Chlorella sorokiniana rbcL基因的克隆与序列分析及其与18S rRNA基因在分类学上的比较

Rubisco大亚基基因(rbcL)广泛用于系统学分析中,在本文中以Chlorella sorokiniana CS-01叶绿体基因组DNA为模板,PCR扩增rbcL全长编码区序列,序列分析表明:该片段全长1428 bp,其中包括1425 bp的编码区序列,编码475个氨基酸,经BLAST比对发现同源性最高的为Chlorella sp.IFRPD 1018,同源性达到99.2%。同时构建系统发育树,结果显示Chlorellasorokiniana CS-01与Chlorella sp.IFRPD 1018在同一分支中。18S rDNA序列分析表明:该片段全长1740 bp,经BLAST比对发现同源性最高的为Chlorella sorokiniana,同源性达到99.7%,构建系统发育树显示Chlorella sorokiniana CS-01与两株Chlorellasorokiniana在同一分支中,支持率达到100%。但是18S rDNA序列构建的系统发育树鉴定的主要分支很少,即使鉴定出分支,该分支的支持率也比较弱,而rbcL基因序列构建的系统发育树则分支清晰且支持率较高。可见18S rDNA序列比rbcL...     

棉铃虫18S核糖体RNA基因的序列分析及其分子系统学

克隆并分析了鳞翅目棉铃虫Helicoverpa armigera (Hübner)18S核糖体RNA基因(18S rDNA)的全序列,将该序列与鞘翅目、膜翅目、同翅目、双翅目、捻翅目和弹尾目各一种昆虫的同源保守区进行了比较。序列分析结果显示：鳞翅目和双翅目昆虫在18S rDNA结构上彼此较为相似,捻翅目昆虫的18S rDNA分子结构表现出与其它目昆虫有较大的差异,但相对与弹尾目昆虫的18S rDNA较为接近。该结果支持了有关捻翅目属于一个独立的目级分类阶元的论点。     

北京白羊沟景区农林交错带蛾类DNA条形码鉴定

[目的]DNA条形码技术已经在多个类群中得到了广泛应用,但对数量巨大的鳞翅目昆虫而言,仍然缺失大量数据,尤其是形态鉴定较为困难的小蛾类和很多中型蛾类,尚无法构建较为完善的DNA条形码系统.本研究旨在为鳞翅目害虫DNA条形码系统的构建和完善提供数据来源及支撑,验证COⅠ基因作为DNA条形码通用基因的准确性,探讨28S rDNA的D2基因片段作为DNA条形码辅助基因的可行性,并检验目前BOLD系统的鉴定成功率.[方法]对采集自北京白羊沟风景区的小蛾类和中型蛾类490头标本进行形态鉴定和DNA测序,分别基于COⅠ及28S D2基因计算种内种间遗传距离,并构建了NJ系统发育树.[结果]BOLD系统的鉴定成功率为65％,对小蛾类和夜蛾类鉴定成功率较低.基于COⅠ基因的NJ树鉴定成功率为94.4％,基于28S D2基因的NJ树鉴定成功率为89.4％.[结论]结合种内与种间遗传距离结果,COⅠ基因适合作为鳞翅目蛾类DNA条形码通用基因,28S D2基因较为保守,不适合作为DNA条形码的辅助基因.     

基于23S／5SrDNA序列的柑橘黄龙病病原菌亚洲种系统发育研究

根据柑橘黄龙病亚洲种23S/5S的DNA序列设计一对引物对不同地理来源的6个柑橘黄龙病样品DNA进行扩增,扩增片段大小均为1 654 bp包括一个假定细胞壁水解酶假基因(putative cell wall hydrolase pseudogene)和5S rRNA 基因.序列同源性分析结果表明;6个柑橘黄龙病病原菌样品与柑橘黄龙病病原菌亚洲种Sihui样品的同源性为99%,然而与土壤杆菌,布鲁氏菌,根瘤菌,中华根瘤菌,巴通体菌和中慢生根瘤菌的同源性只有89%～95%,说明在23S/5S rDNA序列上黄龙病病原菌亚洲种与α变形菌纲根瘤菌目的其他病原菌相差较大.对黄龙病病原菌亚洲种种内的23S/5S rDNA序列进行比较分析,结果发现黄龙病病原菌亚洲种种内之间putative cell wall hydrolase pseudogene和5S rRNA的基因序列非常保守,但不同地理来源的柑橘黄龙病样品碱基序列间确实存在差异,差异的大小与地理的远近无关.利用简约法对黄龙病病原菌亚洲种及α变形菌纲其它病原菌的23S/5S rDNA序列构建的系统发育树显示黄龙病病原菌亚洲种单独聚为一类,其他细菌聚为另一类,该结果与基于rplJ基因及16S rRNA基因的DNA序列构建的分子系统进化树结果一致.     

