几类“无线粒体”原生动物进化地位的探讨

以贾第虫、毛滴虫、内变形虫和微孢子虫等为代表的几类寄生原生动物曾因为“无线粒体”, 再加上其他一些似乎介于原核和真核细胞之间的原始特点和分子系统树中它们往往处在真核生物的最基部等证据, 而被有些人认为是目前已知的一类最原始的真核生物类群——Archezoa, 其进化地位应该是处在真核细胞通过“内共生”产生线粒体之前的极早阶段. 这一观点一度被部分学者认为对探讨真核细胞(生物)的起源、进化极为重要, 是进化生物学上的重要突破. 然而, 近年来不断有研究对此提出质疑. 我们首先扩增、测序并鉴定了蓝氏贾第虫、阴道毛滴虫和痢疾内变形虫的DNA拓扑异构酶Ⅱ序列, 再结合GenBank数据库中已有的脑炎微孢子虫和其他一系列处在不同进化地位的真核生物的相应序列数据, 用多种方法构建出分子系统树, 对这些“无线粒体”原生动物的进化地位进行了探讨. 结果表明, 由于DNA拓扑异构酶Ⅱ的特点和可以克服“长枝吸引”等以往分子系统分析中的不足, 所构建的系统树不仅能有效地反映出已普遍接受的真核生物各主要类群的系统关系, 而且显示出这些“无线粒体”原生动物不同于以前系统树所推测的进化地位: 它们并非是最早分支出来的真核生物, 而是在具有线粒体的生物如动基体类或菌虫类等之后才分化的、分别属于不同进化地位的类群. 结合近来在它们中发现了类似线粒体细胞器的证据, 我们认为这些“无线粒体”的原生动物虽然其中有些种类(如以贾第虫为代表的双滴虫类)进化地位很低等, 但总体上并非过去所认为的那么极端原始, 它们应该是线粒体产生之后因适应长期的无氧条件下的内寄生生活方式才分别分化出来的多源发生的不同生物类群.     

组学时代下机器学习方法在临床决策支持中的应用

随着组学技术的不断发展,对于不同层次和类型的生物数据的获取方法日益成熟。在疾病诊治过程中会产生大量数据,通过机器学习等人工智能方法解析复杂、多维、多尺度的疾病大数据,构建临床决策支持工具,辅助医生寻找快速且有效的疾病诊疗方案是非常必要的。在此过程中,机器学习等人工智能方法的选择显得尤为重要。基于此,本文首先从类型和算法角度对临床决策支持领域中常用的机器学习等方法进行简要综述,分别介绍了支持向量机、逻辑回归、聚类算法、Bagging、随机森林和深度学习,对机器学习等方法在临床决策支持中的应用做了相应总结和分类,并对它们的优势和不足分别进行讨论和阐述,为临床决策支持中机器学习等人工智能方法的选择提供有效参考。     

长链非编码RNA通过细胞核高级结构调控真核基因表达及其临床意义

长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)是一类转录本长度超过200nt、不编码蛋白质的RNA。近年来,随着染色质构象捕获及转录组测序等技术的发展,lncRNA与染色质构象间的关系越来越受到重视。多项研究表明,lncRNA在基因调控网络中具有重要的作用,可通过影响细胞核高级结构的动态变化来调控真核基因的表达。因其广泛的基因调控功能及在肿瘤发生过程中的重要作用,lncRNA被认为是未来肿瘤临床诊断和预后判定的新型标志物之一。本文旨在介绍lncRNA改变细胞核高级结构从而调控关键基因表达的分子机制,并详细介绍lncRNA在肿瘤治疗中的临床意义。     

内质网应激及线粒体功能障碍在糖尿病血管内皮损伤中作用的研究进展

血管内皮损伤是糖尿病血管并发症的起始环节,涉及多种机制,氧化应激被认为其中关键的环节,但补充外源性抗氧化剂的治疗目前仍存在争议。内质网及线粒体是参与细胞内活性氧生成的关键细胞器,探讨内质网应激、线粒体功能障碍及氧化应激之间的相互关系可能对于阐明糖尿病相关血管内皮功能障碍的发病机制有重要的意义。本文综述了近年关于内质网及线粒体功能障碍在糖尿病相关血管并发症中的研究进展并分析了二者的相互作用在氧化应激中的重要作用。     

