人与黑猩猩基因组96％以上相似

"人类是什么?"对于这一简单却又颇具哲学意味的话题,人类目前能回答的部分并不多。不过科学家开始另辟蹊径,希望从黑猩猩这一人类的亲戚身上,找到对这一问题的科学意义上的回答。一个国际科研小组8月31日宣布,他们初步完成了黑猩猩基因组序列草图与人类     

灵长类比较基因组学的研究进展

随着人类和黑猩猩全基因组测序工作宣布完成,以及其他灵长类基因组测序工作的逐步开展,目前已经积累了大量的灵长类基因组数据,一个崭新的研究领域——灵长类比较基因组学应运而生。该文主要通过对人类和其他非人灵长类系统关系和基因组结构的比较,从系统进化、基因组结构和基因表达调控等方面评述该领域的研究进展,阐述人类、黑猩猩与其他非人灵长类之间的主要生物学差异,揭示人类进化的生物学机制。     

人类基因组的研究进展

人类基因组的研究进展达来内蒙古大学生物学系,呼和浩特,０１００２１）人类基因组计划是１９９０年１０月正式实施的为期１５年耗资３０亿美元的宏伟工程。它的任务是完成高精度的人类基因组遗传学图谱和物理图谱,测定人和几个模式生物的基因组ＤＮＡ序列,是广泛的国...     

科学家绘制出海胆基因组序列草图

由多国科学家组成的研究小组11月9日报告说,他们绘制出了海胆的基因组序列草图。基因分析显示,这一无脊椎动物的基因组与人类基因组的相似程度高得出乎意料。由美国贝勒大学医学院领导的“海胆基因组测序项目”小组的科学家们报告说,他们的基因测序对象是一种雄性加利福尼亚紫海胆。研究显示,这种紫海胆含有超过8.14亿个碱基     

中国人类基因组研究的现在与未来

人类基因组计划 (ＨｕｍａｎＧｅｎｏｍｅＰｒｏｊｅｃｔ,ＨＧＰ)正式启动于 1990年 ,它的初衷是用 15年时间 ,即到 2 0 0 5年完成人类基因组全长约 30亿个核苷酸的全部序列测定 . 10年来 ,工作已取得了令人振奋的突破性进展 ,人的 2 2号[1] 与 2 1号[2 ] 染色体的全序列测定已经相继完成 ;2 0 0 0年 6月 2 6日参加人类基因组国际合作项目的各国于同一个时间正式宣布人类基因组序列工作框架图的完成 ,测序工作进入绘制完整序列图阶段 ,其测序的精确度要求达到 99 99% .人们预计 ,在 2 0 0 1年 6月将基本完成全序列的测定 .　　当初 ,ＨＧＰ…     

人类基因组研究进展及其产业化前景

人类基因组研究关系到人类生存与健康的各个方面 ,成为医药生物技术产业创新的重要源头 ,将产生巨大的社会效益和经济效益。 2 0世纪末启动的人类基因组计划被公认为是生命科学发展史上的里程碑 ,随着人类基因组、水稻基因组、拟南芥基因组及其它重要微生物等 5 0多种生物基因组全序列测定工作的完成 ,目前国际基因组研究开发的总体趋势已发生了变化 ,功能基因组研究成为竞争的焦点。我国在人类基因组研究方面已取得令人瞩目的成绩 ,如在世界上首次克隆了人神经性高频耳聋、遗传性乳光牙等一批疾病基因 ,收集、保存了一批宝贵的遗传资源 ,建立了国家级的、在国际上具有初步竞争实力的人类基因组研究基地等。综述了近年来人类基因组研究、开发现状及我国在该领域所具备的一些工作基础 ,并对加速我国人类基因组研究提出了一些建议。     

后基因组时代的病毒学

人类基因组计划的提出及实施完成了人类基因组全序列的测定,与此同时,其他多个物种的基因组序列也相继被获知[1],加速了学界从分子水平破译人类所有DNA序列和识别其中所有基因的进程.     

