汉坦病毒的基因分型及其序列分析

为了探讨从核苷酸水平耐汉坦病毒进行分型,设计两对型特异性引物,采用反转录和聚合酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ）,对亚太地区１８株汉坦病毒进行了扩增鉴定,并对其中７株汉坦病毒的ＰＣＲ产物进行了测序分析。ＰＣＲ的分型结果表明,Ⅰ型引物只能扩增血清Ⅰ型病毒的ｃＤＮＡ;Ⅱ型引物也只能扩增血清Ⅱ型病毒,其间无交叉反应。采用巢式ＰＣＲ和限制性内切酶验证了ＰＣＲ产物的特异性。序列分析结果表明,Ｒ３６Ｍ片段Ｇ１区的核苷酸序列与血清Ⅰ型病毒代表株７６－１１８的同源性为７８．４％,而与血清Ⅱ型病毒Ｒ２２的同源性为６８．１％;Ｒ３６与汉坦病毒序列同源性的成对比较结果也表明,Ｒ３６与血清Ⅰ型病毒的同源性均高于血清Ⅱ型病毒;Ｌｅａｋｅｙ虽然能被Ⅱ型引物扩增,但其序列与血清Ⅱ型病毒Ｒ２２的同源性仅为４４．９％,故不属于血清Ⅱ型病毒。上述研究结果表明,反转录聚合酶链反应能对多数汉坦病毒准确分型,但最终结果尚有赖于序列分析。     

犬细小病毒中国内蒙株VP2基因克隆及序列分析

从我国内蒙古地区流行的犬细小病毒病病犬的肠溶物中分离提纯犬细小病毒（ＣＰＶ）。提取病毒基因组ＤＮＡ,并以此ＤＮＡ为模板,采用人工合成的引物进行ＰＣＲ扩增,ＰＣＲ产物经ＢａｍＨＩ、ＳａｃＩ双酶切后,克隆于ｐＵＣ１９质粒的ＢａｍＨＩ／ＳａｃＩ位点。重组质粒ｐＵＣＶＰ２经ＰＣＲ鉴定、限制酶切分析和序列分析,结果表明：获得了犬细小病毒内蒙株（ＣＰＶ－ＩＭ）ＶＰ２基因的全长克隆,ＶＰ２基因全长１７５５ｎｔ,     

直接逆转录原位PCR检测实验性汉坦病毒感染乳鼠脑组织中病毒RNA及其与原位分子杂交的比较

出生后２～３ｄ的昆明种乳鼠,经腹腔接种１００个半数致死量的陈株汉坦病毒,每只０．０５ｍｌ,于接种后１、２、４、６、８、１０、１２、１４ｄ处死动物,每个时间点３～６只不等,取其脑组织固定于４％的多聚甲醛中,石蜡包埋制备５μｍ的连续组织切片,每时间点取１～２例组织切片,用逆转录原位ＰＣＲ（ＲＴ－ＩＳＰＣＲ）方法检测组织中病毒Ｓ片段ＲＮＡ,组织脱蜡后,经ＤＮａｓｅ、蛋白酶Ｋ、消化等予处理,用汉坦病毒ＲＮＡＳ片段特异的一对引物,在组织切片上进行病毒ＲＮＡ的逆转录和ＰＣＲ过程,直接将ｄｉｇｏｘｉｇｅｎｉｎ－１１－ｄＵＴＰ掺入到扩增产物中,经过３０个ＰＣＲ循环后,用碱性磷酸酶标记的抗ｄｉｇｏｘｉｇｅｎｉｎ抗体免疫组化检测扩增产物,连续组织切片用ｄｉｇｏｘｉｇｅｎｉｎ标记的汉坦病毒Ｍ片段Ｇ２编码区ＲＴ－ＰＣＲ扩增产物的和Ｓ片段特异性探针进行原位分子杂交并与ＲＴ－ＩＳＰＣＲ结果进行比较,另外应用免疫组化检测该基因表达产物病毒核抗原（ＮＰ）,结果,ＲＴ－ＩＳＰＣＲ在病毒感染１ｄ的乳鼠脑组织中检测到病毒ＲＮＡ扩增产物,扩增产物定位于神经细胞胞浆内,而原位分子杂交和免疫组化检测阴性。在病毒感染２ｄ及２ｄ以后的乳鼠脑组织中ＲＴ－Ｉ     

