级结构的分析研究,并且已经取得了相当不错的进展。研究表明,16S rRNA二级结构可能作为一个新的分类指标,成为系统分类的一个重要补充。     

PCR法快速识别Actinobacteria的五种模板制备方法的比较

放线细菌的23S rRNA基因序列具有较好的保守性和相对的可变性,被认为是快速筛选放线细菌的合适部位。能否快速有效地扩增特异性区间,聚合酶链反应(PCR)扩增前的模板制备质量是关键,故比较了基因组DNA作为PCR模板的5种制备方法。旨在寻找准确、快速、简便、经济的放线细菌筛选技术,为普通和极端环境放线细菌资源的研究和开发利用创造条件。     

涅斯捷连科氏菌特异性引物PCR分子鉴定

涅斯捷连科氏菌属的建立基于对Micrococcus halobius的再分类,这是一类广泛分布于高盐土壤环境的革兰氏阳性细菌,属放线菌类.在对我国西部盐湖环境放线菌的生物多样性及分类学研究中,大量类似菌株被分离.[目的]为了对其进行快速鉴定,特别是筛选出属于优势类群的涅斯捷连科氏菌,[方法]本研究根据前人以报道的方法设计了一对针对其16S rRNA基因的特异性PCR引物(Nes1/Nes2),[结果]并通过部分典型菌和野生菌株的PCR实验验证,结合16S rRNA基因的测序验证,证明了Nes1/Nes2的PCR反应有效性及其对涅斯捷连科氏菌的特异性.[结论]利用该引物可以快速准确的对涅斯捷连科氏菌进行鉴定.     

PCR-SSCP技术在嗜盐放线菌链单孢菌属快速筛选中的应用

为提高嗜盐放线茵的研究效率,快速、准确的从大量分离菌株中去除重复菌株、筛选出目的菌株,在特异性引物快速定属的基础上,以嗜盐放线茵链单孢茵属的34株菌株为研究对象,采用与PCR相结合的单链构象多态性分析(PCR-SSCP),扩增出16S rRNA基因中的两个高变区,根据结果对34株菌株进行聚类分析,并将其16S rRNA基因片段测序予以验证.结果表明,聚类后34株菌株可大致分为3类,且与16S rRNA基因片段分析结果一致.从而可快速去除重复菌株并反映出菌株间的系统进化关系.同时实验数据可构建成库,使后续分离菌株的筛选工作只需比对数据即可完成,利于提高工作效率,降低实验成本.     

分离自印度洋深海沉积物的部分链霉菌分离株多位点序列分析

【目的】采用多位点序列分析方法,研究印度洋3 000 m以下深海沉积物中分离得到的16S rRNA基因比对高度相似的链霉菌菌株的种间系统发育关系,同时探讨各管家基因及多基因聚类分析后的种间区分能力。【方法】以分离自印度洋深海沉积物的7株Streptomyces albidoflavus,11株Streptomyces cavourensis,16株Streptomyces pratensis为研究对象,以16S rRNA、atpD、recA和rpoB基因片段为标记,通过PCR扩增、测序,获得序列。同时从NCBI上下载5株S.pratensis上述4个基因的序列,将所有序列在MLST网站进行比对,并构建系统进化树进行比较。【结果】S.pratensis各菌株种内比较发现,16S rRNA基因构建的系统进化树中相同基因型的菌株没有聚在一起,系统进化树不稳定,区分度不高。其余3个构建的系统进化树稳定,菌株的聚类关系与MLST数据库得到的基因型一致。同时,多基因聚类分析后将菌株分为6个类群。在3个种的种间多位点序列比较中,除区分度明显增加、进化树更加稳定以外,还发现rec A基因进化上比较特殊的菌株。【结论】多位点序列分析将实验菌株分为很多不同的类型,成功地将所分离的链霉菌进行了更细的分类,同时也找到部分菌株在个别基因上差异较大。此方法可以用于相近种的快速鉴定。     

贵州兴义喀斯特洞穴土可培养细菌多样性及其产蛋白酶、淀粉酶活性筛选

【目的】进一步了解贵州喀斯特洞穴土可培养细菌的物种多样性组成及其产蛋白酶、淀粉酶生物活性能力。【方法】选取11种分离培养基,利用稀释直接涂布平板法对贵州黔西南兴义市喀斯特地区白碗窑镇魔家大溶洞洞内土壤进行可培养细菌分离;利用两种鉴定培养基对相关细菌进行生物活性判定。【结果】根据16S rRNA基因序列的系统进化分析,将分离得到的217株细菌分别归类到24个属的63个不同种类,其中红球菌属(Rhodococcus)和链霉菌属(Streptomyces)为该洞内土壤可培养细菌的优势菌群,分别占24.42%和21.66%。大多数菌株与已知典型菌株的16S rRNA基因序列相似性为97.90%-99.99%,其中至少有4株菌株(D3T01、D911、D961和D502)为潜在的新分类单元。对217株细菌进行蛋白酶和淀粉酶活性筛选,其中具有蛋白酶或淀粉酶活性的99株,占分离菌株的45.62%,分别属于18个属的38个不同种;同时具有蛋白酶和淀粉酶活性的36株,占具有酶活性菌株的36.36%,占分离菌株的16.59%。【结论】贵州兴义喀斯特洞穴土中存在丰富多样的细菌类群,且蕴藏着一定数量的潜在新物种资源;此外功能酶菌株在喀斯特洞穴土壤中大量存在,为工业应用奠定了资源基础,极具进一步发掘和研究的价值。     

链霉菌最新研究进展

链霉菌(streptomycetes)因其产生的抗生素广泛应用于医疗与制药领域而闻名,是放线菌门中最为庞大且极富物种多样性的分支。链霉菌经过多年来系统且深入的研究,在系统分类学、多样性以及天然产物资源勘探等领域都取得了巨大进展。本文综述了链霉菌3个主要方向的研究近况,阐述了目前研究面临的机遇与挑战,并对未来的研究工作进行了展望。     

多位点序列和比较基因组学分析对盐单胞菌科菌株JSM 104105的系统发育学研究

【目的】为了精准地判定产铁载体嗜盐新菌株JSM 104105在盐单胞菌科(Halomonadaceae)中的系统发育地位。【方法】采用基于16SrRNA基因、DNA促旋酶B亚基基因(DNAgyraseB subunit gene, gyrB)和核糖核酸聚合酶σ因子RpoD基因(RNA polymerase sigma factor RpoD gene,rpoD)序列的多位点序列分析方法(multilocus sequence analysis, MLSA),对菌株JSM 104105的系统发育地位进行初步分析;采用比较基因组学分析(comparative genomics analysis),分析该菌株与其系统发育关系密切的典型菌株之间的GC含量、平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,ANI)和数字DNA-DNA杂交值(digital DNA-DNA hybridization, dDDH),并进行基因组系统发育学分析(phylogenomic analysis),更准确地判定菌株JSM 104105在盐单胞菌科中的系统发育地位。【结果】MLSA分析...