超早期三维钛网颅骨修补术的临床研究

目的:探讨重型颅脑损伤去骨瓣减压手术后颅骨缺损在超早期(4~6周内)行三维钛网颅骨修补的可行性和对患者长期预后的影响,探讨超早期颅骨修补术手术中是否较常规手术存在优势。方法:回顾性分析自2012年1月-2015年1月行颅脑损伤后颅骨缺损手术修补患者99例。将所有患者根据去骨瓣减压术后行颅骨修补的间隔时间分为两组,4-6周以内为超早期组,共52例,3-6个月为常规组,共47例。采用不同国际评分标准比较两组患者在颅骨修补术后1个月、3个月、12个月的生存质量;对比分析两组患者的术中头皮剥离时间及术中出血量;比较两组患者术后1个月、3个月、12个月相应并发症的差异。结果:超早期组患者术后1个月的格拉斯哥评分(Glasgow outcome scale,GOS)、美国国立卫生院神经功能缺损评分(NIHSS)和远期卡氏功能状态(Karnofsky performance status,KPS)评分较常规组比较无统计学意义(P0.05);超早期组患者术后3个月和12个月的GOS、NIHSS和KPS评分较常规组均有显著提高(P0.05)。超早期组患者头皮剥离时间较常规修补组明显缩短(P0.05),出血量明显减少(P0.05);两组颅骨修补术后硬膜下积液发生率明显降低,差异有统计学意义(P0.05),然而总体并发症发生率并无明显差异(P0.05)。结论:重度颅脑损伤去骨瓣减压术后患者在超早期(4~6周内)行颅骨修补在临床上是安全有效的,能够改善患者的预后和减少术后并发症的发生概率,并且能够减少术中出血,手术中头皮剥离时间也有缩短。     

STAT3, beta-catenin 在原发性肝细胞癌组织中的表达及其与临床病理参数的关系

目的：探讨信号转导子和转录激活子3（STAT3）及beta- 连环素蛋白（beta-catenin）在原发性肝细胞癌（HCC）中的表达及其与临床 病理特征的关系。方法：使用免疫组化SP两步法检测120例HCC、30 例癌旁肝组织、30例肝硬化组织及30 例肝血管瘤标本中正 常肝组织的STAT3 蛋白及beta-catenin的表达,分析STAT3 蛋白和beta-catenin 表达与HCC 临床病理特征的关系,并采用Spearman 等级相关分析法探讨HCC 组织中STAT3 蛋白与beta-catenin 的相关性。结果：STAT3 蛋白在HCC、癌旁组织、肝硬化组织、正常肝 组织中的阳性率分别为64.17%、13.33%、43.33％及0.00%,阳性表达主要位于细胞质,茁-catenin 在HCC、癌旁组织、肝硬化组织、 正常肝组织中的阳性率分别为62.50%、16.67%、33.33%及0.00%,阳性表达亦主要位于细胞质。STAT3 及beta-catenin 在上述各类组 织中阳性率,差异均具有显著性（P<0.05）。HCC中STAT3蛋白阳性率在不同年龄、肿瘤大小、甲胎蛋白（AFP）、病理分化程度及门 脉癌栓组间差异有统计学意义（P<0.05）。HCC 中STAT3 与beta-catenin 表达呈显著正相关（P<0.05）。结论：STAT3 及beta-catenin 在 HCC 的发生、发展中起着重要作用,且二者表达强度呈显著正相关。     

莫沙必利对糖尿病胃轻瘫大鼠胃窦Cajal间质细胞的影响

目的:研究莫沙必利对糖尿病胃轻瘫大鼠胃窦Cajal间质细胞(ICC)的影响。方法:将48只SD雄性大鼠随机分为正常组、模型组、莫沙必利组,各组分别16只。模型组、莫沙必利组大鼠给予一次性腹腔注射链脲佐菌素后建立糖尿病胃轻瘫模型,建模第10天起,莫沙必利组大鼠给予莫沙必利注灌胃治疗。建模30周后,检测各组大鼠的血糖水平、胃残留率,通过采用电生理学方法检测各组大鼠胃动力,并采用免疫组化染色方法检测各组胃窦ICC的相对数量。结果:模型组大鼠胃残留率明显高于正常组大鼠(P0.05),而给予莫沙必利后胃残留率显著降低(P0.05);模型组大鼠胃电图波幅和频率均明显低于正常组大鼠(P0.05),而给予莫沙必利后胃电图波幅和频率明显增加(P0.05);模型组大鼠胃窦ICC明显低于正常组大鼠(P0.05),而给予莫沙必利后胃窦ICC有所增加(P0.05)。结论:莫沙必利可显著改善糖尿病胃轻瘫大鼠的胃动力,可能与其增加胃窦Cajal间质细胞有关。     

