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刚毛柽柳腺苷甲硫氨酸脱羧酶(ThSAMDC)基因的克隆与胁迫下的表达分析 总被引:1,自引:0,他引:1
S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶(S-adenosyl-L-methionine decarboxylase,SAMDC)是一种通过参与多胺的代谢途径来调节植物生理生化过程的限速酶。通过分析刚毛柽柳(Tamarix hispida)的转录组数据,获得并克隆了SAMDC基因的cDNA序列,将其命名为ThSAMDC。该cDNA序列全长2085bp,包含tiny ORF(tORF)、upstream ORF(uORF)和main ORF(mORF)3个植物SAMDC基因特征ORF。主开放读码框(mORF)长1107bp,编码369个氨基酸多肽,相对分子质量为40.34kD,理论等电点(PI)为4.72。ThSAMDC编码蛋白具有多个较强的亲水性区域,无明显跨膜区。通过与其他多个物种的氨基酸多序列比对结果表明,ThSAMDC具有两个典型的高度保守的结构域:酶原剪切位点(LSESSLF)与蛋白快速降解有关的PEST(TIHVTPEDGFSYAS)结构域。系统发育树结果表明ThSAMDC与菠菜(SoSAMDC)氨基酸序列一致性最高,为77%。实时荧光定量RT-PCR分析显示,ThSAMDC在NaCl、PEG、ABA、CdCl2诱导表达均上调,预示着ThSAMDC可能在刚毛柽柳非生物胁迫应答过程中发挥重要作用。 相似文献
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cDNA微阵列制作的优化 总被引:3,自引:1,他引:2
为了优化筛检cDNA微阵列中靶基因的最适长度、浓度及点样溶液的种类,设计持家基因betaactin和GAPDHRT PCR3对引物,产物长度在189~1078bp之间,以乙肝病毒DNA片段为阴性对照,扩增纯化后分别溶于3×SSC、50%DMSO及0.5mol/L碳酸盐缓冲液(pH=9.0)中,调整浓度分别为0.5μg/μL、1.0μg/μL和1.5μg/μL,比较上述不同条件的杂交结果。结果表明,杂交具有较好的特异性,阴性对照(乙肝病毒)和空白对照(点样溶液)均未见杂交信号;3种长度的同一靶基因杂交信号强度无明显差别(betaactinP=0.378;GAPDHP=0.866);3种点样溶液中以50%DMSO杂交信号最好,较强且均匀一致(P=0.0001),其余2种差异不显著(P=0.142);3种浓度靶基因杂交信号差异不显著(P=0.648),浓度高者信号略强。短片段靶基因(200bp左右)可获得与长片段靶基因(1000bp以上)一样较好的杂交信号,点样溶液以50%DMSO效果最好,靶基因浓度为0.5μg/μL时即可得到较好的杂交结果。 相似文献
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黄宝俊 赵雨杰 徐惠绵 何群 张玉魁 徐莹莹 马佳明HUANG Bao-Jun ZHAO Yu-Jie XU Hui-Mian HE Qun ZHANG Yu-Kui XU Ying-Ying MA Jia-Ming 《遗传》2003,25(5):691-595
为了优化筛检cDNA微阵列中靶基因的最适长度、浓度及点样溶液的种类,设计持家基因beta actin和GAPDH RT-PCR 3对引物,产物长度在189~1 078 bp之间,以乙肝病毒DNA片段为阴性对照,扩增纯化后分别溶于3×SSC、50%DMSO及0.5mol/L碳酸盐缓冲液(pH=9.0)中,调整浓度分别为0.5μg/μL、1.0μg/μL和1.5μg/μL,比较上述不同条件的杂交结果。结果表明,杂交具有较好的特异性,阴性对照(乙肝病毒)和空白对照(点样溶液)均未见杂交信号;3种长度的同一靶基因杂交信号强度无明显差别(beta actin P=0.378;GAPDH P=0.866);3种点样溶液中以50%DMSO杂交信号最好,较强且均匀一致(P=0.0001),其余2种差异不显著(P=0.142);3种浓度靶基因杂交信号差异不显著(P=0.648),浓度高者信号略强。短片段靶基因(200 bp左右)可获得与长片段靶基因(1 000 bp以上)一样较好的杂交信号,点样溶液以50%DMSO效果最好,靶基因浓度为0.5μg/μL时即可得到较好的杂交结果。
