利用SSR标记研究茄子种质资源遗传多样性

本研究利用105个SSR分子标记分析了50份茄子种质资源遗传多样性。105对SSR引物中筛选出的20对多态性含量较高的引物,在50份茄子品种组成的群体中共检测出91个等位基因,平均每个基因位点检测到4.55个等位基因。PIC的变幅为0.202 1~0.735 6,平均为0.401 2。根据遗传距离并结合UPGMA聚类分析可将50份种质分为10个类群。SSR分子标记与品种资源性状聚类分析基本一致。     

分子标记技术在大黄属植物种质资源研究中的应用

介绍了几种常用分子标记RAPD、AFLP、SSR、ISSR和SRAP的原理和特点,着重论述了分子标记在大黄属植物遗传多样性、亲缘关系和种质鉴定等方面的应用,分析了大黄种质资源研究中存在的问题和提出了今后研究工作的重点。     

中国兰花资源分子标记鉴定研究进展

系统阐述了RAPD、SSR、RFLP、AFLP和其它几类分子标记在中国兰花种质资源鉴定及遗传多样性研究中的应用进展。同时指出,应用分子标记研究兰属植物的遗传多样性对兰属的科学分类及新品种选育等具有指导意义,并提出展望。     

水稻SSR标记的遗传多样性研究进展

本文从SSR标记优点和适用于研究水稻遗传多样性入手,综述了SSR标记在水稻核心种质构建与评价、遗传结构、稻种起源演化等方面的研究进展。总结了水稻遗传多样性的地带性特征（云南是中国稻种资源的最大遗传多样性中心和优异种质的富集地;西南稻区粳稻品种遗传多样性最丰富;南方稻区粳稻品种的遗传多样性高于北方粳稻遗传多样性）、遗传多样性与生态地理位置密切相关、目前水稻品种遗传基础狭窄、多样性降低等特征,分析了遗传多样性成因及影响因素,特别指出了育种行为对遗传多样性的影响,并针对当前水稻品种遗传多样性较低的问题提出了对策。     

分子标记在牡丹遗传多样性分析与品种鉴定中的应用

分子标记技术的实用性越来越受到人们的重视,在牡丹种质资源遗传多样性分析和品种鉴定等研究方面,TRAP、SRAP、SCoT、EST-SSR和CDDP等新型目的基因分子标记方法的应用为以RAPD、AFLP、ISSR、SSR等传统随机DNA分子标记的研究成果提供了强有力的补充。此文分别对随机DNA分子标记和目的基因分子标记技术在牡丹遗传多样性及品种鉴定中的应用现状作了综述,指出了目前相关研究中存在的主要问题及其解决措施与方法,以期为牡丹种质资源的整理、亲缘关系的分析和品种鉴定工作提供研究基础和科学依据。     

SSR分子标记在荔枝上的研究进展

SSR作为第二代基于PCR的一种新型DNA分子遗传标记,数量丰富、多态性高、重复性好、分布于整个基因组、特异位点扩增、发生频率高、共显性遗传等,在果树育种中具有极大的应用价值和开发潜力.本文主要简述了SSR标记的原理和特点,并从分子指纹图谱构建、种质资源的遗传多样性分析、核心种质的发掘、品种鉴定、分子标记辅助育种、遗传图谱构建与基因定位等多方面介绍了近年来SSR技术在荔枝上的应用现状及前景.     

SSR标记技术在葡萄品种鉴别及遗传育种上的应用

SSR标记因其数量多、重复性好、出现频率高和共显性遗传等优点在植物的种质资源品种鉴别、遗传育种等方面得到广泛应用。简要介绍了SSR标记在葡萄上的发展和葡萄遗传多样性分析、品种鉴定、DNA指纹图谱构建和遗传育种等方面的应用,并对SSR标记未来在葡萄育种应用的研究方向作出了展望。     