全长rDNA簇在蝽类昆虫生命树构建中的应用前景(昆虫纲,半翅目)

在昆虫纲中,生命树计划正在以目级阶元中的分类单元为单位逐步推进.针对这一大的背景,以及高级阶元和种级阶元分子系统学研究间脱节现状,提出以rDNA簇为一组分子标记、并且在未来高级阶元系统发育研究中将目前选取少量代表类群的做法改为将尽量多的物种包含到一棵系统发育树中的建议.其中首先简要介绍了rDNA簇的结构及其中各分子标记在分子系统学研究中的应用价值,随后以蝽类昆虫为例,有针对性地总结了rDNA簇中不同基因序列已有数据的丰富程度及其在分子系统学研究中的应用情况.首次给出了蝽类昆虫28S rRNA近全长序列的二级结构模型.基于对18S rRNA和28S rRNA二级结构研究所积累的认识,强调了18S rDNA和28S rDNA内部不同区段之间变异模式和应用价值的差异,论证了未来在生命树构建中深化对rDNA簇中各基因进行联合应用的合理性和可行性.     

土生空团菌(Cenococcum geophilum Fr.)18S rDNA中的I型内含子

【目的】分析土生空团菌[Cenococcum geophilum Fr.(Cg)]18S rDNA中Ⅰ型内含子的核苷酸序列和二级结构特征,探讨影响土生空团菌遗传多样性的因素。【方法】对23个Cg菌株18S rDNA的3’端进行PCR扩增,对其中14个菌株的扩增片段测序。利用MAGE version 4.0软件构建Neighbor-Joining系统发育树,利用Mfold预测内含子的二级结构。【结果】序列分析表明,19个中国菌株中14个在18S rDNA中有Ⅰ型内含子。结合GenBank中的相关数据,可知Cg菌株18S rDNA中内含子的序列长度为488-590 nt,显示出92.3%-100%的同源性。在其5’端序列比较保守,在3’端序列差异较大。二级结构分析表明Cg菌株18S rDNA中的内含子都有10个配对区(P1-P10),在P5区域由P5,P5a,P5b,P5c,P5d组成,在P9的3’端有2个配对区(P9.1、P9.2)。【结论】来源于不同寄主及地域的Cg菌株有丰富的遗传多样性,本文没发现地理因素和寄主来源对Cg的遗传分化有影响。     

堆肥发酵菌种的分离、鉴定及其堆肥发酵效果研究

为获得适应性良好的菌种用于猪粪的堆肥处理,从新鲜猪粪中分离出一株酵母样菌株783,并采用PCR技术扩增其18S rDNA基因,并测定其基因序列.基于18S rDNA序列同源性比对以及系统发育树的分析,发现783是解脂耶罗威亚酵母.菌株783的18S rDNA序列已经被GenBank数据库收录,其序列号为EU434621.对猪粪堆肥发酵效果表明其在提高堆肥质量方面有着较好的效果.     

