长江上游小眼薄鳅线粒体DNA遗传多样性

小眼薄鳅是长江上游特有的小型鱼类,自然分布狭窄。本研究采用线粒体细胞色素b(cytochrome b,cyt b)和控制区序列,对长江上游江津段和岷江下游宜宾段两个群体共108尾小眼薄鳅(Leptobotia microphthalma)样本的遗传多样性和遗传结构进行了分析。结果表明:小眼薄鳅群体cyt b序列共检出28个多态位点,34种单倍型,平均单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.889和0.00382;控制区序列共检出变异位点49个,单倍型65种,Hd指数和Pi指数分别为0.958和0.00420。分子方差分析(AMOVA)显示:小眼薄鳅采样点群体内的变异大于群体间的变异,遗传变异绝大部分来自群体内部,群体间无显著遗传分化(F_(ST)0.05),平均基因流(Nm)表明小眼薄鳅各采样点群体间基因交流十分频繁。基于Network网络结构可将小眼薄鳅样本划分成3个谱系,谱系间显示了显著的遗传分化(FST0.25),提示小眼薄鳅种群内部可能有隔离的产生。核苷酸错配分布及Tajima's D中性检验结果显示小眼薄鳅可能未发生种群扩张事件。     

铜鱼线粒体控制区的序列变异和遗传多样性

采用PCR和DNA测序技术研究长江中上游野生铜鱼的遗传多样性和群体遗传学特征,从9个采样点共获得100尾铜鱼,用于分析的线粒体DNA控制区的片段序列为946bp。在100个序列中,共检测出变异位点47个(其中增添/缺失位点8个),单倍型41种。9个地理群体的平均单倍型多样性(Hd)和平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.9257±0.0162和0.004178±0.002337,表现出较贫乏的遗传多样性。群体间的分化指数(FST值)、平均基因流(Nm)、分子方差分析(AMOVA)和平均K2-P遗传距离均表明9个铜鱼地理群体间存在广泛的基因交流,未明显发生群体遗传分化。另外,共享单倍型比例较高,约为34%(14/41)。单倍型的UPGMA分子系统树和简约网络图显示单倍型的聚类与地理分群没有相关性。上述结果表明9个铜鱼地理群体属于同一种群。       

长江中上游银鮈线粒体DNA遗传多样性分析

银鮈(Squalidus argentatus)是长江常见小型鱼类,分布广泛于干支流,资源量较大。本研究采用线粒体DNA(mt DNA)细胞色素b基因序列对长江中上游干流江津、荆州、监利、洪湖、黄石江段及支流赤水河、湘江等7个江段共217尾银鮈样品的遗传结构和遗传多样性进行了分析。结果显示,银鮈群体Cyt b基因序列分别检出了81个变异位点和97个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.966和0.008 6。分子方差分析(AMOVA)显示,长江中上游银鮈群体存在显著遗传分化。群体间两两比较分析发现,赤水河群体与其他群体基因交流程度低,遗传分化显著,其他群体间没有显著遗传分化。中性检验结果不支持银鮈历史上发生过群体扩张。     

长江上游异鳔鳅鮀线粒体控制区遗传多样性

异鳔鳅鮀(Xenophysogobio boulengeri)是长江上游特有鱼类,目前主要分布在长江上游干流及岷江江段,近年来其资源量呈显著下降趋势。本研究采用线粒体DNA(mt DNA)控制区序列,分析江津、南溪、犍为和水富4个群体共178尾异鰾鳅鮀的遗传多样性。结果表明:异鳔鳅鮀线粒体控制区序列共检测出38个变异位点,定义41个单倍型;平均单倍型多样性(Hd)和平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.817和0.002;分子方差分析(AMOVA)显示总群体间无显著遗传分化,绝大部分变异来自群体内部;但基因流(Nm)分析显示部分群体间基因交流受到阻碍,两两群体间的FST值支持部分群体间出现初步分化;错配分布及中性检验表明,异鳔鳅鮀在历史上曾发生过群体扩张事件,发生群体扩张的时间是0.0173 Ma;单倍型网络结构及NJ系统发育分析显示异鳔鳅鮀遗传结构比较单一。基于上述结论,应将异鳔鳅鮀作为一个整体进行就地保护。     

