基于分段伪氨基酸组成成分特征提取方法预测蛋白质亚细胞定位

蛋白质的亚细胞定位与蛋白质的功能密切相关,其定位预测有助于人们了解蛋白质功能.文章提出一种分段伪氨基酸组成成分特征提取方法,采用支持向量机算法对Chou构建的两个蛋白质亚细胞定位数据集(C2129,CS2423)进行了分类研究,并采用总分类精度Q3、内容平衡精度指数Q9等参数评估预测分类系统性能.预测结果表明,基于分段伪氨基酸组成成分特征提取方法的预测性能,优于基于完整蛋白质序列的伪氨基酸组成成分特征提取方法.例如,基于分段矩描述子伪氨基酸组成成分特征提取方法,数据集C2129的Q3和Q9分别为84.7%和60.8%,比基于完整蛋白质序列的矩描述子伪氨基酸组成成分特征提取方法分别提高1.8和2.2个百分点,且Q3比现有Xiao等人的方法提高了9.1个百分点.基于分段伪氨基酸组成成分特征提取方法构成的特征向量不仅包含残基之间的位置信息,而且还包含蛋白质子序列之问的耦合信息,另外蛋白质分段子序列可能和蛋白质的功能域有一定的联系,从而使这一方法能够有效地预测蛋白质亚细胞定位.     

斜纹夜蛾泛素基因的克隆及表达

泛素介导的蛋白质降解途径对脑内蛋白的选择性降解起着重要作用。设计一对简并引物,从斜纹夜娥(Spodoptera litura)细胞中克隆了泛素基因的编码区,CenBank登录号AF436066。序列分析表明,该编码区的长度为228bp,编码由76个氨基酸组成的、分子质量为8．56kD的蛋白,其等电点为6．56。同源性比较发现,斜纹夜峨泛素基因不仅与其它真核生物的泛素基因在氨基酸水平上具有96％以上的相似性,而且与斜纹夜蛾核多角体病毒(SpltMNPV)泛素基因的同源性为84％。RT—PCR分析发现,泛素基因在所检测的斜纹夜蛾幼虫多种组织,尤其是脂肪体中均有表达。采用构建的原核表达载体pQEUB,在大肠杆菌M15中诱导并高效表达出了带有His—tag的重组融合蛋白,薄层扫描分析得知靶蛋白约占总蛋白的37％。利用Ni—NTA亲和层析胶纯化得到重组融合蛋白,经SDS—PAGE鉴定为单一区带,为进一步研究S．litura泛素在SpltMNPV感染中的作用打下了基础。     

纳米医疗器械开发的巨大商机

日益发展的现代医疗设备已进入了分子和原子的水平 ,而且许多医疗设备也需要出乎想象之外的重新定义。纳米是十亿分之一米 ,大约是 3～ 5个原子的尺寸。纳米技术是操作分子和原子粒子来生产新的材料并加以处理使其具有所希望的特性 ,与传统的机构加工相反 ,使用纳米技术可以“从基底开始”一个一个原子、一个一个分子地来组装产品 ,它可以把制造工业改革得既简易又优良。2 0 0 2年 6月美国联邦机构纳米技术委员会认为与传统材料相比 ,纳米工程材料更轻、更强、更容易处理 ,且废品率更低 ,更便于开发和加工 ,美国国家科学基金会期望纳米技术…     

稻瘟病菌群体的分子遗传学研究Ⅲ：广东省2001年度稻瘟病菌群体的遗传结构分析以及两个假说的提出

利用随机扩增多态性DNA技术(random amplified polymorphic DNA,RAPD对广东省2001年度稻瘟病菌群体的遗传结构进行了分析。以相似性系数为0．70阈值时,可将采集于广东省三大生态稻作区、早稻和晚稻生长季节的96个菌株划分为12个遗传宗谱;其中宗谱8和9的菌株数各占总数的25％和18．8％,为优势宗谱。从稻作区来看,宗谱3和8为各个稻作区的共同宗谱;而宗谱1和2,7和11,以及9、10和12则依次是粤北、粤中和粤南稻作区的特异性宗谱。从生长季节来看,来源于早、晚季的菌株完全分属于宗谱图的上、下两个半区,彼此之间不存在共同的宗谱;而且两个优势宗谱都集中于晚季供试亚群体。结合前两次实验的结果,作者提出了如下两个假说来解释广东省稻瘟病菌群体所表现的遗传特性：一个地区或生长季节的病原菌群体,其优势宗谱所占的比例越高,该地区或生长季节病害发生就越严重;在长期的水稻栽培历史中,稻瘟病菌群体可能逐步地形成了早季宗谱(小种)和晚季宗谱(小种)的遗传分化。如何进一步验证上述两个假说是值得我们进一步探讨的重要课题。     

饵料对河蟹zao状幼体变态发育的影响

报道饵料对河蟹Zao状幼体(Z1-Z3)变态的影响。结果表明：梅尼小环藻是Z1的适口饵料,适量投喂浓度为80万个／m1至l00万个／m1;投喂衣藻或小环藻与衣藻的等浓度混合饵料都不能使Z1顺利变态为Z2。20个／m1褶皱臂尾轮虫密度是适于Z2的饵料密度,轮虫密度低于5个／m1或高于40个／m1都对Z2的变态有不良影响。另外,投喂60万个／m1小环藻加20个／m1轮虫混合饵料对Z2变态发育更为有利;而用20万个／m1衣藻加20个／m1轮虫投喂Z2,却使Z2的变态率明显降低。30个／m1轮虫密度是适于Z3的饵料密度,轮虫密度低于20个／m1或高于40个／m1都会对Z2变态产生不良影响。     

