基于cytb基因分析帕米尔盘羊和新疆地方家绵羊的系统发育

[目的]研究帕米尔盘羊对新疆地方家绵羊是否有遗传贡献。[方法]测定了盘羊、家绵羊75个体的细胞色素b基因全序列,分析其遗传多样性,计算不同群体间遗传距离,进而构建系统发生树。[结果]新疆地方绵羊中检测到43个多态位点,定义为23个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.889±0.00102,核苷酸多样度(Pi)为0.521%。新疆地方家绵羊群体可分为4个支系(A、B、C和D),其中支系D首次在新疆多浪羊群体中被检测到。[结论]系统发育分析表明,新疆绵羊有多个母系起源或经过多次驯化,摩弗伦羊是绵羊母系祖先之一。     

多浪羊mtDNA D-loop区遗传多样性及系统发育分析

以多浪羊为研究对象,分析绵羊线粒体D-loop区的遗传多样性,为研究多浪羊的起源和进化历史奠定基础。结果显示,多浪羊线粒体DNA D-loop序列长度为945~1 039 bp,A、T、G和C含量分别为29.4%、27.7%、17.7%和25.1%,其中A+T为57.1%,G+C为42.8%。研究获得了26种单倍型,56个多态位点,其中单一多态位点42个,简约信息位点14个。平均核苷酸差异数k为5.289,核苷酸多样度Pi为0.02 415,核苷酸多样度较低,说明多浪羊的遗传多样性贫乏,应采取重点措施予以保护。另外研究发现多浪羊经历过群体扩张,其母系起源除A、B和C世系外,可能存在D或E世系。     

新疆罗布羊群体遗传多样性及系统进化分析

[目的]新疆罗布羊群体遗传变异与起源分化的研究,可为罗布羊品种形成、保护和种质特性研究利用提供理论基础。[方法]利用7个微卫星(SSR)位点及mt DNA D-loop环序列分析了新疆尉犁地区120头罗布羊群体遗传多样性,及与其它新疆南部地方羊种与中国绵羊的三大母系:藏羊、蒙古羊和哈萨克羊,三个野羊种:羱羊、摩佛伦羊、盘羊和亚洲型A型、欧洲型B型的母系遗传距离与进化关系。[结果]罗布羊群体平均等位基因数(K)、观察杂合度(HO)、期望杂合度(HE)、多态信息含量(PIC)分别为8.86、0.711、0.791和0.769;发现BM143位点存在罗布羊群体HW不平衡现象。罗布羊分成A系、B系和C系3个进化系,B系进化支与欧洲B型和多浪羊遗传距离较近,聚为一类;C系进化支先与巴音布鲁克羊聚为一支,然后和A进化支聚成一类,再与新疆其它地方羊种及蒙古羊、藏羊、亚洲型A型聚为一类。三个支系中B支系与摩佛伦羊(O.musmon)的关系较近。[结论]新疆尉犁地区罗布羊群体遗传多样性丰富,具有较高育种价值;群体微卫星BM143位点存在的HW不平衡现象;罗布羊有3个进化系,聚类分析结果初步认为罗布羊是由中东经蒙古高原到达新疆,后来与新疆南部地方羊种混杂的品种。     

苏州市入侵福寿螺的遗传多样性

福寿螺属（Pomacea）中的小管福寿螺（P. canaliculata）和斑点福寿螺（P. maculata）形态相似,入侵能力很强,严重危害水稻和其他水生植物。本研究基于线粒体细胞色素氧化酶亚基I（COI）基因和核基因EF1α序列,应用软件DnaSP 5.0、Arlequin 3.1.1、MEGA 7.0和PhyloSuite进行遗传参数统计、构建贝叶斯系统发育树,分析了来自江苏省苏州市虎丘区、吴中区、昆山周市镇、千灯镇和玉山镇共5个采样地的40只福寿螺（Pomacea spp.）的种类及其遗传多样性。结果表明,获得40条长度为605 bp的线粒体COI基因序列,经序列比对后发现有74个变异位点、4种单倍型。小管福寿螺有34只,分属3种单倍型（PcaH1 ~ PcaH3）,小管福寿螺的单倍型多样性（h）和核苷酸多样性（π）分别为0.399和0.017。斑点福寿螺有6只,仅有1种单倍型（PmaH1）。苏州地区小管福寿螺和斑点福寿螺遗传多样性均较低。基于线粒体COI基因系统发育分析结果表明,苏州市的小管福寿螺可能与阿根廷的小管福寿螺亲缘关系较近,而苏州市的斑点福寿螺可能与巴西的斑点福寿螺亲缘关系较近。此外,昆山市周市镇是新发现的小管福寿螺和斑点福寿螺同域分布地区。苏州、昆山的9个福寿螺样本共获得430 bp的核基因EF1α序列28条,发现有40个变异位点和9种单倍型（EFHAP1 ~ EFHAP9）,其中,小管福寿螺有8种单倍型（EFHAP1 ~ EFHAP5和EFHAP7 ~ EFHAP9）,斑点福寿螺有2种单倍型（EFHAP5和EFHAP6）。基于线粒体COI基因和核基因EF1α序列构建的系统发育树,小管福寿螺和斑点福寿螺存在遗传信息混杂的现象,提示两种螺存在杂交。     

