免疫抑制沙鼠源肺孢子菌的分类地位

肺孢子菌能够感染多种哺乳动物的肺脏, 并在免疫受抑制的个体引起肺孢子菌肺炎. 研究表明, 肺孢子菌分离株在系统进化树上分为两大枝, 二者所含菌株分别来源于灵长类和啮齿类. 基于宿主特异性以及DNA序列和形态学差异, 每一分枝内的菌株又可分为不同的种. 本研究采用地塞米松免疫抑制法, 导致沙鼠(28/35)肺组织感染. 对18S, 5.8S rRNA和rRNA内转录间隔区基因序列, 以及线粒体核糖体大亚基基因的部分序列分析表明, 本实验沙鼠源肺孢子菌与啮齿类动物来源的同属一枝, 但明显区别于其他啮齿类动物来源的菌株, 应考虑是一个独立的菌种.     

基于16S rRNA和rpoB基因的分子系统发育分析在铜绿假单胞菌鉴定中的应用

为对比16S rRNA和rpo B基因分子系统发育分析与传统表型分类法对铜绿假单胞菌的鉴定,评估16S rRNA和rpo B基因序列分析在铜绿假单胞菌鉴定中的应用,用表型分类方法对临床自动微生物鉴定系统鉴定为铜绿假单胞菌的23株分离株进行再鉴定,PCR扩增23株分离株16S rRNA和rpo B基因片段,并测序进行系统发育分析。结果表明,表型再鉴定结果与自动微生物鉴定系统鉴定结果一致。基于两个基因的系统发育分析均显示分离株p22与不动杆菌属序列聚为一枝,其余22株分离株与铜绿假单胞菌序列聚为一枝。因此p22应鉴定为不动杆菌,16S rRNA和rpo B基因序列分析均能准确鉴定铜绿假单胞菌并能较好建立假单胞菌属内种间关系。     

利用16S rRNA基因同源性分析鉴定两株明串珠菌

从酸马奶中分离出2株明串珠菌KLDS 5.0301和KLDS 5.0302,对2株菌的16S rRNA基因经PCR扩增测序,将测序结果同该属内菌株的16S rRNA序列作多序列比较,并建立明串珠菌属的系统发育树.结果表明,KLDS 5.0301的16S rRNA序列同L. garlicum的同源性百分比为100%.KLDS 5.0302的16S rRNA序列同L.mesenteroides LM2菌株的16S rRNA序列的同源性百分比为99.9%.根据系统发育树的结果,将KLDS5.0301鉴定为L.garlicum,KLDS 5.0302鉴定为L.mesenteroides.菌株KLDS 5.0301和KLDS 5.0302的16SrRNA序列已经在GeneBank申请国际序列注册号,分别为DQ239691和DQ297412.     

长爪栘[木衣]叶绿体基因组特征系统发育及密码子偏好性分析

长爪栘[木衣](Docynia longiunguis Q. Luo&J. L. Liu)是我国特有的栘[木衣]属植物,具有较高的食药用价值。对其叶绿体基因组进行分析,有助于阐明栘[木衣]属内的系统发育关系,为长爪栘[木衣]资源的开发利用及进一步研究奠定基础。结合其近缘种云南栘[木衣]叶绿体基因组数据,在进行全序列比对后,对其系统发育、密码子偏好性等进行分析。长爪栘[木衣]叶绿体基因组序列总长为158914bp(GenBank登录号为MW367027),总GC含量为36.7%,其中大的单拷贝区(large single-copy, LSC)长度为87 020 bp,小的单拷贝区(small single-copy, SSC)长度为19 156 bp,反向重复区(inverted repeats, IRs)长度为26 369 bp。共注释了102个功能性基因,包括72个蛋白编码基因、26个编码tRNA基因和4个编码rRNA基因。构建系统发育树的最佳模型为TVM+F+R2。系统发育分析结果表明,长爪栘[木衣]与栘[木衣](Docynia indica (Wall.) Dcne.)聚为一支,栘[木衣]属物种与苹果属(Malus)聚为一支。对长爪栘[木衣]及近缘种叶绿体基因组序列进行比对分析,trnY (GUA)-psbD、ndhC-trnV (UAC)、accD-psaI、psbZ-trnFM (CAU)和ndhF-trnL等区域的变异较大,核酸多样性分析则表明有11处Pi值>0.01的高变区域,且都位于LSC区及SSC区。除长爪栘[木衣]外,其他序列中均有trnH基因位于IRs/LSC区交界处且都没有越过边界。密码子偏好分析显示,长爪栘[木衣]叶绿体基因中异亮氨酸的密码子编码数量最多,达到了1 205个。长爪栘[木衣]与山荆子(Malusbaccata(L.)Borkh.)、三叶海棠(Malussieboldii(Regel)Rehd.)、湖北海棠(Malus hupehensis (Pamp.) Rehd.)及木瓜(Chaenomeles sinensis (Thouin) Koehne)的亲缘关系最近;其叶绿体基因密码子更偏好于使用A/T结尾;长爪栘[木衣]叶绿体基因组与其他蔷薇科植物叶绿体基因组在4个边界区域基因分布显示出较大差异,与同属的云南栘[木衣]及栘[木衣]叶绿体基因组差异相对较小。长爪栘[木衣]叶绿体基因组的组装注释、系统发育分析及序列比对分析,为该物种的资源鉴定、开发和利用提供了理论依据。     