甜菜多粘菌基因组片段的克隆4及PCR检测

根据资料报导设计引物，扩增Ｐｏｌｙｍｙｘａ ｂｅｔａｅ的基因组片段，钭其克隆在ＰＧＥＭ－３Ｚｆ（＋）质粒载体上，并通过双酶切、ＰＣＲ扩增和部分序列测定，证明克隆片段为Ｐ．ｂｅｔａｅ基因组片段。用扩增Ｐ．ｂｅｔａｅ基因组片段的引物 Ｐ．ｇｒａｍｉｎｉｓ侵染小麦和Ｏ．ｔｒａｓｓｉｃａｅ侵染豇豆根系抽提的总ＤＮＡ进行ＰＣＲ扩增，均未获得任何ＤＮＡ产物，进一步证实了上述结果。对移人病士２、３．５天的甜菜苗     

细胞内RT－PCR扩增免疫球蛋白重链可变区基因

通常,逆转录ＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）需要高质量的ｍＲＮＡ,操作过程复杂,效率低且易受到ＲＮａｓｅ的破坏,为了简化操作,提高效率,用１０％甲醛盐溶液固定杂交瘤细胞,以ＮＰ－４０渗透化处理细胞后做ＲＴ－ＰＣＲ,获得了大约３５０ｂｐ的特异性免疫球蛋白重链可变区基因片段,与用同一对引物得到的常规ＲＴ－ＰＣＲ扩增产物一致。这项技术可用于获得特定结构基因片段,连结并扩增嵌合蛋白基因及构建多克隆免疫球蛋白文库等。     

应用聚合酶链反应对我国不同来源肾综合征出血热病霉的型别分析

应用聚合酶链反应（ＰＣＲ）,对分离自不同地区、不同宿主来源的２６株肾综合征出血热病毒进行了分型,其中包括４个型别的国际标准株,用异硫氰酸胍－酚－氯仿方法从感染的Ｖｅｒｏ－Ｅ６细胞中提取总ＲＮＡ,设计了５对寡核苷酸引物,一对为汉坦病毒特异性引物;４对为不同型特异性引物。ＰＣＲ分型表明,２６株中除１株Ｒｒ可同时被汉坦（ＨＹＮ）和Ｓｅｏｕｌ（ＳＥＯ）两型特异性引物扩增外,其余２５株分别只被４个型别引物中的一个所扩增,依次为ＨＴＮ１６株,ＳＥＯ７株,Ｐｕｕｍａｌａ（ＰＵＵ）１株,ＰｒｏｓｐｅｃｔＨｉｌｌ（ＰＨ）１株。ＰＣＲ分型的结果与空斑减少中和试验完全一致,表明ＰＣＲ可以对肾综合征出血热病毒准成分型。应用限制性内切酶分析了扩增产物,结果与理论基本一致,证实了扩增产物的特异性。     

甜菜多粘菌基因组片段的克隆及PCR检测

根据资料报导设计引物,扩增Ｐｏｌｙｍｙｘａ　ｂｅｔａｅ的基因组片段,将其克隆在ｐＧＥＭ－３Ｚｆ（＋）质粒载体上,并通过双酶切、ＰＣＲ扩增和部分序列测定,证明克隆片段为Ｐ．ｂｅｔａｅ基因组片段。用扩增Ｐ．ｂｅｔａｅ基因组片段的引物对由Ｐ．ｇｒａｍｉｎｉｓ侵染小麦和Ｏ．ｂｒａｓｓｉｃａｅ侵染豇豆根系抽提的总ＤＮＡ进行ＰＣＲ扩增,均未获得任何ＤＮＡ产物,进一步证实了上述结果。对移入病土２、３．５天的甜菜苗单株根系进行ＤＮＡ粗提,移入病土３．５天的甜菜苗ＰＣＲ检测其已被Ｐ．ｂｅｔａｅ侵染,对确定Ｐ．ｂｅｔａｅ的早期侵染有重要意义。     

二核苷酸重复多态性的非同位素检测及其在基因诊断中的应用

本文报道了一种检测二核苷酸重复多态性的简便的非同位素法,利用重复序列两侧的特异引物进行ＰＣＲ扩增,产生的等位片段在薄层变性聚丙烯酰胺凝胶电泳上分离,再用灵敏的银染法显色。该方法不需要标记ＰＣＲ产物,简便、快速,分辨率可达１ｂｐ,并可用多对引物同时进行多重ＰＣＲ分析。用此方法对ＤＭＤ家系成员ｄｙｓｔｒｏｐｈｉｎ基因的５＇－脑型外显子止游区和３＇－非翻译区的两个（ＣＡ）。位点进行了扩增片段长度多态性分     

