黑龙江省主栽大豆品种遗传多样性的SSR 分析

使用合丰25等来自13个育种单位的13份大豆(Glycine max)品种对大豆20个连锁群上的100对SSR标记进行筛选, 最终保留了扩增稳定且多态性较高的43对SSR标记, 分析了黑龙江省83个主栽大豆品种的遗传多样性。结果表明, 在所有供试材料中共鉴定出等位变异157个, 每个位点2-7个, 平均为3.65个。品种间遗传相似系数为0.216-0.937, 平均为0.638 4, 表明黑龙江省大豆品种的遗传相似性较大, 故拓宽黑龙江省大豆品种的遗传基础具有重要意义。     

河北省大豆推广品种遗传多样性分析

利用主要农艺性状以及SSR和AFLP2种分子标记,对河北省41个大豆推广品种进行遗传多样性分析,以便为种质资源利用和创新提供依据。农艺性状聚类结果将41个材料划分为3个类群和2个特殊品种,聚类结果与材料系谱来源相差悬殊,不能反映材料间亲缘关系。SSR和AFLP数据聚类结果将41个材料划分为4个SAG（SSR and AFLP—basedgroups）分子类群。30对SSR引物共检测出135个等位变异,平均每个位点上有4．47个等位变异,SSR的遗传多样性指数（Simpson）分布范围为0．0928～0．7800,平均值为0、6442。10对AFLP引物共扩增出93个多态性标记,平均每对引物9．3个多态性标记。品种间的遗传相似系数（GS）变化范围为0．5877～0．9868,平均值变化范围为0．6732～0．7653,总体平均值为0.7237,遗传相似系数较高,说明材料间遗传变异较小。     

黑龙江省近年审定水稻品种基于SSR标记的遗传多样性分析

为评估黑龙江省水稻品种的遗传基础,利用24个用于水稻DNA指纹图谱构建的SSR标记以及其他均匀分布于水稻12条染色体的38个SSR标记,对黑龙江省近年审定的73个水稻常规稻品种进行遗传多样性分析。结果表明,在62个SSR标记位点中,共检测到142个等位基因,平均每个标记2.3个,多态性比率平均为71.0%,多态性频率变幅为0~0.775,平均值为0.246。供试品种间两两遗传相似系数的平均值为0.759,变幅为0.622~0.966,且96.4%的品种间遗传相似系数在0.66~0.86之间,表明供试的73个品种亲缘关系较近。通过SSR标记基因型聚类分析将这些品种划分为6个类群,与系谱分析趋势一致,类群间的差异主要表现在生育期和米质方面。综上所述,黑龙江省近年审定的水稻品种遗传基础狭窄,在育种中需要导入新的种质资源,加强种质资源创新,以期丰富水稻品种的遗传多样性,进一步提高水稻产量和抗性。     

普通小麦Genomic-SSR和EST-SSR分子标记遗传差异及其与系谱遗传距离的比较研究

采用Genomic-SSR和EST—SSR标记技术,对来自我国北方冬麦区的18份普通小麦品种(系)的遗传多样性进行了探讨,并与系谱遗传距离进行了比较分析。研究发现,平均每个Genomic—SSR检测到的等位基因数为3．34个,明显高于EST-SSR的2．31个。遗传距离(GD)计算结果显示,18个小麦基因型之间的EST—SSR平均遗传距离较小,仅为0．3996,低于Genomic—SSR的GD平均值0．5458。尽管EST-SSR揭示出的多态性明显低于Genomic-SSR,但系谱分析和聚类结果均表明,与Genomic—SSR相比,EST—SSR标记能更准确地反映出不同小麦基因型之间的遗传和亲缘关系。据此可以认为,EST—SSR是评价小麦遗传多样性的一种理想标记形式。研究还证实,一个骨干亲本与由其衍生出来的品种(系)之间的遗传差异一般较小,并对拓宽普通小麦遗传基础的策略和方法进行了讨论。     

应用SSR标记分析大豆种质资源的遗传多样性

利用SSR分子标记分析了119个大豆品种的遗传多样性,结果表明：30对SSR引物在119份材料中共检测出159个等位变异,平均每对引物检测到5．30个等位变异;河北省农家品种中平均每对引物检测到5．17个等住变异,育成品种4．87个,省外品种4．93个,表明地方品种的遗传多样性高于育成品种。河北省农家品种、育成品种和省外育成品种依据SSR数据获得的品种间相似系数总体平均值相近,分别为0．698、0．698、0．672,但河北省农家品种较育成品种具有较大的变化幅度。119个品种可被划分为3个类群,在一定程度上能把育成品种和农家品种分开,并反映了一定的品种地域来源。     