甜菜夜蛾类钙粘蛋白基因全长cDNA的克隆及序列分析

昆虫中肠膜上的类钙粘蛋白(cadherin-like protein)是Bt毒素的一类重要受体,它与Bt毒素对昆虫的杀虫作用机制以及昆虫对Bt毒素的抗性等密切相关。本研究根据已报道的其它昆虫的类钙粘蛋白基因的保守区设计简并引物,应用RT-PCR和RACE技术克隆了迁飞性重要害虫甜菜夜蛾Spodoptera exigua(Hübner)类钙粘蛋白基因全长cDNA序列(命名为SeCAD,GenBank登录号为HQ647122),全长5582bp,编码1739个氨基酸,推导的氨基酸序列包括1个信号肽、1个前蛋白区、11个钙粘蛋白重复、1个近膜区、1个跨膜区和1个胞质区。预测的分子量和等电点分别为196.447ku和4.47。该蛋白与同科的大螟Sesamia inferens、蛀茎夜蛾S.nonagrioides、烟芽夜蛾Heliothi svirescens、烟夜蛾Helicover paassulta亲缘关系更近,氨基酸序列一致性分别为61.28%、60.34%、60.14%、60.08%。这些结果对于揭示转Bt基因作物对非靶标、迁飞性甜菜夜蛾的杀虫作用机制以及评价其潜在的对Bt毒素抗性机制等奠定了基础。     

前沟藻18S rDNA序列克隆和分子鉴定分析

旨在扩增一株未知微藻18S rDNA,并进行序列分析和物种鉴定分析.提取该微藻总DNA,用PCR技术扩增其18S rDNA,对序列进行测序,在GenBank进行序列比对分析,用ClustalX软件构建进化树;用光学显微镜进行形态学分析.经测序其序列长度为1 736 bp,G+C为47％;同源性分析表明,与GenBank中多个强壮前沟藻种的18S rDNA基因序列同源性迭99％;与前沟藻属的其它藻种同源性均迭95％以上.而与裸甲藻属和环藻属的藻株同源性为85％左右.经光学显微镜观察,该藻具有典型的强壮前沟藻形态.结合该藻18S rDNA序列分析和粗略的形态学分析,推断该藻可能为前沟藻属的强壮前沟藻.微藻形体微小,结构简单,需借助电子显微镜才可准确地从形态学上签定其种属,鉴定工作繁琐费时;而利用分子技术,则可能使鉴定工作变得简单快捷.     

烟夜蛾性肽受体基因的克隆与表达模式分析

【目的】克隆烟夜蛾Helicoverpa assulta (Guenée)性肽受体基因并分析其表达模式, 为深入研究性肽与交配后反应的关系奠定基础。【方法】采用RT-PCR方法, 从烟夜蛾雌蛾性信息素腺体中得到性肽受体基因cDNA全序列。利用荧光定量PCR方法, 分析该基因的表达模式。【结果】序列分析结果显示, 烟夜蛾性肽受体基因cDNA全长2 048 bp, 命名为HassSPR（GenBank登录号: AFH53182.1）。该基因的开放阅读框长1 275 bp, 编码424个氨基酸残基, 序列中含有7个跨膜域结构, 预测分子量和等电点分别为48.6 kDa和9.25。序列比对分析表明, HassSPR与近缘种棉铃虫H. armigera和其他蛾类性肽受体的氨基酸序列一致性分别达98.35%和超过84%, 与已经报道的其他昆虫的性肽受体的氨基酸序列一致性也在64%以上。不同组织表达分析表明, HassSPR在测定的1日龄雌蛾不同组织中均有表达, 以在脑中的表达量最高。时序表达分析表明, 在羽化前1 天至羽化后6日龄雌蛾的信息素腺体中均有表达, 以3日龄表达量最高。雌蛾交配后, HassSPR在性信息素腺体和脑中的表达量显著上调, 而在交配囊和卵巢中的表达量显著下调。【结论】从烟夜蛾雌蛾性信息素腺体中克隆得到性肽受体基因HassSPR, 其表达模式提示该基因的表达水平与雌蛾的生殖生理和生殖行为有关。     

鸡减蛋综合征病毒（EDSV—76）基因组E1区结构特点分析

ＥＤＳＶ－７６病毒中国株ＡＡ－２经常规方法提取其病毒ＤＮＡ后,建立了限制性内切酶ＰｓｔＩ水解片段的全基因文库。对其中ＰｓｔＩ－Ｇ片段和ＰｓｔＩ－Ａ片段的正反链进行序列测定,获得ＥＤＳＶ Ｅ１区（０－８．８ｍ．ｕ）的核苷酸序列。经分析,ＥＤＳＶ Ｅ１区具有与其他腺病毒Ｅ１区类似的结构。以大于６０个氨基酸残基为标准,ＥＤＳＶ Ｅ１区共有７个开放读码框架（ＯＲＦ）,其中Ｒ１、Ｒ２、ＥｌｂｓＴ和Ｅ１ｂ１Ｔ     