未净化Z：ZCLA长爪沙鼠封闭群繁育及遗传稳定性分析

目的分析未净化Z：ZCLA长爪沙鼠封闭群繁育和生长指标,并利用直接测序法分析其遗传稳定性。方法随机选择40对Z：ZCLA长爪沙鼠,记录其繁殖胎次、产子数等指标,分析其仔鼠的生长发育情况。遗传稳定性分析选择Z：ZCLA长爪沙鼠非同胞、非亲代个体33只,提取肝脏基因组DNA,PCR扩增D-Loop序列,产物纯化后双向测序,测序结果与Z：ZCLA长爪沙鼠标准序列比对。结果 Z：ZCLA长爪沙鼠每胎产仔7只,胎间隔多在20～60 d间,雄性体重高于雌性。遗传稳定性分析检测发现33只Z：ZCLA长爪沙鼠序列与标准序列完全一致。结论 Z：ZCLA长爪沙鼠群体内未发现遗传多态性,说明该群体具有较好的遗传稳定性。     

炔雌醚对内蒙古农牧交错带长爪沙鼠(Meriones unguiculatus)家群大小和巢域行为的影响

为检验施用炔雌醚对农牧交错带长爪沙鼠家群大小与巢域行为的影响,于2006年5月至9月对内蒙古锡林郭勒盟锡林浩特市农牧交错区域分布的长爪沙鼠家群使用炔雌醚进行种群不育控制实验。分设投药区和对照区两个组别,分别于5月、7月与9月份采用1/4样圆面积有效洞口计数法,随机选取24个长爪沙鼠家群,调查对照区域和投药区内沙鼠的家群洞口数量以及家群大小。另在对照区和投药区,随机测定了30个沙鼠的家群活动范围,对比使用炔雌醚前后长爪沙鼠巢域平均半径和活动面积的影响。结果为:对照区家群平均洞口数58个,投药区仅23个,在炔雌醚投药区长爪沙鼠家群受炔雌醚影响,洞口数仅为23个,表明其对长爪沙鼠家群大小控制效果显著。投药区内长爪沙鼠家群密度在投药后连续下降,最大下降幅度较对照区家群密度低70%,表明炔雌醚对长爪沙鼠的家群密度影响较大,可显著降低长爪沙鼠家群密度(P<0.05)。炔雌醚对长爪沙鼠家群平均半径和活动面积的研究结果显示,施用炔雌醚后家群巢域半径与活动面积均显著缩小(P<0.05),与对照区巢域平均面积相比缩小15%、平均活动半径缩小30%。通过以上结果可得出:单独施用炔雌醚对控制野外长爪沙鼠家群以及降低长爪沙鼠巢域、活动面积效果显著。炔雌醚可有效降低农牧交错带长爪沙鼠种群数量和有效活动范围,这对于农牧交错带的鼠害防控,同时降低鼠源性疾病,包括鼠疫的传播都有一定的意义。     

