人类正常胃肠道组织基因表达谱特征的生物信息学分析

目的:筛选人类正常胃肠道组织特异性高表达基因.方法:以公开发表的人类正常组织基因表达数据库资料为研究对象,应用单侧 Student T检验筛选胃、回肠和结肠组织的特异性高表达基因.Ingenuity软件和KEGG分析特异性高表达基因相关的生理功能;Cluster软件分析胃特异性高表达基因谱在胃癌基因数据库中的表达特征.结果:筛选出胃高表达基因196个,回肠高表达基因203个,结肠高表达基因224个,高表达基因的功能与胃肠道的主要生理功能相吻合.筛选出的正常胃肠高表达基因中含有一些癌基因和抑癌基因.系统聚类分析发现胃特异性高表达基因在胃癌数据库的胃正常组织中高表达,而相应的胃癌组织低表达,癌组织和正常组织可以完好聚类分组,并且可以区分中分化和低分化胃癌.结论:人类正常胃、回肠和结肠具有组织特异的与生理功能密切相关的高表达基因群.     

原发性胃癌REG 1A mRNA的表达与临床病理特性的关系研究

本文采用RT-PCR的方法检测胃癌组织的REG 1A基因mRNA表达.并分析其与胃癌临床特征的相关性.结果显示有78%(183/235)的原发性胃癌REG ;A mRNA阳性.REG 1A mRNA在胃癌中的表达与肿瘤的浸润生长方式、印戒细胞癌及低分化胃腺癌关系密切.与REG lA mR.NA阳性的肿瘤患者相比,REG lA mRNA阴性高分化腺癌患者有更好的预后.同时REG 1A mR-NA阳性的肿瘤发生血行转移的机会要显著高于REG lA mRNA阴性肿瘤.因此REG lA mRNA的表达与胃癌浸润性生长密切相关,可能是高分化胃腺癌的一个不良预后指标.     

胃癌中CDC4和cyclin E的表达及临床意义

检测胃癌中CDC4/Fbxw7、cyclin E的表达,分析其与胃癌临床病理特征的关系和临床意义.采用逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)检测部分胃癌和胃正常组织中CDC4、cyclin E mRNA的表达;免疫组化(SP法)检测60例胃癌组织及对应正常组织中CDC4/FBXW7、cyclin E蛋白的表达,探讨两者的临床病理特征之间的关系.胃癌中CDC4蛋白表达显著低于正常组织(P<0.05),而cyclin E蛋白的表达在胃癌组织中显著增高,阳性率与癌旁正常组织比较,差异有统计学意义(P<0.01).CDC4、cyclin E蛋白和mRNA表达均与胃癌的分化程度、TNM分期、淋巴结转移及浸润深度有关.CDC4、cyclin E在mRNA表达水平上呈负相关.CDC4的表达缺失可能导致cyclin E的过表达.CDC4的低表达可能是胃癌诊疗及预后判断的重要生物学指标.     

OPCML在胃癌中的表达及对胃癌细胞生物学的作用

目的:探讨OPCML与胃癌临床病理学因素和预后的关系,并分析OPCML基因对胃癌细胞株AGS生物学行为的影响。方法:(1)免疫组织化学方法检测118例胃癌组织中OPCML蛋白的表达,并分析其与胃癌临床病理学特征和预后的关系。(2)RT-PCR法检测OPCML在正常胃粘膜组织及7株人胃癌细胞中基因的表达情况。(3)构建重组质粒pc DNA3.1-OPCML,转染至胃癌细胞株AGS中,采用CCK8法、平板集落形成实验分析OPCML表达上调对AGS生物学行为的影响。结果:(1)OPCML在胃癌组织中低表达的占68.6%,OPCML表达与胃癌浸润深度和分化程度密切相关(P0.05);OPCML的表达、胃癌浸润深度、淋巴结转移和远处转移是影响患者预后生存率的重要因素(P0.05)。(2)OPCML在胃癌细胞的mRNA表达水平显著低于正常胃粘膜组织。(3)RT-PCR显示pc DNA3.1-OPCML转染后AGS细胞株中OPCML mRNA表达水平明显升高,CCK8实验、平板集落形成实验均显示OPCML基因对AGS细胞增殖有显著抑制作用。结论:OPCML在胃癌发病中发挥肿瘤抑制作用,可能是一个新的胃癌预后评估的指标。     