微生物基因组研究

人基因组计划(Human Genome Project HGP)是一项国际性的研究计划,其目标是要把人基因组大约10万个基因、30亿对核苷酸定位和序列分析,是一项可与“人类登月计划”相比拟的空前浩大的工程,它的实施对医学和人类认识自身有着划时代的意义,它的完成对人类疾病的控制有极其重要的作用。要完成这样的项目,如果用传统的方法来进行,几乎是不可思议的,而各种自动化的大规模基因分析技术和计算机为基础的信息处理技术不断出现,大大加快了基因组分析的进程。对微生物基因组进行分析,在人基因组计划中仅是作为一种“模式生物”(model organism),用它们来试验方法,验证     

微生物完整基因组测定中的Gap closure策略

微生物基因组空缺区域(Gap)中可能存在重要的生物学信息,如果无法补齐所有Gap,不仅不能获得完整的基因组图谱,还会给后续的基因组信息解读造成很大困难。而基因组空缺区域填充(Gap closure)是获得微生物基因组完成图的关键,本文结合作者以及借鉴上海人类基因组研究中心在微生物基因组Gap closure中的经验,针对微生物基因组Gap closure常用的6种策略:参考序列比对、多引物PCR、基因组步移、基因组文库克隆末端测序、末端配对(Paired-End)以及基因组光学图谱技术进行综述。     

恒河猴PPARgamma基因的生物信息学分析

恒河猴 Macaca mulatta是继黑猩猩Pan troglodytes 后第2个完成基因组测序的非人类灵长类动物,在生命科学领域中具有重要意义.本文利用生物信息学方法寻找与人类肥胖密切相关的 PPARg 基因在恒河候中的同源基因,对该基因的序列、外显子信息、编码蛋白及其理化性质进行分析,并预测其编码蛋白的结构与功能,构建其同源基因的系统进化树,旨在为今后人类肥胖的相关研究提供一定的依据.     

单细胞自由生物基因组全序列的测定和比较基因组研究

近几年来五种单细胞生物的基因组计划得以完成。本文介绍了从五种生物的全基因组序列获得的一些成果,包括全基因组鸟枪法测序、基因组分析和新比较基因组等三个方面,并对生物基因组计划的研究方法作一些探讨。     

植物病原生物基因组测序进展

随着基因组学的迅猛发展,越来越多的生物全基因组序列已经测定完成或正在进行之中。植物病原生物基因组序列的测定为理解植物与病原物互作分子机制有重要意义,并为植物病理学的发展作出了重要贡献。目前已有9种病原细菌和1种病原真菌的基因组序列彻底完成,另外还有更多的基因组草图正在组装或测序工作正在进行之中。对NCBI上主要的植物病原真菌和细菌全基因组测序进展作了整理和概述。     

人类分子遗传学（原书第三版）（Human Molecular Genetics3）（含光盘）

人类基因组计划于2003年发表了人类基因组序列的“完成”版，这是人类科学史上的一个里程碑。根据人类基因组许多新的发现，英国Tom Strachan和Andrew P．Read两位教授对其编著的《人类分子遗传学》第三版进行了全新的修订。     

冠状病毒的新成员--SARS-CoV的基因组特性

2003年3月,人类发现一种新的冠状病毒SARS-CoV,这种病毒是非典型性肺炎(SARS)的病原体。SARS-CoV的基因组序列已经由包括中国科学家在内的全世界的科研人员测定完成。该文对国际报道的SARS病源的基因序列进行了收录,阐述了SARS-CoV基因组的基本特性：SARS-CoV的基因组长约28-30kb,与冠状病毒科的基因组长度相符合,其中包括11个编码序列,基因组的组织方式也与其他冠状病毒类似,从表面蛋白(S蛋白)、外膜蛋白(M蛋白)和核蛋白(N蛋白)上看,SARS病毒与其他冠状病毒的对应蛋白进化关系接近。同时发现,在某些区域,SARS病毒的基因序列与其他冠状病毒存在相当大的差异,具有自身比较保守的基因组序列结构。而且氨基酸的序列也与其他冠状病毒有很大程度的不同。基因信息的冗余分析表明,SARS-CoV具有较低的冗余度,即发生变异的可能性比较大。虽然SARS-CoV外表与冠状病毒类似,亲缘关系未超出冠状病毒科界限,但由于蛋白基因与氨基酸的序列与其他冠状病毒有本质不同,因此可能不是其他冠状病毒的变异体,而是一种与冠状病毒类似、但早已独立存在、此前未被人类所认识的新病毒。     