罗氏沼虾不同群体线粒体COI基因的序列差异和遗传标记研究

利用PCR方法扩增获得罗氏沼虾（Macrobrachiumrosenbergii）线粒体DNA的COI基因,测定该基因片段序列。分析了罗氏沼虾缅甸原种F1代、江苏养殖群体和广西选育F2代3个群体共17只个体的序列核苷酸位点差异和遗传多态。结果表明,缅甸原种F1代遗传多样性最为丰富,江苏养殖群体和广西选育群体的遗传多样性相对贫乏。在长度为498bp的基因片段中,共检测到10个多态性核苷酸位点（占2.01%）,17只个体具有5种基因型,3群体各自的平均核苷酸位点差异分别为0.88%、0.07%和0。UPGMA分子系统聚类树显示,江苏养殖群体和广西选育群体的遗传关系最近,其单倍型混杂聚成一支,而缅甸原种F1群体相对独立为另外一支。COI基因可以作为区分两分支群体的遗传标记。     

拟穴青蟹线粒体COI基因序列克隆及SNPs位点分析

根据拟穴青蟹(Scylla paramamosain)线粒体全序列设计引物,采用PCR产物双向测序法,克隆了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COI)基因部分序列(761 bp),并筛选、分析了拟穴青蟹的SNPs位点.共分析了采自福建省宁德市的16只拟穴青蟹,另外,从GenBank数据库中下载了31条前人提交的拟穴青蟹COI基因序列(长度在425-522 bp之间).利用MEGA 4.0软件对所有序列进行比对分析,结果表明碱基T、C、A和G的平均含量分别为37.6％、17.8％、28.9％和15.7％,G+C的含量平均为33.5％.分析结果表明,在所克隆的761bp的COI基因序列中共发现29个SNPs位点,其出现频率为3.8％.在这29个SNPs位点中,13个为C/T转换(占44.8％),12个为A/G转换(占41.4％),2个为A/T颠换(占6.90％),1个为G/C颠换(占3.45％),另有一个位点(201 bp处)发生了A/C颠换和C/T转换两种类型的碱基替换.氨基酸分析表明,在29个SNPs位点中,有9个位点属于非同义突变,引起了氨基酸的变化;其他20个位点属于同义突变,未引起氨基酸的变化.这将为拟穴青蟹遗传背景和群体遗传多样性研究提供新的分子标记.     

基于线粒体Cytb基因全序列的松江鲈群体遗传结构分析

对松江鲈(Trachidermus fasciatus Heckel)中国沿海7个群体和日本有明海群体的线粒体Cytb基因全序列进行了测定、分析。结果显示: 47个个体共检测到31个单倍型, 8个群体均呈现出较高的单倍型多样性(0.60-1.00)和较低的核苷酸多样性(0.0005-0.0041)的特点。AMOVA分析结果及单倍型邻接关系树和单倍型网络关系图均显示松江鲈分为中国和日本两个世系, 而中国世系的7个群体未呈现出明显的地理遗传结构。基于核苷酸Kimura双参数替代模型计算得出的中国和日本两个世系的净遗传距离, 再参照其他硬骨鱼类线粒体Cytb基因2%/Ma(百万年)的分歧速率, 推测松江鲈中日两个世系间分化时间约为41万年前。对中国世系进行群体历史动态分析, 中性检验结果均为负值且显著, 核苷酸不配对分布呈单峰型, 表明松江鲈中国世系曾发生过群体扩张, 其扩张时间大约为12万年前。       

