四川裂腹鱼乌江种群mtDNA控制区序列的遗传多样性分析

采用PCR扩增和直接测序法分析了四川裂腹鱼乌江种群32个个体mtDNA控制区的序列差异和遗传多样性.在该种群mtDNA控制区长度为464 bp的同源序列中,共计有9个变异位点,占总位点数的1.94%.32个个体共定义了9种单倍型,单倍型间平均遗传距离(P)为0.0060,单倍型多样度(Hd)为0.768.核苷酸多样性(π)为0.00324,平均核苷酸差异数(K)为1.500.用单倍型间遗传距离构建的NJ分子系统树聚为两个分支.结果提示四川裂腹鱼乌江种群遗传多样性匮乏,保护四川裂腹鱼乌江种群刻不容缓.     

基于线粒体Cyt b基因序列变异的克孜河塔里木裂腹鱼和斑重唇鱼遗传多样性

采用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)序列,分析了采自新疆克孜河3个群体(斯木哈纳SM、牙师YS、卡拉贝利KL)的塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi)41尾个体及1个斑重唇鱼(Diptychus maculates)群体(斯木哈纳)23尾个体的种群遗传多样性和遗传结构.结果显示,塔里木裂腹鱼检测到6个碱基变异位点,定义了4种单倍型,平均单倍型多样性指数及核苷酸多样性指数分别为0.525 4和0.001 16.分子变异分析(AMOVA)结果提示,塔里木裂腹鱼的遗传变异全部发生于群体内部;群体间Kimura-2-parameter遗传距离、分化指数(F<,st><0.085 25)和基因流(N<,m>>3.18)都显示3个群体没有种群分化,属于单一种群.斑重唇鱼检测出7个变异位点,定义了8个单倍型,平均单倍型多样性指数与核苷酸多样性指数分别为0.830 1和0.001 13.研究表明,克孜河的塔里木裂腹鱼和斑重唇鱼均处于很低的遗传多样性水平,物种维持力较弱.     

周公河齐口裂腹鱼种群的遗传多样性和遗传结构

为探讨周公河中齐口裂腹鱼(Schizothorax prenanti)的遗传多样性和遗传结构, 沿周公河连续设定6个采样点进行齐口裂腹鱼采集, 在进行基因组DNA提取后以线粒体控制区(D-loop)为分子标记进行种群遗传多样性和遗传结构的评估。结果从63尾齐口裂腹鱼中共检测到32个单倍型, 核苷酸多样性(π)为0.013, 单倍型多样性(h)为0.966。遗传多样性最高的为张家湾种群(PopF, π=0.018, h=1.000), 核苷酸多样性最低的为罗坝种群(PopC, π=0.010, h=0.970), 单倍型多样性最低的为瓦屋山大坝下游种群(PopB, π=0.015, h=0.867)。种群间共享13个单倍型, 多数齐口裂腹鱼种群间的遗传分化水平中等或较低, 仅Pop C和Pop F (F_st=0.195, P<0.01), 种群Pop A 和PopE (F_st=0.158, P<0.01)分化程度较高, 显示各种群间较密切的遗传关系。周公河不同河段齐口裂腹鱼群体的遗传多样性处于较高的水平, 各种群间具有较近的遗传关系。     

基于mtDNA D-loop部分序列的软刺裸裂尻鱼遗传多样性分析

软刺裸裂尻鱼Schizopygopsis malacanthus是青藏高原特有鱼类。本研究测定了青海省玉树藏族自治州3个软刺裸裂尻鱼野生群体（隆宝滩国家级自然保护区、巴塘河上游、巴塘河下游）共72尾的mtDNA D-loop的部分序列（610 bp）,分析了其遗传多样性和种群遗传结构,旨在为玉树软刺裸裂尻鱼野生资源保护和合理开发提供理论依据。共发现29个多态位点,定义了16个单倍型。3个种群的单倍型多样性为0.438±0.121～0.676±0.076,核苷酸多样性为0.003 4±0.000 5～0.008 6±0.001 3。群体遗传分化指数统计检验表明,两两群体之间的差异均极显著。基因流分析结果表明,巴塘河上、下游种群之间的基因流水平较高,个体交流频繁。AMOVA分析结果显示,79.49%的遗传变异来自于种群间,20.51%的遗传变异来自于种群内,群体间遗传分化极显著。系统发育树和单倍型进化网络结果显示,3个种群的单倍型按照隆宝滩国家级自然保护区和巴塘河水系形成2大类群。中性检验结果表明,软刺裸裂尻鱼近期未出现显著的种群扩张事件。建议将分布在隆宝滩国家级自然保护区和巴塘河水系的软...     

