一种新的RNA二级结构三维图形表示及其应用

本研究提出了一种新的RNA二级结构的图形表示方法,这种方法不同于以往的表示方式。根据所提出的RNA二级结构的图形表示,将对9种病毒的RNA二级结构进行图形表示,构建系统进化树,进行序列间相似性的比较和分析。根据最终结果,可以很清晰地发现,AVII与LRMV两种病毒是最为相似的,另外,较大的距离值出现在了APMV与ALMV;PDV与AVII中,这说明这几种RNA二级结构明显不相似。这一研究结果与前人相似性分析的结果是十分相似的,同时,所采取的方法更加简单易于区分观察且得到的结果又是十分可靠的,因此,这些更加证明了该方法是有效的。     

GSDS: 基因结构显示系统

构建了一个用于绘制基因结构示意图的网站系统(http://gsds.cbi.pku.edu.cn/)。用户可提交核酸序列、NCBI核酸序列号或基因外显子位置信息, 得到基因结构示意图; 并可指定在基因结构图上标注某些特定区域。系统允许用户同时输入多个基因, 并指定输出次序和标注区域。结果可用位图和矢量图两种图形格式显示。点击位图格式结果, 可以查看相应序列。系统提供中英文两种用户界面。     

一种IBM PC/AT机的快速数据采集板

本文介绍了一个快速数据采集重放系统。它作为一个插道可以插入 IBM PC/AT机上使用,由IBM微机控制,可以采集两路直流-140kHz的输入信号,经模数转换器(转换时间为5μs,分辨率为12位)转换成数字量存入缓冲存储器(128k),然后送入IBM机进行各种形式的数据处理,处理后的数据还可以通过该系统以模拟量的方式在示波器上重放。本文还介绍了该系统在生物电信号的采集和处理方面的应用前景。     

单链核酸分子二级结构图的计算机绘制

为了使RNA分子二级结构图美观并节省绘制时间,作为单链RNA分子二级结构预测程序的后续程序,我们在微电脑Victor 9000-型上编制了一个单链核酸分子二级结构图的计算机绘制程序,使二级结构图不仅能在计算机屏幕上显示,且能在打印机上打印出来,以便学术交流之用。Victor 9000-型微机显示     

新疆分离的0507JS60鉴定为辽宁病毒

0507JS60是从中国新疆喀什地区采集的库蚊标本分离的病毒株,可以在C6/36细胞上稳定传代.电镜观察显示完整病毒颗粒呈球形,直径55nm(n=10),无包膜,衣壳表面壳粒结构非常清晰.基因组核酸电泳显示基因组包括12条双链RNA(Double stranded RNA,dsRNA)片段.病毒第12基因片段序列测定结果显示该片段全长760bp(GenBank ID:FJ157354),具有长度为525bp的单一开放读码框(Single open reading frame,ORF),编码长度为174个氨基酸的蛋白,分子量约18.9kD.病毒第12基因片段序列比对显示与辽宁病毒(Liaoning virus,LNV)核酸序列同源性大于89%,氨基酸序列同源性大于91%.病毒第12基因片段系统进化分析显示该病毒与LNV病毒位于同一进化分枝内,与LNV-NE9712病毒株进化关系更接近.0507JS60经系统鉴定为LNV,这是首次在东北以外的地区分离到该病毒.     

大麦黄花叶病毒属成员UTR系统进化树分析及编码蛋白跨膜结构推测

对大麦黄花叶病毒属成员的同源性和系统进化树分析表明 ,同一病毒RNA1和 2基因组 5′ UTR区域在进化上的相关性高于不同病毒同一RNA组分间的关系 ,而 3′ UTR则相反。蛋白质二级结构分析显示RNA1编码的P3和 14K蛋白存在跨膜结构。BaMMVALS1分离物P3蛋白跨膜结构在大肠杆菌中原核表达时有致死作用。类比Potyviridae科其它属成员功能 ,此 2个蛋白可能与膜附着功能相关。RNA2编码的P2蛋白存在两个结构保守的跨膜区域 ,一些摩擦接种保存的大麦和性花叶病毒 (BaMMV)分离物和燕麦花叶病毒 (OMV)P2蛋白此两个结构(或一个 )缺失后 ,不能由介体禾谷多粘菌 (P .graminis)传播 ,揭示P2蛋白跨膜结构与禾谷多粘菌传播能力相关     

生命的起源--"RNA世界论"假说

自具有催化功能的 RNA分子被发现以来 ,主张生命起源于可以携带遗传信息的 RNA的“RNA世界论”受到广泛承认。该假说的关键之处在于要用实验证明“翻译系统”(能生产比 RNA功能更多的蛋白质 )能够在“RNA世界”中产生 ,证明这个“翻译系统”可由特定的 RNA分子组合来构成。为此 ,最近几年来 ,采用试管人工进化法 ( systematic evolution of ligands byexponential enrichment SEL EX法 ) ,在试管内挑选具有上述功能的 RNA分子的研究非常盛行。与此同时 ,解释“翻译系统”的主要结构——核糖体功能构造的研究也不断的有新结果问世…     