人多肽N-乙酰氨基半乳糖转移酶2基因反义RNA表达质粒的构建及其功能的初步研究

反义封闭人多肽N-乙酰氨基半乳糖转移酶2 (pp-GalNAc-T2)的基因表达, 对胃癌细胞SGC7901中转化生长因子-β1(TGF-β1)与基质金属蛋白酶2 (MMP2)基因表达及细胞增殖有影响.在对几株肿瘤细胞的pp-GalNAc-T2基因表达水平进行分析后, 以高表达pp-GalNAc-T2的人胃癌细胞株SGC7901的总RNA为模板, 利用RT-PCR方法扩增两段不同长度pp-GalNAc-T2基因片段, 构建反义表达载体转染胃癌细胞SGC7901, 通过Ｇ418筛选, 建立一系列旨在封闭胃癌细胞SGC7901 ppGalNAc-T2基因表达的亚细胞克隆.通过流式细胞术、荧光显微镜、RT-PCR及Western印迹检测反义封闭pp-GalNAc-T2基因RNA表达后胃癌细胞SGC7901增殖以及TGF-β1、MMP2表达水平的变化. 反义封闭pp-GalNAc-T2基因表达后, 胃癌细胞SGC7901 pp-GalNAc-T2的表达水平明显降低, 细胞分裂增殖减慢, 表明反义封闭pp-GalNAc-T2基因表达对胃癌细胞SGC7901的生长增殖有影响.结果还显示, 反义封闭pp-GalNAc-T2基因表达可使TGF-β1、MMP2基因在mRNA与蛋白质表达水平均增加, 提示pp-GalNAc-T2基因表达可能对胃癌细胞SGC7901浸润转移产生影响.以上结果表明, pp-GalNAc-T2基因在肿瘤细胞中广泛表达, 并可能与肿瘤的增殖及浸润转移相关.     

骨桥蛋白RNA干扰对人U251胶质瘤细胞在裸鼠体内生长的影响

研究下调骨桥蛋白(osteopontin,OPN)对人U251胶质瘤细胞在裸鼠体内生长的影响并探讨其对胶质瘤生长、侵袭的可能机制.应用RNA干扰技术,将OPN基因的慢病毒干扰载体LV-OPNshRNA感染U251细胞.将对照和试验组U251细胞分别接种裸鼠,建立裸鼠荷瘤模型.3周后测量肿瘤的体积、瘤重并做肿瘤组织病理切片分析;利用RT-PCR和免疫印迹法检测OPN、尿激酶型纤维蛋白酶原激活物(uPA)、基质金属蛋白酶(MMP-2、MMP-9)的mRNA和蛋白表达;免疫组化法检测肿瘤组织微血管密度和血管内皮生长因子（VEGF）表达情况. 经OPN的RNA干扰后,能显著降低肿瘤组织OPN mRNA水平及蛋白表达,有效抑制肿瘤细胞生长及侵袭能力, 肿瘤体积及重量的减小有统计学意义(P<0.05).感染组uPA、MMP-2和MMP-9的mRNA和蛋白表达明显减少, 肿瘤组织的MVD值和VEGF的表达均显著降低.上述结果表明,抑制OPN的表达能明显抑制人U251胶质瘤细胞在裸鼠体内的生长和侵袭,OPN可能通过激活uPA、MMP-2和MMP-9等蛋白酶降解细胞外基质和促进肿瘤血管生成,参与胶质瘤的生长.     

Neuronatin在人体常见肿瘤中的表达及对肿瘤细胞增殖的影响

目的:研究印记基因Neuronatin(NNAT)在人体常见肿瘤中的表达情况及其两种编码产物NNATα和NNATβ对肿瘤细胞增殖的影响。方法:运用组织芯片免疫组化技术对一些人体常见肿瘤及其对应正常组织中NNAT的表达进行系统检测;同时利用腺病毒载体技术,将NNATα和NNATβ分别导入人结肠癌细胞系SW620,并用实时细胞分析仪和平板克隆实验分析细胞增殖能力的变化。结果:①免疫组化结果显示:NNAT在食道鳞癌,结肠腺癌,直肠腺癌,胰腺腺癌,乳腺非特殊性浸润性导管癌,宫颈鳞癌,子宫内膜癌,膀胱移行上皮癌,肺鳞癌,皮肤鳞癌以及前列腺腺癌11种肿瘤组织,肾上腺,皮肤,睾丸,脑,骨骼肌,胰腺6种正常人体组织,以及慢性结肠黏膜炎与慢性肝炎2种炎性组织中呈阳性。②体外细胞增殖实验结果显示,NNATα对人结肠癌肿瘤细胞增殖有一定的抑制作用。结论:NNAT基因在多种人体肿瘤组织中表达,其α片段的表达对于结肠癌细胞系SW620增殖具有轻微抑制作用。     

