北衙金矿矿区可培养细菌多样性初步研究

目的 对北衙金矿矿区样品中的可培养细菌进行分离并对其多样性进行研究.方法 采集云南北衙金矿矿区土样和矿石样,采用固体肉汤培养基、卵黄培养基及PYGV培养基分离矿区环境可培养细菌,并利用16S rRNA基因序列分析构建系统发育树,初步评估细菌多样性.结果 北衙金矿矿区环境细菌的主要种群包括厚壁菌门和放线菌门的不同菌属:芽胞杆菌、微杆菌属、考克菌属、葡萄球菌属及节杆菌属的菌株,其中抗逆境较强的优势菌群为放线菌门的细菌.结论 本研究初步证实北衙金矿矿区可培养细菌种类丰富.     

滇西北兰坪金顶铅锌矿矿区可培养细菌多样性初步研究

目的对兰坪金顶铅锌矿矿区样品中的可培养细菌进行分离并对其多样性进行研究。方法采集云南兰坪金顶铅锌矿矿区土样和矿石样,采用固体肉汤培养基、卯黄培养基及PYGV培养基分离该矿区环境中的可培养细菌,利用16SrRNA基因序列分析构建系统发育树,并统计不同种属细菌的数量,初步评估细菌多样性。结果兰坪金顶铅锌矿矿区环境细菌的主要种群包括放线菌门、变形菌门和厚壁菌门的不同菌属：微球菌属、节杆菌属、假单胞菌属、短波单胞菌属、芽孢杆菌属、类芽孢杆菌属、考克菌属、葡萄球菌属、芽孢八叠球菌及Skermanella属的菌株,其中抗逆性较强的优势菌群为放线菌门的细菌。结论本研究初步证实兰坪金顶铅锌矿矿区可培养细菌种类丰富。     

云南省富宁磁铁矿矿区可培养细菌多样性初步研究

目的对云南富宁磁铁矿矿区样品中可培养细菌进行分离并对其多样性进行了初步研究。方法采集云南富宁磁铁矿矿区土样和矿石样,采用固体肉汤培养基、卵黄培养基及PYGV培养基分离该矿区环境中的可培养细菌,利用16SrRNA基因序列分析构建系统发育树,并统计不同种属细菌的数量,初步评估细菌多样性。结果富宁磁铁矿矿区环境细菌的主要种群包括厚壁菌门、放线菌门和变形菌门的不同菌属：芽孢杆菌属、葡萄球菌属、节杆菌属和假单胞菌属的菌株,其中抗逆性较强的优势菌群为厚壁菌门的芽孢杆菌。结论本研究初步表明富宁磁铁矿矿区可培养细菌种类具有一定的多样性。     

泥浸汁对太湖沉积物中的好氧可培养细菌多样性的影响

【目的】研究添加泥浸汁与否对太湖沉积物中可培养细菌的影响。【方法】采用R2A培养基和添加泥浸汁R2A培养基对沉积物中细菌进行分离培养,16S r RNA基因系统发育分析比较种群结构。【结果】培养基中添加泥浸汁,可使可培养细菌的种类数量增加到1.6倍。16S r RNA基因序列分析表明,培养的优势细菌类群存在明显差别。R2A培养基上生长的细菌主要为厚壁菌门(52%)、放线菌门(24%)、变形菌门(20%)和拟杆菌门(4%),其中大部分细菌与芽孢杆菌属、假单胞菌属、节杆菌属等关系密切;而添加泥浸汁的R2A培养基上生长的细菌则主要为变形菌门(40%)、放线菌门(35%)、厚壁菌门(22.5%)和拟杆菌门(2.5%),与鞘脂单胞菌属、芽孢杆菌属、副球菌属、节杆菌属等关系密切。【结论】添加泥浸汁原始营养因子可提高沉积物中可培养细菌的多样性,提高菌种可培养效率。     

中国南海沉积环境可培养细菌多样性研究

【目的】探索海洋沉积环境中可培养细菌的多样性。【方法】采用纯培养分离及16S rRNA基因序列鉴定的方法,对我国南海海域20个沉积物样品进行细菌多样性分析。【结果】共获得200株细菌,分属于47个属,99个种。经系统进化分析,可培养菌株主要分布于4个类群:厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes),优势类群为Firmicutes,其中芽孢杆菌属(Bacillus)所占比例为55.6%;而Actinobacteria和Bacteroidetes两个类群获得菌株较少;在Firmicutes和Actinobacteria两个类群中发现8个潜在新种和3个潜在新属级类群。【结论】初步研究结果表明,南海海洋沉积环境可培养微生物资源丰富,新物种资源多样;其中,芽孢杆菌为海洋沉积环境中的优势类群,随着样品深度的增加,细菌多样性呈现递减的趋势,深度可能是影响细菌多样性的一个重要因素;其次,分离培养基和分离方法直接关系到样品中可培养微生物多样性的发现,有待深入研究。     