基于支持向量机和贝叶斯方法的蛋白质四级结构分类研究

用支持向量机和贝叶斯两种方法对蛋白质四级结构进行分类研究。结果表明,基于支持向量机的分类结果最好,其l0CV检验的总分类精度、正样本正确预测率、Matthes相关系数和假阳性率分别为74．2％、84．6％、0．474、38．9％;基于贝叶斯的分类结果没有支持向量机的分类结果好,但其l0CV检验的假阳性率最低(15．9％)．这些结果说明同源寡聚蛋白质一级序列包含四级结构信息,同时特征向量的确表示了埋藏在缔合亚基作用部位接触表面的基本信息。     

稻瘟病菌群体的分子遗传学研究Ⅲ.广东省2001年度稻瘟病菌群体的遗传结构分析以及两个假说的提出

利用随机扩增多态性DNA技术 (random amplified polymorphic DNA, RAPD) 对广东省2001年度稻瘟病菌群体的遗传结构进行了分析.以相似性系数为0.70阈值时,可将采集于广东省三大生态稻作区、早稻和晚稻生长季节的96个菌株划分为12个遗传宗谱; 其中宗谱8和9的菌株数各占总数的25% 和18.8%,为优势宗谱.从稻作区来看,宗谱3 和 8为各个稻作区的共同宗谱;而宗谱1和 2,7和11,以及9、10和12则依次是粤北、粤中和粤南稻作区的特异性宗谱.从生长季节来看,来源于早、晚季的菌株完全分属于宗谱图的上、下两个半区,彼此之间不存在共同的宗谱;而且两个优势宗谱都集中于晚季供试亚群体.结合前两次实验的结果,作者提出了如下两个假说来解释广东省稻瘟病菌群体所表现的遗传特性一个地区或生长季节的病原菌群体,其优势宗谱所占的比例越高,该地区或生长季节病害发生就越严重;在长期的水稻栽培历史中,稻瘟病菌群体可能逐步地形成了早季宗谱(小种)和晚季宗谱(小种)的遗传分化.如何进一步验证上述两个假说是值得我们进一步探讨的重要课题.     

稻瘟病菌群体的分子遗传学研究III.*——广东省2001年度稻瘟病菌群体的遗传结构分析以及两个假说的提出

利用随机扩增多态性DNA技术(randomamplifiedpolymorphicDNA,RAPD)对广东省2001年度稻瘟病菌群体的遗传结构进行了分析。以相似性系数为0.70阈值时,可将采集于广东省三大生态稻作区、早稻和晚稻生长季节的96个菌株划分为12个遗传宗谱;其中宗谱8和9的菌株数各占总数的25%和18.8%,为优势宗谱。从稻作区来看,宗谱3和8为各个稻作区的共同宗谱;而宗谱1和2,7和11,以及9、10和12则依次是粤北、粤中和粤南稻作区的特异性宗谱。从生长季节来看,来源于早、晚季的菌株完全分属于宗谱图的上、下两个半区,彼此之间不存在共同的宗谱;而且两个优势宗谱都集中于晚季供试亚群体。结合前两次实验的结果,作者提出了如下两个假说来解释广东省稻瘟病菌群体所表现的遗传特性:一个地区或生长季节的病原菌群体,其优势宗谱所占的比例越高,该地区或生长季节病害发生就越严重;在长期的水稻栽培历史中,稻瘟病菌群体可能逐步地形成了早季宗谱(小种)和晚季宗谱(小种)的遗传分化。如何进一步验证上述两个假说是值得我们进一步探讨的重要课题。     

猪链球菌2型唾液酸合成酶neu B基因敲除突变株的构建及其生物学特性

利用同源重组基因敲除方法构建猪链球菌2型强毒株05ZYH33唾液酸合成酶neuB基因敲除突变株。PCR和Southern杂交结果均显示neuB基因在1株转化重组体中完全被壮观霉素抗性基因替代, 表明neuB基因敲除突变体构建成功。生物学特性鉴定显示, 突变体与强毒株在菌落形态、溶血活性以及染色特性方面均无明显差异; 电镜检查发现突变体表面结构组分与强毒株有显著差异, 荚膜明显变薄, 质地更加紧密; 小鼠致病性试验结果显示, 突变体毒力显著减弱。研究结果提示菌体荚膜中的唾液酸对于猪链球菌2型侵袭和致病具有重要作用。     

澳门青洲山翻白叶树群落特征及物种多样性研究

根据样方调查结果,对澳门青洲山翻白叶树(Pterospermum heterophyllum)群落的种类组成、外貌、结构特征与动态及物种多样性进行分析.结果表明:(1)在1 600 m2样地中,有维管束植物47种,隶属于29科44属;对乔木层和灌木层主要物种的重要值以及频度分析结果显示,该群落是以翻白叶树为主的单优种群落,群落种类组成多样性和水平分布不均匀,其外貌终年常绿;对优势种种群的年龄结构分析显示,该种群处于增长状态;(2)整个群落的物种丰富度Margalef指数为13.72,Shannon-Wiener指数为1.15,Simpson指数为0.875,均匀度指数为0.34,该群落的层次格局为:灌木层>藤本层>乔木层>草本层;(3) 与其他5个不同类型地区森林群的物种多样性比较结果显示,澳门翻白叶树群落的物种多样性明显低于其他5个森林群落.