RNA干扰技术及其在动物疾病研究中的应用

RNA干扰(RNA interference)是存在于真核细胞中的基因特异性沉默机制,可以抑制病毒抗原基因的表达或抵御转座子转座。自从发现以来,RNAi技术已在基因的功能性研究上显示出了强大的优势,特别是在动物病毒性疾病的治疗和预防上,相对于传统的疫苗预防和药物治疗有着无可比拟的优越性。在动物细胞中转入针对特异病毒的小干扰RNA(siRNA)或短发卡RNA(shRNA)激活RNAi通路可有效抑制病毒的复制。阐述RNA干扰的发生机制及其在动物疾病防治中的应用。     

大麦黄花叶病毒属成员UTR系统进化树分析及编码蛋白跨膜结构推测

对大麦黄花叶病毒属成员的同源性和系统进化树分析表明,同一病毒RNA1和2基因组5′-UTR区域在进化上的相关性高于不同病毒同一RNA组分间的关系,而3′-UTR则相反.蛋白质二级结构分析显示RNA1编码的P3和14K蛋白存在跨膜结构.BaMMV ALS1分离物P3蛋白跨膜结构在大肠杆菌中原核表达时有致死作用.类比Potyviridae科其它属成员功能,此2个蛋白可能与膜附着功能相关.RNA2编码的P2蛋白存在两个结构保守的跨膜区域,一些摩擦接种保存的大麦和性花叶病毒(BaMMV)分离物和燕麦花叶病毒(OMV) P2蛋白此两个结构(或一个)缺失后,不能由介体禾谷多粘菌(P. graminis)传播,揭示P2蛋白跨膜结构与禾谷多粘菌传播能力相关.     

蕨类植物问荆DEAD box RNA解旋酶基因的克隆与分析

DEAD box RNA解旋酶参与RNA多方面的代谢,在植物生长发育和逆境反应中起重要作用。本研究从蕨类植物问荆(Equisetum arvense)中克隆到一条DEAD box RNA解旋酶cDNA全长序列,命名为EaRH1,并在GenBank注册登记（KJ734026）。序列分析显示：该cDNA全长3230bp,包含一个从487bp到2799bp编码770个氨基酸的开放读码框,其对应的蛋白序列包含9个保守模块结构。EaRH1与其它物种DEAD box RNA 解旋酶蛋白序列比对结果显示：模块Ⅰa、Ⅱ和Ⅲ序列几乎完全相同,模块Q、Ⅰ和 Ⅳ序列存在一些差异。EaRH1与江南卷柏(Selaginella moellendorffii)基因组一条假定序列相似度高达69%,其中相似度最高的区域集中在包含9个保守模块的结构域。系统进化树分析显示：EaRH1与拟南芥(Arabidopsis thaliana)DEAD box RNA解旋酶At3g22320在氨基酸序列上有相对较高的同源性。序列结构比较和进化分析可推测出EaRH1可能参与植物体生长发育、miRNA生物合成、与RNA结合蛋白的相互作用和非生物胁迫应答。本文的研究为探索问荆DEAD box RNA解旋酶的进一步功能提供参考。     

蕨类植物问荆DEAD-box RNA解旋酶基因的克隆与分析

DEAD-box RNA解旋酶参与RNA多方面的代谢,在植物生长发育和逆境反应中起重要作用。本研究从蕨类植物问荆（Equisetum arvense）中克隆到一条DEAD-box RNA解旋酶c DNA全长序列,命名为EaRH1,并在Gen Bank注册登记（KJ734026）。序列分析显示：该c DNA全长3 230 bp,包含一个从487 bp到2 799 bp编码770个氨基酸的开放读码框,其对应的蛋白序列包含9个保守模块结构。EaRH1与其它物种DEAD-box RNA解旋酶蛋白序列比对结果显示：模块Ⅰa、Ⅱ和Ⅲ序列几乎完全相同,模块Q、Ⅰ和Ⅳ序列存在一些差异。EaRH1与江南卷柏（Selaginella moellendorffii）基因组一条假定序列相似度高达69%,其中相似度最高的区域集中在包含9个保守模块的结构域。系统进化树分析显示：EaRH1与拟南芥（Arabidopsis thaliana）DEAD-box RNA解旋酶At3g22320在氨基酸序列上有相对较高的同源性。序列结构比较和进化分析可推测出EaRH1可能参与植物体生长发育、miRNA生物合成、与RNA结合蛋白的相互作用和非生物胁迫应答。本文的研究为探索问荆DEAD-box RNA解旋酶的进一步功能提供参考。     

长非编码RNA与造血谱系分化

全基因组测序分析显示,人类基因组中蛋白质编码基因所占比例不足2%,但高达80%的基因位点可以转录出RNA。在这些非编码RNA(non-coding RNA,nc RNA)中,长度超过200个核苷酸的RNA分子被称为长非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)。在血液系统中,基于造血不同分化阶段的转录组测序和分析发现,几乎在造血分化各个阶段都有lnc RNA参与。lnc RNA在维持造血干细胞未分化状态、诱导红细胞脱核成熟、粒细胞定向分化以及淋巴细胞迁移等谱系分化过程中均发挥了不可或缺的作用。lnc RNA作为调控因子在转录、转录后以及翻译等多个水平参与造血谱系分化调控。该文综述了近年来lnc RNA在造血分化领域的研究现状,为后续进一步揭示lnc RNA介导的造血调控网络奠定基础。     