基于mtDNA Cyt b序列分析齐口裂腹鱼群体遗传多样性

研究测定了长江上游4个齐口裂腹鱼(Schizothorax prenanti)野生群体(重庆巫溪、重庆城口、四川雅安、四川阿坝)共104个个体的线粒体Cyt b基因部分序列, 以探讨齐口裂腹鱼野生群体的遗传多样性和遗传结构。结果表明: 在104个个体Cyt b序列中共检测到43个多态性位点, 25个单倍型。4个齐口裂腹鱼群体的单倍型多样性介于0.704—0.884, 核苷酸多样性介于0.007—0.012。群体间Kimura双参数遗传距离介于0.008—0.017, 其中四川雅安群体与四川阿坝群体间遗传距离最近, 基因交流频繁。重庆城口群体与四川雅安群体间遗传距离最远, 基因交流受阻。AMOVA分析表明, 齐口裂腹鱼的遗传分化主要来自群体内部, 且组群间、组群内群体间和群体内存在显著的遗传分化。中性检验得到Tajima’s D和 Fu’s F_s的值不显著, 且歧点分布图呈多峰, 表明长江上游4个齐口裂腹鱼野生群体未经历过种群扩张。研究旨为齐口裂腹鱼野生资源保护提供必要参考意见, 同时为齐口裂腹鱼种质资源合理开发和利用提供理论依据。     

基于Cyt b基因的雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河墨脱裂腹鱼的遗传多样性及种群历史动态分析

以线粒体Cyt b基因为分子标记, 对雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河的墨脱裂腹鱼进行遗传多样性及种群历史动态分析。结果显示, 167尾墨脱裂腹鱼样本共检测到21个单倍型, 呈现较高的单倍型多样性(h=0.768)和较低的核苷酸多样性(π=0.00167)。基于单倍型构建的分子系统发育树及Network网络关系图表明, 所有来自墨脱江段及察隅河的单倍型不能按照地理分布各自聚类, 而是相互混杂聚在一起。不同地理种群间的遗传分化指数(F_ST)为–0.014—0.771, 其中金珠藏布(JZZB)与其他种群呈现出高度分化(F_ST: 0.372—0.771)。分子方差分析(AMOVA)显示当JZZB种群为一组, 剩余6个种群为一组时, 组间遗传差异最大, 表明JZZB种群与其他种群具有显著分化。相反, 虽然察隅河与墨脱江段的地理距离较远, 但是察隅河与墨脱江段其他种群之间(除了JZZB)的F_ST为0.093—0.169, 仅显示中等分化水平, 表明察隅河种群与雅鲁藏布江种群尚有少量的基因交流。中性检验、错配分析及BSP (Bayesian skyline plot)分析显示, 雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河的墨脱裂腹鱼种群在末次间冰期(0—0.137 Ma)发生过种群扩张现象。     

铜鱼线粒体控制区的序列变异和遗传多样性

采用PCR和DNA测序技术研究长江中上游野生铜鱼的遗传多样性和群体遗传学特征,从9个采样点共获得100尾铜鱼,用于分析的线粒体DNA控制区的片段序列为946bp。在100个序列中,共检测出变异位点47个(其中增添/缺失位点8个),单倍型41种。9个地理群体的平均单倍型多样性(Hd)和平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.9257±0.0162和0.004178±0.002337,表现出较贫乏的遗传多样性。群体间的分化指数(FST值)、平均基因流(Nm)、分子方差分析(AMOVA)和平均K2-P遗传距离均表明9个铜鱼地理群体间存在广泛的基因交流,未明显发生群体遗传分化。另外,共享单倍型比例较高,约为34%(14/41)。单倍型的UPGMA分子系统树和简约网络图显示单倍型的聚类与地理分群没有相关性。上述结果表明9个铜鱼地理群体属于同一种群。       