中国近海细鳞鯻线粒体控制区的遗传多样性

通过线粒体控制区序列的分析,研究采自中国南海及东海5个群体102尾细鳞鯻的遗传多样性。发现在962 bp序列中有205个变异位点,其中135个为简约信息位点,共定义102个单倍型。中国近海细鳞鯻总体呈现出较高的遗传多样性特征(Hd=1.000,Pi=0.022),其中博鳌最高(Hd=1.000,Pi=0.028),平潭最低(Hd=1.000,Pi=0.014)。不同地理群体间无明显分化,基因交流频繁(Fst=-0.014—0.041,P0.05);中性检验均为显著负值,推测在16.9万年—5.06万年前,即中-晚更新世出现种群扩张。系统邻接树和单倍型网络图均出现3个显著分化的谱系(谱系间Fst=0.508—0.698,P0.001;净遗传距离Da=0.024—0.031),且各谱系中均有不同地理来源的群体。3个谱系间分歧时间大约在1.07百万年—0.24百万年前,推测可能是更新世冰期边缘海的出现导致群体隔离而产生分化。谱系A(Lineage A)包含85.3%的个体,其总体遗传多样性较高(Hd=1.000,Pi=0.012),其中平潭最高(Hd=1.000,Pi=0.014),合浦最低(Hd=1.000,Pi=0.010);群体间Fst在-0.021—0.068之间,P0.005;AMOVA分析显示只有1.97%的变异来自于种群间,表明群体间也无明显分化;中性检验均为显著负值,推测在25.4万年—7.6万年前出现种群扩张。中国近海细鳞鯻主要受到中-晚更新世海侵和海退的影响而出现种群扩张使得谱系间发生二次接触,最终形成具有显著谱系结构但无地理分化的情况。     

长江中上游银[鱼句]线粒体DNA遗传多样性分析

银[鱼句]（Squalidus argentatus）是长江常见小型鱼类,分布广泛于干支流,资源量较大。本研究采用线粒体DNA（mtDNA）细胞色素b基因序列对长江中上游干流江津、荆州、监利、洪湖、黄石江段及支流赤水河、湘江等7个江段共217尾银[鱼句]样品的遗传结构和遗传多样性进行了分析。结果显示,银[鱼句]群体Cyt b基因序列分别检出了81个变异位点和97个单倍型,平均单倍型多样性（Hd）和核苷酸多样性（Pi）分别为0.966和0.008 6。分子方差分析（AMOVA）显示,长江中上游银[鱼句]群体存在显著遗传分化。群体间两两比较分析发现,赤水河群体与其他群体基因交流程度低,遗传分化显著,其他群体间没有显著遗传分化。中性检验结果不支持银 历史上发生过群体扩张。     

长江中下游湖泊短颌鲚线粒体控制区遗传多样性分析

为探明长江中下游不同湖泊中短颌鲚(Coilia brachygnathus)遗传多样性水平和遗传分化程度,以洞庭湖、长湖、巢湖3个地理群体作为研究对象,采用线粒体控制区序列为分子标记,分别应用软件Dna SP 5.0、Arlequin3.1.1、MEGA5.0和Network 5.1进行了遗传参数统计和单倍型间分子变异分析(AMOVA),构建邻接系统树及单倍型网络图。对长江中下游短颌鲚野生群体的遗传多样性和遗传结构进行分析。结果显示,用来分析的1 236 bp D-loop区序列中共90个变异位点,54个简约信息位点。长江中下游3个地理群体中共发现58个单倍型,单倍型多样性(h)范围0.949~0.982,核苷酸多样性范围0.004 99~0.006 21,说明长江中下游3个湖泊短颌鲚地理群体具有较高的遗传多样性水平。3个短颌鲚地理群体遗传分化指数(Fst)为0.265 95,呈现出中等程度的分化水平,主要表现在巢湖群体与其他群体之间处于中等程度分化水平。依据遗传距离构建系统发育树及单倍型网络图也出现相类似结果。     