肺癌组织和肿瘤细胞系中BRG1的表达分析

BRG1（brahma—related gene 1）是进化上高度保守的SWI／SNF染色质重塑复合物的成员之一．研究表明：BRG1具有抑瘤基因的特征,可能与肿瘤的发生发展有关．我们采用RT—PCR、Northern杂交和Western blotting证实：肺腺癌细胞系A549和鼻咽癌细胞系HNE2、HNE3、CNE1中无BRG1的表达,而肺鳞癌细胞系NCI-H520、永生化正常人支气管上皮细胞系HBE和鼻咽癌细胞系HONE1、HNE1、CNE2中有BRG1的表达．同时,通过RT—PCR检测10例肺癌组织标本．发现60％（6／10）的肺癌组织中日RGG1的mRNA水平明显下调,而配对正常肺组织中BRG1的mRNA表达未见改变．对29例肺癌组织和10例配对正常肺组织切片进行免疫组化染色,结果显示：肺癌组织中BRG1蛋白表达的阳性率为37．9％（11／29）,配对正常肺组织中BRG1蛋白表达的阳性率为90％（9／10）,两者的差异有显著性（P〈0．05）．这提示BRG1确实在肺癌组织及多种肿瘤细胞系中表达下调或缺失,在肺癌发病过程中可能起一定的作用．     

鼻咽癌差异表达基因PROL4特性分析

在正常成人鼻咽与鼻咽癌活检组织之间进行抑制性消减杂交和微阵列(microarray)杂交,获得了鼻咽癌差异表达基因PROL4的全长cDNA序列,其GenBank登录号为：AF530472.该基因包含567个核苷酸,其编码产物是由134个氨基酸组成的富含脯氨酸蛋白.采用RT-PCR证实了PROL4基因在鼻咽癌细胞株HNE1和鼻咽癌活检组织中表达下调或缺失（42/48）.12种组织RNA印迹显示：PROL4基因在人骨骼肌、胸腺和肺组织中表达,其转录本大小约为0.6 kb,与所克隆的PROL4基因的cDNA大小一致.进而通过肿瘤表达谱阵列（cancer profiling array）杂交检测了其在乳腺癌、子宫癌、结肠癌、胃癌、卵巢癌、肺癌、肾癌、直肠癌、甲状腺癌、子宫颈癌、前列腺癌、胰腺癌、小肠癌组织及其配对的正常组织的表达状况.     

NF-kB 与Slug 在非小细胞肺癌及其上皮间质转化中的作用

目的:研究核因子NF-kB与slug在非小细胞肺癌(NSCLC)中的表达情况、及二者与非小细胞肺癌上皮间质转化(EMT)的关系,为非小细胞肺癌的诊断治疗提供理论依据。方法:(1)采用免疫组化PV9000二步法测定50例NSCLC组织及20例相应正常肺组织中NF-kBP65、slug、E-cadherin及Vimentin蛋白表达情况。(2)采用RT-PCR测定其中25例NSCLC组织及10例相应正常肺组织中NF-kBP65、slug的mRNA表达情况。结果:NSCLC中NF-kBP65蛋白表达量高于癌旁正常肺组织(Z=-2.370,P<0.05),NF-kBP65mRNA表达量明显高于癌旁正常肺组织(t=4.967,P<0.01);Slug蛋白表达量明显高于癌旁正常肺组织(Z=-4.443,P<0.01),SlugmRNA表达量明显高于癌旁正常肺组织(t=6.483,P<0.01)。在NF-kBP65阳性癌组织中,E-cadherin蛋白表达下降(x2=5.024,P<0.05),Vimentin蛋白表达上升(x2=4.723,P<0.05);Slug阳性癌组织中,E-cadherin蛋白表达下调(x2=5.984,P<0.05),Vimentin表达上调(x2=5.028,P<0.05)。另外,NF-kBP65与Slug在蛋白水平呈极显著正相关(r=0.443,P<0.01),在mRNA水平呈显著正相关(r=0.439,P<0.05)。NF-kB与分化程度(x2=5.024,P<0.05)、有无淋巴结转移(x2=7.933,P<0.01)及肿瘤的分期(x2=5.614,P<0.05)有关,与性别、年龄、组织类型无明显相关性(P>0.05);Slug与淋巴结转移(x2=6.174,P<0.05)及肿瘤的分期(x2=7.317,P<0.01)有关,与性别、年龄、组织类型、分化程度无明显相关性(P>0.05)。结论:NF-kB、Slug在NSCLC中表达增强,可能与NSCLC的发生、发展、转移有关;并且NF-kB与Slug可能协同抑制E-cadherin表达,促进Vimentin表达,诱使NSCLC的EMT发生,从而为进一步研究NSCLC的EMT提供理论依据。     