细纹豆芫菁交配与繁殖力的关系

将采自野外的细纹豆芫菁EpicautamannerhimiMkl的雌雄成虫各50头在室内进行人工随机配对,共发生75次交配,平均交配1.5次。雄虫1生可交配0～4次,雌虫0～2次。交配持续时间为(188±55)min,交配持续时间与交配次数之间、交配持续时间与繁殖力之间均无相关性。交配次数与两性的繁殖力呈负相关。交配后有36头雌虫43次产卵,其中有35次产卵发生在本次交配后,有8次产卵发生在连续2次交配后。作者认为雌虫在性感受性上的差异,与不育雄虫参与雌虫的前次交配有关。雄虫能否产生足够数量的交配因子来抑制雌虫的性感受性,是决定雌虫在产卵前交配次数的重要因素。     

孔雀活化素基因(activin)ßA 亚基成熟肽序列的分子克隆及其对白孔雀起源与分类的佐证分析

参考已经克隆的活化素(activin)基因βA亚基成熟肽序列,设计一对兼并引物,从绿孔雀(pavo muticus)、蓝孔雀(pavo cristatus)和白孔雀基因组中克隆到活化素基因βA亚基成熟肽序列。测序结果表明,活化素基因βA亚基成熟肽序列长345bp,编码115个氨基酸。序列分析表明,蓝孔雀与绿孔雀核苷酸同源性为98.0%,而蓝孔雀与白孔雀核苷酸同源性为98.8%。NCBI收索结果显示,活化素基因βA亚基成熟肽序列在不同物种间都非常保守。氨基酸功能位点分析表明,活化素βA亚基成熟肽可能在细胞信号传递过程中发挥了很重要的作用。另外,利用活化素基因βA亚基成熟肽序列构建了三种孔雀的限制性酶切图谱及系统发生树。结果显示,白孔雀与蓝孔雀的亲源关系比与绿孔雀的亲源关系近。我们认为,白孔雀来源于蓝孔雀,很可能是蓝孔雀一个杂交后代或亚种,而不是人们通常所认为的仅仅是蓝孔雀的一个颜色突变体。Abstract: The sequences of activin geneβA subunit mature peptide have been amplified from white peafowl, blue peafowl (pavo cristatus) and green peafowl (pavo muticus) genomic DNA by polymerase chain reaction (PCR) with a pair of degenerate primers. The target fragments were cloned into the vector pMD18-T and sequenced. The length of activin gene βA subunit mature peptide is 345bp, which encoded a peptide of 115 amino acid residues. Sequence analysis of activin gene βA subunit mature peptide demonstrated that the identity of nucleotide is 98.0% between blue peaflowl and green peafowl, and the identity of that is 98.8% between blue peaflowl and white peafow. Sequences comparison in NCBI revealed that the sequences of activin geneβA subunit mature peptides of different species are highly conserved during evolution process. In addition, the restriction enzyme map of activins is high similar between white peafowl and blue peafowl. Phylogenetic tree was constructed with Mega 2 and Clustalxldx software. The result showed that white peafowl has a closer relationship to blue peafowl than to green peafowl. Considered the nucleotide differences of peafowls’ activin geneβA subunit mature peptides, a highly conserved region, we supported that white peafowl was derived from blue peafowl, and it is more possible the hybrid but just the product of color mutation, or maybe as a subspecies of Pavo genus.     

红色毛癣菌分泌性蛋白酶的分析

分泌性蛋白酶是红色毛癣菌致病的潜在毒力因子。在构建红色毛癣菌6个不同时间段cDNA文库的基础上,共获得了9683条uniqueESTs,通过生物信息学分析从中得到了18个可能的分泌性蛋白酶的EST序列,包括4个分泌性肽酶、1个分泌性金属蛋白酶、2个细胞外丝氨酸蛋白酶、1个分泌性天冬氨酸蛋白酶、9个分泌性枯草杆菌蛋白酶样丝氨酸蛋白酶、1个空泡丝氨酸蛋白酶。这些分泌性蛋白酶在红色毛癣菌感染过程中可能分别与其获得营养、扩大侵袭范围及激起宿主免疫应答有关,这些结果为进一步研究红色毛癣菌感染和发病机制提供了重要的分子基础和线索。