| 微生物完整基因组测定中的Gap closure策略 |
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| 引用本文： | 尤晓颜,张彬,郑华军,姜成英.微生物完整基因组测定中的Gap closure策略[J].微生物学通报,2014,41(5):924-933. |
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| 作者姓名： | 尤晓颜 张彬 郑华军 姜成英 |
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| 作者单位： | 1. 河南科技大学 食品与生物工程学院 河南 洛阳 471023;1. 河南科技大学 食品与生物工程学院 河南 洛阳 471023;2. 上海人类基因组研究中心 上海 201203;3. 中国科学院微生物研究所 微生物资源前期开发国家重点实验室 北京 100101 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(No. 31200035，31171234)；河南科技大学博士启动基金项目(No. 090061608) |
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| 摘 要： | 微生物基因组空缺区域(Gap)中可能存在重要的生物学信息,如果无法补齐所有Gap,不仅不能获得完整的基因组图谱,还会给后续的基因组信息解读造成很大困难。而基因组空缺区域填充(Gap closure)是获得微生物基因组完成图的关键,本文结合作者以及借鉴上海人类基因组研究中心在微生物基因组Gap closure中的经验,针对微生物基因组Gap closure常用的6种策略:参考序列比对、多引物PCR、基因组步移、基因组文库克隆末端测序、末端配对(Paired-End)以及基因组光学图谱技术进行综述。
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| 关 键 词： | 微生物，基因组，Gap closure |
Strategies of gap closure in complete microbial genome sequencing |
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| YOU Xiao-Yan,ZHANG Bin,ZHENG Hua-Jun and JIANG Cheng-Ying.Strategies of gap closure in complete microbial genome sequencing[J].Microbiology,2014,41(5):924-933. |
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| Authors: | YOU Xiao-Yan ZHANG Bin ZHENG Hua-Jun and JIANG Cheng-Ying |
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| Institution: | 1. College of Food and Bioengineering, Henan University of Science and Technology, Luoyang, Henan 471023, China;1. College of Food and Bioengineering, Henan University of Science and Technology, Luoyang, Henan 471023, China;2. Chinese National Human Genome Center at Shanghai(CHGC), Shanghai 201203, China;3. State Key Laboratory of Microbial Resources, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China |
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| Abstract: | Gaps in microbial genome sequences may lead to loss of important biological information and cause trouble for further interpretation of genetic information. Gap closure is thus a critical step in completely genome finishing of microorganisms. In this review, we critically summarize six major strategies for gap filling of microbial genomes, including reference alignment, multiplex PCR, genome walking, genome library clone-end sequence, paired-end and whole genome mapping. |
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| Keywords: | Microbe Genome Gap closure |
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