怒江流域多鳞荷马条鳅(Homatula pycnolepis)种群年龄结构与遗传多样性

该文于2008年4月采自南定河支流小勐统河的多鳞荷马条鳅(Homatula pycnolepis)群体(204尾,年龄仅为1~2龄,缺乏≥3龄个体,年龄结构简单);2007—2009年采自怒江流域4个采样点的多鳞荷马条鳅群体(80尾)的Cytb基因与群体遗传多样性及遗传结构分析共发现44个多态位点,仅定义4个单倍型,总体单倍型多样性(Hd)及核苷酸多样性(Pi)分别为0.7595及0.015,而怒江流域各采样点群体的Hd及Pi均为0,显示各地理群体遗传多样性丧失。怒江区域组、南定河组群体之间遗传分化明显,遗传距离为0.0356,组间分隔时间较久。由于被分离为小种群且面临较大捕捞压力,怒江多鳞荷马条鳅种群遗传多样性丧失,种群年龄结构简单,且怒江区域、南定河区域及澜沧江流域种群应被作为不同遗传管理单元而进行种群管理。     

长江中游鳊群体的遗传多样性

采用线粒体DNA(mt DNA)细胞色素b基因(cytb)和控制区序列,分析长江中游宜都、沙市、燕窝、团风等4个产卵场鳊种群的遗传多样性和遗传结构。结果表明:长江中游鳊群体cytb序列共检出82个多态位点,86种单倍型,平均单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.930和0.00244;控制区序列共检出变异位点46个,单倍型76种,Hd指数和Pi指数分别为0.972和0.00505;构建的单倍型网络结构和分子方差分析(AMOVA)显示,4个群体的遗传变异绝大部分来自群体内部,群体间无显著遗传分化;群体间的分化指数(FST)、平均基因流(Nm)和平均K2-P遗传距离均表明,4个鳊地理群体间存在广泛的基因交流,未发生明显群体遗传分化;中性检验表明,鳊历史上发生了群体扩张,扩张时间在第四纪冰期后期。     

基于线粒体控制区的嘉陵裸裂尻鱼种群遗传结构分析

嘉陵裸裂尻鱼为青藏高原特有鱼类,近年来随自然地理气候的变迁和人类活动的影响,种群数量急剧减少。为了解嘉陵裸裂尻鱼的遗传背景以便更好的保护其遗传资源,本研究采用线粒体控制区部分序列变异,分析了嘉陵裸裂尻鱼6个地理种群的遗传结构和分布动态。在147尾个体中共发现17个变异位点,定义了14种单倍型,群体总的单倍型多样性较高为0.810,核苷酸多样性低为0.00698。AMOVA分析显示,44.29%的分子差异源于群体间,55.71%的分子差异源于群体内,群体间遗传分化极显著。Fst值统计检验表明,除宕昌群体和舟曲群体之间差异不显著外,其余两两群体之间Fst值统计检验均显著。基因流估计显示各群体间的基因流水平较高,遗传交流较频繁。Mantel test检验表明,嘉陵裸裂尻鱼种群之间遗传分化程度与地理距离存在显著相关。系统树和单倍型网络进化图显示,6个地理群体的单倍型按照嘉陵江水系和渭河水系形成两个大的类群。错配分布和中性检验表明嘉陵裸裂尻鱼群体在近期历史上群体大小保持稳定,未出现显著的种群扩张。根据本文所揭示的嘉陵裸裂尻鱼种群遗传结构特征,建议将分布在嘉陵江水系的嘉陵裸裂尻鱼作为一个整体进行保护,嘉陵裸裂尻鱼渭河种群属高度分化的单倍型类群,且遗传多样性极低,需对该种群进行优先保护。     