黑猩猩22号染色体遗传密码破译

国家人类基因组南方研究中心今天宣布:以中、日、德等国科学家为主的国际研究协作组,经过近3年的努力,完成了黑猩猩22号染色体测序和比较基因组学分析,其研究成果将于5月27日在国际权威学术刊物———《自然》杂志上全文发表。这一工作是我国基因组学界继人类基因组、微生物基因组、水稻基因组等项目后取得的又一代表性成果。摘自《科学时报》2004年5月27日黑猩猩22号染色体遗传密码破译     

《科学》：首个黑猩猩基因重组遗传图谱问世

来自牛津大学和芝加哥大学的研究者们构建出了世界上首个黑猩猩基因重组遗传图谱。这一研究成果发表在最新一期（3月15日）的《科学》（Science）杂志上。揭示了黑猩猩和人类基因组之间存在的惊人差异。     

研发动态

生物领域专家研究科学创新方法;我国首次完成益生乳酸菌全基因组序列测定;中国科学家分离出控制水稻产量的单基因;合成基因组学公司和基因组技术亚洲中心完成油椰子基因组首张草图;科学家绘出鸭嘴兽基因组草图;研究者绘出棕榈树大部分基因组草图。     

国际人类基因组单体型图计划“中国卷”的最新进展

国际人类基因组单体型图计划是科学家在完成人类基因组序列图谱之后的又一大壮举,加拿大、中国、日本、尼日利亚、英国和美国六国科学家参加了这个项目。中国作为唯一的发展中国家在整个项目中承担百分之十的任务,即构建三号、二十一号染色体和八号染色体短臂的单体型图,同时,还提供一半的亚裔样品。     

微生物全基因组测序研究进展

本文综述了近年来大规模微生物基因组核酸序列测定的最新研究进展,介绍微生物全基因组测序的基本方法、序列的收集组装,序列缺口的填补,以及序列资料的计算机分析整理。大规模基因组测序完成后,未来面临的更大挑战是在ＤＮＡ序列基础上认识微生物的完整生物学功能。为此本文也介绍了有关基因功能分析的新技术,并对微生物基因组功能分析的未来发展作了展望。     

利用Batch-ANIm快速分析无色杆菌属菌株间的亲缘关系

基因组平均核苷酸相似度(average nucleotide identity,ANI)已成为鉴定细菌种内关系的黄金方法,开发可用于快速分析大量基因组之间ANI值的生物信息学工具具有重要意义.本研究以广泛应用的ANI分析软件JSpecies为基础,采用Perl集成编写了能够根据设置的线程数、自动生成多个JSpecies配置文件以完成基因组序列载入与成对选择,快速完成大量基因组ANI计算与分析的工具Batch-ANIm(下载地址:http://www.microbialgenomic.com/Batch-ANIm.html).采用该工具对已测序的 109株无色杆菌属(Achromobacter)菌株进行ANIm(基于MUMmer算法)计算,共获得5 886个ANIm值.整体上,基于"100-ANIm"进化距离获得的聚类分析结果与核心基因组进化树比较一致,表明ANIm聚类分析可用于快速展示无色杆菌属菌株之间亲缘关系.很多无色杆菌属种内菌株之间的ANIm值小于95％,但种间ANIm值却大于95％,这表明从基因组水平上部分无色杆菌属菌株的分类学命名存在错误,特别是无色杆菌属的代表种A.xylosoxidans,命名为A.xylosoxidans的50个菌株,只有40个菌株真正属于A.xylosoxidans.同时,基于全基因组序列的ANI值比较可以将部分种名不确定的菌株分类学命名精确到种水平.