花生四烯酸高产菌M6的鉴定

为鉴定花生四烯酸高产菌M6考查了M6的形态、生理特征及其核糖体18S rDNA序列。M6菌落为白色,菌落初期很薄,圆形,然后一层层扩展,形成花瓣状,并长出棉花状菌丝。显微镜下观察,菌丝体内有较多的油脂颗粒。菌株M6在4℃低温下和25℃温度下都可以生长,M6菌体油脂的脂肪酸气相色谱分析显示M6可以产生花生四烯酸。M6的18S rDNA的部分序列分析表明其与高山被孢霉同源性最高,达99%。根据M6的形态、生理特征及其核糖体18S rDNA的序列的分析鉴定M6是高山被孢霉。     

一株红树内生真菌的形态学及28S rDNA序列鉴定

本文采用形态学方法,并结合28S rDNA序列分析对分离自红树植物海马齿(Sesuvium portulacastrum)的1株内生真菌BY1进行鉴定。结果表明菌株BY1的菌落和显微形态与曲霉属典型特征相符,其28S rDNA序列与矮棒曲霉(Aspergillus clavatonanicus NRRL 4741,登录号AF459727.1)相似度达100%,系统发育关系也显示其与矮棒曲霉(Aspergillus clavatonanicus NRRL 4741)亲缘关系最近,位于同一分支。因此将菌株BY1鉴定为矮棒曲霉(Aspergillus clavatonanicus)。     

抗肿瘤海绵放线菌的分离及菌株HA01184的鉴定

目的：对采自海南、湛江等海域的海绵样品进行放线菌选择性分离,采用其发酵液进行抗肿瘤活性筛选,并对活性较好的菌株进行鉴定。方法：用含50μg／mL重铬酸钾为抑制剂的海水高氏一号合成培养基分离培养海绵放线菌;以MTT法进行菌株的抗肿瘤活性筛选;通过培养特征、形态特征、生理生化特征、16S rDNA序列测定及系统发育分析,对菌株HA01184进行鉴定。结果与结论：海水高氏一号合成培养基用于海绵放线菌分离培养具有很好的选择性,从海绵样品中共分离得到放线菌165株,细胞毒活性达80％以上的阳性菌株有10株,其中菌株HA01184的发酵液细胞毒活性为90％。结合形态观察、生理生化特征和16S rDNA序列比对分析,将HA01184归于链霉菌属,可能是来自海洋环境的一个潜在新种。     

人参细胞器核糖体小亚单位DNA的PCR扩增与序列测定

采用CTAB法提取了人参(Panax ginseng)根基因组DNA,根据植物叶绿体16S rDNA和线粒体18SrDNA与细菌16S rDNA序列具有高度同源性,用扩增细菌16S rDNA的一对通用引物(8f,1492r)扩增了人参细胞器核糖体小亚单位DNA.对扩增产物进行了克隆与测序,经多序列比对,扩增片段分别与已知植物叶绿体16S rDNA和线粒体18S rDNA具高度同源性,表明该对引物可以用来扩增绝大多数植物细胞器核糖体小亚单位DNA,可以作为鉴定植物叶绿体16S rDNA和线粒体18S rDNA的一种基本实验技术.     

一株引起马来甜龙竹组培污染内生菌的分离与鉴定

【目的】对一株引起马来甜龙竹组培污染内生菌的分离与鉴定。【方法】采用改良的NA培养基分离纯化菌株,并通过菌体的形态结构观察、生理生化试验及其16SrDNA序列同源性分析对其进行鉴定。【结果】菌株SWFU01的形态特征及生理生化试验结果与解淀粉芽孢杆菌[Bacillus amyloliquefaciens(Fukumoto)Priest et al.]的描述基本相同;16S rDNA序列分析表明,该菌株与解淀粉芽孢杆菌JS在同一系统发育分支,其同源性为99.28%。【结论】综合形态学特征、生理生化特征以及16S rDNA序列分析的研究结果,菌株SWFU01被鉴定为解淀粉芽孢杆菌。     

