MALDI-TOF MS对肺炎链球菌鉴定与分型的应用

目的探讨MALDI-TOF MS对肺炎链球菌鉴定和质谱分型的应用价值。方法收集2009年1月至2013年5月温州医科大学附属第二医院临床分离的112株肺炎链球菌标本,采用Optochin敏感试验和全自动细菌分析仪对收集的菌株进行鉴定验证,并用Microflex MALDI-TOF质谱仪进行分析鉴定。根据质谱图的相似性进行细菌同源聚类树分析并构建质谱分型模型,采用荚膜肿胀试验对参与分型的菌株进行血清型比较。结果除20株不符合检测条件之外,92株临床菌株和1株标准株经质谱分析均为肺炎链球菌,选取的60株菌株以0.5的差异水平,将60株肺炎链球菌分为18个质谱型别,在这些菌株的血清分型中有19F、19A、23F、23A、3和14六个血清型别,分布于不同的MALDI-TOF MS分型中,其中19F有18株,占30%(18/60),分布在6种不同的MALDI-TOF MS分型中,也有3型血清型较为集中地分布于相应的MALDI-TOF MS一个型别里。结论 MALDI-TOF MS能快速、准确、简便地鉴定肺炎链球菌,且能达到种的水平。对比血清型,按照0.5差异水平,建立的18个质谱分型部分的型别与血清型有一致性,但也存有差异。     

19群肺炎链球菌国家标准菌株分子特征分析及在菌株质量控制中的应用

目的明确19群肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)国家标准菌株的分子特征,为完善中国肺炎链球菌国家标准菌株的质量标准提供依据。方法在传统肺炎链球菌菌种检定方法的基础上,应用16S rRNA基因分析、聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)血清分型、多位点序列分型(multilocus sequence type,MLST)和脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分型等多种分子生物学质控方法,对来源于中国医学细菌保藏管理中心的20株19群肺炎链球菌国家标准菌株进行分析。结果 20株19群肺炎链球菌的16S rRNA基因序列与肺炎链球菌模式株NCTC 7465的16S rRNA基因序列的相似性在99.64%～100%之间,碱基差异0～5 bp。PCR血清分型结果表明:11株19F型菌株均检测到大小为304 bp的19F型特异性扩增条带,6株19A型菌株均检测到大小为478 bp的19A型特异性扩增条带,PCR血清分型结果与血清凝集试验结果一致。MLST分型结果表明,相同血清型的菌株可以具有不同的序列型(sequence type,ST)。共获得12个ST型,其中6个ST型(10496、10497、10501、10502、10503和10509)为首次报道。PFGE分型结果显示:各型别菌株各具有其特征性PFGE带型(9～17条带),相同血清型或ST型菌株可能具有不同的PFGE带型。共存在18种不同的PFGE带型,其中19F型和19A型菌株中各有一对菌株的ST型和PFGE图谱完全一致。菌株的传代稳定性考察结果显示:在25代以内31708菌株的PFGE带型未发生变化,遗传特征是稳定的。结论 16S rRNA基因分析、PCR血清分型、MLST分型和PFGE分型等分子生物学方法应用于中国肺炎链球菌国家标准菌株的质量控制,可获得更加全面的肺炎链球菌标准菌株身份信息数据(包括序列、PCR扩增片段、序列型、图谱等),为进一步完善中国肺炎链球菌国家标准菌株的质量标准提供依据和数据支撑。     

应用分子生物学方法鉴定6群肺炎链球菌血清型

目的利用分子生物学方法,鉴定26株6群肺炎链球菌的血清型。方法利用6群肺炎链球菌荚膜多糖相关基因设计合成6对特异性引物,PCR扩增26株肺炎链球菌,并对PCR产物进行基因序列的测定及分析。结果26株肺炎链球菌cpsD蛋白229个氨基酸中有7个突变点,第220~222位均没有缺失;其中,19株肺炎链球菌具有与wci Nα蛋白氨基酸序列完全一致的氨基酸组成,第150位均为Ala,第38位均为Asp,其余7株与wciN_α蛋白氨基酸序列没有相似性,但与wciN_β蛋白氨基酸序列相似性超过99%;15株wciP蛋白第195位为Ser,11株wci P蛋白第195位为Asn。综合分析比对后,26株6群肺炎链球菌中,11株属于6A型肺炎链球菌,8株属于6B型肺炎链球菌,4株属于6C型肺炎链球菌,3株属于6D型肺炎链球菌。结论分子生物学方法可用于6群肺炎链球菌血清型的鉴定,为完善6群肺炎链球菌的菌种档案提供了实验依据。     