环磷酰胺对长爪沙鼠精子畸形的影响

目的探讨环磷酰胺（CP）对长爪沙鼠精子畸形的影响。方法取长爪沙鼠随机分成正常对照组,CP组（低、中、高剂量组即剂量分别为20 mg/kg、30 mg/kg、40 mg/kg）,环磷酰胺经腹腔注射,连续注射5 d,药后30d麻醉沙鼠,剖腹取出两侧附睾制备精子悬液涂片,用甲醇固定10 min,用2%的伊红染色30 min,蒸馏水洗片,显微镜观察精子形态。结果低、中、高剂量组分别与正常对照组比较,长爪沙鼠精子畸形率差异极显著（P〈0.01）;低、中剂量组分别与高剂量组相比较,长爪沙鼠精子畸形率差异极显著（P〈0.01）;低剂量组与中剂量组比较,精子畸形率差异不显著（P〉0.05）。形态学观察显示：环磷酰胺对长爪沙鼠精子影响畸形类型主要为尾折叠、尾粗细/长短/扭曲和无钩。结论环磷酰胺对长爪沙鼠精子有一定的致畸率,且对长爪沙鼠精子尾部影响最大。在一定剂量内范围内,环磷酰胺对长爪沙鼠的精子致畸率无明显区别;当高于一定剂量,随着环磷酰胺用药剂量的增加,长爪沙鼠的精子致畸率也增加。     

盐地碱蓬内生中度嗜盐菌的分离与系统发育多样性分析

为了了解东营滨海盐地碱蓬植株内生中度嗜盐菌的多样性,采用传统分离鉴定技术和基于16S rRNA序列分析对样品中可培养细菌的多样性进行研究。根据其生理生化特征、16S rRNA序列测定和系统发育分析,分离获得的15株内生菌可分为4个类群,涉及Halomonadaceae科的Chromohalobacter属、Kushneria属、Halomonas属以及Bacillaceae科的Bacillus属。类群I中4菌株的16S rRNA序列与Chromohalobacter israelensis的最高相似性为95%。类群II共7株菌,归属于Kushneria属,是碱蓬内生中度嗜盐菌中的优势类群。类群III菌株的16S rRNA序列与一株尚无明确分类地位的Gammaproteobacteria亚门耐盐固氮细菌Haererehalobacter sp.JG11的相似性为99%。类群IV中的芽孢杆菌的16S rRNA序列与已知细菌的相似性为96%,很可能代表了Bacillus属的新种。各种水解酶类的分析表明,在分离的15株菌中有3株菌产蛋白酶,14株产酯酶,8株产DNA酶,11株产半乳糖苷酶,14株产脲酶。研究结果揭示,盐地碱蓬中存在较为丰富的中度嗜盐菌多样性和系统发育多样性,并且潜藏着较多的新的微生物类群。     

长爪沙鼠线粒体DNA控制区全序列测定及分析

目的对长爪沙鼠线粒体DNA控制区全序列进行测定,并对其进行鉴定及进化分析。方法根据长爪沙鼠已知基因序列设计引物,采用PCR产物测序法,对所得的片段进行测序鉴定。结合已公布啮齿类动物D-loop区序列,分析其碱基组成、遗传距离、并基于最小进化法和UPGMA法构建系统进化树。结果获得长爪沙鼠D-loop区序列,其与家鼠、小家鼠和仓鼠平均同源性为58%;碱基组成分析显示,长爪沙鼠与啮齿类动物有相似的碱基组成和碱基偏离,其A-skew和G-skew分别为0.0047和-0.28。进化分析结果显示,长爪沙鼠与家鼠（0.35）、黑家鼠（0.38）和仓鼠（0.39）具有较近的遗传距离,其分化顺序为跳鼠、蔗鼠、长爪沙鼠、仓鼠、家鼠和小家鼠。结论本研究获得长爪沙鼠D-loop区全序列,确定了长爪沙鼠与仓鼠、家鼠、小家鼠及其它啮齿动物的进化关系,为长爪沙鼠进化研究、线粒体的结构和功能研究奠定基础。     

长爪沙鼠(Meriones unguiculatus)和金黄地鼠(Mesocricetus auratus)的肺皮蒸发失水量研究

通过对长爪沙鼠和金黄地鼠肺皮蒸发失水量的研究表明,同种内个体间肺皮蒸发失水量与动物体重呈负指数相关。在10-30℃范围内,肺皮蒸发失水量随温度上升呈指数式增加。随着相对湿度的增加,肺皮蒸发失水量呈指数式减少。在10℃和20℃环境温度下,金黄地鼠肺皮蒸发失水量略高于长爪沙鼠,在30℃环境温度下,长爪沙鼠肺皮蒸发失水量略高于金黄地鼠。     

