“复活分子”在穿越生物大灭绝过程中的实质是什么?

复活分子是指地层记录中一度消失、后来复现且未发生明显变化的特殊分类单元。本文将复活分子区分为狭义(穿越灭绝事件)和广义(平常时期)的两类;并认为不同型式灭绝事件后的复活分子存在差异,表明其与灭绝强度有关。本文再次讨论复活分子的不同概念及其意义,并对避难所提出新的认识,强调复活分子的实质是灭绝期缩减居群大小与分布的极端稀疏分类单元,识别其生物因素尤为重要。以华南奥陶-志留纪交界期的华夏正形贝腕足动物群的一个采样点为例,说明稀疏种对多样性的贡献颇为关键,只有依靠大量的采样与深入的系统古生物研究,才能识别;探索和发现复活分子的关键在于采样和系统学研究的深入程度;建议应更加客观地认识复活分子的宏演化意义。     

华南奥陶纪末大灭绝后腕足动物是否存在"小型化效应"?

小型化效应（Lilliput effect）一般是指灭绝事件后生物个体相对于事件前明显变小的一种演化现象。为了更深入研究,文中将它分为狭义与广义两种类型：狭义型是指它的原始定义,专门针对种级分类单元的小型化,因研究条件苛刻而导致相关研究很少;广义型是指高于种级分类单元的小型化,已有一些实例。文章对华南奥陶纪末大灭绝前后“Katian晚期”、“Hirnantian”及“Rhuddanian初期”3个时期的腕足动物个体大小数据,依“属”、“超科”及“目”3级分类单元有选择地进行比较。分析结果表明,奥陶纪末大灭绝后残存期里较低级分类单元（属级）在个体大小变化方面显示较大的差异性,这与二叠纪末大灭绝后普遍的小型化有很大差别,这可能是因为奥陶纪末的灭绝强度远低于后者所致;同一较高级分类单元中不同属级分子个体变化趋势表现出较为一致的现象,反映出它们可能具有相似的灾难应对机制。     

现代放射虫的高阶分类现状及其生态学意义

"放射虫(Radiolaria)"这类原生动物在现代海洋和古海洋研究中具有重要的意义,但其高阶单元分类在传统形态学、细胞微结构和分子系统学研究的不断向前推进中历经了几次大的修订:Phaeodaria(稀孔虫)直至2000年后才经细胞超微结构与分子系统学证实不属于Radiolaria(放射虫);Taxopodia(列足虫)最初被认为是Amoeba(变形虫),后因细胞超微结构而归为Heliozoa(太阳虫),终由分子学证据证实属于Radiolaria;Entactinaria(内射虫)与Spumellaria(泡沫虫)并列为目阶的观点现受到分子系统学证据的质疑;Polycystinea(多囊虫类放射虫)常被用作一正式的分类阶元,但分子系统学证实Polycystinea是一个并系类群,其包含的3个目(Spumellaria、Collodaria和Nassellaria)不是起源于同一分支。此外,本文还着重分析了不同高阶单元类群的生态分布特征及环境应用前景,旨在为国内外学者呈现一个清晰的现代放射虫高阶分类最新进展,便于快速准确地了解不同高阶单元的归类现状及其生态学最新动态,促进现代放射虫在海洋生物学和生态学研究及其在古海洋、古水团和古气候重建研究中的应用发展。     