可可西里土壤样品中细菌多样性的分析

本实验采用纯培养和免培养相结合的方法对来源于可可西里的一份土壤样品中的细菌多样性进行了初步研究。纯培养实验使用了6种分离培养基, 共得到细菌19株, 其中放线菌7株, 非放线菌细菌12株。这些菌株分别属于叶杆菌属(Phyllobacterium)、贪食菌属(Variovorax)、假单胞菌属(Pseudomonas)、链霉菌属(Streptomyces)、小月菌属(Microlunatus)、原小单胞菌属(Promicromonospora)、韩国生工菌属(Kribbella)和芽孢杆菌属(Bacillus) 8个属。免培养分析采用基于通用引物PCR 扩增的细菌16S rRNA 基因文库的方法以及变性梯度凝胶电泳(DGGE)。16S rRNA基因文库分析结果表明, 该土壤样品细菌群落可划分为19个OTUs, 分属于5个不同纲, 优势顺序为β-Proteobacteria (75%), α-Proteobacteria (9%), γ-Proteobacteria (7%), Actinobacteria (7%), Firmicutes (2%)。变性梯度凝胶电泳分析表明, 该样品细菌多样性指数Shannon-wiener index为2.68, 表明其中微生物多样性较低, 这可能和其所处的极端环境有一定关系。比较纯培养和免培养的实验结果发现, 土壤中的一些优势细菌并没有被有效地分离, 需要在针对特定微生物设计特定培养基及培养条件进行选择性分离上做更多的探索研究。     

云南文山铝土矿区微生物多样性初步研究

目的对云南文山铝土矿区矿石样品中的细菌多样性进行研究。方法采集云南文山铝土矿矿石样品,利用16SrRNA高变基因序列构建细菌基因文库,建立系统发育树,初步探究该矿区细菌多样性。结果文山铝土矿区矿石样品中细菌的主要菌群包括变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和梭杆菌门,其中优势菌群为变形菌门的细菌。结论云南省文山铝土矿区的矿石样品中存在丰富的细菌,且种群多样性较好。     

织金洞钟乳石沉积物表面可培养细菌多样性和网络分析

【背景】洞穴环境中蕴含丰富而独特的细菌资源,对洞穴环境中细菌的分离培养有助于了解洞穴细菌多样性及细菌资源的挖掘和利用。【目的】利用不同培养基分离细菌,探究钟乳石表面可培养细菌的多样性及其种间互作关系。【方法】通过11种培养基对织金洞内钟乳石沉积物表面的细菌进行分离纯化,并利用16S rRNA基因序列分析初步确定分离菌株的分类地位。在R软件下,通过Bipartite包分析可培养细菌属间的相互作用。【结果】从钟乳石沉积物表面共分离出206株细菌,它们隶属于4门25属45种,香农(Shannon)指数为4.78,辛普森(Simpson)指数为0.95。变形菌门(Proteobacteria)和芽孢杆菌属(Bacillus)分别为样品中可培养细菌的优势门(47.09%)和优势属(29.61%)。无机寡营养培养基有助于洞穴钟乳石沉积物细菌的分离。属水平-采样点网络分析表明,可培养细菌分布具有非随机、显著的嵌套性。芽孢杆菌属(Bacillus)、德沃斯氏菌属(Devosia)、产碱杆菌属(Alcaligenes)、节杆菌属(Arthrobacter)和短杆菌属(Brevibacterium)在细菌群落中存在较多的有效合作值(Effective Partners)和亲密度(Closeness),被其他细菌所依赖程度(Species Strength)较高,是该群落中的重要组成类群。【结论】织金洞内钟乳石沉积物表面存在丰富的细菌资源,分析细菌类群在群落中的作用应结合细菌相对丰度和网络分析。     