怒江三种裂腹鱼属鱼类种群遗传结构

2007年4月到2008年8月,在怒江收集116尾光唇裂腹鱼,76尾保山裂腹鱼,35尾贡山裂腹鱼,测定其线粒体cytb基因序列以评估其遗传多样性。结果显示,光唇裂腹鱼116个cytb序列中定义了9个单倍型,14个多态位点,种群平均单倍型多样性Hd=0.8399±0.0124,核苷酸多样性pi=0.0025±0.0015。保山裂腹鱼76个cytb序列中定义3个单倍型,23个多态位点,种群平均单倍型多样性Hd=0.5544±0.0449,核苷酸多样性pi=0.0080±0.0041。35尾贡山裂腹鱼样本的cytb序列中定义8个单倍型,13个多态位点,种群平均单倍型多样性Hd=0.7664±0.0556,核苷酸多样性pi=0.0017±0.0011。由于近期的环境污染、水工建设、捕捞压力等使3种鱼各自在怒江下游形成隔离的、遗传结构简单的小种群。光唇裂腹鱼和贡山裂腹鱼历史上都经历过种群扩张,近期种群萎缩。约在(1.11±0.22)MaBP,保山裂腹鱼的烂渣河和保山东河2个种群分离,因此应当做2个进化显著单元进行管理。     

基于线粒体Cytb 和COⅠ基因对珠江、海南和红河长臀鮠群体遗传结构分析

为了解3 个种群的野生资源状况, 并对3 个种群的物种有效性进行分析, 采用Cytb 和COⅠ基因序列测定技术, 分析了珠江水系、海南水系和越南红河水系长臀鮠种群的群体遗传结构及其变异, 结果发现, 三个群体平均遗传距离分别为0.003(cytb)和0.002(coⅠ); 94 尾个体分别存在35(Cytb)和13(COⅠ)个变异位点, 分别检测出24 (Cytb)和13 (COⅠ)个单倍型, 总群体单倍型多样性(Hd)分别为0.875 (Cytb)和0.787 (COⅠ), 平均核苷酸差异数(K)分别为3.194(Cytb)和1.328(COⅠ), 核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.00295 (Cytb)和0.00213 (COⅠ)。珠江长臀鮠单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)最高, 海南最低; 对长臀鮠群体进行历史动态分析,三个种群各自无明显扩张趋于稳定, 但将三个种群作为一个群体时发现长臀鮠可能在某一个时期产生了扩张。研究结果表明, 三个种群遗传距离显著小于临界值2%,应为同一个种; 长臀鮠野生资源较为贫乏, 且海南群体最为严重。     

我国辣椒种质资源eIF4E基因多态性分析

利用国家蔬菜种质资源库的1904份辣椒资源材料,采用测序技术获得eIF4E(eukaryotic translation initiation 4E)基因exon1序列,研究e IF4E基因多样性及我国辣椒种质资源群体多样性。结果表明:在1904份材料中共发现17个单倍型,14个有义多态性位点,其中9个为新的位点,位点大多集中在eIF4E蛋白表面环上;8个地理群体的平均单倍型多样性(Hd)和平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.519和0.00210;群体间分化指数(Fst值)及基因流(Nm)表明不同群体间表现差异的分化程度;AMOVA分析表明总变异主要来源于群体内个体间的变异(97.23%),只有2.77%变异发生在群体间。本研究将有助于了解我国辣椒eIF4E基因多样性,为抗PVY育种提供更多抗源材料。     