产ESBLs大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌的耐药特征和基因分型研究

目的了解广东省中医院产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）的大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌的流行、耐药特点和基因型分布。方法对该院2001年7月至2003年8月间临床分离保存的208株大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌,用VITEK-32细菌鉴定仪进行细菌鉴定,用K—B法进行药敏试验,用双纸片法进行ESBLs初筛,用NCCLS1999年推荐的确证方法进行ESBLs确证。并采用PCR扩增和PCR产物测序方法对产ESBLs菌株进行基因分型。结果分离到产ESBLs细菌76株,总检出率为36．5％,其中肺炎克雷伯菌阳性率为41．9％（39／93）、大肠埃希菌阳性率为32．2％（37／115）,产酶株的耐药率明显高于非产酶株,产ESBLs细菌对青霉素类、环丙沙星及头孢菌素类耐药率较高,加酶抑制剂克拉维酸或他唑巴坦后耐药率有明显下降;PCR初步分型结果表明：TEM型42株（55．3％）,均为TEM-1型,CTX-M型27株（35．5％）,SHV型33株（43．4％）。结论产ESBLs细菌具有多重耐药的特点;CTX-M型和SHV型是该院产ESBLs大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌中流行的基因型。     

中山市186名儿童鼻咽部带菌状况调查

目的了解儿童鼻咽部带菌状况,为疾病预防和治疗提供科学依据。方法对2所幼儿园186名儿童的鼻咽拭子进行培养、分离、鉴定及药敏试验,按《全国临床检验操作规程》进行。药敏试验根据1999年美国NCCLS有关抗生素敏感试验标准进行,流感嗜血杆菌β-内酰胺酶检测采用Nitrocefin纸片法,耐青霉素肺炎链球菌（PRP）检测采用E-test法。结果186份标本共分离出374株细菌,其中同时分离出3株细菌的有45份（占24．2％）,同时分离出2株细菌的有98份（占52．7％）,仅分离到1株菌的有43份（占23．1％）。以副流感嗜血杆菌、肺炎链球菌、假白喉棒状杆菌、流感嗜血杆菌、草绿色链球菌、表皮葡萄球菌和金黄色葡萄球菌为主,分别占50．5％、32．8％、28．0％、24．2％、17．7％、15．6％和11．3％。94株副流感嗜血杆菌β-内酰胺酶试验阳性3株（占3．2％）,45株流感嗜血杆菌β-内酰胺酶试验阳性2株（占4．40／0）,21株金黄色葡萄球菌β-内酰胺酶试验阳性18株（占85．7％）。61株肺炎链球菌耐青霉素13株占21．3％,多重耐药株（同时耐3种或3种以上菌株）占21．3％,对红霉素、四环素、氯霉素、克林霉素、利福平、氧氟沙星、头孢噻肟、复方新诺明和万古霉素的耐药率分别为67．2％、52．5％、47．5％、52．7％、31．1％、1．6％、4．9％、67．2％和0;21株金黄色葡萄球菌耐苯唑西林5株（占23．8％）。结论调查结果显示,健康儿童鼻咽部寄生菌谱较为宽广,而临床上引起小儿呼吸道感染的主要致病菌,如肺炎链球菌、流感嗜血杆菌和金黄色葡萄球菌,分别占第2、第4和第7位,这一结果提示儿童鼻咽部带菌状况与小儿呼吸道感染有一定关系。不同性别儿童主要细菌检出率比较差异无显著性。耐青霉素肺炎链球菌已处于较高水平,其对常用抗生素普遍耐药,且已发现对3代头孢菌素耐药菌株,可能引起流行病,值得政府有关部门、疾病预防工作者和临床医生的关注。     

儿童感染青霉素耐药肺炎链球菌的 多位点序列分型

目的对儿童感染的青霉素耐药肺炎链球菌进行多位点序列分型,了解厦门地区肺炎链球菌青霉素耐药菌株遗传背景。方法采用多位点序列分型法对2012年1月至2014年12月期间分离的60株青霉素耐药肺炎链球菌进行分子分型。结果 60株青霉素耐药肺炎链球菌MLST法共检出24个ST型,其中发现6个新的ST型,分别被命名为ST10004、ST10005、ST10006、ST10007、ST10008和ST10009。存在一个优势型别ST271,占31.7%(19/60),发现了4个克隆群和20种单一克隆,其中主要克隆群为国际流行耐药克隆群Taiwan19F-14,占41.7%(25/60)。结论本地区分离的儿童青霉素耐药肺炎链球菌主要以ST271型为主,属国际流行耐药克隆群Taiwan19F-14,是引起儿童呼吸道感染肺炎链球菌多重耐药的主要原因。     