表型特征结合基因组分析鉴定不同菌落形态Bacillus velezensis ACCC 19742

在中国农业微生物菌种中心(ACCC)菌株的定期转接保藏过程中,发现解淀粉芽孢杆菌ACCC 19742在同一培养基上出现两种不同的菌落形态,将这两个不同形态的菌株编号为19742-1和19742-2。通过形态学、生理生化及基因组分析相结合鉴定不同菌落形态ACCC 19742,并进一步确定该菌株的分类地位。首先将菌株进行分离与纯化,其次将纯化后的菌株进行16S rRNA及gyrB基因扩增及序列分析,通过MEGA 7.0软件构建系统发育树;API 20NE、BIOLOG及脂肪酸等分析菌株的生理生化特性;全基因组分析菌株的ANI和DDH值。两株菌在API 20NE中,仅葡萄糖酸盐同化反应存在差异;脂肪酸检测中主要组成相同,仅是百分含量方面略有差别;两株菌的16S rRNA基因相似性为100%,gyrB基因的相似性为99.4%;全基因组测序表明,两株菌的ANI值为99.95%,DDH值为99.62%。综合遗传学特征和表型特征,证实两者为来源于同一菌株不同的形态变异型,而并非污染所致。同时,19742-1和19742-2与Bacillus velezensis NRRL_B 41580~T的ANI及DDH值最高,分别为97%和77%,且16S rRNA和gyrB系统进化分析也表明,该菌株在分类地位上属于贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis),而非解淀粉芽孢杆菌。这为菌株的保藏提供了一定的参考价值。     

内蒙古碱湖中紫色非硫光合细菌的分离和鉴定

从内蒙古碱湖水样中分离得到一株紫色非硫光合细菌,命名为JH1-6.对该菌株进行了形态学观察、生理生化鉴定、活细胞吸收光谱以及16S rDNA序列分析.16S rDNA序列分析结果表明该菌株与沼泽红假单胞菌的16S rDNA序列同源性高达99%,结合形态特征和生理生化特性以及活细胞吸收光谱特征等,确定菌株JH1- 6在分类地位上属于沼泽红假单胞菌(Rhodopseudomonas palustris).     

一个降解染料的希瓦氏菌新种——中国希瓦氏菌

从细胞形态、生理生化特性和16S rRNA基因和gyrB基因序列同源性分析等方面对一株广谱高效染料降解菌D14进行了鉴定.菌株D14的细胞壁革兰氏染色为阴性,细胞为杆状,大小为0.6μm～1.0μm×1.0μm～4.0μm,周身纤毛,极生单鞭毛,其生长pH范围为pH 7.0～10.0,最适生长pH为8.0,生长温度范围为4℃～40℃,最适生长温度为20℃～30℃.该菌株具有还原三价铁,液化明胶、Tween40和Tween 80,产生H2S的能力.在乳酸钠存在的条件下,能还原硝酸盐、亚硝酸盐、铁氧化物和硫代硫酸钠.可利用D-半乳糖、D-葡萄糖、蔗糖、丙酸钠、L-亮氨酸等多种有机物为碳源.BIOLOG细菌自动鉴定系统鉴定结果表明该菌株应归属于希瓦菌属.16S rDNA和gyrB基因序列分析结果表明,菌株D14与其亲缘关系最近的菌株Shewanella putrefacien ATCC8071T的16S rDNA序列相似值为97%(小于97.7%),gyrB基因序列相似值为87%(小于90%).菌体所含有的主要脂肪酸为iso-15:0,16:1ω7c,15:0和16:0,DNA中(G C)mol%含量为49.3.结合菌株D14的生理生化特征和分子生物学特性,将菌株定为希瓦氏菌属的一个新种,命名为中国希瓦氏菌(Shewanella cinica)D14T.     

葡萄碘泡虫、似葡萄碘泡虫和茄形碘泡虫的鉴别及系统发育

葡萄碘泡虫Myxobolus acinosus Nie & Li, 1973、似葡萄碘泡虫Myxobolus pseudoacinosus Guo, et al., 2018和茄形碘泡虫Myxobolus toyamai Kudo, 1917形态非常相似, 有着共同的宿主和相同的寄生部位, 是病原鉴定中容易混淆的种。文章基于形态学和18S rRNA基因信息对三者进行了鉴别和分子系统学研究。成熟孢子形态特征的比较分析显示, 三者形态存在显著差异。葡萄碘泡虫与似葡萄碘泡虫18S rDNA序列相似度为98.4—98.8%, 遗传距离为0.013—0.020; 葡萄碘泡虫与茄形碘泡虫18S rDNA序列相似度为96.1—97.2%, 遗传距离为0.038—0.042; 似葡萄碘泡虫和茄形碘泡虫18S rDNA序列相似度为96.4—97.6%, 遗传距离为0.033—0.040。18S rDNA序列比对显示, 葡萄碘泡虫含有15个关键变异位点, 可将该虫与似葡萄碘泡虫和茄形碘泡虫区分; 似葡萄碘泡虫含有5个关键变异位点, 可将该虫与葡萄碘泡虫和茄形碘泡虫区分; 茄形碘泡虫含有33个关键变异位点可将该虫与葡萄碘泡虫和似葡萄碘泡虫区分。18S rRNA二级结构V4区的E23-2构型可将葡萄碘泡虫与似葡萄碘泡虫和茄形碘泡虫区分, 而V7区的H43构型可将茄形碘泡虫与葡萄碘泡虫和似葡萄碘泡虫区分。以上表明, 三者无论在形态上还是在遗传上均具有独立物种的特征。系统发育分析显示, 葡萄碘泡虫、似葡萄碘泡虫和茄形碘泡虫为系统树中分化较晚的一支。     