贵州湄潭志留纪初期三叶虫动物群及其意义*

志留纪兰多维列世(Llandovery)鲁丹期(Rhuddanian)是奥陶纪末生物大灭绝后的残存期和复苏期。志留纪初期冈瓦纳大陆边缘壳相地层稀少,多数地区为沉积间断或笔石相地层,研究底栖壳相生物残存-复苏期的宏演化普遍缺乏理想材料,而华南上扬子区贵州湄潭地区发育了志留纪早期的壳相地层,即五里坡层(鲁丹阶中部)和牛场组(鲁丹阶上部),为探索这一关键地史时期三叶虫动物群宏演化型式及其背景机制提供了依据。贵州湄潭岩坪剖面和高江剖面的五里坡层和牛场组共发现三叶虫7目11科15属(含亚属)17种(含1新种、3未定种),根据其属级分类单元的时空分布规律,将这些三叶虫识别为5种宏演化类型:即减缩幸存型、扩增幸存型、复活幸存型、新生型和死支漫步型。不同类型的属级分类单元在大灭绝中具有不同的宏演化型式,体现出其应对灾变而采取的不同的生存策略。减缩幸存型和复活幸存型是大灭绝后生态系统复苏和再次辐射的主要源泉,它们的发展在一定程度上影响着整个生态系统的宏演化进程;新生型的出现则标志着大灭绝后环境的实质性改善,三叶虫的全面复苏也随之到来。     

陕西汉中梁山乐平统底部王坡页岩中的腕足动物化石北大核心CSCD

报道陕西汉中梁山瓜德鲁普统与乐平统界线附近王坡页岩(斑脱岩)中的腕足动物化石4属6种:Neochonetes(Huangichonetes)substrophomenoides,Orthothetina ruber,O.regularis,O.sp.,?Martinia orbicularis,和Hustedia indica。该腕足动物群以吴家坪期暖水型腕足动物为主,既含有瓜德鲁普世孑遗分子,又具有乐平世吴家坪期新兴分子,显示了过渡类型的特点。陕南吴家坪期初期腕足动物化石群的发现,对识别瓜德鲁普世末期灭绝事件后腕足动物在吴家坪期初期的多样性和乐平世初腕足动物的复苏和辐射提供了重要的化石信息。     

华南泥盆系法门阶浅海相四射珊瑚的组合序列

晚泥盆世弗拉期末F-F的生物灭绝事件,导致珊瑚以及许多浅海底栖生物灭绝,几乎整个法门期珊瑚群都处于残存阶段,华南地区目前只在湖南的个别地方发现少量的Smithiphyllum。直到法门期末珊瑚和其它一些造礁底栖生物开始复苏,出现了不少与典型泥盆纪珊瑚存在很大差别的新分子。华南泥盆纪最晚期(Strunian)的珊瑚可划分成上、下两个组合:上部Cystophrentis组合;下部Eocaninophyllum组合。泥盆—石炭纪之交的另一次生物灭绝事件,使新生的泥盆纪最晚期的珊瑚又遭灭绝。     

陕西汉中梁山乐平统底部王坡页岩中的腕足动物化石

报道陕西汉中梁山瓜德鲁普统与乐平统界线附近王坡页岩(斑脱岩)中的腕足动物化石4属6种:Neochonetes(Huangichonetes)substrophomenoides,Orthothetina ruber,O.regularis,O.sp.,?Martinia orbicularis,和Hustedia indica。该腕足动物群以吴家坪期暖水型腕足动物为主,既含有瓜德鲁普世孑遗分子,又具有乐平世吴家坪期新兴分子,显示了过渡类型的特点。陕南吴家坪期初期腕足动物化石群的发现,对识别瓜德鲁普世末期灭绝事件后腕足动物在吴家坪期初期的多样性和乐平世初腕足动物的复苏和辐射提供了重要的化石信息。     

华南法门期牙形刺的辐射

F／F牙形刺灭绝事件以后,牙形刺很快进入复苏期（王成源、Ziegler,2004）。有关法门期牙形刺的辐射,在国内外的文献中还没有详细的论述或论证。本文基于以前对广西桂林垌村和龙门剖面的牙形刺集群灭绝与复苏的研究,2003年又在垌村剖面加密采样,重点是研究F／F事件后,牙形刺由复苏到辐射阶段的特征,探索牙形刺何时和如何由复苏期进化到辐射期。本文的材料主要是依据华南的资料,特别是本文作者研究多年的垌村剖面的资料。牙形刺的灭绝与复苏是以法门期最主要的属Palmatolepis为主线,在种一级的水平上确定的。法门期牙形刺的辐射同样是以Palmatolepis属内种一级的水平上讨论的。同时也涉及到其它属。本文首次明确提出：牙形刺在晚triangularis带就进入辐射期,因为正是从晚triangularis带,Palmatolepis的minuta,werneri,sandbergi,perlobata,cf．regularis,subperlobata,tenupunctata7个重要种群开始出现,并在法门期中期达到辐射期的高峰。     