DNA条形码技术在青海海东地区小型兽类鉴定中的应用

为弥补传统形态分类方法的不足,探究应用DNA条形码技术进行分子生物学鉴定的可行性,本研究用DNA条形码技术检测了青海省海东地区3目6科14属18种110只小型兽类的COI基因部分序列。分析所测COI基因序列可知:种内遗传距离≤3%,种间遗传距离5-10%,属间遗传距离12-19%,种间遗传距离显著大于种内遗传距离。NJ树显示同种个体聚为有很高支持度的单一分支。有6个个体(4只黄胸鼠、2只小家鼠)在现场鉴定中被误定为其他种类。研究结果表明使用条形码技术能纠正形态学鉴定中的错误,也说明动物线粒体COI基因是一个有效的DNA条形码标准基因。     

基于线粒体COⅠ和16S rRNA基因序列比较分析东海带鱼群体遗传多样性

测定了东海带鱼(Trichiurus lepturus Linnaeus)三个群体(命名为A: 122°32′E 29°55′N、B: 123°30′E 26°75N; C: 124°24′E 27°26′N)72个个体的线粒体DNA16S rRNA和COⅠ基因序列,通过单基因序列和联合序列分析, 研究了东海带鱼群体的遗传变异情况。分别得到1130 bp的COⅠ基因序列片段和554 bp的16S rRNA序列片段, 其中COⅠ基因片段的T、C、A、G含量分别为29.0%、28.9%、24.4%和17.7%; 16S rRNA基因片段的T、C、A、G含量分别为22.7%、27.6%、28.0%和21.7%。基于线粒体16S rRNA、COⅠ和16S+COⅠ基因序列分析, 72个个体中分别确定43个, 8个和49个单倍型, 存在单倍型共享现象。群体的单倍型多样性指数为0.9766—0.9992, 显示了群体内的单倍型较为丰富。3个群体间各序列平均核苷酸差异数(K)在5.111—9.024和0.0045—0.0076, 核苷酸多样性指数(π)为0.0048—0.0084, 显示不同带鱼群体遗传多态性丰富。使用邻接法构建的分子进化树揭示同一群体内大部分个体聚在一起。分析结果表明, 群体A遗传背景比群体B、群体C较为丰富, 群体内部个体差异大于群体间差异, 群体间基因交流频率较高, 遗传分化不明显, 初步判定东海带鱼3个群体的遗传多样性偏低。     

基于线粒体COI序列变异的高原鼢鼠种群遗传分化研究

基于线粒体COI基因序列对高原鼢鼠7个地理种群的遗传多样性、遗传分化和基因流进行分析,158条COI基因序列中发现了570个变异位点,界定了54个COI单倍型。总体单倍型多样性指数Hd为0.911,种群单倍型多样性在0.278—0.964之间,高原鼢鼠的种群遗传多样性较高。群体总的遗传分化系数Fst为0.611,群体间的基因流Nm在-0.020—3.700之间,部分地理种群之间的遗传分化程度高,基因流弱。AMOVA分子变异分析显示,高原鼢鼠的遗传变异主要来自种群之间(77.56%),种群内部的遗传变异较低(22.44%)。中性检验(P0.01)与错配分析显示高原鼢鼠种群经历了群体扩张事件。IBD未检测到地理距离与种群间遗传距离的显著性相关关系(R2=0.124,P=0.118)。综合分析认为,高原鼢鼠不同地理种群间遗传分化的原因除地理隔离外,还与迁移扩散方式、进化过程和其他环境因素有关。     

缢蛏种群遗传多样性的周年变异分析

利用线粒体COI标记分析了福建省宁德市漳湾镇横屿村滩涂5个月份缢蛏群体(S3,S5,S7,S9,S11)的遗传结构,以期评估不同月份时期种群的遗传多样性差异。基于线粒体COI基因的结果表明,5个缢蛏群体的平均核苷酸差异数位于2.7836-3.6894之间,核苷酸多样性指数位于0.0050-0.0066之间,遗传多样性水平大致表现为S3和S5群体较高于S7和S9群体,明显高于S11群体。AMOVA分析结果显示,群体间遗传变异量占总变异的7.18%,而群体内变异达到了92.82%,说明遗传差异主要来自于群体内部。由此可见,从3月份到11月份,缢蛏群体的遗传多样性水平呈现出下降趋势,尤其是在11月份,差异最为明显。     

裸长角(虫兆)线粒体COI基因扩增的研究

目的:为研究跳虫的遗传多样性和探讨跳虫线粒体基因提取与扩增的简易方法,对裸长角(虫兆)线粒体细胞色素氧化酶亚基COI基因进行了提取和扩增.方法:通过采集裸长角(虫兆)、提取裸长角虫兆基因组DNA,并用特异性引物对COI基因进行PCR扩增,用琼脂糖凝胶电泳来检验扩增产物,最后用软件对结果进行分析.结果:结果显示扩增产物的为一明亮条带,长度约为477bp,符合预期.结论:用基因组DNA作为扩增模板是可行的,所选用的引物对跳虫线粒体细胞色素氧化酶基因的扩增具有参考价值.     