长吻(鱼危)养殖群体与野生群体遗传多样性分析

长吻(鱼危)(Leiocassis longirostris)是中国土著珍稀鱼类。近年来, 由于江河水利工程、环境污染及人类生产活动已经对江河的渔业资源造成了难以逆转的破坏, 长吻(鱼危)的渔业资源已逐渐枯竭。目前, 长吻(鱼危)在四川、广东等地实现适度规模养殖。以四川眉山、湖北石首和安徽淮南3个人工养殖长吻(鱼危)群体及4个长江野生长吻(鱼危)群体(重庆段、武汉段、安庆段和南京段)为实验材料, 利用线粒体DNA (mtDNA)控制区序列作为分子标记对135个个体的遗传结构进行了分析。结果表明, 在790 bp 的同源序列中, 长吻(鱼危) 3个养殖种群共检测到变异位点27个, 占全部序列的3.42%, 66个个体共检测到18种单倍型; 在野生群体中, 69个个体共检测到35个变异位点和36个单倍型, 长吻(鱼危)野生群体平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性(Hd=0.9736±0.0070, Pi=0.0087±0.0015)高于长吻(鱼危)养殖群体(Hd=0.8867±0.0013, Pi=0.0056±0.0013); 群体间的遗传分化水平较低(F_st值为0.0014—0.1125)。采用邻接法(NJ法)和统计简约原理对所有单倍型进行系统发育树和统计简约网状图的构建, 结果表明: 各群体内的个体均不能分别构成独立的分支, 而是相互交叉聚在一起。分析结果表明, 长吻(鱼危)养殖群体与野生群体之间的基因交流充分, 未出现遗传分化, 但相对长吻(鱼危)野生群体, 长吻(鱼危)养殖种群多态性偏低。     

四川裂腹鱼乌江种群mtDNA控制区序列的遗传多样性分析

采用PCR扩增和直接测序法分析了四川裂腹鱼乌江种群32个个体mtDNA控制区的序列差异和遗传多样性.在该种群mtDNA控制区长度为464 bp的同源序列中,共计有9个变异位点,占总位点数的1.94%.32个个体共定义了9种单倍型,单倍型间平均遗传距离(P)为0.0060,单倍型多样度(Hd)为0.768.核苷酸多样性(π)为0.00324,平均核苷酸差异数(K)为1.500.用单倍型间遗传距离构建的NJ分子系统树聚为两个分支.结果提示四川裂腹鱼乌江种群遗传多样性匮乏,保护四川裂腹鱼乌江种群刻不容缓.     

基于线粒体COI序列变异的高原鼢鼠种群遗传分化研究

基于线粒体COI基因序列对高原鼢鼠7个地理种群的遗传多样性、遗传分化和基因流进行分析,158条COI基因序列中发现了570个变异位点,界定了54个COI单倍型。总体单倍型多样性指数Hd为0.911,种群单倍型多样性在0.278—0.964之间,高原鼢鼠的种群遗传多样性较高。群体总的遗传分化系数Fst为0.611,群体间的基因流Nm在-0.020—3.700之间,部分地理种群之间的遗传分化程度高,基因流弱。AMOVA分子变异分析显示,高原鼢鼠的遗传变异主要来自种群之间(77.56%),种群内部的遗传变异较低(22.44%)。中性检验(P0.01)与错配分析显示高原鼢鼠种群经历了群体扩张事件。IBD未检测到地理距离与种群间遗传距离的显著性相关关系(R2=0.124,P=0.118)。综合分析认为,高原鼢鼠不同地理种群间遗传分化的原因除地理隔离外,还与迁移扩散方式、进化过程和其他环境因素有关。     

西藏藏猪遗传多样性研究

采用mt DNA D-loop作为分子标记,对西藏的4个藏猪群体(林芝、山南、昌都和日喀则)遗传多样性进行了研究。结果表明,西藏藏猪mt DNA D-loop高变区A+T含量(62.90%)明显高于G+C含量(37.1%),富含A和T,存在碱基偏倚性。在长度为435 bp的序列中,共检测到20个变异位点,界定了26个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.705±0.021,平均核苷酸差异数(k)为1.231,核苷酸多样度(Pi)为0.002 83。其中,Hd、k和Pi在昌都藏猪群体中最高,日喀则藏猪最低。此外,Hap1和Hap3单倍型是4个群体的共享单倍型,表明4个藏猪群体存在两个共同的母系祖先单倍型。     

