四株高产磷脂酶C新菌株的鉴定和分类

在前面研究高产磷脂酶C(PLC)菌株筛选及其抗血小板功能的基础上,对新筛选的四株高产PLC的754-1、779、970和1107菌株进行了鉴定和分类。通过形态特征、培养特征、生理生化特征以及16S rRNA序列测定及其同源性分析,证实754-1菌株与Bacillus cereus基本一致,因此将754-1菌株分类属于蜡状芽孢杆菌,命名为蜡状芽孢杆菌深圳株754-1,B．cereus shenzhen 754-1 strain。而779、970和1107三株菌则与Bacillus mycoides基本一致,因而将这三株菌分类属于蕈状芽孢杆菌,分别命名为蕈状芽孢杆菌深圳株779,B．mycoides shenzhen 779 strain,草状芽孢杆菌深圳株970,B．mycoides shenzhen 970 strain,和蕈状芽孢杆菌深圳株1107,B．mycoides shenzhen 1107 strain。这将为进一步利用这些菌株及其PLC打下坚实的基础。     

拮抗枯草芽孢杆菌KC-5的分离鉴定及其发酵优化

为了筛选出对植物病原菌具有拮抗作用的生物防治细菌,采用平板对峙法从蔬菜根际土壤中分离获得一株对多种病原真菌具有抑制作用的枯草芽孢杆菌,并对抑制后的病原菌菌丝进行了观察,结果表明该菌株对尖孢镰刀菌、串珠镰刀菌、层出镰刀菌以及腐皮镰刀菌均具有抑菌活性。通过形态特征、生理生化特征及16S rRNA序列分析,将该菌株鉴定为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis),并对其发酵培养基进行了优化。     

黑水虻幼虫肠道和体表产酶细菌的分离和鉴定

从野外收集和室内饲养的黑水虻Hermetia illucens L.幼虫体表和肠道分离出同时具蛋白质和有机磷分解能力的细菌10株,其中编号为T2、T4、T6、T7和T8的菌株分离自体表,编号为S14、S15、S16、S19和S20的菌株分离自肠道。克隆细菌的16S rDNA和DNA促旋酶B亚基编码基因gyrB对10株细菌进行了鉴定。通过16S rDNA序列确定10株菌为芽孢杆菌属,根据gyrB基因以及BLAST结果构建系统发育树,将10株细菌鉴定为枯草芽孢杆菌。然后将10株菌的gyrB基因以B.subtilis subsp.subtilisstr.168和模式菌株B.subtilis subsp.subtilis BCRC10255相应基因序列为参照构建系统发育树,分析10株菌在种的水平上的亲缘关系,发现10株菌存在亲缘关系差异,没有重复菌株。     

甘草内生细菌的分离及拮抗菌株鉴定

从乌拉尔甘草健康植株的根茎叶中共分离到内生细菌98株,经初步鉴定芽孢杆菌属(Bacillus sp.)为优势种群,约占30%;从不同生长年份甘草的根、茎、叶组织中分离内生细菌种群密度从5.0×104cfu/g~2.9×107cfu/g鲜重不等。采用平板对峙方法筛选出6株对植物病原菌有明显体外拮抗活性的菌株,通过菌落、菌体形态观察、生理生化反应及16S rDNA序列分析,同时结合Biolog细菌自动鉴定系统验证,鉴定这6株拮抗菌分属萎缩芽孢杆菌(Bacillus atrophaeus)、多粘类芽孢杆菌(Paenibacillus polymyxa)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、Paenibacillus ehimensis。     

新疆棉花黄萎病菌拮抗细菌的分离、筛选与鉴定

【背景】棉花黄萎病是由大丽轮枝菌(Verticillium dahliae Kleb.)引起的一种世界性病害,近年来对该病害的生物防治因具有环境友好和人畜安全的特性而倍受关注。【目的】筛选棉花黄萎病高效拮抗细菌并对其进行鉴定,为棉花黄萎病的生物防治扩充菌种资源。【方法】采用稀释涂布平板法分离细菌,并进行拮抗细菌的初筛和复筛,通过形态特征、生理生化特征和16S rRNA基因序列分析对筛选到的细菌进行鉴定,确定其分类地位。【结果】初筛分离到535株对病原菌具有拮抗作用的细菌,并选取了108株拮抗细菌进行复筛,最终筛选到了4株优势拮抗细菌。通过形态观察、生理生化特征和16SrRNA基因序列分析,将菌株BHZ-29、SHT-15、SHZ-24和SMT-24分别鉴定为贝莱斯芽孢杆菌(Bacillusvelezensis)、枯草芽孢杆菌斯皮兹仁亚种(Bacillus subtilis subsp. spizizenii)、萎缩芽孢杆菌(Bacillus atrophaeus)和香草芽孢杆菌(Bacillus vanillea)。【结论】获得了4株高效拮抗细菌,并且首次报道了香草芽孢杆菌对棉花黄萎病菌具有抑制作用。     