(E160A)和(E160D)天花粉蛋白两种突变体晶体结构研究

培养了（Ｅ１６０Ａ）ＴＣＳ和（Ｅ１６０Ｄ）ＴＣＳ的单晶。在ＭＡＲＲｅｓｅａｒｃｈ面探测器系统上分别收集了０．１９３ｎｍ和０．２０ｎｍ分辨率的Ｘ射线衍射数据。数据处理用ＭＡＲＳＣＡＬＥ程序系统完成。用同晶差值Ｆｏｕｒｉｅｒ法解析了突变体的晶体结构,结构修正利用Ｘ－ＰＬＯＲ程序。修正结果,晶体学Ｒ因子分别为０．１７５,０．１７９,键长和键角的ＲＭＳ偏差分别为０．００１１ｎｍ和２．４５７°,０．００１３ｎｍ和２．６７５°。在这两个突变体的结构中均未见到Ｇｌｕ１８９侧链方向的改变。通过对（Ｅ１６０Ａ）ＴＣＳ和（Ｅ１６０Ｄ）ＴＣＳ的结构比较,说明（Ｅ１６０Ｄ）ＴＣＳ活性低于（Ｅ１６０Ａ）ＴＣＳ的原因：这可能是由于在（Ｅ１６０Ｄ）ＴＣＳ中Ｔｙｒ１１１和Ｔｙｒ７０的侧链都具有较大的运动性,使它们与腺嘌呤碱基的芳香堆垛作用减弱,从而导致活性的降低     

猪瘟病毒强弱毒株和野毒株E2全基因序列测定及比较分析

为了比较猪瘟病毒 (HCV)野毒株、疫苗株及标准株之间E2基因抗原区域的差异 ,采用RT PCR扩增了HCV石门株、兔化弱毒疫苗株、野毒 0 3及 0 7株的囊膜糖蛋白E2 (gp55)全基因的cDNA片段 ,分别克隆于pGEM T载体中并对其进行了核苷酸序列测定及氨基酸序列的推导 ,同时进行了同源性比较及E2结构与功能的分析。所测 4株HCVE2基因的长度均为1 2 73bp,所编码的氨基酸序列均包括部分信号肽序列和完整的跨膜区序列 ,共由 381个氨基酸组成 ;4个毒株E2蛋白N末端的 683位至 690位信号肽序列 (WLLLVTGA)和C末端 1 0 30～1 0 63位跨膜区均为保守序列 ,而且具疏水性 ;N末端抗原功能区中 ,4个E2蛋白与其它所比较序列在位于第 753位至 759位氨基酸处 ,均有一段保守序列RYLASLH ,无一氨基酸发生变异 ,为亲水性 ,在整个E2蛋白抗原谱中抗原性峰值为最高 ,推测对抗原性产生起重要作用 ;4个E2蛋白的氨基酸序列中均含有 1 5个半胱氨酸 (Cys)残基 ,其数量及位置与国外五株HCV(Brescia ,C ,Alfort.ALD和GPE)完全一致。表明…     