RNA研究的网络资源

随着RNA功能多样性的发现,RNA研究领域日益受到重视,同时RNA序列、二级结构和三维模建数据已有较大增长.利用这些数据可以有效地搜索结构信息和进行功能提示.与此同时,计算科学的优越性以及全球网络的发展促进了RNA相关数据库和网络站点的建设,为RNA的研究带来了极大的方便.介绍了RNA序列和结构数据库、软件资源以及一些常用的在线分析工具,文中所列网络资源均可在http://dna.sibc.ac.cn/bio/rna.html上浏览.     

科学家找到RNA结构“字母表”

科学网报道：加拿大科学家的一项最新研究,摸索出了有关核糖核酸（RNA）结构的“字母表”,利用它可以方便地根据基因测序数据推断出RNA的三维结构。新成果无疑为人们提供了新的工具,来加深对RNA这一类重要细胞调节器的理解。相关论文发表在3月6日的《自然》杂志上。     

·信息服务·RNA研究的网络资源

随着RNA功能多样性的发现,RNA研究领域日益受到重视,同时RNA序列、二级结构和三维模建数据已有较大增长.利用这些数据可以有效地搜索结构信息和进行功能提示.与此同时,计算科学的优越性以及全球网络的发展促进了RNA相关数据库和网络站点的建设,为RNA的研究带来了极大的方便.介绍了RNA序列和结构数据库、软件资源以及一些常用的在线分析工具,文中所列网络资源均可在http://dna.sibc.ac.cn/bio/rna.html上浏览.     

差异显示技术在橡胶树分子生物学研究中的应用

差异显示技术是从分子水平研究细胞、组织、器官中基因结构和表达变异的手段之一,在巴西橡胶树研究中也已有应用。本文从DNA、RNA和蛋白质水平上介绍了近年来差异显示技术在橡胶树分子生物学研究中的进展,并对其前景作了展望。     

大麦条纹花叶病毒新疆分离物是三组分RNA病毒

大麦条纹花叶病毒新疆分离物(BSMV-XJ)的RNA在乙二醛,二甲亚砜中进行变性电泳,电泳图谱可重复的显示三个组分。将电泳分离的BSMV-RNA各组分在高盐浓度下吸附转移到硝酸纤维素薄膜上,经固定后,与~(32)P标记的病毒总RNA的cDNA行分子杂交。在X光放射自显影图谱上,进一步证实BSMV-XJ为三组分RNA病毒。本文同时就BSMV-RNA不经变性电泳也可以部分吸附转移到硝酸纤维素薄膜上的现象讨论了可能的分子基础。     

RNA修饰对长链非编码RNA的调控作用

长链非编码RNA (lncRNA)能在表观遗传、转录以及转录后水平上调控基因表达,与疾病的发生、发展和防治有着密切的联系。RNA修饰介导的表观转录组学调控是表观遗传的新领域,可以在转录后水平调控基因表达,并且可以作为一种重要的修饰手段对lncRNA进行调控。RNA修饰可以通过对lncRNA表达水平、剪切方式及二级结构的调控,影响各种生物学进程。现回顾和展望RNA修饰对lncRNA的调控作用和其潜在的生物学功能。     

人类及动物RNA病毒的反向遗传系统

反向遗传系统可以对RNA病毒直接进行遗传操作,为RNA病毒的分子生物学研究提供了一种强大的工具。在过去20年,特别是自90年代中期第一例负链RNA病毒感染性克隆构建成功以来,动物RNA病毒的分子生物学研究取得了长足的进展,这很大程度上归功于各种动物RNA病毒反向遗传系统的建立。这里系统总结了人类及动物非反转录RNA病毒中各类代表性成员在建立反向遗传系统时的方案设计、遇到的困难及研究者如何克服这些困难。分类讨论到的代表性病毒种属有脊髓灰质炎病毒、冠状病毒（包括SARS病毒）、黄病毒、野田村病毒、流感病毒、传染性法氏囊病病毒以及呼肠孤病毒等。     

螯虾横纹肌粗肌丝超微结构的计算机图象分析

本文在微机ＡＳＴ／３８６和真彩色图形采集卡ＣＡ－５４０构成的趁科象处理系统上开发了一个软件,包括用于对动物横纹肌粗肌丝的超微结构进行分析的专用模块,一般图象处理系统的通用模块和文件管理模块三大部分。本系统对动物横纹肌粗肌丝的亚结构从旋转功率谱的角度分析了其对称性的存在,并运用图象的迭加,旋转平衡和旋转滤波等手段来处理,显示其对称性;同时,对存在的不对称结构也作了相应的分析处理。利用本系统,对螯虾的