北盘江光唇裂腹鱼年龄结构、生长特征和生活史类型

光唇裂腹鱼(Schizothorax lissolabiatus)主要分布于珠江水系南北盘江、元江、澜沧江和怒江等。以2008-2009年在北盘江采集的261尾光唇裂腹鱼为材料,研究了光唇裂腹鱼的年龄和生长特征。选用鳞片作为年龄鉴定的主要材料,并结合主鳃盖骨、匙骨、背鳍条等材料,对光唇裂腹鱼个体进行了年龄鉴定。结果表明:这4种材料年龄鉴定结果趋于一致,吻合性高。光唇裂腹鱼体长与鳞径的最佳函数关系为线性函数L=20.202R+65.726,体长与体重的最佳拟合方程呈幂函数关系W=4×10-5L2.8208。Von Bertalanffy方程、Logistic方程、Gompertz方程均为光唇裂腹鱼拟合性较好的生长方程,并以Von Bertalan-ffy方程的拟合度最高;光唇裂腹鱼Von Bertalanffy生长方程为:Lt=475.51[1-e-0.138(t+1.1397)],Wt=1424.93[1-e-0.138(t+1.1397)]2.8208;体重生长拐点为6.37龄。1~4龄为光唇裂腹鱼生长的快速阶段,而5龄以上个体的生长速度明显降低。根据r-选择和k-选择的典型特征以及渐近体长(L∞)、渐近体...     

怒江流域鱼类多样性及空间分布格局

怒江是我国西南地区重要的国际河流, 也是全球生物多样性热点区域之一。受地理位置和地形条件限制, 目前尚缺乏怒江流域鱼类物种多样性及其分布格局的系统研究。本研究利用近5年的全流域实地采样数据, 结合文献资料, 系统整理了怒江流域鱼类物种组成信息; 利用聚类和排序方法分析了怒江流域鱼类空间分布格局。结果表明, 怒江流域共有土著鱼类85种, 隶属于5目12科47属; 外来鱼类18种, 隶属于3目8科16属, 另外实地调查发现新记录外来种2种。怒江流域鱼类多样性从上游至下游呈明显的递增趋势。根据土著鱼类组成的聚类和排序分析结果, 可以将怒江25个亚流域分为3个部分: (1)西藏自治区内的上游河段, 分布有鱼类15种, 组成以裂腹鱼类、高原鳅类为主, 具有明显青藏高原冷水性鱼类区系特征。(2)贡山至泸水的中游河段, 分布有鱼类36种, 组成兼有上游冷水性鱼类和下游喜温的鲃亚科、野鲮亚科鱼类。(3)泸水以下的下游河段, 分布有鱼类74种。下游河段干流广泛分布有喜温的鲃亚科、野鲮亚科和 亚科鱼类, 支流则分布有数量众多的南鳅属(Schistura)、纹胸鮡属(Glyptothorax)鱼类, 鱼类组成以适应流水、激流环境的热带亚热带鱼类为主。2017-2021年的多次调查仅发现土著鱼类43种(占历史记录的50.6%), 土著鱼类资源衰退明显。过度捕捞、支流小水电开发、外来鱼类入侵等是主要威胁因素。随着人类活动的急剧增多, 怒江流域鱼类将面临更大的威胁, 亟需从流域层面开展系统的鱼类资源管理和保护规划。     

基于荧光标记的怒江流域桔小实蝇 (Bactrocera dorsalis)的迁移扩散

2005年7月在云南怒江流域地区,以荧光粉作为标记物,采用“标记-释放-回收”方法,对怒江流域桔小实蝇迁移扩散规律进行了研究。以释放点潞江坝为中心,东南西北4个方位设立桔小实蝇回收点,经过7d的回捕,从释放点沿潞江以北至六库沿线共回收到的标记桔小实蝇43头,最远在距释放点以北97km的地方回收到标记桔小实蝇5头。沿怒江在释放点以南,仅在小于29km的范围内回收到标记桔小实蝇17头。释放点东面和西面未能回收到标记桔小实蝇。分析释放点以北各回收点标记桔小实蝇与非标记桔小实蝇的相互关系揭示,非标记桔小实蝇与标记桔小实蝇在空间动态中具有相同的行为模式,由此推论非标记桔小实蝇与标记桔小实蝇可能来自同一种群。分析怒江流域区的自然地理发现,潞江坝桔小实蝇可借助怒江两边高大山脉形成的天然河谷通道,在适宜的气候条件下,在北上气流的携带下,实现由南向北的远距离迁移扩散;同时,由于高大山脉的阻隔,使潞江坝桔小实蝇没能向东西两个方向作远距离扩散迁移。研究首次揭示了在特定峡谷地区桔小实蝇扩散迁移现象,为桔小实蝇迁移扩散研究提供了新鲜实例,为在当地制定切实有效的桔小实蝇防治策略提供了基础信息。     