花苜蓿抗旱耐盐EST—SSR标记筛选

为了给花苜蓿（Medicago ruthenica Trautv．）抗旱耐盐的生态适应性研究提供特异的遗传标记,在已公布的70对鹰嘴豆抗旱耐盐EST—SSR标记中筛选出稳定性好、多态性高的8对引物,并用这8对引物对挑选出的11个居群的286个个体进行扩增,获得111个等位基因。平均等位基因数为13．88;平均观察杂合度为0．497;平均预期杂合度为0．687;多态信息含量从0．313到0．883不等,平均值为0649。以上结果表明,筛选出来的8个EST—SSR标记可以用于花苜蓿的遗传多样性分析,而且遗传多样性处于较高水平。多态性丰富的EST—SSR引物适用于花苜蓿生态适应性进化分析,对揭示花苜蓿抗旱耐盐基因型的遗传变异和地理分布格局以及探讨花苜蓿抗旱耐盐的适应性分化机制有重要意义。     

黄淮麦区以1B/1R类品种为抗源主要育成小麦品种的遗传多样性分析

采用SSR技术对黄淮麦区以1B／1R类品种为抗源育成的38个小麦品种进行聚类分析。39个SSR引物共扩增出186条谱带,其中143务为多态性条带,占76．9％。每个引物可扩增出1～9条多态性条带,平均3．7条。位点多态性信息含量PIC变幅为0．320-0．857,平均为0．634。聚类分析表明,在遗传距离GD值0．32水平上38个小麦品种可聚成六大类。品种间遗传距离GD变幅为0．10769～0．48571。SSR标记揭示出这38个具有黑麦血缘的小麦品种遗传变异较小,遗传基础比较狭窄。     

大豆品种早熟18抗疫霉根腐病基因的SSR分子标记

大豆品种早熟18是抗疫霉根腐病的有效抗源。本研究鉴定和分子标记早熟18的抗疫霉根腐病基因,以期为该品种的有效利用及分子辅助育种奠定基础。以感病大豆品种Williams与早熟18杂交建立分离群体。抗性遗传分析表明,早熟18对大豆疫霉菌抗性由1个显性单基因控制,该基因被定名为RpsZS18。SSR标记连锁分析表明,RpsZS18位于大豆分子遗传连锁群D1b上的SSR标记Sat_069和Sat_183之间,与这两个标记的遗传距离分别为10．0cM和8．3cM。RpsZS18是D1b连锁群上鉴定的第一个抗疫霉根腐病基因。     

河北省大豆地方品种遗传基础

以50份河北省大豆地方品种为材料,通过两年对12个农艺性状鉴定和30个SSR位点的分析,结果表明,地方品种农艺性状平均多样性指数为0．83,数量性状平均变异系数为20．15％,30个SSR位点平均等位变异数5．03,平均多样性指数为0．61,参试材料遗传距离平均0．869。利用Bayesian模型将参试材料分为4组。分析结果表明,河北省地方品种的遗传多样性与地理来源或不同熟期类型间没有显著相关。     

大豆重组自交系群体（ZKS-HX）遗传图谱的构建和形态标记的定位

以大豆品种‘合丰25’为母本,半野生大豆‘新民6号’为父本杂交得到的F2-9代122个重组自交系为试验材料,构建了含有124个SSR标记、1个EST标记、3个形态学标记的大豆遗传图谱。此图谱覆盖的基因组长度为2348．3cM．标记间平均距离为18．3cM。每个连锁群长度范围为15．1～195．9cM之间,标记数范围2—10个。本文将控制茸毛色（Pb）基因定位于LG06-C2连锁群上,与Sat_40x2的遗传距离为39．6cM;控制叶耳g（Le）、花色（4W,）基因定位于LG12-F连锁群上,它们之间的遗传距离为9．9cM,与两边的Satt348、Sat_240标记遗传距离分别为13．3cM和10．5cM。     