银北盐渍化土壤中6种耐盐植物根际细菌群落结构及其多样性

土壤微生物对土壤肥力的形成和植物营养的转化起着积极的作用。对盐渍化土壤中植物根际微生物群落组成和多样性进行研究,有助于发现新的重要微生物功能类群或者功能潜力,对于盐碱土壤的植被恢复和生态重建都具有十分重要的意义。通过高通量测序和分离培养方法,对宁夏银北地区盐渍化土壤中的6种耐盐植物根际细菌的群落结构和多样性进行了分析。结果表明:所有土壤样品共检测到31门(亚门) 67纲253科400属细菌类群,不同植物根际微生物群落组成相似,但丰度各有差异,厚壁菌门、变形菌门、放线菌门和拟杆菌门为主要优势类群;在纲水平芽孢杆菌纲相对丰度最高,其次为α-变形菌、γ-变形菌和梭菌纲;在属水平上,芽孢杆菌属以极高的丰度(15.57%—53.85%)占据绝对优势,其次是鞘氨醇单胞菌属、不动杆菌属和节杆菌属。6种植物根际细菌的群落结构组成表现为芨芨草和柽柳相似,柳枝稷、苜蓿与枸杞相似,苦豆子则与另外5种差别最大。分离培养出的110株根际细菌多数具有较强的盐碱耐受性和一种以上生物学活性,分别隶属于芽孢杆菌属、假单胞菌属、鞘氨醇杆菌属、节杆菌属和中华根瘤菌属,在属水平上多样性单一,其中芽孢杆菌属是优势属。传统的分离培养和高通量测序结果都反映出银北地区盐渍化土壤中定殖着许多有重要生态功能的微生物类群,可用于进一步筛选和利用根际微生物改良盐碱土壤。     

香山黄栌叶片内生细菌的分离与鉴定

通过微生物培养方法对北京香山黄栌叶片内生细菌进行分离及筛选,共得到81株内生细菌,经形态学观察、16S rDNA扩增及系统发育分析,将其归为变形菌门(Proteobacteria)中的欧文氏菌属(Erwinia)和志贺氏菌属(Shigella);厚壁菌门(Firmicutes)中的芽孢杆菌属(Bacillus)、柯恩氏菌属(Cohnella)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)和葡萄球菌属(Staphylococcus);放线菌门(Actinobacteria)中的短小杆菌属(Curtobacterium)。这是国内外首次利用培养方法针对黄栌叶片内生细菌进行研究的报道。     

中国白块菌-攀枝花块菌子囊果内可培养细菌的多样性研究

对新近发现的块菌属一新种-攀枝花白块菌（Tuber panzhihuanense）子囊果中可培养细菌的多样性进行了研究。采用胰蛋白大豆培养基（TSA）对菌株进行分离。用毛细管电泳（HPCE）对所有获得的菌株的16SrDNAV3高变区进行筛选获得不同条带大小的菌株,对筛选出的菌株的16SrDNA进行测序．并进行细菌多样性分析和研究。结果显示,攀枝花块菌子囊果内可培养细菌在数量及种类上都表现出很高的多样性,所有细菌分属于5个门的11个属和20个种。在所分离到的变形菌门的细菌中,数量最多的菌株（49．68％）属于γ-Proteobacteria,其中假单胞菌属的Pseudomonas lurida为优势类群;其次为d．Pro．teobacteria,占37．42％,其中以固氮菌Bradyrhizobium japonicum和Phyllobacteriumspp．为优势类群。其余的菌株属于放线菌门（Actinobacteria）（3．22％）和厚壁菌门（Firmicutes）（7．74％）,厚壁菌门中以芽孢杆菌属（Bacillus）为代表菌群。酸杆菌门中的Terriglobus roseus（1．94％）首次从块菌中分离获得。     

珠穆朗玛峰北坡可培养石生细菌多样性及抗紫外辐射能力

【背景】珠穆朗玛峰地区具有寒冷低温、强辐射等极端环境条件,珠穆朗玛峰北坡石生微生物研究未见报道。【目的】针对珠穆朗玛峰北坡石生微生物开展研究,阐明珠穆朗玛峰北坡石生生境中可培养细菌多样性,开发珠穆朗玛峰北坡抗紫外辐射菌株资源。【方法】通过可培养法、16S rRNA基因序列分析方法以及紫外辐射筛选对珠穆朗玛峰北坡可培养石生细菌多样性以及抗紫外辐射能力进行研究。【结果】从珠穆朗玛峰北坡石生生境中共分离获得52株石生细菌,归类为放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes),其中放线菌门和变形菌门为优势菌门,鞘脂单胞菌属、节杆菌属、链霉菌属为优势菌属,有2株菌为潜在新种。从已分离鉴定菌株中筛选出了2株抗紫外辐射能力较高的菌株,分别是芽孢杆菌属菌株ZFBP4009和链霉菌属菌株ZFBP1009。【结论】珠穆朗玛峰北坡石生环境蕴含多样性丰富的石生细菌,所分离菌株抗紫外辐射能力突出,为揭示相关极端环境下微生物的分布特征及极端环境微生物资源开发提供了数据支持及菌株资源。     