Expression of serum amyloid A, in normal, dysplastic, and neoplastic human colonic mucosa: implication for a role in colonic tumorigenesis.

Serum amyloid A (SAA) is an acute phase reactant, whose level in the blood is elevated in response to trauma, infection, inflammation, and neoplasia. Elevated levels of SAA in the serum of cancer patients were suggested to be of liver origin rather than a tumor cell product. The role of SAA in human malignancies has not been elucidated. We investigated the expression of SAA at various stages of human colon carcinoma progression. Nonradioactive in situ hybridization applied on paraffin tissue sections from 26 colon cancer patients revealed barely detected SAA mRNA expression in normal looking colonic epithelium. Expression was increased gradually as epithelial cells progressed through dysplasia to neoplasia. Deeply invading colon carcinoma cells showed the highest levels of SAA. Expression was also found in colon carcinoma metastases. Cells of lymphoid follicles of the intestinal wall, inflammatory cells, ganglion cells, and endothelial cells, also expressed SAA mRNA. Immunohistochemical staining revealed SAA protein expression that colocalized with SAA mRNA expression. RT-PCR analysis confirmed the expression of the SAA1 and SAA4 genes in colon carcinomas, expression that was barely detectable in normal colon tissues. These findings indicate local and differential expression of SAA in human colon cancer tissues and suggest its role in colonic tumorigenesis.     

Identification of tumor metastasisrelated gene TMSG-1 by mRNA differential display

To investigate genes involved in cancer metastasis, mRNA differential display was used to compare the levels of gene expression of two cancer sublines derived from prostate carcinoma cell PC-3M that had different metastatic potentials. The differentially expressed genes were confirmed by Northern blot, and sequenced. The full-length cDNA of a tumor metastasis suppressor gene (TMSG-1) was obtained by using EST assembling and verified by RT-PCR and sequencing. The results showed that expression levels of TMSG-1 were lower in the highly metastatic cell line 1E8, compared with the non-metastatic cell line 2B4. The difference was significant. Full-length cDNA of TMSG-1 was about 2 kb, containing an open reading frame that encoded a protein of 230 amino acids. GenBank Blastn showed no marked homology with known genes. The functional prediction of amino acids sequence encoded by TMSG-1 gene indicated TMSG-1 protein was transmembrane protein, with 3 transmembrane domains, 3 putative protein kinase phosphorylatio     

Expression of glutamate receptor subunits in human cancers

Emerging evidence suggests a role for glutamate and its receptors in the biology of cancer. This study was designed to systematically analyze the expression of ionotropic and metabotropic glutamate receptor subunits in various human cancer cell lines, compare expression levels to those in human brain tissue and, using electrophysiological techniques, explore whether cancer cells respond to glutamate receptor agonists and antagonists. Expression analysis of glutamate receptor subunits NR1-NR3B, GluR1-GluR7, KA1, KA2 and mGluR1-mGluR8 was performed by means of RT-PCR in human rhabdomyosarcoma/medulloblastoma (TE671), neuroblastoma (SK-NA-S), thyroid carcinoma (FTC 238), lung carcinoma (SK-LU-1), astrocytoma (MOGGCCM), multiple myeloma (RPMI 8226), glioma (U87-MG and U343), lung carcinoma (A549), colon adenocarcinoma (HT 29), T cell leukemia cells (Jurkat E6.1), breast carcinoma (T47D) and colon adenocarcinoma (LS180). Analysis revealed that all glutamate receptor subunits were differentially expressed in the tumor cell lines. For the majority of tumors, expression levels of NR2B, GluR4, GluR6 and KA2 were lower compared to human brain tissue. Confocal imaging revealed that selected glutamate receptor subunit proteins were expressed in tumor cells. By means of patch-clamp analysis, it was shown that A549 and TE671 cells depolarized in response to application of glutamate agonists and that this effect was reversed by glutamate receptor antagonists. This study reveals that glutamate receptor subunits are differentially expressed in human tumor cell lines at the mRNA and the protein level, and that their expression is associated with the formation of functional channels. The potential role of glutamate receptor antagonists in cancer therapy is a feasible goal to be explored in clinical trials.     

