GAGE和GSEA在基因集研究中的有效性比较

目的:研究在基因芯片数据分析中自限性原假设和竞争性原假设两类方法的优劣性和准确型,选取各自具有代表性的GAGE(Generally Applicable Gene-set Enrichment)和GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)两种基因集分析方法筛选富集基因集的效能,并探讨其筛选效果.方法:采用两种待比较的方法在实际基因表达谱数据中分析研究,比较筛选结果的准确性和科学性,探讨两种方法筛选富集基因集的效果.结果:两方法对已知的基因表达谱数据进行应用分析表明GAGE的检验效能和筛选出的基因集生物学相关性均优于GSEA.结论:GAGE作为一种自限性原假设的基因集分析方法,由于其充分利用了表达谱数据,并将表达数据分为实验集和通路集分别进行分析处理,同时考虑到基因集的上调和下调,其检验效能优于竞争性原假设的GSEA,能够得到更为准确和科学的结果.     

反基因锁核酸体外阻断乙肝病毒前S2基因表达

目的:探讨针对乙肝病毒前S2基因同聚嘌呤区的锁核酸体外抑制细胞内病毒复制的作用.方法:针对乙肝病毒前S2基因同聚嘌呤区,分别设计合成锁核酸、硫代寡核苷酸、未修饰寡核苷酸及无关对照序列,以半乳糖配体介导转染HepG2.2.15细胞,采用荧光定量聚合酶链反应技术(FQ-PCR)、时间分辨免疫荧光技术(TRFIA)和酶联免疫法(ELISA)分别监测1、3、5和7d细胞培养上清液中HBV DNA、HBsAg和前S2抗原的含量;四甲基偶氮唑蓝(MTT)法检测锁核酸对细胞代谢的影响.结果:加入锁核酸后,对HBV DNA复制、HBsAg和前S2抗原表达均显示有较强的抑制作用,且抑制率随时间呈增高趋势,7d后抑制率分别达61.56％、68.18％和72.82％.各实验组与对照组比较差异均具有统计学意义(均P＜0.05).LNA对细胞代谢无明显影响.结论:针对乙肝病毒前S2基因同聚嘌呤区的反基因锁核酸,体外能有效抑制乙肝病毒的复制,既为乙肝病毒治疗提供有效靶位,也为反基因治疗提供理论和实验依据.     

西藏64例结核性脑膜炎临床分析

目的:总结西藏地区结核性脑膜脑炎的临床特点.方法:回顾分析2009年1月至2012年1月在西藏军区总医院感染结核科住院治疗的结核性脑膜脑炎患者64例,总结分析其临床特点及实验室、影像学检查结果.结果:临床表现中发热、头痛病例较高,神经系统症状并发症占总病例数比例高达53.1％(34/64).脑脊液改变:蛋白(0.16-7.5)g/L,平均(2.13± 1.61)g/L;糖定量(0.2-4.0)mmol/L,平均(1.49± 0.96)mmol/L;氯化物(92.3-124.7) mmol/L,平均(106.8± 7.51) mmol/L.头颅影像异常29例(45.3％),其中脑积水25例(39.1％),脑梗死2例(3.1％),脑膜增厚2例(3.1％).64例患者经治疗后,好转46例(72％),在院死亡8例(12.5％),自动出院10例(15.6％).结论:西藏地区结核性脑膜炎患者以成人为主,在临床特点及实验室、影像学检查结果方面有自身地域和民族特点,及时诊治预后较好.     