简并引物PCR技术研究洋水仙PVY组病毒初报

利用简并引物ＲＴ－ＰＣＲ扩增技术,结合ＲＴ－ＰＣＲ扩增片段ＲＥＬＰ分析,对洋水仙１４个病毒病样品进行分组检测,结果表明洋水仙植物上存在有四种以上ＰＶＹ组病毒侵染。它们可能是ＴＢＶ、ＮＹＳＶ、ＮＳＳＶ和ＯｎＹＤＶ等。     

应用RT—PCR检测流产胎儿组织中猪繁殖与呼吸综合征病毒

根据猪繁殖与呼吸综合征病毒（ＰＲＲＳＶ）美洲型膜蛋白和核衣壳蛋白基因序列,设计了一对含有ＥｃｏＲＩ和ＢａｍＨＩ酶切位点的引物,用ＲＴ－ＰＣＲ对四个流产猪场的病料进行了检测,扩增出约９１８ｂｐ的基因片段。通过病毒分离、酶切鉴定和序列分析证实为ＰＲＲＳＶ感染。结果说明应用所设计的引物进行ＲＴ－ＰＣＲ快速检测ＰＲＲＳ是可行的,为我国快速特异诊为ＰＲＲＳ和ＰＲＲＳＶ强毒株的深入研究奠定了基础。     

大熊猫犬瘟热病毒附着或血凝蛋白基因的序列分析

首次对犬瘟热病毒（ＣＤＶ）大熊猫（ＧＰ）毒株附着或血凝蛋白（Ｈ）基因进行了序列测定并与疫苗株Ｏｎｄｅｒｓｔｅｐｏｏｒｔ进行了比较。我们设计合成了４对引物,对ＧＰ株进行了ＲＴ－ＰＣＲ扩增与测序。Ｈ蛋白基因全长为１９４６ｂｐ,开放阅读框架（ＯＲＦ）始于２１－２３位的ＡＴＧ,终止于１８４２－１８４４位的ＴＧＡ,编码６０７个氨基酸,该基因序列已被ＧｅｎＢａｎｋ。将ＧＰ毒株与ＧｅｎＢａｎｋ中疫苗弱毒株Ｏｎｄ     

狐源犬瘟热病毒核衣壳蛋白基因的克隆与序列分析

根据GenBank上发表的犬瘟热病毒(CDV)N基因核酸序列, 设计一对CDV N基因特异性引物, 采用RT-PCR扩增狐源CDV泰安分离株(CDV-FOX-TA)的N基因, 将PCR产物克隆入pMD18-T载体, 进行测序分析。结果表明, CDV-FOX-TA N基因含有1个ORF, 全长1572 bp, 共编码523个氨基酸。CDV-FOX-TA N基因与CDV疫苗株Onderstepoort、Convac的N基因的同源性分别为96.0%和95.9%, 与CDV野毒株N基因的同源性在98.4%~98.9%之间。CDV-FOX-TA N蛋白含有Tyr -Pro-Ala-Leu-Gly-Leu-His-Glu-Phe九肽序列, 是T细胞表位, 可致敏靶细胞, 在CDV N蛋白中高度保守。对CDV N基因进行系统发生分析, 结果发现CDV-FOX-TA与CDV强毒株的亲缘关系较为密切。     

狐源犬瘟热病毒核衣壳蛋白基因的克隆与序列分析

根据GenBank上发表的犬瘟热病毒(CDV)N基因核酸序列,设计一对CDVN基因特异性引物,采用RT-PCR扩增狐源CDV泰安分离株(CDV-FOX-TA)的N基因,将PCR产物克隆入pMD18-T载体,进行测序分析.结果表明,CDV-FOX-TA N基因含有1个ORF,全长1572 bp,共编码523个氨基酸.CDV-FOX-TAN基因与CDV疫苗株Onderstepoort、Convac的N基因的同源性分别为96.0%和95.9%,与CDV野毒株N基因的同源性在98.4%～98.9%之间.CDV-FOX-TA N蛋白含有Tyr-Pro-Ala-Leu-Gly-Leu-His-Glu-Phe九肽序列,是T细胞表位,可致敏靶细胞,在CDVN蛋白中高度保守.对CDV N基因进行系统发生分析,结果发现CDV-FOX-TA与CDV强毒株的亲缘关系较为密切.     