流感嗜血杆菌的分型研究

目的分析同济医院分离的流感嗜血杆菌的生物学分型及荚膜基因分型,了解本地区分离的流感嗜血杆菌的主要流行株。方法2012年1月1日至2012年12月31日从华中科技大学同济医学院附属同济医院分离流感嗜血杆菌100株。根据脲酶、吲哚和鸟氨酸脱羧酶试验对流感嗜血杆菌进行传统的生物学分型,分为Ⅰ～Ⅷ八个生物型。回顾患者病史资料,分析生物学分型和流感嗜血杆菌所引起的疾病之间的关系。用流感嗜血杆菌荚膜编码基因（bexA）和a—f型特异性荚膜基因设计引物,采用PCR技术对流感嗜血杆菌进行荚膜基因检测。通过生物学分型和荚膜基因分型结果的比对,探讨两者之间的关联。结果分离的100株流感嗜血杆菌生物学分型结果如下：Ⅲ型6株,Ⅳ型28株,Ⅴ型1株,Ⅵ型54株,Ⅶ型11株。未分离到Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅷ型。分析患者的临床诊断,发现主要流行株Ⅵ型流感嗜血杆菌主要引起患者肺炎（包括支气管肺炎和新生儿肺炎）和支气管炎（包括毛细支气管炎和喘息性支气管炎）。荚膜基因分型结果显示,未分离到b型和b-型流感嗜血杆菌。共分离到1株f型,其余99株均为无荚膜抗原的不可分型流感嗜血杆菌。生物学分型和荚膜分型之间无明显的相关性。结论该院分离的流感嗜血杆菌主要为生物型Ⅵ型。回顾患者病史,发现Ⅵ型主要引起肺炎和支气管炎。荚膜基因分型显示,本地区分离的流感嗜血杆菌主要为不可分型流感嗜血杆菌。生物学分型和荚膜基因分型之间无明显相关性。     

肺炎球菌结合疫苗接种前后儿童中血清型19A分离物的特性

此研究评估了希腊引入肺炎球菌结合疫苗(PCVs)前后,来自肺炎球菌疾病(PD)儿童的肺炎球菌血清型19A分离物的的流行率和特性。1986—2015年在一家大型儿科医院收集到的肺炎链球菌分离株,通过肺炎球菌荚膜肿胀试验进行血清分型,用Etest法测定其MICs。通过聚合酶链反应检测pbp基因的变化和mefA、 mefE、 ermB基因的存在与否。基因型通过多位点序列分型(MLST)进行评估。     

4株具有荚膜的白假丝酵母菌的分离与鉴定

取临床标本（性病门诊病人阴道分泌物）直接涂片染色镜检及用沙保氏琼脂平板分离培养、作涂片革兰染色镜检、出芽试验、厚膜孢子形成试验、糖发酵试验等鉴定菌种;小白鼠与家兔试验、荚膜肿胀试验、透射电镜等观察荚膜,观察白假丝酵母菌临床分离菌株（C1-1、C1-2、C1-3、C1-4）的荚膜结构并探讨其形成条件。结果显示：（1）C1-1、C1-2、C1-3、C1-4四株临床分离菌株均为革兰阳性、念珠状菌;能形成芽管、假菌丝、厚膜孢子;能发酵葡萄糖和麦芽糖产酸又产气;发酵蔗糖产酸不产气;不发酵乳糖。（2）在感染小白鼠及家兔体内均可形成荚膜,荚膜层的厚度可因不同环境而有显著差异（P〈0．01或〈0．05）,边界明显;荚膜肿胀试验阳性。4株临床分离菌株均可被鉴定为具有荚膜的白假丝酵母菌。     

金黄色葡萄球菌儿童临床分离株携带PVL基因状况的分析

目的了解金黄色葡萄球菌儿童分离株携带Panton-Valentine杀白细胞素（PVL）基因的状况及感染类型。方法采用多重PCR同时检测金黄色葡萄球菌16SrRNA基因、PVL基因和mecA基因;多重PCR检测MR—SA的SCCmec基因型及亚型。结果66株金黄色葡萄球菌JL童临床分离株经多重PCR检测,其中MRSA有7株（10．6％）,MSSA有59株（89．4％）;携带PVL基因金黄色葡萄球菌有31株,总阳性率为47．O％（31／66）,其中2株为MRSA,29株为MSSA,阳性率分别为28．6％（2／7）和49。2％（29／59）。2株MRSA都属于SCCmecIV型;31株PVL基因阳性分离株有21株分离自脓液,7株分离自血液,仅1株分离自痰液。结论儿童MSSA是携带PVL基因的主要菌株,携带PVL基因的金黄色葡萄球菌主要引起化脓性感染和血流感染。     