基于DNA拓扑异构酶II基因部分序列的侧耳属系统发育分析

对侧耳属（Pleurotus）14个种的14个菌株,亚侧耳属（Hohenbuehelia）1个种和离褶伞属（Lyophyllum）1个种的DNA拓扑异构酶II（EC 5.99.1.3）部分序列进行扩增分析。以灰盖鬼伞（Coprinus cinereus）、新型隐球酵母（Cryptococcus neoformans）和玉米黑粉菌（Puccinia polysora）等担子菌为外群,采用最大距离法、最大简约法和最大似然法构建侧耳属的系统发育树。结果表明：作为外群的三个物种独立于所有供试材料;侧耳属菌株作为一大类与供试的离褶伞属和亚侧耳属分开。侧耳属14个种又可细分成六支：可能为侧耳属起源最早的P. flabellatus、P. salmoneostramineus和P. djamor组成一组;P. tuberregium和P. pulmonarius均自成一组;P. abalonus和P. cystidiosus均产生束梗孢,聚为同组;P. eryngii var. eryngii、P. eryngii var. ferulae和P. nebrodensis为一组;另一组由P. ostreatus、P. columbinus、P. cornucopiae和P. citrinopileatus组成。按照侧耳属物种菌丝类型的不同,构建的系统发育树将该属14个种进行系群划分,单、二系菌丝分属于各个不同的分支中,说明单、二系菌丝均为多系起源,与用28S rDNA序列进行系统分析的结果一致。     

利用TrnL-F序列探讨苎麻属植物的系统发育关系

目的:探讨苎麻属植物的系统发育关系。方法:对10个种和8个变种苎麻属植物的TrnL-F序列进行PCR扩增和T/A克隆产物序列测定;选取雾水葛属的植物作为参考外类群,同样也测定其TrnL-F全序列;根据TrnL-F区碱基序列的差异计算种间的遗传距离,采用UPGMA法进行系统发育分析并得到系统发育树。结果:野线麻、福州苎麻、赤麻、悬铃叶苎麻、序叶苎麻、白面苎麻、束序苎麻、密球苎麻、疏毛水苎麻、圆叶水苎麻、灰绿水苎麻和糙叶水苎麻聚成一支;帚序苎麻、黔桂苎麻、苎麻、微绿苎麻、贴毛苎麻和青叶苎麻聚为另一支;雾水葛单独聚成一类,与苎麻属的其他种在一级分支中即分开,与其他种的亲缘关系较远。结论:帚序苎麻组和苎麻组植物具有较近的亲缘关系。     

基于23S／5SrDNA序列的柑橘黄龙病病原菌亚洲种系统发育研究

根据柑橘黄龙病亚洲种23S/5S的DNA序列设计一对引物对不同地理来源的6个柑橘黄龙病样品DNA进行扩增,扩增片段大小均为1 654 bp包括一个假定细胞壁水解酶假基因(putative cell wall hydrolase pseudogene)和5S rRNA 基因.序列同源性分析结果表明;6个柑橘黄龙病病原菌样品与柑橘黄龙病病原菌亚洲种Sihui样品的同源性为99%,然而与土壤杆菌,布鲁氏菌,根瘤菌,中华根瘤菌,巴通体菌和中慢生根瘤菌的同源性只有89%～95%,说明在23S/5S rDNA序列上黄龙病病原菌亚洲种与α变形菌纲根瘤菌目的其他病原菌相差较大.对黄龙病病原菌亚洲种种内的23S/5S rDNA序列进行比较分析,结果发现黄龙病病原菌亚洲种种内之间putative cell wall hydrolase pseudogene和5S rRNA的基因序列非常保守,但不同地理来源的柑橘黄龙病样品碱基序列间确实存在差异,差异的大小与地理的远近无关.利用简约法对黄龙病病原菌亚洲种及α变形菌纲其它病原菌的23S/5S rDNA序列构建的系统发育树显示黄龙病病原菌亚洲种单独聚为一类,其他细菌聚为另一类,该结果与基于rplJ基因及16S rRNA基因的DNA序列构建的分子系统进化树结果一致.     