我国部分地区土壤中的苏芸金芽孢杆菌和球形芽孢杆菌

从云南、贵州、四川和陕西4省的土壤中分离到大量苏芸金芽孢杆菌(Bacillus thuringie—nsis)和球形芽孢杆菌(Bacillus sphaeticus)菌株。血清型分析表明,苏芸金芽孢杆菌分离株分属于23个血清型中的13个血清型,另有近20％的自凝型菌株及部分与所有标准菌抗血清无反应的菌株。对该两种昆虫病原细菌的生态分布规律进行了分析。研究了全部苏芸金芽孢杆菌分离株对鳞翅目、鞘翅目及双翅目的6种昆虫的毒力特性、伴孢晶体与芽孢的形态,以及晶体蛋白质成分。观察和测定了球形芽孢杆菌分离株的形态和毒力,并分析了部分菌株的晶体蛋白质成分。得到22株高效苏芸金芽孢杆菌和2株高效球形芽孢杆菌。证明苏芸金芽孢杆菌是典型的土壤微生物类群,我国西南地区土壤中的苏芸金芽孢杆菌资源十分丰富。     

鲟源病原性嗜水气单胞菌拮抗芽孢杆菌的鉴定及其生物学特性

从养殖池污泥中分离筛选了1株优良的鲟源嗜水气单胞菌拮抗芽孢杆菌G1,其对鲟源嗜水气单胞菌S1产生的抑菌圈直径为18.50 mm。通过API50CH细菌鉴定系统以及16S rRNA序列分析法,菌株G1被鉴定为解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens),GenBank登录号HM245965.1,其16S rRNA序列与基因库中芽孢杆菌属菌株的16S rRNA序列有99%100%的同源性,而且与解淀粉芽孢杆菌Ba-74501(GenBank登录号:DQ422953.1)的亲缘关系最近。菌株G1的最适生长pH值为7,最适生长温度为30°C,其在30°C、200 r/min条件下的生长曲线为:0 6 h为生长延迟期,6 54 h为对数生长期,54 90 h为稳定期,90 h以后为衰亡期。此外,菌株G1对其他实验选用的病原性嗜水气单胞菌也表现出良好的拮抗活性。本实验结果有利于填补嗜水气单胞菌拮抗菌在分类地位、生物学特性等方面的不足,为鲟鱼嗜水气单胞菌病的生物防控提供科学资料。     

河南省白龟山水库下游水体氨化细菌分离鉴定及其降解有机氮条件

【目的】从河南省白龟山水库下游水体中分离筛选氨化细菌,并研究其降解有机氮的条件。【方法】利用选择性培养基从微污染水源水中筛选氨化细菌,进一步比较了不同氨化细菌降解有机氮的效果;采用单因子法研究菌株N24降解有机氮的条件;通过形态、生理生化特征及16S rRNA基因序列分析对菌株N24进行鉴定。【结果】从微污染水源水中分离筛选到4株氨化细菌,其中菌株N24培养48 h后氨氮浓度较高,达到138.926 mg/L。菌株N24降解有机氮最适温度为30-35°C,最适初始pH值为6.0,500 mL摇瓶最适装液量75 mL。菌株N24被鉴定为弯曲芽孢杆菌(Bacillus flexus,GenBank登录号:JX291240.1),其16S rRNA基因序列与基因库中芽孢杆菌属菌株的16S rRNA基因序列有99%-100%的相似性,与弯曲芽孢杆菌(Bacillus flexus IFO15717T,GenBank登录号:NR024691.1)的遗传距离最近。【结论】菌株N24是一株高效降解有机氮的弯曲芽孢杆菌;本研究丰富了降解有机氮菌种资源,可为该菌在环境工程领域的实际应用提供理论基础。     