基于COⅠ基因对温州沿海岛屿疣荔枝螺遗传多样性研究

温州沿海岛屿众多,水文环境复杂,疣荔枝螺(Reishia clavigera)是岩相潮间带常见种,对其群体间遗传多样性的分析,有助于合理保护和开发利用种质资源。本实验对温州沿海14个典型岛屿的158个疣荔枝螺个体,进行细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因片段序列测定,得到158条长度为672bp的序列,A、T、C、G四种碱基含量分别为23.0%、38.4%、17.4%和21.2%。共检测到保守位点562个,变异位点108个,其中包括简约信息位点57个,单突变位点51个。所有个体的核苷酸多样性指数Pi为0.008 0±0.029 7,单倍型多样性为指数Hd为0.978±0.006,平均核苷酸差异度为5.328。群体间遗传距离在0.005 7～0.011 1之间,群体内遗传距离在0.005 7～0.010 8之间,不同疣荔枝螺群体之间的遗传距离处于同一水平。霓屿岛和大竹峙岛群体内遗传距离最小,洞头岛群体内遗传距离最大。共检测到102个单倍型,大部分单倍型聚合为一支,没有形成明显的区系结构,各个岛屿的疣荔枝螺存在基因交流。     

云南西花蓟马rDNA-ITS2遗传多态性及其种群扩张

应用rDNA-ITS2基因序列对云南各地理种群西花蓟马Frankliniella occidentalis(Pergande)的遗传结构和遗传分化程度进行初步研究。经过比对112条序列,共发现了59个变异位点,定义了30种单倍型。云南省西花蓟马的单倍型多态性较高(Hd=0.90219),而核酸多态性较低(Pi=0.00891)。各地理种群西花蓟马的遗传分化指数Fst为0.00810,基因流Nm为30.61,表明各地理种群间遗传分化程度非常低,种群间存在充分的基因交流。对群体进行中性检验、错配分析表明西花蓟马群体曾经历过近期的种群扩张。分子方差分析(AMOVA)表明,云南西花蓟马的遗传变异主要来自于种群内部,种群间的遗传变异水平还非常低。从分子生物学的角度上也证实了西花蓟马近期入侵云南的事实。     

云南虫生真菌粉棒束孢遗传分化研究

对云南粉棒束孢8个当地居群和蝙蝠蛾拟青霉2个当地居群进行ITS测序和RAPD扩增分析,结合Gen Bank中相关序列,对粉棒束孢开展遗传多样性、居群遗传结构及其种内分化研究。共获得大范围内地理距离远的6个居群共97条粉棒束孢ITS序列,共有33种单倍型,单倍型多样性Hd=0.546和总核苷酸多样性Pi=0.00276,显示粉棒束孢在物种水平上遗传多样性较低。云南粉棒束孢共37条序列,有14种单倍型(10种为云南特有),具有较高单倍型多样性和核苷酸多样性(Hd=0.659,Pi=0.00274);单倍型聚类和网状分支分析表明云南粉棒束孢单倍型类型丰富,遗传多样性高,暗示云南为粉棒束孢多样性分布中心之一。ITS序列分析表明,云南当地居群间遗传分化系数Fst=51.95%;RAPD分析表明,居群间遗传分化系数Gst=0.5547,基因流Nm=0.4014;说明云南当地居群粉棒束孢分化剧烈。居群遗传距离与地理距离相关性研究表明,粉棒束孢居群遗传距离与地理距离无明显相关。中性检验和失配分析表明粉棒束孢经历过近期居群扩张。结合单倍型聚类和网状分支分析,表明Hap 19为扩张建群单倍型,但原始祖先单倍型(Hap 1)依然是粉棒束孢居群中最优势单倍型(频率为48.45%),表明粉棒束孢并不存在明显的因地理原因造成的生殖隔离。值得重视的是,通过ITS单倍型和RAPD分析,支持将蝙蝠蛾拟青霉作为粉棒束孢异名处理。     