分子标记在啤酒花种质资源研究中的应用

该论文利用分子生物学中常用的DNA分子标记对世界各地现存的野生和栽培的啤酒花种质资源遗传多样性研究的应用进展做一综述。通过查阅和研读20世纪90年代以来发表的各类文献进行归纳总结。发现DNA分子标记相比形态学标记和细胞学标记具有结果准确、稳定的特点,常用的分子标记技术有RAPD、RFLP、ISSR、SSR、AFLP、EST等;研究发现北美洲的啤酒花遗传多样性要高于欧洲的啤酒花,基因变异程度也相对较高;野生啤酒花的基因序列具有丰富的基因多样性,可在分子杂交遗传育种中作为一个种质去改善栽培品种的某些不良性状。因此,利用分子标记研究啤酒花的遗传多样性将对啤酒花的优良育种提供理论指导和技术支持,目前较为理想的技术是SSR和AFLP。     

甘蔗属不同种及优良甘蔗栽培品种的SSR标记遗传多样性分析

应用21对SSR引物与毛细管电泳技术,分析了52个甘蔗属品种的遗传多样性。共检测出327个SSR标记,平均每对引物检测15.6个。选择141个共显性标记构建SSR标记指纹图谱数据库,利用DNAMAN软件与UPGMA统计方法分析参试材料遗传多样性。DNAMAN软件同源分析显示,新台糖16号与台优1号之间的同源性最高(87%),品种之间最小的同源性为55%;利用UPGMA统计方法可把参试材料分成4个遗传相似性较高的类群。结果表明,SSR标记与毛细管技术的结合,可构建甘蔗种质资源SSR标记指纹图谱、分析甘蔗种质资源遗传多样性。聚类分析显示参试甘蔗材料的遗传基础相近,为了提高甘蔗选育种效率,应拓宽甘蔗选育种亲本的遗传基础,提高杂交栽培品种的抗虫、抗病等特性。     

巨峰葡萄系谱的SSR与RAPD分析

利用RAPD和SSR 2种标记分别对系谱关系明确的22个巨峰系葡萄品种进行聚类分析,以验证2种标记方法的正确性与可靠性.结果显示,11条RAPD引物和12对SSR引物,分别扩增了82和43个清晰的条带.RAPD与SSR引物扩增的条带中分别有58和31条多态性带,其多态性比率分别为70.7％和72.1％.2种分子标记聚类结果基本一致,并且都能有效地将品种区分开来以及正确反映22个葡萄品种的亲缘关系.研究结果说明RAPD和SSR 2种分子标记均适合于巨峰系葡萄的系谱分析和种质遗传多样性研究.     

Polymorphism of SSR alleles in pear cultivars grown in Belarus

Using SSR markers designed for Malus × domestica Borkh. genetic polymorphism of 43 pear accessions cultivated in Belarus was examined. A total of 217 alleles were identified with the mean number of 12.8 alleles per marker. The mean PIC value was 0.81; the mean number of informative alleles, 6.49. The heterozygosity level ranged from 0.30 to 0.84. Genetic diversity of SSR alleles in pear and apple genomes was compared. A method of identification of commercial pear cultivars using a set of six SSR markers was suggested.     

小叶杨DREB同源基因内SSR的发现及群体结构分析

利用基因特异的POR引物从小叶杨（Populus simonii）经干旱胁迫后构建的cDNA文库中扩增得到长度为671bp的PSDREB cDNA克隆。该基因内部含有完整的且大小为543bp的开放阅读框,可编码181个氨基酸残基。在此基础上,对36株小叶杨基因型个体的DREB基因进行了克隆和序列分析,发现其内部存在以CAC为基本单位的4次（A）、5次（B）、7次（C）、8次（D）、9次（E）、10次（F）和11次（G）7种类型的简单重复序列（SSR）。以该重复序列为扩增对象设计引物,对我国11个省16个群体528株小叶杨进行了群体遗传结构分析。结果表明,在检测群体中各位点等位基因频率大小顺序依次为：D〉C〉F〉E〉A〉G〉B：平均有效等位基因数为3．1670,平均观察和期望杂合度分别为0．4685和0．5315,且在多数群体中存在一定程度的近交效应和显著偏离Hardy-Weinberg平衡：而Ewens-Watterson中立性检验表明,除山西宁武、辽宁朝阳和河南伊川外,其它多数群体均属于中立性选择。研究结果将为利用候选基因内SSR标记来评价林木育种资源的遗传多样性以及保护和利用这些资源提供科学的理论依据。     