脂肪酸组分分析在不动杆菌鉴定中的应用

以不动杆菌属(Acinetobacter)中的A. baumannii、A. haemolyticus、A. johnsonii、A. junii、A. lwoffii模式菌株为参比菌株,对中国农业微生物菌种保藏管理中心(ACCC)所保藏的6株不动杆菌进行脂肪酸组分分析及16S rRNA基因系统进化分析.结果表明,利用脂肪酸分析可将6株菌完全准确地鉴定到属的水平上,这一点与16S rRNA基因分析结果一致;在种的水平上,16S rRNA基因进化分析与脂肪酸组分分析的结果可互为补充,相互印证.同时,通过对不动杆菌部分模式菌株及供试菌株的脂肪酸组分分析,报道了不动杆菌的特征性脂肪酸为C18:1 w9c、C16:00和C16:1w7c/C16:1w6c.     

贝莱斯芽孢杆菌抗真菌能力及基因组分析北大核心CSCD

蛋白水解酶及脂肽类化合物具有广谱的抑菌活性,这些抑菌活性蛋白及物质拥有巨大的研究和开发潜力。本研究通过蛋白水解酶平板筛选到一株对6种不同病原真菌有较明显抑菌效果的菌株,命名为X49,对该菌株进行理化分析,并由16S rRNA基因测序、API测试和电镜分析鉴定菌种,进一步分析其基因组序列,再利用偶氮酪蛋白方法分析蛋白水解酶活性及提取脂肽类化合物进行抗真菌测试。结果表明,该菌株在10–50℃、pH 4.0–9.0范围内均可以生长,对环境盐浓度的适应性较强,在10%NaCl浓度下仍然能够生长。菌种鉴定发现X49菌株属于贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis)。基因组分析则显示,B. velezensis X49菌株有11个编码的丝氨酸蛋白酶,其基因编号1_894属于S8枯草杆菌蛋白酶家族,与已知具有抗真菌能力的丝氨酸蛋白酶有高达99%的相似度。另外有多达30个编码的非核糖体肽合成酶,其中包含参与合成已知的表面活性素、伊枯草菌素、丰原素、杆菌肽及短杆菌肽脂肽类化合物。胞外蛋白水解酶活性分析发现其在高温下仍具有一定的活性。将B. velezensis X49菌株与中药干姜共发酵后,提取出的脂肽类化合物,其抑菌功效大大提高。由此可见,本研究筛选出的B. velezensis X49菌株对于植物及人类病原菌都有很显著的抑制作用。而与中药共发酵的活性物质可作为未来药物的研究开发。     

Does the applicability of Bacillus strains in probiotics rely upon their taxonomy?

The taxonomic position and biological activities of two Bacillus strains used in veterinary probiotics were studied in this work. These microorganisms inhibit growth of a broad spectrum of pathogenic cultures. They synthesize proteolytic enzymes and other biologically active metabolites, and to some extent, supplement each other with probiotic activities. It is not clear whether these versatile activities are properties of individual strains or bacterial taxa as whole. 16S rRNA comparisons were conducted and illustrated the relatedness of these strains to Bacillus amyloliquefaciens . Their cell wall fatty acid contents were consequently analysed and specified a relation to the " Bacillus velezensis " ecomorph. On account of the previous observations, a simple method of 16S rRNA profiling by polymorphic nucleotides was proposed to determine a group of organisms closely related to "B. velezensis" and B.?amyloliquefaciens subsp. plantarum, for they are biologically active strains suitable for use in biotechnology. The extreme genetic plasticity of these bacteria endowed each strain with a unique spectrum of antagonistic activity.     