细菌群体感应抑制活性微生物Zou 03的筛选与鉴定

从近海区生态环境中分离纯化98株海洋菌株,以根癌农杆菌WCF47为敏感检测菌株,筛选出1株具细菌群体感应抑制活性的菌株Zou03,对其进行形态、生理生化特征鉴定和16S rDNA分子鉴定。结果显示,Zou03具枯草芽胞杆菌(Bacillus subtilis)的典型特征,其16S rDNA序列通过对比分析,与GenBank中枯草芽胞杆菌16SrDNA的部分序列同源性为100%。综合形态、生化特征及16S rDNA序列对比分分析,鉴定菌株Zou03为枯草芽胞杆菌。表明近海区生态环境中存在具有抑制细菌群体感应活性的微生物,有利于海洋微生物资源开发,为以致病菌群体感应系统为靶点的新型疗法提供新技术。     

一株细薄星芒海绵细菌的抗菌活性与分类学研究

采用平板涂布法从我国南海细薄星芒海绵分离得到一株细菌A72,以大肠埃希氏菌、金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌、荧光假单胞菌、黑曲霉、白假丝酵母、宛氏拟青霉7种指标菌对A72的抗菌活性进行了研究,同时采用形态学观察、生理生化分析与16S rDNA同源性与系统发育分析进行种属鉴定。研究发现A72对于枯草芽孢杆菌等具有显著的活性,初步确认A72为粪产碱杆菌。     

Aspergillus niger var. taxi, a new species variant of taxol-producing fungus isolated from Taxus cuspidata in China

Aims:  To characterize and identify a new taxol-producing fungal strain HD86-9 isolated from Taxus cuspidata in China.
Methods and Results:  Taxol extracted from strain HD86-9 was identified by HPLC and MS analyses. Strain HD86-9 was cultured and its morphology and phenotypes were described. HD86-9 displayed morphology most similar to that of Aspergillus niger but presented differences in the shape and size of the conidia. The growth evaluation showed that the maximal tolerable temperature of the new strain was 43°C, higher than that of the model Aspergillus niger . The 18S rDNA and the internal transcribed spacer region including the 5·8S rDNA of HD86-9 were amplified by PCR; molecular analysis of these sequences revealed their high similarity of 98% to those of Aspergillus niger .
Conclusions:  The morphology and molecular analysis identified HD86-9 as a new variant of taxol-producing endophytic fungi, and it was named Aspergillus niger var. taxi D.P. Zhou, K. Zhao and W.X. Ping, var. nov.
Significance and Impact of the Study:  As the first report of a taxol-producing variant of Aspergillus niger species, this study offers important information and a new resource for the production of an important anticancer drug by endofungus fermentation.     

1株海洋真菌ZH2.1的鉴定及生物学特性初步研究

从南海海域白姑鱼消化道分离到1株海洋真菌ZH2.1,对其进行了系统鉴定和生物学研究。采用传统的形态学鉴定方法,并结合18S rDNA序列分析确定其归属。18S rDNA序列分析表明其与孔状短小茎点霉Phoma exigua var.exigua在进化位置上最为接近,其18S rDNA在GenBank的登录号为FJ450059。结合形态学观察结果,可认为菌株ZH2.1为茎点霉属真菌。对该菌株的部分生物学特性研究表明,ZH2.1为兼性海洋真菌,最适生长盐度为3%。此外,在微氧条件下也可生长。     

黄瓜苗根围拮抗细菌X3的分子鉴定

采用生理生化、Biolog和16S rDNA分子鉴定3种不同方法,对抑制黄瓜苗期猝倒病病原真菌的细菌菌株X3进行了鉴定．生理生化鉴定显示该菌株为Pseudomonas aeruginosa;而Biolog鉴定显示其为P．spinosa;进一步对该菌株作16S rDNA基因的测定与分析,表明其与已报道的P．aeruginosa 16S rDNA具有93．7％的同源性,二者在所建系统发育树中处于同一分枝,据此确定该菌株为P．aeruginosa。     