金阳煤矿水土流失预测研究

煤矿地面工业场地的建设将改变原有地形地貌及水土流失发生发展,工业场地大面积的开挖将完全改变地表土壤结构,通过对煤矿现场调查和定量分析,预测本矿新增水土流失量,进而为金阳煤矿矿区水土流失防治提供指导意见。     

水稻二化螟和三化螟基因组ddRADseq文库的构建

本文介绍了构建水稻二化螟和三化螟"双酶切限制性酶切位点关联DNA测序"(Double digest restrictionsite associated DNA sequencing,ddRADseq)文库的方法。利用安捷伦2100生物分析仪对4种单酶切及2种双酶切的酶切产物片段大小及分布范围进行分析,筛选出Mlu C I和Nla III两种限制性内切酶组合对螟虫基因组DNA进行酶切。酶切后的DNA片段两端连接上特定的P1、P2接头后,用Pippin Prep回收大小为285-435 bp的DNA片段。通过PCR扩增进行文库的富集并引入index序列。构建好的ddRADseq文库用琼脂糖凝胶电泳和生物分析仪进行质量检测。本方法所构建的文库DNA片段长度、分布和摩尔浓度能够达到Illumina平台测序的技术要求。本研究证实了利用Mlu C I和Nla III组合酶切构建水稻螟虫基因组ddRADseq文库的可行性,为在水稻螟虫中利用ddRADseq技术开展生物地理学、种群遗传学和系统发育重建等方面的研究奠定基础。     

新生儿凝血指标及部分生化指标检测参考区间调查

目的:调查分析新生儿凝血指标及部分生化指标检测参考区间。方法:以十所三甲医院2012年1月~2014年6月收治的新生儿2683例为研究对象,其中足月儿1700例,早产儿983例,选择同期十所医院职工健康体检1000例为对照组,通过全自动血凝仪、全自动生化分析仪测定所有对象凝血指标及12项生化指标,并建立相关指标参考区间。结果:足月新生儿PT、TT、APTT凝血指标较对照组延长,Fib较对照组降低,差异均有统计学意义(P=0.000);早产儿PT、TT、APTT较足月儿延长(P=0.000),Fib(P=0.001)降低;足月新生儿Glc水平较对照组低(P=0.000),早产儿Glc水平较足月新生儿更低(P=0.000);足月新生儿血钙水平低于对照组,血清TC、Cr、BUN、ALT含量均在对照组之下(P=0.000),早产儿相对更低(P均0.05);足月新生儿LDH、CK酶活性及K+水平均高于对照组(P均0.05),早产儿水平更高(P0.05);足月儿血清Alb、TP及Na+水平低于对照组(P0.05),早产儿更低(P均0.05)。结论:新生儿凝血表达与成人不同,凝血及部分生化指标参考区间的变化与年龄有联系,有必要为新生儿建立与年龄相关的凝血、生化指标参考区间。     

树突状表皮T淋巴细胞对糖尿病小鼠创面的治疗效果

目的建立体外大量扩增高纯度小鼠树突状表皮T淋巴细胞(DETCs)培养技术,并证实外源性给予DETCs能够有效促进糖尿病小鼠创面愈合。方法通过流式细胞技术及Western Blot方法分析糖尿病及正常小鼠表皮组织中DETCs比例和IGF-1/KGF-1表达情况。体外培养扩增获得大量高纯度DETCs后,局部植入糖尿病创缘皮下,创面未愈合面积采用单因素方差分析,通过图像分析软件Image-pro plus分别统计每组5只糖尿病小鼠每天创面面积与红色标尺面积之比数据统计分析。结果对比正常小鼠,糖尿病表皮组织中DETCs比例和IGF-1/KGF-1表达均显著降低;体外培养能够获得大量高纯度DETCs(95﹪);创缘局部植入DETCs后能够显著增强糖尿病创缘皮肤表皮组织IGF-1/KGF-1的表达,并从第2天,对照组创面面积与红色标尺面积比为0.769±0.034,实验组创面面积与红色标尺面积比为0.692±0.038,到第7天对照组创面面积与红色标尺面积比为0.178±0.024,实验组创面面积与红色标尺面积比为0.011±0.003,实验组创面比对照组创面愈合面积显著加速。结论外源性给予DETCs能够显著改善糖尿病创面愈合,可能为临床糖尿病难愈创面治疗提供新的思路。     