云南栽培稻种SSR遗传多样性比较

采用64个SSR标记对96份云南水稻（Oryza sativa）地方品种和选育品种的遗传多样性进行比较分析。结果发现64个标记都具有多态性,共检测到741个等位基因,每个多态性位点检测到的等位基因数为2—29个,平均11．57个：Nei基因多样性指数（He）范围在0．345（RM321）-0．932（RM1）之间,平均为0．56。水稻品种的遗传多样性并非按地理位置均匀分布,而是在相似系数为0．17的水平上明显分为2个不同类群,即籼稻类群和粳稻类群,且籼粳亚种间的SSR多样性差异不明显,籼稻平均等位基因数（Ap）和Nei基因多样性指数（Ap=10．6,He=0．46）与粳稻品种（Ap=10．7,He=0．48）十分接近,可能与这些品种间存在一定频率的基因交流有关。糯稻和非糯稻在籼稻群和粳稻群中都有表现,没有特别的分布规律。云南栽培稻选育品种与地方稻亲缘关系较近,其遗传基础可能来源于云南水稻地方品种。本研究结果表明,SSR标记能较好地区分云南栽培稻品种,且云南水稻地方品种遗传多样性丰富,存在大量的优质性状可供育种实践选择。     

花生微卫星标记的研究进展

近年来花生微卫星标记的开发取得了一定的进展,初步揭示了花生在DNA水平上的遗传多样性。花生微卫星标记的开发途径主要包括通过构建小片段基因组文库开发基因组SSR标记,根据花生EST序列开发EST-SSR标记,根据豆科植物序列信息和SSR标记开发花生SSR标记,将SSR标记与其它分子标记结合开发新的DNA标记,以及基于SSR核心序列开发ISSR标记。花生微卫星标记主要应用于遗传多样性研究、遗传图谱与品种指纹图谱构建以及分子标记辅助育种等领域。本文综述了花生SSR标记开发研究的进展及应用。     

梨砧木种质资源的SSR遗传多样性分析

用9对SSR特异性引物对74份梨砧木种质资源进行遗传多样性分析,结果表明：9对SSR引物扩增得到57个等位基因,平均6.33个,可以区分除K11、K12、杜梨-13和杜梨-15以外的70份梨资源样本。聚类分析结果显示,74份样本的相似系数的变化范围为0.41~1.00,表现出较高的遗传多样性。供试品种在相似系数0.67处被分为7大类群,与品种的系谱来源和地理分布基本吻合。     

梨遗传连锁图谱的构建及其与苹果图谱的比较

以‘丰水’为母本、‘砀山酥梨’为父本杂交所得的F1代104株单体为作图群体,利用SSR分子标记进行遗传连锁分析,应用Jionmap 3.0作图软件,构建了一张包含104个SSR分子标记,分属于18个连锁群的梨遗传连锁图谱,覆盖梨基因组总长831.8cM,平均图距为8.0cM。根据定位到该图谱上的SSR标记与苹果‘Fiesta’图谱进行比较,25个共有的SSR标记将该图谱和苹果图谱各连锁群连接起来,这些标记不仅呈现良好的共线性而且它们之间的相对遗传距离也很相近。研究认为,SSR标记作为锚定引物,可以与不同物种的遗传图谱相比较整合,为不同物种之间遗传信息的转移提供参考依据;同时该研究为梨树相关性状的基因定位、分离以及克隆奠定了基础。     

小麦SSR和EST-SSR引物对无芒雀麦的通用性分析

无芒雀麦(Bromus inermis Leyss.)具有营养价值高、产量大、利用季节长、耐寒耐旱、适应性强等优良品质。为了解小麦SSR和EST-SSR引物在亲缘植物无芒雀麦中的通用性,本研究选用位于普通小麦7个部分同源群的203对SSR引物和46对EST-SSR引物对无芒雀麦基因组DNA进行了扩增。结果显示:有137对(67.49%)SSR和30对(65.22%)EST-SSR引物对无芒雀麦可以有效扩增,平均扩增条带数分别为2.8和2.5,即小麦SSR和EST-SSR引物在无芒雀麦中具有较高的通用性;研究还发现,来自小麦B基因组和第5同源群染色体的引物在无芒雀麦中的有效扩增比率和平均扩增条带数最低。据此推断,小麦B基因组和第5同源群染色体可能与无芒雀麦基因组的亲缘关系较远。该研究对开发无芒雀麦基因组的特异分子标记、进行遗传多样性分析和功能基因定位等具有一定的参考价值。     