怒江流域多鳞荷马条鳅(Homatula pycnolepis)种群年龄结构与遗传多样性

该文于2008年4月采自南定河支流小勐统河的多鳞荷马条鳅(Homatula pycnolepis)群体(204尾,年龄仅为1~2龄,缺乏≥3龄个体,年龄结构简单);2007—2009年采自怒江流域4个采样点的多鳞荷马条鳅群体(80尾)的Cytb基因与群体遗传多样性及遗传结构分析共发现44个多态位点,仅定义4个单倍型,总体单倍型多样性(Hd)及核苷酸多样性(Pi)分别为0.7595及0.015,而怒江流域各采样点群体的Hd及Pi均为0,显示各地理群体遗传多样性丧失。怒江区域组、南定河组群体之间遗传分化明显,遗传距离为0.0356,组间分隔时间较久。由于被分离为小种群且面临较大捕捞压力,怒江多鳞荷马条鳅种群遗传多样性丧失,种群年龄结构简单,且怒江区域、南定河区域及澜沧江流域种群应被作为不同遗传管理单元而进行种群管理。     

基于cpDNA非编码序列的北沙柳遗传多样性分析

为揭示北沙柳(Salix psammophila)的遗传多样性、遗传结构及分化特征,利用叶绿体非编码区序列(trnL-trnF和trnD-trnT)对分布于毛乌素沙地和库布齐沙漠的16个北沙柳居群(339个个体)进行了遗传研究,为北沙柳种子资源库遗传管理、遗传改良、遗传育种及品种选育提供理论依据。结果表明:(1)经trnL-trnF和trnD-trnT片段联合比对获得了1811 bp序列,共有12个核苷酸变异位点(8个简约信息位点,4个变异位点),得到16个单倍型。(2)单倍型多样性指数(Hd)为0.737,核苷酸多样性指数(π)为0.00107;且单倍型H3的分布在所有居群中位于单倍型网络图中心,其余单倍型随机分布于各个居群。(3)AMOVA分析表明,北沙柳cpDNA的变异主要来源于居群内(91.16%),居群间遗传分化程度中等(FST=0.08837),各居群间的基因交流非常频繁(Nm=2.58);遗传分化系数NST(0.085)显著大于GST(0.056,0.01相似文献   

基于COⅠ基因对温州沿海岛屿疣荔枝螺遗传多样性研究

温州沿海岛屿众多,水文环境复杂,疣荔枝螺（Reishia clavigera）是岩相潮间带常见种,对其群体间遗传多样性的分析,有助于合理保护和开发利用种质资源。本实验对温州沿海14个典型岛屿的158个疣荔枝螺个体,进行细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因片段序列测定,得到158 条长度为672 bp的序列,A、T、C、G 四种碱基含量分别为23.0%、38.4%、17.4%和21.2%。共检测到保守位点562个,变异位点108 个,其中包括简约信息位点57 个,单突变位点51 个。所有个体的核苷酸多样性指数Pi为0.008 0 ± 0.029 7,单倍型多样性为指数Hd为0.978 ± 0.006,平均核苷酸差异度为5.328。群体间遗传距离在0.005 7 ~ 0.011 1之间,群体内遗传距离在0.005 7 ~ 0.010 8之间,不同疣荔枝螺群体之间的遗传距离处于同一水平。霓屿岛和大竹峙岛群体内遗传距离最小,洞头岛群体内遗传距离最大。共检测到102 个单倍型,大部分单倍型聚合为一支,没有形成明显的区系结构,各个岛屿的疣荔枝螺存在基因交流。