云南栽培稻种SSR遗传多样性比较

采用64个SSR标记对96份云南水稻（Oryza sativa）地方品种和选育品种的遗传多样性进行比较分析。结果发现64个标记都具有多态性,共检测到741个等位基因,每个多态性位点检测到的等位基因数为2—29个,平均11．57个：Nei基因多样性指数（He）范围在0．345（RM321）-0．932（RM1）之间,平均为0．56。水稻品种的遗传多样性并非按地理位置均匀分布,而是在相似系数为0．17的水平上明显分为2个不同类群,即籼稻类群和粳稻类群,且籼粳亚种间的SSR多样性差异不明显,籼稻平均等位基因数（Ap）和Nei基因多样性指数（Ap=10．6,He=0．46）与粳稻品种（Ap=10．7,He=0．48）十分接近,可能与这些品种间存在一定频率的基因交流有关。糯稻和非糯稻在籼稻群和粳稻群中都有表现,没有特别的分布规律。云南栽培稻选育品种与地方稻亲缘关系较近,其遗传基础可能来源于云南水稻地方品种。本研究结果表明,SSR标记能较好地区分云南栽培稻品种,且云南水稻地方品种遗传多样性丰富,存在大量的优质性状可供育种实践选择。     

Genetic structure and a selected core set of Brazilian soybean cultivars

Soybean is one of the most valuable and profitable oil crop species and a thorough knowledge of the genetic structure of this crop is necessary for developing the best breeding strategies. In this study, a representative collection of soybean cultivars recommended for farming in all Brazilian regions was genotyped using 27 simple sequence repeat (SSR) loci. A total of 130 alleles were detected, with an average allelic number of 4.81 per locus. These alleles determined the core set that best represented this soybean germplasm. The Bayesian analysis revealed the presence of two clusters or subgroups within the whole collection (435 soybean cultivars) and the core set (31 entries). Cultivars of similar origin (ancestral) were clustered into the same groups in both analyses. The genetic diversity parameters, based on the SSR loci, revealed high similarity between the whole collection and core set. Differences between the two clusters detected in the core set were attributed more to the frequency of their ancestors than to their genetic base. In terms of ancestry, divergent groups were presented and a panel is shown which may foster efficient breeding programs and aid soybean breeders in planning reliable crossings in the development of new varieties.     

东北春大豆样本的代表性及其SSR位点的遗传多样性分析

从3226份东北春大豆总体中选择283份春大豆种质,用质量性状和数量性状进行检测,对总体的代表性为80%.利用筛选出61对SSR核心引物对具代表性的东北春大豆样本进行分析,共检测到534个等位变异,平均每个位点的等位变异为8.75个,变幅为2～16个;遗传多样性指数变化范围在0.406～0.886,平均为0.704;东北春大豆样本在大多数位点上有优势等位变异,从而降低了其遗传多样性.其中35份种质具有特异等位变异,分布在29个位点上;各个位点上分化系数均较小,遗传多样性分化程度较低.东北春大豆中3个省种质的共有等位变异较多,以吉林省和辽宁省种质的遗传多样性表现较为一致,均高于黑龙江省种质的遗传多样性.地方品种的遗传多样性高于育成品种.东北春大豆种质资源的遗传多样性分布特点为有目的选择杂交亲本拓宽遗传基础以培育新品种提供了理论依据.     

我国陆地棉基础种质遗传多样性的SSR分子标记分析

利用398对BNL、JESPR、TMB等SSR引物,对不同亲本来源、不同选育时期、不同种植生态区的43份陆地棉基础种质进行了遗传多样性的SSR分子标记分析。扩增产物用8％的非变性聚丙烯酰胺凝胶检测,银染观察并照相。遗传多样性带型分析按位点多态信息量（PIC）,Shannon-weaver多样性指数（H^＋）等方法,利用NTSYSpc2．1软件计算品种间的遗传相似系数（Jaccard系数）,并用类平均法（UPGMA）进行聚类。结果表明所选择多态性引物分布在棉花基因组的第3、4、5、8、9、10、16、18、20、23号等染色体上,36对多态性引物在基础种质中扩增等位基因130个,其中多态性等位基因占80％,每个引物扩增等位基因2～8个,平均3．6个,PIC为0．278～0．865,平均0．62,基因型多样性（H^＋）为0．451～2．039,平均1．102,基础种质问SSR遗传相似系数平均为0．610,变幅为0．409～0．865,这说明所选基础种质基因组水平的多样性较丰富,变化范围大、代表性强。按品种不同选育时期来讲,第一、二、三期基础种质的SSR分子标记平均遗传相似系数分别是0．587、0．630、0．630,说明现代基础种质比早期基础种质在基因组水平的差异呈下降的趋势,可能是由于育种者偏重于使用优质高产性状的亲本品种,致使我国棉花的育种基础逐渐变窄。不同棉区基础种质SSR标记性状差异大,北部特早熟棉区基础种质间的SSR标记的多样性大于黄河、长江棉区,主要原因是长江、黄河棉区的育种过分强调高产、优质品种选育,品种间的差异变小;基础种质中的国内品种SSR相似系数（0．624）比引进品种（0.85）高,说明国内品种在遗传多样性上目前还没有超越国外品种。总之,我国棉花现代基础种质比早期基础种质的遗传多样性呈下降的趋势,黄河、长江主产棉区基础种质的遗传多样性还没有超过国外基础种质,品种间的遗传背景较为狭窄,还必须采用多种途径丰富我国棉花种质资源的遗传多样性。     