12株猪瘟病毒E2基因主要抗原区域的序列差异分析

用RTPCR扩增了12个不同时期分离的HCV毒株E2基因主要抗原区域的cDNA片段并对其进行了序列测定。应用DNAstar序列分析软件对所测的12个HCV毒株与国内外已知的6个毒株Alfort株、Ald株、Brescia株、Gpe株、C株、CW株及早期已测定的HCLV株、HCVSM株和北京顺义株(BJSY2/96)3个毒株的相应片段进行了同源性比较分析。E2基因主要区域长度均为224 bp,包括从HCV 2485到2708位的E2基因B、C区域。所测的疫苗株HCLV与国外测得的疫苗株C株核苷酸及氨基酸同源性分别为991%和100%,表明目前应用的疫苗株是稳定的;用目前我国流行的部分野毒株对HCLV株免疫猪的攻击试验表明,HCLV对野毒株均具有很好的免疫力,这与序列分析结果相吻合。根据系统树分析,可将HCV分为两大群,5株90年代的野毒株及1株80年代的野毒株(其中北京3株、河南2株、广东1株)均与国内外C株、标准株属同一群(即第一群),其核苷酸及氨基酸的同源性分别为857%～100%和838%～100%;与Alfort株同属第二群的有6个野毒株(广西北海、辽宁、河北黄骅、吉林、深圳光明、四川成都),其中80年代与90年代的野毒株各有三株,核苷酸及氨基酸的同源性分别为843%～100%和851%～100%;21株HCV的核苷酸及氨基酸的同源性分别为781%～100%和784%～100%。两群之间的特征性差异表现在713和729位氨基酸位点的不同,经分析发现猪瘟野毒株具有复杂性与多样性。     

秦皇岛市非中国特有种植物的区系分析

秦皇岛市计有野生种子植物1093种,隶属于122科, 513属。其中非中国特有种847种,占总种数的77.4%。中国特有种246种,占总种数的22.6%。本文对非中国特有成分作了区系分析,其中世界分布36种;热带分布55种,占5.2%;温带分布510种,占48.2%;东亚分布242种,占22.9%;中亚东部至华北分布(古地中海成分)2种,占0.2%。因此,秦皇岛植物区系属于东亚和温带亚洲区系,与热带和古地中海区系有微弱的联系。     

日本松干蚧性信息素光学异构体的引诱活性

对合成的日本松干蚧Matscoccus matsumurse(kuwana)性信息素4、6、10、12-四甲基-反2、反4-十三碳二烯-7-酮1所有四个光学活性异构体,进行了诱虫活性测定和林间诱捕试验。结果表明,只有6R、10R-4、6、10、12-四甲基-反2 反4-十三碳二烯-7-酮对日本松干蚧雄成虫具有强烈引诱活性,被确定为该虫天然性信息素的绝对构型。     

Ilyocypris bradyi的轮廓分析

本文试图通过对若尔盖盆地晚新生代非海相介形类化石Ilyocypris bradyi(Sars)的轮廓分析来介绍几何形态测量法在介形类化石的形态分析中的应用。分析对比后发现,虽然Ilyocypris bradyi(Sars)居群内的个体在形态上存在或多或少的差异,但这些差异之间存在连续过渡的关系,并未出现明显的分异,说明此种的种内变异是连续的。     

BACTERIAL BOLL ROT OF COTTON (XANTHOMONAS MALVACEARUM (E. F. SMITH) DOWSON)

Two inoculation techniques were compared for their value in assessing resistance of cotton to bacterial boll rot. In the first method, bacterial suspensions were applied with a fine brush to the outsides of young bolls immediately after corolla drop. In the second, suspensions were inoculated into the wall tissue of bolls 3–4 weeks old with a fine needle. The second method is the simpler and produces infections in all weather conditions; other advantages are that bolls are inoculated after the period of natural shedding and the circular lesions are easily measured, but a disadvantage compared with the brush method is that the puncture method does not satisfactorily indicate damage to the lint.
Results from the two methods of inoculation suggest that resistance lies in some component of the boll-wall tissue that affects bacterial growth and not in a physical factor that prevents the bacteria entering the boll. Variability in resistance occurs in local strains of cotton, and this could probably be exploited to give high resistance without the need of a large crossing programme to introduce new genes.     

Synthesis of (S)-13-Hydroxy (2E,4E,8E)- and (2E,4E,8Z)-Tetradecatrienoic Acids

The syntheses of (S)-13-hydroxy-(2E,4E,8E)-tetradecatrienoic acid (1) and (2E,4E,8Z)-tetradecatrienoic acid (2) were carried out by using the Wittig reaction as the key step. The asymmetric center at C-13 and the double bond between C-8 and C-9 for natural compound 1 were reconfirmed as being of (S) configuration and E, respectively.

The relationship between the structure of the unsaturated hydroxy fatty acids and their inhibitory effect on the growth of lettuce was investigated.