神经特异性转录因子DAT1基因的表达

采用生物信息学分析、细胞培养和RT—PCR等方法,以初步解DAT1基因在小鼠主要组织及神经系统相关肿瘤细胞中的表达．生物信息学的基因表达谱分析发现与DAT1同源的EST有100多条,大多数EST分布于胎脑、成年脑、脑肿瘤、肺及肺部的良性肿瘤等组织．SAGE分析发现DAT1在脑及神经系统肿瘤组织中表达非常广泛;RT—PCR方法检测发现DAT1只在脑组织中特异表达。而其它组织如心脏、肺、肝脏、骨骼肌、肾脏、睾丸、卵巢等未见表达;DAT1在培养的正常星形胶质细胞C8中不表达,在胶质瘤、神经母细胞瘤等细胞株中有不同水平的表达．由于DAT1是一种LIM蛋白,而LIM蛋白在细胞的分化、发育调控和肿瘤形成中有重要作用,DAT1在脑及神经系统相关肿瘤中的较高表达提示,DAT1在神经系统中有重要功能。并可能与神经系统肿瘤的发生相关．     

RhoGDI2在肺鳞癌、腺癌组织和肺癌细胞系中的表达及其临床意义

目的本研究探讨RhoGDI2在肺鳞癌和腺癌组织及肺癌细胞系中的作用及其临床意义。方法采用免疫组织化学和RT-PCR方法检测112例肺癌组织标本中RhoGDI2蛋白和20例新鲜肺癌组织中RhoGDI2 mRNA的表达,结合肺癌的临床病理特点进行分析。同时应用Western blot和RT-PCR方法检测肺癌细胞系中RhoGDI2蛋白和mRNA水平的表达情况。结果肺鳞癌和腺癌组织中RhoGDI2的表达与组织分级有关,随着分化程度的降低,RhoGDI2蛋白表达降低(P0.01);与TNM分期有关,随着分期级别的升高,RhoGDI2蛋白表达降低(P0.01);与是否淋巴结转移有关,存在淋巴结转移的标本,RhoGDI2蛋白表达降低(P0.01)。RhoGDI2蛋白的表达与组织类型、患者的年龄和性别无关。在选取的肺癌细胞系A549、95D、SPC-A-1和NCI-H446中,无论mRNA水平还是蛋白水平RhoGDI2都有表达,但表达水平不尽相同,在A549、NCI-H446细胞系中表达较低,在SPC-A-1、95D细胞系中表达相对较高。结论RhoGDI2与肺癌的发生发展和转移过程有关,进一步研究RhoGDI2与其作用因子之间的相互作用,将有助于进一步揭示肺癌发生发展及转移过程。     

抑癌候选基因NDRG2在甲状腺癌组织中的表达及其意义

目的:研究抑癌候选基因NDRG2在人类甲状腺癌组织及其癌旁组织中的表达情况.方法:收集30例甲状腺癌组织及其癌旁组织,提取总RNA,应用半定量RT-PCR方法检测NDRG2 mRNA的表达水平.分别提取30例组织的总蛋白,应用蛋白印迹技术检测其NDRG2的蛋白表达水平.结果:RT-PCR结果显示,30例甲状腺癌组织中,有25例NDRG2的mRNA水平明显降低,蛋白印迹结果显示,30例甲状腺癌组织中发现25例NDRG2的蛋白水平明显下降,与RT-PCR检测结果一致.结论:NDRG2在甲状腺癌组织中呈低表达,提示其可能对甲状腺癌的发生或发展有重要作用影响.