早期形态发生:一种解决贻贝科(软体动物门:双壳纲)分类、系统发育和进化问题的方法

作者对贻贝科贝类的幼虫和幼贝期发育阶段形态结构的出现和变化顺序进行了研究,其约60个不同分类单元的个体发生可归纳为4种形态发生类型或模式。主要对3个形态发生区域的阶段形态结构的起源、发育变化和同源性做了研究。其一,即中央区域,开始形成于前双壳Ⅰ期(PD-Ⅰ),在某个分类单元它可以在前双壳Ⅱ期(PD-Ⅱ)和幼贝期(N)形成,而在其它分类单元则在前双壳Ⅱ期、幼贝期和双壳期(D)形成;第二区域,即背部后区,在幼贝期出现;第三区域,即背部前区,出现于双壳期。双壳期背部后区在某个分类单元起源于幼贝期的形态构造,在其它分类单元则可能起源于双壳期的形态构造。与在贻贝分类学上应用的成体特征相比,早期发育阶段中央和背部后区的形态结构显示出很明显的发育顺序或特征变化规律。根据以前人们熟知而尚未应用到分类和系统发育研究中的早期发育阶段形态特征,作者重新修订了Soot-Ryen的现生贻贝科种上阶元分类系统,重新提出了科内系统发育关系。修订的分类系统表明,Scarlato and Starobogatov(1984)提出的贻贝科各亚科由偏顶蛤亚科开始,沿4条系统发育路线演化发展,对应其早期发育阶段的4类形态发生类型或模式。     

简论相似性测度的选择——以奥陶纪末大灭绝后全球腕足动物古地理为例

灭绝事件对古生物地理格局的影响已引起关注,近期研究表明奥陶纪末大灭绝事件后多样性显著高于传统认识,而全球该时期腕足动物的古生物地理分布情况尚未见报道。本文基于已发表的和最新的资料及所掌握新数据的整理,建立全球腕足动物志留纪初鲁丹(Rhuddanian)早期（残存期）13个产地72属137个出现信息(occurrence...     

论二次抽样以矫正多样性统计偏差的经典、发展与应用

稀疏标准化是定量古生物工作中矫正多样性统计偏差的常用方法。相比基于样本大小的传统稀疏化,基于采样充分度的改进能更忠实反映多样性信息。然而一些案例对于稀疏化的适用性不够重视,尤其是改进的方法鲜有国内文献介绍。本文阐述了稀疏化的原理,强调了应用的注意事项和改进方法的优势。稀疏化的原理是从大小不同的样本中二次抽样出彼此“公平”的子样本,以比较其分类单元丰富度。传统方法据样本大小衡量公平,改进的方法据采样充分度评估公平,要求子样本在群落中代表的个体频率总和相等。两种思路均可通过计算机模拟多次重复二次抽样或公式推导来计算,已有PAST和iNext等软件可以实现。采样是否充分代表了古生物群落是有效应用该方法的首要前提。     

艾羊齿(Aipteris)与大羽羊齿植物的关系

研究古生代珊瑚动物群的分类、演化及生物古地理是一个涉及古生物学的许多基础理论的问题。以往关于古生代珊瑚的研究中,从骨骼的基本结构到分类演化诸方面都存在着不同的学术观点。中国地质大学(北京)王鸿祯教授与他的合作者和研究生们对该项工作进行了综合系统的研究。该书在学术上有两方面的突破: 首先是在研究工作中运用电镜扫描的先进技术和方法,对珊瑚骨骼的基本构成及组成单元进行了较深入的研究。以珊瑚的骨骼构造为基础,微细构造与宏观构造相结合,建立了较为严格的分类系统,并对一些类别的归属作了新的调整。根据新的分类体系、地层分布及一些科属的出现与灭绝,对演化阶段和生物古地理进     