基于磁珠富集法的绣线菊SSR分子标记分离与筛选

微卫星序列（SSR）具有多态性高、共显性遗传等特点,是一种极具价值的分子遗传标记。采用磁珠富集法从高山绣线菊基因组DNA中分离和筛选SSR标记。高山绣线菊基因组经限制性内切酶Mse I酶切后与接头连接,并与生物素标记SSR探针（AC）15和（AG）15杂交,然后通过链霉亲和素磁珠富集、洗脱、PCR扩增、克隆,完成微卫星文库构建。利用载体通用引物和探针序列引物进行PCR扩增,筛选重组克隆并测序,获得112条序列。随机挑选其中60条序列设计的引物,经初期筛选获得多态性引物16对。用所得16对引物对4个居群92个个体的蒙古绣线菊和高山绣线菊进行PCR扩增。统计分析PCR产物的毛细管电泳结果,发现4个居群的平均等位基因数、平均期望杂合度及平均观测杂合度都比较高。64个数据系列（4个居群×16个位点）中的26个显著偏离HardyWeinberg平衡,推测可能由于无效等位基因的存在所引起。分析显示研究开发的16对多态性SSR引物可以用于后续遗传多样性、物种进化与亲缘关系等方面研究,丰富了绣线菊遗传多样性研究的分子标记。     

Genetic mapping of the pear scab resistance gene Vnk of Japanese pear cultivar Kinchaku

Pear scab (caused by Venturia nashicola) is one of the most harmful diseases of pears, especially Japanese and Chinese pear species. The molecular identification and early selection of resistant plants could greatly improve pear breeding. We have identified the position of the scab resistance gene, designated Vnk in an indigenous Japanese pear cultivar Kinchaku, within the pear genome by using simple sequence repeat (SSR) markers derived from pear and apple. The position of Vnk was identified in the central region of linkage group 1 of Kinchaku. Several amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers linked to Vnk were obtained by bulked segregant analysis. Among them, the AFLP marker closest to Vnk was converted into a sequence tagged site (STS) marker. Four random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers previously found to be loosely associated with Vnk (Iketani et al. 2001) were successfully converted into STS markers. Six markers (one SSR Hi02c07 and five STSs converted from AFLP and RAPD) showed tight linkages to Vnk, being mapped with distances ranging from 2.4 to 12.4 cM. The SSR CH-Vf2, which was isolated from a BAC clone of the contig containing the apple scab gene Vf, was mapped at the bottom of linkage group 1 in Kinchaku, suggesting that the Vnk and Vf loci are located in different genomic regions of the same homologous linkage group.     

基于转录组测序信息的水生植物蕃菜SSR标记开发

利用软件MISA对水生植物蓄菜转录组测序所获得的79536条EST序列进行分析,共检测出12319个EST—SSR位点。在蓄菜的EST—SSR中,二核苷酸和三核苷酸重复单元是主导类型,分别占总SSR的57．31％和30．87％,其中AG／CT、AAG／C1_r分别是二、三重复单元类型的优势重复基元,分别占总SSR的29．76％和8．66％。随机挑选了130对EST-SSR引物对蓄菜两个居群进行遗传多样性检测,结果发现：78对引物能扩增出清晰可分辨的条带,其中37对能成功检测出多态性,引物多态率为47．44％。这些多态性引物共检测出114个等位基因,每个位点2—6个,平均3．08个。观测杂合度（心）及预期杂合度（He）分别在0．229～1．000和0．351-0．756之间,多态信息含量PIC值在0．286～O．698之间,平均达0．495。以上研究结果表明,通过萏菜转录组测序产生的EsT数据来开发SSR标记是一种简单而高效的途径,这些新的SSR分子标记为研究苔菜的居群遗传多样性及其遗传结构提供了工具。