肉桂双瓣卷蛾发生期预测与幼虫空间分布型研究

肉桂双瓣卷蛾Polylopha cassiicola是危害肉桂Cinnamomum cassia和樟树Cinnamomum canphora嫩梢的一种重要钻蛀性害虫,对华南地区肉桂和樟树的发展造成了严重威胁。为了有效地控制该害虫,准确掌握其最适防治时期是非常必要的。2013-2015年采用物候法、期距法和空间分布型分析方法,对肉桂双瓣卷蛾的发生期进行预测和幼虫空间分布型进行了研究。结果表明,肉桂双瓣卷蛾在林间属聚集分布,是害虫本身的生物学特性和樟树林不同样地不同生境共同作用的结果。采用物候法预测樟树林肉桂双瓣卷蛾成虫盛发日,采用期距法预测幼虫发生时间基本吻合,可按照预测的时间进行防治或适当提前进行防治。     

中性粒细胞胞外诱捕网在矽肺中的作用研究

目的:通过构建二氧化硅诱导动物矽肺模型,探讨中性粒细胞胞外诱捕网(neutrophil nxtracellular traps,NETs)在矽肺中可能的作用。方法:将C57BL/6J雄性小鼠完全随机分为磷酸盐缓冲液(phosphate buffered solution,PBS)组、脱氧核糖核酸酶Ⅰ(deoxyribonuclease Ⅰ, DNase Ⅰ)组、二氧化硅+PBS组、二氧化硅+DNase Ⅰ组。通过气管内滴注二氧化硅(0.2 g/kg)混悬液构建小鼠矽肺模型,PBS组与DNase Ⅰ组注入等体积的PBS。在二氧化硅(silicon dioxide,SiO_2)混悬液注入后的第0小时、10小时小鼠气管内注入DNase Ⅰ(5 mg/kg),以后DNase Ⅰ持续给药:5 mg/kg/day,直到SiO_2混悬液注入后的28天。二氧化硅(SiO_2)干预28天后,取各组小鼠肺组织与肺泡灌洗液,通过PicoGreen荧光染料检测支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)中NETs水平,酶联免疫吸附实验(enzyme-linked immunosorbent assay, ELISA)检测BALF中转化生长因子β1 (transforming growth factor-β1,TGF-β1)与炎症因子白细胞介素6(interleukin-6,IL-6)、白细胞介素1β(interleukin-1β,IL-1β)、肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)水平,HE染色和Masson染色观察肺组织的病理学变化,Western Blot检测肺组织中NETs特异性组分瓜氨酸化组蛋白3(citrullinated-histone3,Cit-H3)表达。结果:SiO_2干预28天后,与PBS组相比,二氧化硅+PBS组小鼠肺组织炎症损伤加重,BALF中促炎介质IL-1β、IL-6、TNF-α水平上升;肺组织发生纤维化,大量硅结节形成;肺组织中Cit-H3蛋白表达量增加,BALF中NETs水平显著升高。予以NETs抑制剂DNase Ⅰ进行干预后,肺组织NETs水平显著下降,二氧化硅诱导的肺部炎症损伤、纤维化显著减轻。结论:NETs水平升高可能介导了二氧化硅诱导的小鼠矽肺模型肺部炎症损伤与纤维化。     

旅游干扰对张家界大鲵生境及水质的影响

为探明旅游干扰对中国大鲵生境及水质的影响,本研究实地调查了湖南省张家界市2014—2016年间不同旅游强度下的干扰情况,测定了大鲵栖息生境特点、水体理化及微生物指标.结果表明: 重度旅游干扰(每年>50万人次)显著增加了噪音、减少了大鲵洞穴数,降低了水中溶解氧含量,增加了总氮、总磷含量及微生物数量,尤其是大肠杆菌数量,导致大鲵栖息生境质量下降.但重度干扰区的水质仍然能够达到大鲵生长要求.根据国家地表Ⅱ类水大肠杆菌标准最高值(2000个·L^-1),计算得出游客数量理论临界值为每年2604.71万人次.通过控制游客数量与旅游设施面积,可降低旅游干扰强度,保护大鲵栖息生境,促进旅游开发与大鲵保护的协调发展.