种间转移扩增法筛选长爪沙鼠微卫星位点

目的筛选长爪沙鼠新的微卫星位点,为长爪沙鼠遗传分析提供遗传标记物。方法从GenBank中随机选取小鼠微卫星位点引物536对,用这些引物对长爪沙鼠基因组DNA扩增,将阳性目的条带进行序列分析,找出符合微卫星序列特征的短串联重复序列。结果 536对小鼠微卫星引物在长爪沙鼠基因组中扩增出了313个阳性条带,经序列分析,确定130个长爪沙鼠微卫星位点;其中完美型位点占80.77%(105/130),不完美型位点占19.23%(25/130),与小鼠同源性为24.3%(130/536)。将筛选出的微卫星位点在GenBank中注册,注册号从GU562694到GU562823。结论小鼠和沙鼠的微卫星位点具有较高的同源性,用小鼠的微卫星位点引物直接扩增长爪沙鼠基因组DNA可有效地筛选出长爪沙鼠微卫星位点。     

周龄和激素水平对长爪沙鼠超数排卵效果的影响

目的探讨不同周龄和激素水平对长爪沙鼠超数排卵效果的影响,以期确定长爪沙鼠最佳超排周龄和激素使用剂量。方法腹腔注射10 IU PMSG/HCG对4～18周龄8个年龄段的雌性长爪沙鼠进行超数排卵,末次注射16～17 h内对各组动物卵母细胞计数,确定最佳超排周龄后,对该年龄动物以5、10、15 IU3个剂量水平腹腔注射PMSG/HCG,观察各组动物的卵母细胞计数差异。结果与其它周龄组相比,6周龄组长爪沙鼠超数排卵后的卵母细胞数最多,各组间有统计学意义（P〈0.05）,而5、10、15IU等3个剂量组的超排效果也有一定的差异,10 IU组数量最高。结论对长爪沙鼠而言,采用10 IU激素注射和6周龄的动物进行超数排卵,获得的卵母细胞数量最多而且超排效果稳定性。     

拟诺卡氏菌16S rRNA,gyrB,sod和rpoB基因的系统发育分析

为了更好地了解拟诺卡氏菌属(Nocardiopsis)各物种间的系统发育关系,该属现有有效描述种的gyrB,sod和rpoB基因的部分序列被测定,结合16S rRNA基因,对拟诺卡氏菌属进行了系统发育重建。研究发现拟诺卡氏菌属gyrB,sod和rpoB基因的平均相似性分别为87.7%、87.3%和94.1%,而16S rRNA基因的平均相似性则达到96.65%,3个看家基因均比16S rRNA具有更高的分歧度。比较基于不同基因的系统树发现,由gyrB基因得到的系统树拓扑结构与16S rRNA得到的结构在亚群上基本一致。因此,gyrB基因在拟诺卡氏菌属的系统分类上比16S rRNA基因更具优越性。     

利用双重PCR技术研究长爪沙鼠的微卫星结构

目的为了建立快速检测长爪沙鼠群体遗传多样性的方法及获得Z：ZCLA长爪沙鼠封闭群现用微卫星位点的结构。方法利用17个微卫星位点（9个来自长爪沙鼠,8个来自大小鼠）进行了PCR反应体系及反应条件的优化,组合了6组双重PCR及两个复合式点样,用上述8个组合对普通级Z：ZCLA长爪沙鼠封闭群43、444、5三个世代核心群各100只种鼠进行遗传检测。结果三个世代的300只种鼠的检测结果表明,9个长爪沙鼠位点均为微卫星,其中7个位点为完全型的微卫星,1个为复合型,1个为不完全型,多态性主要表现在核心序列的重复;来自大小鼠的8个微卫星位点,有7个在Z：ZCLA长爪沙鼠核心群中得到有效扩增,只有3个位点在三个世代中均有出现,对测序结果分析后发现,其核心序列均为小卫星。结论来自长爪沙鼠的位点,无论结构还是遗传方式均符合微卫星遗传标记的特点,可用作检测长爪沙鼠的群体遗传多样性。     

