在英特网上分析核酸与蛋白质的序列

在英特网上分析核酸与蛋白质的序列李健张卿伟（山东大学生命科学学院,济南２５０１００）关键词英特网序列分析核酸蛋白质近年来,数目众多的分子生物学数据库和软件相继与英特网连接［１］,使得在英特网上分析核酸与蛋白质序列成为可能,可分析的种类也越来越多。例如...     

心力衰竭相关反式作用因子的定位分析

利用核酸序列数据库 ,反式作用因子库及蛋白质序列数据库中的实验数据资源 ,运用Goldkey软件对4种心力衰竭时表达量变化的蛋白质基因序列的5’调控区进行反式作用因子定位分析 ,预测出9种反式作用因子可能在心力衰竭发生发展过程中对蛋白质的转录起到调控作用。     

如何在基因库中查打基因资料

基因库是所有已知核酸和蛋白质序列及其文献和生物学注释的公共数据库,可以通过INTERNET获得其中的数据,本文介绍了利用Entrez查询软件检索基因的一些基本方法。     

生物技术软件介绍之二

笔者在《生命科学》1992年第2期上发表的《生物技术软件介绍之一》介绍了6类9个生物技术数据库和软件,包括细胞学数据库、核酸和蛋白质序列数据库和序列分析软件、PCR引物程序等。近一年多来,我们又引进和开发一批新的生物技术软件,其中有些是我们自行设计,有些购自国外,有些通过与国内外学者进行软     

植物激素相关核酸和蛋白质二级数据库的构建与应用

以NCBI维护的一级数据库为数据源建立植物激素相关核酸和蛋白质二级数据库。将该二级数据库设计为基因、蛋白质和文献三部分,编写软件从上述数据源中采集数据,并以XML作为中间格式保存,通过解析提交到二级数据库中并集成部分生物信息学工具软件,初步实现了数据检索、统计分析、基于Web的本地化BLAST同源序列检索、序列的自动拼接以及蛋白质结构和功能位点的分析等功能。该二级数据库的构建为植物激素作用分子机理研究提供了高针对性的植物激素数据源和生物信息学辅助工具。     

植物激素相关核酸和蛋白质二级数据库的构建与应用

以NCBI维护的一级数据库为数据源建立植物激素相关核酸和蛋白质二级数据库。将该二级数据库设计为基因、蛋白质和文献三部分, 编写软件从上述数据源中采集数据, 并以XML作为中间格式保存, 通过解析提交到二级数据库中并集成部分生物信息学工具软件, 初步实现了数据检索、统计分析、基于Web的本地化BLAST同源序列检索、序列的自动拼接以及蛋白质结构和功能位点的分析等功能。该二级数据库的构建为植物激素作用分子机理研究提供了高针对性的植物激素数据源和生物信息学辅助工具。     

UniProt蛋白质数据库简介

UniProt(https://www.uniprot.org/)是国际知名蛋白质数据库,主要包括UniProtKB知识库、UniParc归档库和UniRef参考序列集三部分。UniProtKB知识库是UniProt的核心,除蛋白质序列数据外,还包括大量注释信息。UniProtKB知识库分Swiss-Prot和TrEMBL两个子库。Swiss-Prot子库中50多万条序列均由人工审阅和注释,而TrEMBL子库中1.4亿多条序列是由核酸序列数据库EMBL中的蛋白质编码序列翻译所得,并由计算机根据一定规则进行注释。UniParc归档库将存放于不同数据库中的同一个蛋白质归并到一个记录中以避免冗余,并赋予序列唯一性特定标识符。UniRef参考序列集按相似性程度将UniProtKB和UniParc中的序列分为UniRef100、UniRef90和UniRef50三个数据集。UniProt网站为用户提供了高效实用的高级检索系统和大量帮助文档。UniProt数据库每4周发布新版的同时也发布统计报表,用户可通过统计报表了解该数据库的数据量及更新情况、数据类别和物种分布等基本信息,查看常规注释信息、序列特征注释信息和数据库交叉链接等统计数据。UniProt是目前国际上序列数据最完整、注释信息最丰富的非冗余蛋白质序列数据库,自本世纪初创建以来,为生命科学领域提供了宝贵资源。     