Abstract:To optimize and screen the most suitable target gene length,concentration and printing solution in cDNA microarray,housekeeping genes,such as beta actin and GAPDH,were selected as targets and hepatitis B virus gene as negative control.The RT-PCR primers that spanned at least one intron and whose products were at between 189 bp and 1 078 bp were designed with primer premier 5.0,so did the hepatitis B virus gene PCR primer.After polymerase chain reaction,the products were purified with ethanol and dissolved in 3×SSC,50% DMSO and 0.5mol/L carbonate buffer(pH=9.0)respectively.The concentrations of target genes were adjusted at 0.5μg/μL,1.0μg/μL and 1.5μg/μL.The hybridization signals had a good specificity.No signal showed in either negative control (HBV) or blank control (printing solution only).There was no significant difference in target gene lengths.The P value of beta actin (189 bp,491 bp,974 bp) and GAPDH (227 bp,552 bp,1 078 bp) was 0.378 and 0.866 respectively.There was no significant difference among concentrations(P=0.648),too.However,the higher the concentration was,the stronger the signals would be.Among the three kinds of printing solution,50% DMSO was the best(P=0.0001),while the other two had no difference by multi-comparison(P=0.142).The target gene at length between 200 bp and 1 000 bp has got the same hybridization signals.50%DMSO printing solution and the target gene concentration of 0.5μg/μl are suitable for good hybridization. 相似文献
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陕西省油松球果小卷蛾初步研究 总被引:1,自引:0,他引:1
油松球果小卷蛾是松类的球果及嫩梢的重要害虫之一。该虫在陕西省乔山、黄龙、秦岭,巴山等林区均有分布,已知寄主植物有油松、马尾松、华山松及白皮松等。其中以油松受害最为严重,被害的当年生球果提早枯落而不能成熟;先年生球果多干缩枯死,无子粒:当年生嫩梢常枯枝秃顶,继而干形弯曲,不能长成通直良材,这样,既严重影响森林更新及造林用种,又严重威胁树木生长发育及木材利用价值。 该虫在陕西省乔山林区年只一代,以蛹越夏过冬。翌年4月中旬为蛾始发期,4月下旬至5月上旬达盛发期。蛾盛飞时刻在傍晚19时30分至20时30分。卵散产,主要产于先年生球果上,间或产于嫩梢及针叶上。卵期14天。幼虫始孵期在5月上旬,中旬达盛孵期,6月上、中旬幼虫始老熟,吐丝下地在枯枝落叶层及杂草丛下结茧化蛹,准备越夏过冬。 该虫发生在海拔1,900米以下的松林内,而在1,900米以上的高寒山地尚未见其踪迹。其发生为害规律是:低海拔重于高海拔,山下部重于山中、上部,纯林重于混交林,疏林重于密林,幼、中龄林重于近、成、过熟林,结实好林分重于结实不好及未结实林分。该虫的发生期是阳坡先于阴坡,低海拔先于高海拔,并与植物物候相关,如幼虫孵化始、盛期,正是油松开花始、盛期,也是进行化学防治的大好时机。 防治措施:营造混交林;改疏林为密林,提高林分郁闭度:人工摘除虫害果,集中处理,杀死幼虫;化学防治,可用25%DDT乳剂或50%可湿性DDT的200—400倍液,于幼虫孵化初、盛期各喷一次,灭虫保果作用显著;飞机洒药防治,以25%DDT乳剂10倍稀释液防治效果较好。 相似文献
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