基于荧光标记的怒江流域桔小实蝇（Bactrocera dorsalis）的迁移扩散

2005年7月在云南怒江流域地区,以荧光粉作为标记物,采用“标记-释放-回收”方法,对怒江流域桔小实蝇迁移扩散规律进行了研究。以释放点潞江坝为中心,东南西北4个方位设立桔小实蝇回收点,经过7d的回捕,从释放点沿潞江以北至六库沿线共回收到的标记桔小实蝇43头,最远在距释放点以北97 km 的地方回收到标记桔小实蝇5头。沿怒江在释放点以南,仅在小于29 km 的范围内回收到标记桔小实蝇17头。释放点东面和西面未能回收到标记桔小实蝇。分析释放点以北各回收点标记桔小实蝇与非标记桔小实蝇的相互关系揭示,非标记桔小实蝇与标记桔小实蝇在空间动态中具有相同的行为模式,由此推论非标记桔小实蝇与标记桔小实蝇可能来自同一种群。分析怒江流域区的自然地理发现,潞江坝桔小实蝇可借助怒江两边高大山脉形成的天然河谷通道,在适宜的气候条件下,在北上气流的携带下,实现由南向北的远距离迁移扩散;同时,由于高大山脉的阻隔,使潞江坝桔小实蝇没能向东西两个方向作远距离扩散迁移。研究首次揭示了在特定峡谷地区桔小实蝇扩散迁移现象,为桔小实蝇迁移扩散研究提供了新鲜实例,为在当地制定切实有效的桔小实蝇防治策略提供了基础信息。     

Length–weight relationships of five fish species from the Nujiang River (Salween basin), southwest China

This study provides the total length–weight relationships (LWRs) for five fish species collected from the Nujiang River, southwest China. Samples were obtained in May 2015 and May 2016 using drift net and electroshock fishing techniques. A total of 502 specimens belonging to five fish species were analyzed; their LWRs were calculated. The five fish were Schizothorax nukiangensis, Akrokolioplax bicornis, Creteuchiloglanis kamengensis, Channa gachua and Glyptothorax trilineatus. Prior to this study, the length‐weight relationship for S. nukiangensis is unknown to FishBase and new maximum lengths are recorded for A. bicornis and C. kamengensis.These results are useful for fishery research, conservation and management in the Nujiang River.     

解磷菌株B25的筛选、鉴定及其解磷能力

从安徽省铜陵市铜官山尾矿库木贼根际分离筛选出多株解磷细菌,经过多次筛选纯化获得一株解磷能力较好的菌株B25.采用透射电镜观察和DNA分子技术,确定此菌株属于芽孢杆菌属.研究了解磷菌株B25在培养168 h内的解磷能力、溶液pH值以及菌株生长量的变化情况,并比较了B25在不同条件下的解磷能力.结果表明：解磷菌株B25的解磷能力与溶液pH值之间存在微弱的相关性,在碳源为葡萄糖、初始pH值为7.0、培养温度为30 ℃时解磷效果较好.     

塔里木裂腹鱼群体遗传结构及遗传多样性分析

塔里木裂腹鱼为塔里木河水系特有濒危裂腹鱼类。研究采集5个群体(多浪渠首、喀拉喀什河、木扎提河、塔什库尔干、玉龙喀什河)塔里木裂腹鱼,扩增线粒体控制区第一高变区,共获得长度456 bp序列95条。塔里木裂腹鱼单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.7118、0.0024。AMOVA分析显示,群体间遗传分化显著。FST值统计检验表明,除喀拉喀什河群体与玉龙喀什河群体之间差异不显著外,其他两两群体之间都是显著的。分子系统树和单倍型网络图分析表明,塔里木裂腹鱼单倍型间关系较近。中性检验和mismatch分析显示,塔里木裂腹鱼群体经历过近期群体扩张事件。根据核苷酸不配对分布τ值计算其群体扩张时间为20万年前。天山、昆仑山的运动以及第四纪冰期-间冰期的变化可能影响了塔里木裂腹鱼的群体历史动态。     