感染CDV的犬病料N、H、F基因的克隆与序列分析

目的了解病料中犬瘟热病毒（CDV）的变异情况,为犬瘟热的预防与治疗提供理论依据。方法采用RT-PCR方法对犬病料中CDV的血凝素蛋白（H）、融合蛋白（F）和核衣壳蛋白（N）基因进行扩增,将扩增产物克隆到pGEM-T-easy载体中测序,并进行序列分析。结果测定一株CDV的H、F和N基因大小分别为1863 bp、1653 bp和2235 bp。同源性分析表明,未发现碱基的插入和缺失。该病毒的H、F和N基因分别与国内强毒株BJ080127株的H基因、GN株的F基因和HL株的N基因亲缘关系最近,氨基酸同源性分别为97.3%、97.7%和99.3%。与国外标准野毒株A75-17在核苷酸水平上同源性依次为94.4%、93.8%和97.2%,与疫苗株CDV3在核苷酸水平上同源性分别为88.5%、88.8%和93.9%。系统进化树表明该病毒与国内强毒株在同一谱系。糖基化分析显示,该病毒在F基因3～5位氨基酸处多出1个糖基化位点。结论本研究从犬病料中成功克隆了犬瘟热病毒血凝素蛋白、融合蛋白和核衣壳蛋白,在F基因中新增了一个糖基化位点,为犬瘟热的遗传变异和流行学研究提供了分子生物学依据。     

Vero及Vero-dst细胞对犬瘟热病毒敏感性比较

目的为了更好地分离犬瘟热病毒（CDV）并确诊犬瘟热,本实验比较了Vero及Vero-dst细胞对此病毒的敏感性。方法将CDV标准毒株Snyder Hill株及临床犬瘟热阳性犬组织匀浆分别接种Vero及Vero-dst两种细胞,通过观察细胞病变、检测病毒滴度（TCID50）,并通过RT-PCR法进行比较,分析两种细胞对CDV的敏感性。结果接种病毒后Vero细胞盲传5代始终未见细胞病变,而Vero-dst细胞12 h出现了明显的合胞样细胞病变,且RT-PCR扩增出了CDV基因特异性片段。结论 Vero-dst细胞对CDV表现了良好的敏感性,是体外分离培养CDV的一个有效细胞系。而所本实验中使用的Vero细胞并不适于CDV的分离与培养。另外,本实验利用Vero-dst细胞从临床犬瘟热阳性病例中成功分离到了野毒株,并确定其毒力较标准毒株毒力强,可用于进一步的研究。     

西尼罗病毒的RT-PCR检测与鉴定

建立西尼罗病毒敏感、特异、快速的RT-PCR检测方法用于实验室诊断和流行病学监测。采用一步RT-PCR和套式PCR法对西尼罗病毒感染的乳鼠脑和细胞培养上清进行扩增,并对扩增产物进行序列测定。两种方法均可分别从两种组织中扩增出与预期大小相一致的片段,套式PCR法比一步RT-PCR法更为敏感,该扩增片段与西尼罗病毒埃及Eg101株相应序列的同源性为99％。     

登革病毒NS3全基因的扩增与克隆

登革热(ＤＦ)、登革出血热及登革休克综合征(ＤＨＦ/ＤＳＳ)是由登革病毒所致的两种不同临床类型的急性传染病,广泛流行于全球热带及亚热带地区。ＤＨＦ/ＤＳＳ以高热、出血、休克、高病死率为主要特征,近年来其发病率有迅速增加的趋势,已成为严重影响人类健康的公共卫生问题。迄今,ＤＨＦ/ＤＳＳ的发病机制仍不清楚,亦无有效的特异性预防方法[1]。登革病毒属于黄病毒科的黄病毒属,有Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ四个血清型,基因组为单股正链ＲＮＡ,全长约11ｋｂ,编码三种结构蛋白和七种非结构蛋白。基因组顺序为5′ＣＰｒＭＥＮＳ1ＮＳ2ａＮＳ2ｂＮＳ3Ｎ…