实用生物信息技术课程教学实例

介绍"实用生物信息技术"研究生课程的5个教学实例。以血红蛋白序列和结构为例,介绍常用生物信息技术和分析方法,包括蛋白质和核酸序列相似性比对、蛋白质和核酸序列数据库检索、Blast数据库相似性搜索、分子系统发生树构建,以及蛋白质结构比较分析等。     

Clustal W—蛋白质与核酸序列分析软件

蛋白质与核酸的序列分析在现代生物学和生物信息学中发挥着重要作用,新的算法和软件层出不穷,本文介绍一个可运行在ＰＣ机上的完全免费的多序列比较软件－ＣｌｕｓｔａｌＷ,它不但可以进行蛋白质与核酸的多序列比较,分析不同序列之间的相似性关系,还可以绘制进化树。由于其灵活的输入输出格式、方便的参数设定和选择、详尽的在线帮助以及良好的可移植性,使得ＣｌｕｓｔａｌＷ在蛋白质与核酸的序列分析中得到了广泛应用。     

利用序列比较寻找胰岛素基因表达启动区与DNA结合蛋白的结合位点

NDFl、IPFl和HNF4是与胰岛素基因表达有关的DNA结合蛋白,通过比较SWISSPROT蛋白质数据库中人类、小鼠、大鼠这三种核蛋白氨基酸一级序列、模体和结构域,发现其结构十分相似,根据蛋白质结构和功能的关系,推测这些DNA结合蛋白与胰岛素基因结合的核苷酸序列相似;从GenBanl(核酸数据库中获得人类、小鼠、大鼠胰岛素DNA序列,用ClustalW比较三者Promoter区的核苷酸序列,显示有一段核苷酸序列较为相似,同时搜索TRANSFAC基因转录数据库中NDFl、IPFl和NHF4蛋白核苷酸结合位点,发现核酸比对保守的部分序列与TRANSFAC数据库中这三个转录因子的DNA结合位点一致,另外一些核酸保守序列可能为其他未知DNA结合蛋白的结合位点。这种核酸序列比对设计为分子生物学实验寻找和验证胰岛素DNA结合蛋白与核苷酸的结合位点提供了简单而实用的方法。     

蛋白质组学中新蛋白质鉴定的研究方法和策略

当前,基于生物质谱进行蛋白质鉴定的技术已经成为蛋白质组学研究的支撑技术之一.产生的数据主要使用数据库搜索的方法进行处理,这种方法的一大缺陷是不能鉴定数据库中未包含的蛋白质,因此如何充分利用质谱数据对蛋白质组研究的意义很大,而新蛋白质鉴定更是其中一个重要的内容.新蛋白质鉴定是蛋白质鉴定的一个方面,新蛋白质的定义按照序列和功能的已知程度分为3个层次;以蛋白质鉴定的方法为基础,目前新蛋白质鉴定的方法可分为denovo测序和相似序列搜索结合的方法以及搜索EST、基因组等核酸数据库的方法2大类;两者各有利弊.存在各自的问题和相应处理的策略.不同的研究者可以根据具体目的应用和发展不同的鉴定方法,同时新蛋白质的鉴定也将随着蛋白质组学研究的发展而更加完善.     

核酸-蛋白质结合能在剪切位点识别中的应用

把最大信息原理应用到核酸序列的保守位点分析中。利用最大信息原理,推导出了核酸和蛋白质特异性结合时的结合能表达式,并且估计了和蛋白质发生相互作用的核酸序列上的位点范围。为了检验此理论是否较为成功地反映了核酸和蛋白质结合时的实际情况,把它应用到基因内含子剪切位点的识别中,识别结果达到了较高的敏感性和特异性,这说明利用最大信息原理推导结合能表达式及估计核酸序列上参与反应的位点范围的理论是较为成功的。此研究结果一方面有助于核酸和蛋白质相互作用的理解,另一方面,也有助于和蛋白质发生相互作用的各种核酸序列的计算机识别研究。     