Genetic Diversity of Source Germplasm of Upland Cotton in China as Determined by SSR Marker Analysis

The genetic diversity of 43 sources of Upland cotton germplasm with different parental origins, breeding periods, and ecological growing areas in China were studied on the basis of simple sequence repeat (SSR) markers. A total of 130 gene alleles with 80% polymorphism were detected from 36 SSR primers. The number of alleles per primer ranged from two to eight with an average of 3.6. The polymorphism information content (PIC) range was 0.278-0.865, with an average of 0.62. The average genotype diversity index (H') was 1.102, the highest was 2.039 and the lowest was 0.451. The average coefficient of the genetic similarity of SSR markers among source germplasm was 0.610, ranging from 0.409 to 0.865. These indicated that the genetic diversity at the genomic level of the selected source germplasm was rich, and was representative of the diversity of the germplasms, in general. The diversity at the genome level of the base germplasm from the second and third breeding periods was decreased compared to that of the first period, indicating that the cotton genetic background in China became narrow gradually. The diversity of SSR markers among the base germplasm from early maturity cotton growing areas in the north was higher than those from the Huanghe and Yangtze growing areas. The molecular marker genetic similarity index of the domestic varieties was higher than that in the introduced varieties, which indicates that the genetic diversity in domestic cultivars was lower than that in the introduced varieties. This study gives an overview of the genetic diversity of the cotton germplasm base in China, and provides a guide for breeders to develop new cultivars efficiently.     

不同秋眠性苜蓿的遗传多样性研究

苜蓿的秋眠性是苜蓿引种,栽培的依据。采用RAPD技术对32份不同秋眠性苜蓿进行遗传多样性和系统发育研究。结果表明,13条引物共扩增出217个标记,有214个多态位点,多态频率达到98．6％,说明这些苜蓿品种具有很高的遗传多样性。聚类分析表明,安徽野生南苜蓿和其它栽培品种苜蓿有大的遗传差异,单独聚为一类。其余31个品种在相似系数为0．815的地方聚为4类,并且,相对秋眠性强的苜蓿品种的遗传基础更为丰富,而秋眠级数低的苜蓿品种相对遗传基础较狭窄。本研究同时表明,安徽野生苜蓿将能够为南方苜蓿育种丰富遗传基础,应加大保护和研究。     

SSR分子标记在山茶属观赏资源遗传多样性研究中的应用

采用微卫星(SSR)分子标记的方法,利用20对SSR引物对33份山茶属资源(含种和品种)的DNA样品进行了PCR扩增,从中筛选出10对扩增效果较好的SSR引物,并对33份资源进行了遗传多样性分析。结果显示:10对引物在33个植物材料中共检测出123个等位基因,每个SSR位点的等位基因数为3~22个,SSR2引物检测到的等位基因数量最多,达22个,平均每对引物含有12.3个等位基因,平均多态性信息量为0.74,变化范围为0.06~0.96。利用遗传距离矩阵按UPGMA方法进行聚类,结果表明33份植物材料可分为9个分支,很好的区分了品种间的亲缘关系,可为杂交育种的组合选择提供理论基础。不同花型的山茶属植物在10个微卫星位点上共发现42个特异等位基因,可能与不同的花型性状有关。     

用SSR标记分析抗疫霉根腐病大豆品种(系)的遗传多样性

利用50对SSR引物对抗疫霉根腐病大豆品种(系)进行遗传多样性分析。在166份品种(系)中,50个SSR座位共产生265个等位变异,平均每个座位5.3个。采用NTSYS-pc2.10计算品种(系)间遗传相似系数,平均相似系数为0.3124,表明抗疫霉根腐病大豆品种(系)间的遗传差异较大。用UPMGA进行聚类分析,166个品种(系)在相似系数为0.33时被聚为6类,地理来源相同的品种(系)大多聚类在一起。一些具有相同或相近抗病反应型的品种(系)被聚类在同一个类群中,表明这些抗病品种(系)的遗传关系较近,应有选择地利用。W illiam s和C lark抗疫霉根腐病近等基因系构成明显不同于中国大豆的基因源,可以用于拓宽我国大豆品种的遗传基础。