Genetic structure and historical demography of Schizothorax nukiangensis (Cyprinidae) in continuous habitat

Geographic distance, different living habitats or Pleistocene climatic oscillations have frequently been found to shape population genetic structure in many species. The genetic structure of Schizothorax nukiangensis, a high altitude, valuable fish species, which is distributed throughout the Nujiang River, was investigated by mitochondrial DNA sequence analysis. The cytochrome c oxidase subunit I (COI), cytochrome b (cytb), and the mitochondrial control region (MCR) of S. nukiangensis were concatenated for examination of population structure and demographic history. The concatenated data set (2405 bp) implied a pronounced genetic population structure (overall F_ST = 0.149) and defined two population units. Strong differentiation was detected between the Sanjiangkou (SJK) population and other populations due to environmental heterogeneity, dispersal ability, and/or glacial cycles. Additional DNA sequencing of the nuclear RAG2 gene also examined significant differentiation between two units and between SJK and the upstream populations (U‐unit). Recent expansion events suggest that S. nukiangensis may have undergone a rapid increase during warm interglacial periods. Surprisingly, S. nukiangensis appears to have undergone an obvious expansion during the last glaciations (LG) for cold hardiness and a sharp contraction from 1.5 ka to the present. However, two population units exhibited different reflections during the LG, which might be closely related to their living habitats and cold hardiness. A clear pattern of isolation by distance was detected in S. nukiangensis due to feeding habits, limited dispersal ability, and/or philopatry. It is vitally important that more attention be given to S. nukiangensis due to low genetic diversity, lack of gene flow, and recent population contraction.     

First record of the genus Schizothorax in rivers of the Central Himalayas in China

A total of 40 specimens of the genus Schizothorax (Cyprinidae: Schizothoracinae), including 10 matured males, 19 matured females and 11 juveniles, were captured from the Kirong Tsangpo River in China, which is located in the southern slope of the Central Himalayas. These specimens are identified as Schizothorax richardsonii (Grey, 1832) based on morphological characters and molecular analyses using mitochondrial Cyt b gene sequences. The Kirong population of S. richardsonii is relatively isolated from other populations in the Himalayas and has low genetic diversity. This is the first record of the genus Schizothorax fish in rivers of the Central Himalayas in China. As S. richardsonii is a vulnerable species on the IUCN Red List, a protection plan should be conducted to reduce the impact of anthropogenic disturbance by monitoring the natural population dynamics and assessing the ecological determinants of its distribution.     

Cyprininae phylogeny revealed independent origins of the Tibetan Plateau endemic polyploid cyprinids and their diversifications related to the Neogene uplift of the plateau

Origin and diversification of the Tibetan polyploid cyprinids (schizothoracins) may help us to explore relationships between diversification of the cyprinids and the Tibetan Plateau uplift. Cyprininae phylogeny was analyzed using mitochondrial and nuclear DNA sequences to trace origins of polyploidy and diversifications of schizothoracins. Ancestral states reconstruction for ploidy levels indicated that the Cyprininae was diploid origin and the schizothoracin clades tetraploid origins. There were two diversification rate shifts along with diversification of the cyprinine fishes in response to the Tibetan uplift. The unusual diversification shifts were located to branches subtending the clades of Tibetan polyploid cyprinids. Our analyses suggested that (i) phylogeny of Cyprininae recovered two independent origins of the Tibetan polyploidy schizothoracins; (ii) diversifications of the schizothoracins were closely related to the Neogene uplift of the Tibetan plateau in the following ways: the relatively ancient Late Oligocene-Middle Miocene adaptive radiation may be associated with the uplift of the southern Tibet and Himalaya; the Middle Miocene-Early Pleistocene lineage-specific diversification broadly coincident with major phase of the Neogene Tibetan uplift; and the most recent Pleistocene diversification shift in Schizothorax closely coincident with the successive Kunlun-Huanghe and Gonghe movements of the Tibetan uplift and the glaciation-induced climate oscillations on the plateau.