鹅喉羚线粒体D-loop和Cytb序列遗传多样性分析

[目的]为了探讨新疆天山野生动物园17只鹅喉羚的遗传多样性、亲缘关系和群体来源。[方法]对这些鹅喉羚线粒体控制区(D-loop)和细胞色素b(Cytb)基因序列进行了PCR扩增和测序,分别计算了群体单倍型多样度(H)和核苷酸多样性(Pi)以及个体间的遗传距离,并构建了单倍型NJ(Neighbor-Joining)聚类图。[结果]D-loop区和Cytb分别获得了978bp和543bp的基因片段,D-loop区识别出11个单倍型,Cytb区识别出3个单倍型;D-loop和Cytb的单倍型多样度(H)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.863、0.01028和0.330、0.00077;个体之间最大遗传距离为0.024,最小遗传距离为0.001;17只鹅喉羚分别聚为2个分支。[结论]该鹅喉羚群体D-loop区多态性较丰富,在野外可能来自两个不同的群体。     

粤东海域口虾蛄遗传多样性

采用线粒体COI基因序列对粤东汕尾和深圳2个海域口虾蛄(Oratosquilla oratoria)的遗传多样性进行了分析.研究表明,所分析的口虾蛄mtDNA CO I基因(592 by)共检测到21个变异位点,占总位点的3.55%.转换和颠换位点数分别为18和3个,碱基替换的饱和性分析表明,口虾蛄CO I基因碱基替换...     

Wolbachia 在花蓟马中的感染及其与寄主线粒体DNA多样性的关系

【目的】Wolbachia 是一种广泛存在于节肢动物中的胞内共生细菌,影响寄主的生物学特性。花蓟马 Frankliniella intonsa (Trybom)是重要的害虫,对农作物及园林植物造成危害。本研究旨在明确 Wolbachia 在花蓟马中的感染情况,并分析其与寄主线粒体DNA多样性的关系。【方法】采集中国境内26个花蓟马自然种群,运用多位点序列分型技术（multilocus sequence typing, MLST）对其体内 Wolbachia 感染率及株系进行分析;利用线粒体 COI 分子标记研究花蓟马的遗传分化及遗传多样性;通过比较感染和未感染 Wolbachia 个体 COI 数据,探究 Wolbachia 多样性与寄主线粒体DNA多样性之间的关系。【结果】花蓟马中 Wolbachia 的感染率为0%~60%,共检测到5种 Wolbachia 株系（wFint1,wFint2,wFint3,wFint4及wFint5）,均属于B大组且形成一个单系群。Wolbachia感染情况与这些花蓟马种群（除CC, GZ, TA和TY, N<5）的线粒体DNA多样性相关,表现为不感染 Wolbachia 的种群中线粒体DNA单倍型多样性（Hd）与核苷酸多样性（Pi）均高于感染 Wolbachia 的种群,且 Wolbachia 感染率与 Hd 呈显著负相关（ P <0.05）。AMOVA分析表明花蓟马线粒体DNA遗传分化与Wolbachia 感染情况有关。【结论】 Wolbachia 可能在侵染花蓟马种群后出现遗传分化;Wolbachia 感染与寄主线粒体DNA多样性有关。     

厚壳贻贝养殖群体与野生群体线粒体DNA的遗传分析(英文)

采川线粒体DNA COI基因序列对厚壳贻贝2个养殖群体与2个野生群体的遗传多样性进行了研究.4个群体共获得30个单倍型.结果显示:在养殖群体中单倍型的数量和遗传多样性要比野生群体的低,可能是由于只有少量的有效父母本对养殖群体的遗传变异有贡献所致.养贿群体与当地野生群体之间也未发生显著的遗传分化,可能足因为它们之间存在基因流.在今后厚壳贻贝养殖过程中,本研究可以用在对养殖群体进行遗传监测,从而保证养殖群体的遗传多样性水平.     