美国成立了一家核酸序列银行

这家银行实际是一种核酸序列的显示系统,该系统备有一台计算机数据库,文献记载的有关DNA和RNA序列,约有20多万个残基,目前都储存在这个数据库内。     

酶祖先序列重建与定向进化

酶祖先序列重建是指通过计算机算法推导来自灭绝生物的祖先酶的氨基酸序列的技术。通常可分为6个步骤,依次为现代酶的核酸/氨基酸序列收集、多序列比对、系统发育树构建、祖先酶序列的计算机推测、基因克隆、酶学性质表征。该方法广泛应用于研究分子在行星时间尺度上对环境条件不断变化的适应性和进化机制。随着酶在生物催化领域中扮演越来越重要的角色,该方法逐渐成为研究酶序列、结构和功能关系的有力手段。同时,祖先酶大多具有温度稳定性、突变稳定性等特性,使其成为进一步定向进化的理想蛋白质支架。文中综述了酶祖先序列重建的计算机算法、应用和常用计算机软件,并结合最新研究进展,展望其在酶定向进化领域中的应用前景。     

IDEAS的引进和开发应用

本文介绍从美国NIH肿瘤研究所引进的核酸和蛋白质序列数据库的开发应用情况。此数据库包括国际上几个主要的DNA数据库和蛋白质数据库,是86年底的版本。该数据库管理程序提供了方便的数据检索途径,具有一般数据处理能力。该系统还配有一套适于结构—功能分析的序列同源性比较和二级结构分析的程序。此系统现已开发成功,可提供使用。     

科学出版社生命科学编辑部新书推介

生物信息学方法指南 S.米塞诺,S.A.克拉维茨 著 欧阳红生 等译 2005年3月出版 7-03-014465-1／Q 1498 定价：58．00 计算机在管理生物学日益增长的海量数据方面起到了不可估量的作用,并推进了现代生物学的快速发展。本书详细介绍了一些重要生物学软件和数据库的使用,同时提供了一些实用的技巧和最新研究进展。全书分为五部分,包括序列分析软件包、分子生物学软件、网络信息资源、计算机和分子生物学的关系、生物信息学教学与最新文献跟踪。     

AANA for Windows:在Windows下开发的根据氨基酸组成快速鉴别蛋白质的程序

AANA是一个根据蛋白质的氨基酸组成快速鉴别蛋白质的计算机程序.其基本原理是通过统计蛋白质序列数据库中每个蛋白质序列的氨基酸组成,生成一个含蛋白质长度、组成和分子量的数据库,将靶蛋白的组成和分子量等数据与该数据库中的数据进行对比,从中检出与这接近的蛋白质,从而对该蛋白进行初步的鉴别。在有些情况下,甚至能相当准确地确定靶蛋白与数据库的某个(些)蛋白质相关     

利用SWISS-PROT网上获取生物信息学资源

生物信息学是是采用数学、统计学和计算机方法对生物学数据信息进行采集、存储、传播、分析、归类、解释的科学[1].Internet网络是信息传输、检索、获取、交流的重要手段.当前,在Internet网上可以查询到大量的生物信息学数据库,其中SWISS-PROT蛋白质序列数据库是网上生物信息学最核心的3个数据库之一.通过该数据库,可以较完整地获得生物大分子的序列信息.同时,研究者也可以将测定的序列信息通过该数据库予以认定、发表、交流.本文主要探讨SWISS-PROT蛋白质序列数据库的特点、检索方法及利用Internet获取蛋白质序列信息.     

生物数据库的现状与展望

生物领域中的数据库随着生物领域的扩大而多种多样。其中最基本的有两个:与核酸和蛋白质序列的结构及其功能有关的分子数据库和与有用的生物资源有关的数据库。 本文概要介绍上述两种数据库。 1.前言 所谓生物领域是无限宽广的,它与生物学、医学、农学、化学等几乎目前所有的学科领域都有关。因此,生物的信息分散记录于以汇集文献信息、专利信息。     

中国生物工程学会举办蛋白质与核酸数据格式化处理与序列软件包培训讲习班

中国生物工程学会举办蛋白质与核酸数据格式化处理与序列软件包培训讲习班近几年由于生物工程研究和生物技术生产与计算机高新技术紧密结合致使生物工程产业化飞速向前发展,为了和世界接轨中国生物工程学会于１９９６年３月２５Ｈ至３月２８日在北京举办一期蛋白质与核酸...