Multi-isomorphous replacement phasing of the earthworm fibrinolytic enzyme component A from <Emphasis Type="Italic">Eisenia fetida</Emphasis>

Earthworm fibrinolytic enzyme component A (EFEa) from Eisenia fetida, a protein functioning not only as a direct fibrinolytic enzyme, but also as a plasminogen activator, has been crystallized in P212121 space group with 3 proteinmolecules per asymmetric unit. Four heavy atom derivatives were prepared using a mother liquor containing 1.4 mol@L-1 Li2SO4 and 0.1 mol@L-1 MOPS buffer (pH7.2) and used to solve the protein's diffraction phase. The heavy atom binding sites in the derivative crystals were determined using difference Patterson and difference Fourier methods and were refined in combination to yield the initial protein's structure phase at 0.25 nm resolution. The non-crystallographic symmetryrelationship of the three independent protein molecules in the asymmetric unit was determined using the correlative heavy atom sites and used for the averagingof the initial electron density. As a result, the electron density was significantly improved, providing a solid foundation for subsequent structure determination.     

2.2埃分辨率B链N端去三肽猪胰岛素(DesB1-3INS)的晶体结构研究

应用同晶差值Ｆｏｕｒｉｅｒ技术和立体化学制约最小二乘精化技术,测定了２．２Ａ。分辨率ＤｅｓＢ１－３ＩＮＳ的晶体结构。晶体属于Ｒ３空间群。精化后的结构模型最终Ｒ因子为０．１７８,同标准键长、键角的均方根偏差分别为０．０１７Ａ。和２．９９°。从电子密度图与模型的拟合来看,独立区内两个分子Ｂ链Ｎ端残基的表现十分清晰,相对于三方二锌猪胰岛素的两个分子,ＤｅｓＢ１－３ＩＮＳ分子Ｉ中Ｂ链Ｎ端的构象发生了变化     

2．5分辨率单斜Al－（L－丙氨酸）胰岛素晶体结构研究

空间群为Ｐ２１的Ａ１－（Ｌ－丙氨酸）胰岛素晶胞内,一个不对称单位含有一个六聚体,应用差值Ｆｏｕｒｉｅｒ技术,立体化学制最小二来技术和Ｘ—ＰＬＯＲ程序并辅以电子密度图的人工拟合,解析了分辨率ＡＩ—（Ｌ－丙氨酸）胰岛素（Ａｌ－Ｌ－ＡｌａⅠ）的晶体结构。最终Ｒ因子为２０．６％,与标准键长与键角的均方根偏差分别为和４．１９°,从电子密度图与模型的拟合来看,六聚体中每条Ａ链的Ａｌ位置替换的Ｌ—Ａｌａ清晰可见,每条Ｂ链Ｎ端Ｂ１—Ｂ８伏段都为α螺旋构象,形成了Ｂ１—Ｂ１９的连续α螺旋段。     

单斜Al－（L－丙氨酸）胰岛素初步晶体学研究

用微量气相扩散方法在含酚的柠檬酸缓冲体系中,得到了可供Ｘ射线晶体学分析用的Ａｌ－（Ｌ－丙氨酸）胰岛素晶体,晶体衍射能力为２．５Ａ。经Ｘ射线衍射分析确定,该晶体属于单斜晶系,空间群为Ｐ２_１,晶胞参数：ａ＝６１．５Ａ,ｂ＝６２．２Ａ,ｃ＝４８．３Ａ,α＝γ＝９０．０°,β＝１１０．９°。晶胞中每个结晶学不对称单位含有一个Ａｌ－（Ｌ－丙氨酸）胰岛素六聚体。     

经各向异性温度因子修正后的1.2A分辨率的猪胰岛素晶体结构——温度因子的结构信息,水分子,氢原子和氢键体系

本文主要报道在1.2(?)高分辨率利用限制立体化学参数的倒易空间最小二乘技术对胰岛素的非氢原子进行各向异性温度因子修正后的结果。在修正后的电子密度图上,少数原子电子密度的各向异性分布有明显表现;80％的氢原子的电子密度有不同程度的反映;修正建立的包括水和溶剂体系,氢原子和氢键在内的胰岛素分子的精确结构模型,为各种胰岛素类似物结构的分析和比较,以及结构与功能关系的研究提供了可靠的,精度的参照和基础。     

富硒螺旋藻中含硒藻蓝蛋白的纯化、结晶及初步晶体学研究

从富硒螺旋藻中提取含硒藻蓝蛋白,经凝胶色谱和离子交换色谱纯化,应用悬滴气相扩散法,采用(NH4)2SO4和PEG4000作沉淀剂,获得了该蛋白质晶体的两种晶型.晶型Ⅰ属于单斜晶系,晶胞参数a=10.80 nm,b=11.70 nm,c=18.40 nm,β=90.2°,晶体空间群属于P21.单位晶胞中每个晶体学不对称单位含12个(αβ)单体,晶体衍射的最高分辨率达0.28 nm.晶型Ⅱ为六方晶系,晶胞参数为a=b=15.5 nm,c=4.03 nm,晶体空间群属于P63.晶体衍射的最高分辨率达0.28 nm.单位晶胞中每个晶体学不对称单位含1个(αβ)单体.对分子在晶体中的可能堆积方式进行了讨论.     

层理鞭枝藻藻红蓝蛋白α亚基的分离纯化和结晶

藻红蓝蛋白α－亚基具有儿可逆光致变色性质。采用ＤＥＡＥ－纤维素柱层析、Ｓｅｐｈａｄｅｘ Ｇ－７５凝胶过滤、ＦＰＬＣ－Ｓｕｐｅｒｄｅｘ ７５ ＨＲ １０／３０柱层析等纯化方法,得到了电泳纯的藻红蓝蛋白α－亚基,光化学活性达９３％。在室温、避光条件下,采用悬滴汽相扩散法,得到了两种外形不同的藻红蓝蛋白α－亚基晶体,进一步证实了上述纯化方法的可靠性。     

来源于Eisenia fetida的蚯蚓纤溶酶组分A的多对同晶置换法相位求解

来源于Eisenia fetida的蚯蚓纤溶酶组分A, 既是直接的纤溶酶, 又是纤溶酶原激活物的蛋白质, 已经被结晶. 晶体属于正交晶系, 空间群为P2₁2₁2₁, 每一个不对称单位含有3个蛋白质分子. 为了解析该蛋白质的衍射相位, 使用含有1.4 mol/L Li₂SO₄, 0.1 mol/L MOPS(pH 7.2)的重原子浸泡母液制备了4种合用的重原子衍生物. 用差值Patterson法和差值Fourier法确定了衍生物晶体中重原子的位置, 并将其联合修正获得0.25 nm分辨率的初始蛋白质结构相位. 通过重原子位置关系确定了不对称单位中3个独立蛋白质分子之间的非晶体学对称关系, 并利用其对初始的电子密度进行平均, 大大提高了电子密度质量, 为进一步的结构解析奠定了基础.