浅析应用CONOP软件构建复合地层剖面的过程和Penalty的选择——以晚泥盆世菊石地层的定量研究为例

随着定量地层学和古生物学研究的发展,约束优化法(CONOP)在定量分析古生物分类单元多样性演化和地层划分对比中发挥了重要作用。本文简要介绍了CONOP的原理、算法,以及应用CONOP软件进行定量地层对比分析的过程,包括地层古生物数据的选取、厘定与输入,复合剖面的构建,以及最终获得多样性曲线的过程,并以泥盆纪法门期菊石地层的定量研究为例分析了选择不同的Penalty (Penalty="Interval"和Penalty="Level")对复合剖面带化石顺序和多样性结果的影响。对比发现,当不同剖面间的事件顺序没有较大差异,剖面沉积相对较厚较均匀且采样精度较高时,对带化石在复合剖面中的顺序以及多样性曲线的趋势影响不大,使用Interval和Level两种测量方式都可以。当不同剖面的事件顺序差异较大时,如果剖面沉积相对厚且均匀,建议选择Interval测量方式,因为它是根据剖面厚度进行运算;如果剖面总体采样精度较高,建议选择Level测量方式,因为它是基于事件数量进行运算,从而避免剖面沉积速率不同造成的偏差。     

慢性粒细胞性白血病急变的分子机制

慢性粒细胞性白血病(chronic myelogenous leukemia,CML)是源于造血干细胞伴有t(9;22)(q34;q11)染色体易位的恶性骨髓增生性疾病,其急变期与急性白血病相似,具有较强致死性。本文对CML急变分子机制有关的最新研究成果进行了综述,旨在深入理解CML急变的分子机制,并试图发现新的研究思路。     

新疆东部托克逊马鞍桥剖面桑树园组刺毛-珊瑚礁的时代

新疆东部托克逊马鞍桥剖面桑树园组下部灰岩段的顶部发育了刺毛-珊瑚礁,通过对礁体及其上下地层的■类和牙形刺研究,可识别出■类3属14种,以属Eostaffella-Eostaffellina-Pseudostaffella组合为特征;牙形刺2属2种:Idiognathoides corrugatus和Idiognathodus sp.。■类Pseudostaffella antiqua,P.conspecta和P.paracompressa extensa的出现指示桑树园组灰岩段顶部相当于上石炭统滑石板阶上部,属于■类Pseudostaffella composite-P.paracompressa带。牙形刺Idiognathoides corrugatus和Idiognathodus sp.是晚石炭世巴什基尔期常见分子,对应上石炭统罗苏阶上部至滑石板阶上部。综合上述■类和牙形刺生物地层,可以确定桑树园组刺毛-珊瑚礁的时代为巴什基尔期中期(滑石板阶上部)。本文刺毛-珊瑚礁时代的确定可以为石炭纪中期生物灭绝/更替事件之后后生动物礁的复苏演化提供新认识。     

真核生物基因组长内含子递归剪接事件的分子机制

在高等真核生物基因组转录过程中,一次剪接可完成短内含子的去除,而较长内含子(10 kb)则需通过多次剪接方可去除。多次剪接去除长内含子的过程通常被称为递归性剪接。已有研究表明,递归性剪接事件与诸多生物学过程及疾病的发生发展有着密切的联系。近年来,关于递归性剪接的研究越来越多,研究者已经在果蝇(Drosophila)和多种脊椎动物基因组转录过程中发现了递归剪接事件,通过不同的生物信息学方法找到了多个递归剪接位点并进行了实验验证。目前国际上对递归性剪接的研究主要集中在递归剪接过程、剪接位点识别及其对生物学过程的影响等方面。本文针对真核生物基因组转录过程中递归剪接事件的分子机制和国内外研究现状进行了综述,旨在为深入理解RNA剪接过程分子机制提供参考。     