杜仲黑斑病菌(Pestalotiopsis trachicarpicola)拮抗细菌的分离和鉴定

【背景】杜仲黑斑病菌(Pestalotiopsis trachicarpicola)是引起杜仲黑斑病的新病原,当前尚未见生防菌对其产生拮抗作用的报道。【目的】从杜仲健康叶片上分离筛选出对P.trachicarpicola DZHBB-1拮抗效果最好的生防芽孢杆菌(Bacillussp.),利用16SrRNA基因结合蛋白质编码基因,实现对该菌株的快速准确鉴定。【方法】采用稀释分离法从健康杜仲叶片上分离菌株,通过平板对峙实验和生长速率法进行筛选,联合16SrRNA、gyrA、gyrB基因序列构建系统发育树分析,结合形态学特征及生理生化特性鉴定目标菌株,盆栽试验验证其对杜仲黑斑病的防治效果。【结果】总共分离得到62株芽孢杆菌,初筛出14株对病原菌有较好生防效果的菌株,复筛结果证明菌株J1拮抗效果最好且稳定,抑制率达到66.67%,16SrRNA、gyrA、gyrB基因序列系统发育树分析结果综合显示,菌株J1为解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)。盆栽试验结果显示,该菌能有效防治杜仲黑斑病的发生,防治效果均超过57%。【结论】该菌株具有防治P. trachicarpicola引起相关植物病害的生防潜力,16S rRNA、gyrA、gyrB基因联合鉴定芽孢杆菌,可为快速准确地鉴定芽孢杆菌及其近缘种提供借鉴方法。     

芽孢杆菌SK007的分类鉴定及其拮抗植物病原菌的功能分析

【背景】农业生产中,发掘和利用具有生防功能的微生物资源是保障粮食安全和提高作物产量的重要举措。【目的】明确土壤中芽孢杆菌SK007的分类地位,验证其对多种植物病原菌的拮抗作用,挖掘潜在的生防功能。【方法】通过16SrRNA基因和基因组分析方法确定分离菌株SK007的分类地位;采用平板对峙法研究该菌株对番茄灰霉病菌、白菜黑斑病菌、烟草赤星病菌、小麦赤霉病菌、马铃薯干腐病菌等植物病原菌的拮抗作用;采用AntiSMASH分析和预测菌株SK007的抗生素相关基因。【结果】基于16SrRNA基因、全基因组序列、平均核苷酸一致性和DNA同源性分析,结果表明菌株SK007属于Bacillus velezensis,并且具有产生脂肽类抗生素和聚酮类抗生素的基因,对多种植物病原真菌有较强的抗性。此外,菌株SK007基因组中抗生素基因簇数目较多,丰富度高。【结论】芽孢杆菌SK007在拮抗植物病原菌方面有许多优良性状,具有促进作物抗病和增产的潜力。     

青海柴达木极端干旱沙地分离芽孢杆菌的分子鉴定及拮抗活性分析

【目的】研究高原极地环境微生物资源。【方法】采用rep-PCR指纹图谱分析、gyrB基因及16S rDNA基因序列分析等多项分子鉴定技术对分离自青海柴达木极端干旱沙地的8株芽孢杆菌菌株进行分类鉴定;通过平板对峙及接种离体叶片试验检测分离菌株的拮抗活性及对病原菌侵染的防效;采用MALDI-TOF-MS质谱分析生防菌株的活性成分。【结果】8株分离菌株鉴定为Bacillus amyloliquefaciens(6株)、Bacillus axarquiensis(1株)和Bacillus atrophaeus(1株);各菌株对油菜菌核病原真菌(Sclerotinia sclerotiorum)均具有显著的拮抗活性;接种离体叶片试验表明菌株对油菜菌核病菌的侵染具有较好防效;MALDI-TOF-MS质谱分析结果显示菌株DGL1(B.amyloliquefaciens)产生脂肽化合物Fengycin,菌株DGL6(B.axarquiensis)产生脂肽化合物Surfactin、BacillomycinsD和Fengycin,菌株DCD1(B.atrophaeus)产生脂肽化合物Surfactin、Fengycin。【结论】为高原干旱沙地极端环境微生物资源研究及生防菌资源开发和应用提供了研究材料。     