一株产蓝色素链霉菌18-A-5的鉴定与系统发育分析

从原始热带雨林土壤中,分离到一株产蓝色色素菌株18-A-5,对其进行了系统分类学研究。形态学特征观察表明,在高氏合成一号培养基上初产蓝绿色色素,日久为深蓝色,基内菌丝蓝色,气生菌丝灰白色,产灰色孢子,孢子丝直或柔曲,形成长孢子链,孢子圆柱形。其DNA的G＋C摩尔分数为62.4%,16S rDNA序列分析结果(GenBank登陆号为EU054353),18-A-5与生靛链霉菌Streptomyces indigoferus ATCC23924^T 、草绿色链霉菌Streptomyces herbaricolor ATCC23924^T具有极高的同源性,达100％,聚类分析表明,18-A-5与生靛链霉菌Streptomyces indigoferus、草绿色链霉菌Streptomyces herbaricolor两株菌聚类在一起,分支置信度为74%。结合生理生化特性、细胞壁化学组成分析、脂肪酸分析等将菌株18-A-5定名为草绿色链霉菌Streptomyces herbaricolor。并对该蓝绿色可溶性色素性质进行了耐酸碱性、热稳定性、抗菌谱等初步分析。     

孔雀石绿脱色菌恶臭假单胞菌菌株M6的分离、鉴定及其生长特性研究

从养殖池污泥中分离了6株对孔雀石绿具有脱色能力的菌株, 经过进一步在孔雀石绿营养肉汤中富集培养及其脱色率的比较, 筛选出对孔雀石绿具有较强脱色能力的优良菌株M6。菌株M6在30°C、150 r/min条件下对孔雀石绿的脱色率为97.14％, 通过革兰氏染色、电镜对其形态进行了观察, 用ATB细菌鉴定仪对其进行了生理生化鉴定; 通过对其16S rDNA序列进行PCR扩增和测序, 与NCBI中收录的与其同源性较高的菌株进行了聚类分析并构建了系统发育树。此外, 对其生长特性也进行了研究。实验结果表明, 菌株M6革兰氏染色阴性, 杆形, 端生一根鞭毛, 大小约为0.45 mm×0.84 mm, 在孔雀石绿营养琼脂平板上形成的菌落特征为圆形、浅蓝色、粘稠、不易挑取; 菌株M6的16S rDNA序列与GenBank基因库中假单胞菌属的细菌菌株的16S rDNA序列有98％~99％的高度同源性, 菌株M6与恶臭假单胞菌OW-16(登录号：DQ112328.1)的亲缘关系最近。结合传统的形态与生理生化特性鉴定以及16S rDNA序列分析鉴定的结果, 判定菌株M6为恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)(登录号：EU348741.1)。此外, 菌株M6在30°C、150 r/min条件下摇床振荡培养的生长曲线为：0 h~4 h为生长延迟期, 4 h~64 h为对数生长期, 64 h~80 h为稳定期, 80 h以后为衰亡期; 其最适生长pH值为7, 最适生长温度为30°C, 在转速为50 r/min~250 r/min条件下, 其浓度随转速的增加而增大。     

不对称还原苯乙酮的酵母菌株筛选与分子鉴定

利用苯乙酮作为模式底物,对145株菌株进行初筛和复筛,获得一株具有高效立体选择性的酵母菌株YS6-2,能够不对称还原苯乙酮生成(S)-1-苯基乙醇.在苯乙酮浓度为70mmol/L时,底物的初始转化率达26.8%,产物(S)-1-苯基乙醇的对映体过量值为98.8%.基于形态学、生理生化特征、18S rDNA和26S rDNA D1/D2区域的分析表明,YS6-2为胶红酵母(Rhodotorula muci-laginosa).     

Aspergillus niger contains the cryptic phylogenetic species A. awamori

Aspergillus section Nigri is an important group of species for food and medical mycology, and biotechnology. The Aspergillus niger 'aggregate' represents its most complicated taxonomic subgroup containing eight morphologically indistinguishable taxa: A. niger, Aspergillus tubingensis, Aspergillus acidus, Aspergillus brasiliensis, Aspergillus costaricaensis, Aspergillus lacticoffeatus, Aspergillus piperis, and Aspergillus vadensis. Aspergillus awamori, first described by Nakazawa, has been compared taxonomically with other black aspergilli and recently it has been treated as a synonym of A. niger. Phylogenetic analyses of sequences generated from portions of three genes coding for the proteins β-tubulin (benA), calmodulin (CaM), and the translation elongation factor-1 alpha (TEF-1α) of a population of A. niger strains isolated from grapes in Europe revealed the presence of a cryptic phylogenetic species within this population, A. awamori. Morphological, physiological, ecological and chemical data overlap occurred between A. niger and the cryptic A. awamori, however the splitting of these two species was also supported by AFLP analysis of the full genome. Isolates in both phylospecies can produce the mycotoxins ochratoxin A and fumonisin B?, and they also share the production of pyranonigrin A, tensidol B, funalenone, malformins, and naphtho-γ-pyrones. In addition, sequence analysis of four putative A. awamori strains from Japan, used in the koji industrial fermentation, revealed that none of these strains belong to the A. awamori phylospecies.