Curcuminoids as inhibitors of thioredoxin reductase: A receptor based pharmacophore study with distance mapping of the active site

Curcumin is the yellow pigment of turmeric that interacts irreversibly forming an adduct with thioredoxin reductase (TrxR), an enzyme responsible for redox control of cell and defence against oxidative stress. Docking at both the active sites of TrxR was performed to compare the potency of three naturally occurring curcuminoids, namely curcumin, demethoxy curcumin and bis-demethoxy curcumin. Results show that active sites of TrxR occur at the junction of E and F chains. Volume and area of both cavities is predicted. It has been concluded by distance mapping of the most active conformations that Se atom of catalytic residue SeCYS498, is at a distance of 3.56 from C13 of demethoxy curcumin at the E chain active site, whereas C13 carbon atom forms adduct with Se atom of SeCys 498. We report that at least one methoxy group in curcuminoids is necessary for interation with catalytic residues of thioredoxin. Pharmacophore of both active sites of the TrxR receptor for curcumin and demethoxy curcumin molecules has been drawn and proposed for design and synthesis of most probable potent antiproliferative synthetic drugs.     

A Unique Protease Cleavage Site Predicted in the Spike Protein of the Novel Pneumonia Coronavirus (2019-nCoV) Potentially Related to Viral Transmissibility

正Dear Editor,In December 2019, a novel human coronavirus caused an epidemic of severe pneumonia(Coronavirus Disease 2019,COVID-19) in Wuhan, Hubei, China(Wu et al. 2020; Zhu et al. 2020). So far, this virus has spread to all areas of China and even to other countries. The epidemic has caused 67,102 confirmed infections with 1526 fatal cases     

Comparative morphology of the carpel in the Liliaceae: Hewardieae, Petrosavieae, and Tricyrteae

The young pistils in the melanthioid tribes, Hewardieae, Petrosavieae and Tricyrteae, are uniformly tricarpellate and syncarpous. They lack raphide idioblasts. All are multiovulate, with bitegmic ovules. The Petrosavieae are marked by the presence of septal glands and incomplete syncarpy. Tepals and stamens adhere to the ovary in the Hewardieae and the Petrosavieae but not in the Tricyrteae. Two vascular bundles occur in the stamens of the Hewartlieae and Tricyrtis latifolia. Ventral bundles in the upper part of the ovary of the Hewardieae are continuous with compound septal bundles and placental bundles in the lower part. Putative ventral bundles occur in the alternate position in the Tricyrteae and putative placental bundles in the opposite. position in the Petrosavieae. The dichtomously branched stigma in each carpel of the Tricyrteae is supplied by a bifurcated dorsal bundle.     

鸡传染性法氏囊病病毒研究进展

传染性法氏囊病(Infection bursal disease, IBD)是由鸡传染性法氏囊病毒(Infectious bursal disease virus, IBDV)引起的鸡和火鸡的一种高度接触性传染病,给世界各国的禽养殖业带来了巨大损失.自IBDV发现至今新的变异株不断出现,分子结构的改变导致病毒致病力的改变及宿主对疫苗应答的改变,使得传统的疫苗已不能控制其流行,因此各国学者对其基因组结构和功能进行了广泛深入的研究,并积极研制新型有效的疫苗以达到防治的目的.     

Development of a Novel Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification Method for Rapid Detection of SARS-CoV-2

In conclusion, the novel visual RT-LAMP assay is a simple, rapid, and sensitive approach for detection of SARS-CoV-2, and it is ready for application in primary care and community hospitals or health care centers, and even patients' own houses in response to the current SARS-CoV-2 epidemic because the assay does not require sophisticated equipment and skilled personnel. Furthermore, it is also ready to be used in fields for screening samples from wild animals and environments to facilitate the identification of potential intermediate hosts that mediate the cross-species transmission of SARS-CoV-2 from bats to humans.     

Perinatal Vertical Transmission of Chikungunya Virus in Ruili,a Town on the Border between China and Myanmar

正Dear Editor,Chikungunya virus (CHIKV), an arbovirus in the family of Togaviridae, genus Alphavirus, is transmitted by the A.aegyptii or A. albopictus mosquito, and causes disease in humans characterized by fever, rash, and arthralgia (Silva and Dermody 2017; Suhrbier 2019). It was first reported in 1953 in Tanzania, and caused only a few outbreaks and sporadic cases in Africa and Asia in last century. However, in the epidemic in 2004, CHIKV acquired mutations that conferred enhanced transmission by the A. albopictus mosquito(Schuffenecker et al. 2006). Since then, it has successively caused outbreaks in Africa, the Indian Ocean, South East Asia, the South America, and Europe (Zeller et al. 2016).