全基因组复制事件的绝对定年揭示莲座蕨属植物的迟滞演化

全基因组复制在维管植物的物种形成过程中普遍存在, 被认为是物种适应极端环境的重要机制之一。确定全基因组复制事件的发生时间对理解生物的适应性演化具有重要意义。然而, 在维管植物, 特别是蕨类植物中, 全基因组复制事件的发生时间及其演化意义仍知之甚少。本研究以蕨类植物重要基部类群——福建莲座蕨(Angiopteris fokiensis)为例, 基于不同采样点(广东、广西、上海)的3个转录组学数据, 利用同义替换率(Ks)和绝对定年的方法分析全基因组复制事件的发生时间和物种单位时间内的分子演化速率, 并对事件发生后保留下的基因进行基因功能注释和富集分析。结果表明, 福建莲座蕨在159‒165 Mya发生了一次全基因组复制事件, 该复制事件优先保留的基因主要与营养代谢、信号传导、适应调节和组织结构生长相关。另外, 福建莲座蕨的分子演化速率为1.66 × 10^‒9 (同义替换/位点/年), 是除裸子植物外, 陆生植物中已知演化速率最缓慢的类群。综合以上研究结果, 我们推测福建莲座蕨全基因组复制的发生可能与裸子植物繁盛、核心被子植物集中兴起或托阿尔阶灭绝事件有关。而复制后显著保留基因可能促进了莲座蕨属(Angiopteris)植物的遗传和形态创新, 从而帮助其快速适应环境的剧烈变化。进一步对该类群植物演化速率缓慢的原因进行讨论, 推测莲座蕨属缓慢的演化速率可能与其本身世代周期长、基因组较大及其生长环境稳定有关。本研究通过分析福建莲座蕨的全基因组复制历史和复制基因的保留模式, 推测全基因组复制事件对促进演化速率较慢的植物适应极端环境变化具有重要意义, 可为理解其他陆生植物的适应性演化提供更多启发。     

二叠纪-三叠纪礁相房室海绵演化与灭绝

就礁相房室海绵而言,早二叠世的物种数最少,中二叠世的分异度最高,晚二叠世的其次,中三叠世的较少,卡尼斯的增多,诺利期的更多。礁相房室海绵的演化反映出二叠纪－三叠纪有3次灭绝事件,分别发生在中二叠世末期、长兴期末期、卡尼期末期。这3次灭绝事件的规模各不相同：中二叠世末期的灭绝事件规模较小,它使83．8％的中二叠世礁相房室海绵种灭绝;长兴期末期的灭绝规模最大,它使100％的长兴期种灭绝;卡尼期末的灭绝事件规模也较大,它使97．7％的卡尼期种灭绝。     

浙江长兴煤山二叠纪末大灭绝化石记录的置信区间分析

化石的保存与采集普遍具有随机性,以至直接观察结果往往不能反映真实的生物分类单元延限以及生物事件,而必须对化石记录进行统计分析,从定量的角度发掘其可信内涵,。浙江长兴煤山财区二叠系－三叠系剖面的化石资料经过数十年采集研究,已提出多期生物群灭绝模式,文中运用置信区间作了分析,。说明了长兴期末生物大灭绝为突发性,灾难性事件。     

分子标记在濒危物种保护中的应用

分子标记可揭示种群遗传和进化信息, 为制定濒危物种保护措施、指导恢复实践提供重要依据。本文主要介绍了分子标记在濒危物种保护过程不同环节中的应用, 包括: (1)正确识别保护单元, 如排除隐存种和杂交种的影响; (2)确定优先保护单元, 包括优先保护区域、优先保护物种、优先保护种群等; (3)指导迁地保护; (4)对保护工作的动态监测和评估。文章最后探讨了分子标记应用于保护的发展方向, 如开展长期的种群遗传组成监测、切实应用于保护管理实践、将基因组学等遗传信息用于全球变化背景下保护策略的制定等, 期望为分子标记技术在生物多样性保护的研究和实践中提供参考。