不同年龄大熊猫肠道可培养芽孢杆菌的多样性及部分功能特性分析

【背景】大熊猫的肠道内微生物类群丰富,种群结构与宿主的年龄、生存环境、季节变化等因素有关,其中年龄是影响肠道菌群组成的重要因素之一。【目的】以不同年龄阶段的大熊猫粪便为研究对象,旨在了解不同年龄大熊猫肠道内芽孢杆菌的多样性,探究大熊猫肠道芽孢杆菌种类与年龄段之间的关系,并为优良益生菌剂的开发提供菌种资源。【方法】用稀释涂布法分离大熊猫粪便中的芽孢杆菌,对分离的菌株进行BOXA1R-PCR、16S rRNA基因系统发育及主成分分析,揭示大熊猫肠道中可培养芽孢杆菌的多样性;采用对峙生长法和药敏纸片琼脂扩散法分别检测菌株的抗菌能力和药敏性。【结果】从大熊猫粪便中共分离出90株芽孢杆菌,基于BOXA1R-PCR分析菌株的遗传多样性并从中选取41株代表菌株,经16Sr RNA基因测序分析后,结果显示归属于枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、萎缩芽孢杆菌(Bacillus atrophaeus)、贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis)、甲基营养型芽孢杆菌(Bacillusmethylotrophicus)、解淀粉芽孢杆菌(Bacillusamyloliquefaciens)和短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)6个种;主成分分析结果表明大熊猫肠道芽孢杆菌种群组成与年龄存在一定的相关性。所有的供试菌株都具有纤维素降解潜力,大部分菌株对病原菌具有不同程度的抑制作用;除对青霉素具有耐药性外,供试菌株对常见的抗生素耐受性低。【结论】年龄是影响大熊猫肠道芽孢杆菌分布的重要因素,成年大熊猫肠道芽孢杆菌种类多样性最丰富,这为大熊猫益生菌制剂的开发提供了菌种资源。     

Intragenomic diversity of the V1 regions of 16S rRNA genes in high-alkaline protease-producing Bacillus clausii spp

Alkaliphilic Bacillus sp. strain KSM-K16, which produces high-alkaline M-protease, was characterized phenotypically, biochemically and genetically. This strain was identified as Bacillus clausii based on the results of taxonomic studies, including sequencing of the 16S rRNA gene and DNA-DNA hybridization. Seven rRNA operons in the genome were identified by pulsed-field gel electrophoresis. Sequencing of cloned 16S rRNA genes revealed two distinct types of variable region V1. Moreover, some cloned 16S rRNA genes in some of the reference strains of B. clausii had a V1 region of yet another type. The B. clausii strains could clearly be divided into at least two subgroups based on the frequencies of the types of cloned V1 sequence. Bacillus sp. strain KSM-K16 was found to be in a different phylogenetic position from other high-alkaline protease-producing strains of B. clausii.     

内生贝莱斯芽胞杆菌生物拮抗活性的研究

目的研究内生菌的生物拮抗活性。方法基于植物贴片法、形态学与分子生物学特征等分离、鉴定内生菌;利用纸片扩散法检测分离株拮抗病原性细菌、植物部分内生菌及耐药性细菌的生物活性。结果分离株HBB5的菌落呈乳白色、黏液性、皱褶状凸起,镜下见革兰阳性、单个或成双或短链状排列杆菌;序列分析显示,HBB5菌的16SrRNA基因序列与GenBank数据库中贝莱斯芽胞杆菌(Bacillus velezensis)同源性为100%,鉴定为B.velezensis HBB5。拮抗试验显示,B.velezensis HBB5抑制Staphylococcus aureus、Enterococcus faecalis、Escherichia coli、Salmonella typhi、Salmonella paratyphi A、Shigella dysenteriae、内生Penicillium HBF3及Klebsiella ornithinolytica B1645-1等菌株生长,其与内生B.subtilis SWB8无明显抑制现象。结论首次从盾叶薯蓣植物中分离出Bacillus velezensis,其显示了广谱的抗病原细菌活性及一定的拮抗耐药菌的能力,可能参与宿主植物疾病的防御。     

菜心炭疽病菌拮抗细菌的筛选及鉴定

从土壤中分离筛选获得2株对菜心炭疽病菌——希金斯炭疽菌(Colletotrichum higginsianum)具有强烈抑制作用的芽孢杆菌菌株19E2、13A1。通过形态特征观察、生理生化特性测定, 结合16S rDNA序列同源性分析以及部分基因特异性序列分析, 将2株菌鉴定为解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)。抑菌试验的结果表明: 当19E2和13A1的培养液在PDA培养基中的浓度为10%时, 抑菌率分别达到75.62%和85.35%, 当培养液浓度升高到20%时, 可完全抑制菜心炭疽病菌生长。抗菌谱测定结果显示: 2株菌对辣椒炭疽菌(C. capsici)、胶孢炭疽菌(C. gloeosporioides)、灰霉 (Botrytis cinerea)、苞叶芋柱帚霉(Cylindrocladium spathiphylli)和尖镰孢(Fusarium oxysorum)等重要病原菌具有明显的作用效果。