滇东北地区细梢小卷蛾种群的遗传变异

本研究采用线粒体COI和ND5区段作为分子标记,对滇东北地区重灾害虫细梢小卷蛾Rhyacionia leptotubula Liu et Bai 9个群体进行遗传多样性分析,并探讨了不同地理群体之间的遗传变异程度。结果表明,COI和ND5基因表现出较低的种内遗传多样性。系统发育树和中介网络图显示,细梢小卷蛾9个群体形成两个分支,其中东川红土地和寻甸老骂依姑的样本聚为一支,其余7个群体聚为一支。分子变异分析显示,80%左右的变异来源于分支间,表明虽然细梢小卷蛾种群间出现了明显的分化。     

基于线粒体COⅠ基因和控制区序列的辽宁沿海弯棘斜棘鳂群体遗传多样性和遗传结构分析

为研究辽宁沿海弯棘斜棘逐(Repomucenus curvicornis)自然群体的遗传多样性及遗传结构,采用PCR扩增获得辽宁沿海弯棘斜棘逐辽东湾群体(n=22)及黄海北部群体(n=18)线粒体的COⅠ及控制区(CR)部分DNA序列片段,进行序列比较及遗传多样性分析。获得弯棘斜棘逐COⅠ基因片段624 bp,其A、T、C、G平均含量分别为24.09%、31.04%、25.28%和19.59%;CR片段460 bp,其A、T、C、G平均含量分别为32.96%、32.80%、14.86%和19.38%。基于COⅠ基因和CR序列得到的两群体变异位点数、平均核苷酸差异数、单倍型多样性指数以及核苷酸多样性指数分别为:38、4.67、0.96±0.02和0.0075±0.0042;26、3.35、0.97±0.02和0.0073±0.0043。序列分析结果均显示,辽东湾群体的遗传多样性低于黄海北部群体。分子方差(AMOVA)分析结果显示,基于COⅠ基因片段辽东湾与黄海北部群体间无明显遗传分化(F_(st)=0.0091,P=0.25)而基于CR序列两群体间具有较小但接近显著的遗传分化(F_(st)=0.0264,P=0.09)。研究表明,线粒体CR序列与COⅠ基因均可作为检测弯棘斜棘逐群体遗传多样性的有效分子标记,但CR序列遗传分化的敏感度要高于COⅠ基因,更适合作为弯棘斜棘逐群体遗传研究的分子标记。     

广西东方蜜蜂遗传多样性分析

[目的]东方蜜蜂Apis cerana是我国重要的经济昆虫,是生态循环中的重要环节,对其进行种群遗传研究能为东方蜜蜂遗传资源的发现、保护和利用提供基础.广西是我国东方蜜蜂重要的产区和分布区之一.[方法]本研究通过33个形态标记、38个微卫星标记和tRNAleu-CO Ⅱ片段的线粒体标记,对广西东方蜜蜂进行遗传分化、特征和遗传多样性分析.[结果]根据形态逐步判别-聚类分析、主成分-聚类分析,微卫星DAPC、Structure分析、聚类树分析、Fst、AMOVA分析,以及线粒体的Fst分析,结果显示广西东方蜜蜂没有发生种群遗传分化.广西东方蜜蜂的微卫星遗传多样性水平在各样点间较为稳定,但线粒体遗传多样性在广西不同样点间的差异较大.线粒体遗传结构易受人为影响,受人为影响小的9个样点线粒体结构中以Acmt01001为主要单倍型;在活框饲养技术发达的北流样点和北海样点,线粒体遗传结构的主要单倍型有2-3种,且Acmt01001比例不是最高的,这意味着人工育王等人为干扰影响较大.[结论]在广西环境基本一致且种群数量较大,基因流通畅的条件下,最远距离约650 km的样点间没有发生遗传分化,意味着东方蜜蜂仅由距离导致遗传分化的距离要大于650 km.根据广西东方蜜蜂遗传多样性现状,对广西东方蜜蜂遗传资源保护和利用提出了建议.     

基于线粒体基因分析蓝孔雀与绿孔雀的遗传差异

种间的遗传差异是物种分类和确定保护管理单元的基础,本研究利用DNA条形码技术对未知样本进行鉴定,通过NCBI进行BLAST得到结果是:与绿孔雀的同源性为96%。近一步通过对蓝孔雀(Pavo cristatus)和绿孔雀(Pavo muticus)线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ(cytochrome coxidaseⅠ,COⅠ)基因及线粒体基因组的比较分析,结果表明两物种间的COⅠ基因在碱基组成、核苷酸多样性等各项指标上均具有明显差异。遗传距离分析结果表明蓝孔雀与绿孔雀种内遗传距离为分别0和0.012,种间遗传距离为0.045,表明种间仍具有明显的遗传差异。通过对两物种线粒体基因组各基因的比较分析,发现ND1基因变异位点所占比例相对较高,考虑作为绿孔雀和蓝孔雀种群遗传学研究的最优分子标记。本研究将为分析孔雀类群间的系统发育及制定绿孔雀的保护措施提供了更多科学依据。