花生根瘤菌群体遗传多样性和系统发育研究

利用16S rRNA RFLP,16S rRNA序列分析和16S－23S IGS PCR RFLP技术对43株花生根瘤菌和来自其他种属的15个参比菌株进行了群体遗传多样性和系统分析。16S rRNA PCR RFLP分析结果表明,所有供试花生根瘤菌均属于慢生根瘤菌属,在系统发育上与B.japonicum的亲缘关系最近,具有相同的16S rRNA RFLP基因型,而与B.elkanii相对较远。16S rRNA 序列分析结果表明,供试花生根瘤菌在系统发育上更接近于B.liaoningense,序列间差异小于1％,而B.liaoningense在系统发育上与B.japonicum相距很近,其序列间差异小于1％,16S－23S rRNA IGS RFLP分析结果表明,尽管花生根瘤菌与B.japonicum和B.elkanii的亲缘关系很近,但在71％的相似性水平上供试花生根瘤菌仍各自聚为一群,并可进一步分为A、B、C和D4个亚群,该分群还明显反映了地理因素对群体遗传多样性和系统发育的影响。     

长爪沙鼠ATPase8,ATPase6,COX3基因的克隆及序列分析

目的对长爪沙鼠线粒体ATPase8,ATPase6,COX3基因全序列进行测定,并对其进行鉴定及进化分析。方法根据长爪沙鼠已知基因序列设计引物,采用PCR产物测序法,对目的片段进行测序鉴定。结合已公布啮齿类动物ATPase8,ATPase6,COX3基因序列,分析其碱基组成、遗传距离、并基于最小进化法和UPGMA法构建系统进化树。结果获得长爪沙鼠线粒体ATPase8,ATPase6,COX3基因全序列,其与家鼠、小家鼠和仓鼠均具有较高的同源性（76～98%）;进化分析结果显示,长爪沙鼠与家鼠、黑家鼠和仓鼠遗传距离较近;碱基G的含量分别为6.9%,10.7%,15.2%,符合mtDNA的特点;A＋T含量分别为68.2%,64.1%,59.2%,明显低于G＋C含量,符合哺乳动物的特点。结论本研究为首次获得长爪沙鼠ATPase8,ATPase6,COX3基因全序列,长爪沙鼠与家鼠、黑家鼠和仓鼠具有较近遗传距离,本研究为长爪沙鼠进化研究、线粒体的结构和功能研究奠定基础。     

基于ITS序列分析对我国主要栽培的侧耳品种的鉴定及评价

利用PCR产物克隆测序测定了20个我国主要栽培的侧耳品种的ITS序列,另外从GenBank获得侧耳属15个种25条ITS序列及亚侧耳属2个种的ITS序列。以Hohenbueheliagrisea和H.tremula为外群,运用PAUP软件中的简约分析法(parsimonyanalysis)构建的系统发育树表明:侧耳属Pleurotus是单起源的,20个主要栽培的侧耳品种分别聚在三个组,即Ostreatus-eryngii-populinus复合组、Pulmonarius组、Citrinopileatus-cornucopiae组。Ostreatus-eryngii-populinus组含刺芹侧耳Pleurotuseryngii、白灵侧耳P.nebrodensis、香侧耳Pleurotussp.、阿魏侧耳P.eryngiivar.ferulae、平963-1Pleurotussp.及糙皮侧耳P.ostreatus、日本秀珍Pleurotussp.、平802Pleurotussp.、姬菇Pleurotussp.、灰白侧耳P.spodoleucus、缘刺侧耳Pleurotussp.、凤尾菇P.sajor-caju;Pulmonarius组含肺形侧耳P.pulmonarius、小白平菇Pleurotussp.、平8804Pleurotussp.、平侧5Pleurotussp.、美味侧耳P.sapidus;Citrinopileatus-cornucopiae组含黄白侧耳P.cornucopiae、金顶侧耳P.citrinopileatus、鸡汁菌Pleurotussp.。系统树还显示黄白侧耳与金顶侧耳、白灵侧耳与刺芹侧耳亲缘关系密切,而凤尾菇与肺形侧耳分属于不同的组,属于两个不同的种。基于ITS序列分析,本文还针对目前我国栽培的主要侧耳品种在名称使用上的混淆和混乱进行了初步的评价和讨论。