野生大鲵肠道细菌多样性及产酶活性研究

[目的]纯培养分离大鲵肠道细菌并研究其多样性及产酶活性。[方法]分离大鲵肠道细菌并进行胞外淀粉酶、蛋白酶、纤维素酶和脂肪酶活性研究,并应用16S rRNA系统发育分析对菌落进行分子鉴定。[结果]纯培养分离得到65株细菌,产酶活性结果表明:62株产蛋白酶、46株产淀粉酶、61株产纤维素酶、2株产脂肪酶。将65株细菌16S rRNA序列扩增并进行RFLP分析后选取33株进行测序,可划分为2个门5个属:变形菌门(Proteobacteria)占总数的54.5%,分为普罗维登斯菌属(Providencia)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter);厚壁菌门(Firmicutes)占总数的45.5%,分为漫游球菌属(Vagococcus)、芽孢杆菌属(Bacillus)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus)。[结论]大鲵肠道细菌产酶活性,分离出的细菌多样性丰富进行测序的肠道细菌可分为2门5属。     

毛竹根际可培养微生物种群多样性分析

[目的]为了了解天然毛竹林根际可培养微生物种群的多样性信息,[方法]采用稀释平板法,对浙江天目山和重庆缙云山天然毛竹林根际细菌和放线菌进行了分离,并对其16S rDNA序列进行了分析.[结果]分别从天目山和缙云山天然毛竹林根际分离得到51株和31株菌落形态差异的细菌和放线菌.16S rDNA序列分析表明,天目山和缙云山毛竹根际细菌主要包括厚壁菌门(Firmicutes,分别为40%和58%)、放线菌门(Actinobacteria,分别为36.7%和10.52%)、变形菌门-亚群(Alphaproteobacteria,分别为10%和5.26%)和变形菌门 --亚群(Gammaproteobacteria,分别为10%和26.32%),其中芽孢杆菌属(Bacillus sp.)为共同的优势菌属(分别为34.38%和42.11%).分离的菌株中,B188、B171和B152等6株与GenBank中已报道16S rRNA基因序列的相似性从90%到96%不等,可能代表着新属或种.[结论]这表明,天然毛竹林根际具有较为丰富的可培养微生物种群多样性,并存在一些潜在的新的微生物菌种资源.     

Ugan古河道胡杨可培养内生细菌的多样性

摘要：【目的】为了了解塔河废弃古河道胡杨可培养内生细菌的多样性。【方法】从2棵胡杨树干部抽出其内存液,采用三种不同的培养基对样品的内生细菌进行了分离纯化;对它们进行16S rDNA测定和系统进化分析。【结果】分离纯化不同表型的细菌62株,对它们的16S rDNA序列分析表明,62株菌分别属于四个大类群;厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门(Actinobacteria)、α-变形菌纲(Alpha Proteobacteria) 、γ-变形菌纲(Gamma Proteobacteria),18个属,32个种;芽孢杆菌属和假单胞菌属是胡杨可培养内生细菌的优势细菌种群,它们分别占已测种群的40.32%、16.13%。其中菌株KTH-63为葡萄球菌科的潜在的新属新种,它与最近源菌株的16S rDNA序列相似率为92.491%;9株菌KLH-21、KLH-1、KTH-8、KTH-14、KNA-26、KLH-18、KTH-20、KNA-3、KLH-25是潜在的新种（16S rDNA相似率为96.089 %-97.769 %）,胡杨树干内存液中潜在新种的发现率高达总分离检测菌株的16.13 % 。本研究获得的胡杨可培养内生细菌的群落结构数据给植物内生细菌新增了10个属,18个种。【结论】胡杨具有多样性极其丰富的可培养内生细菌菌种资源,土著新种的发现频率超出了预期,胡杨可培养内生细菌的群落结构极大地刷新了植物内生细菌的种群记录,极具进一步发掘的潜力。     

阿南原等跳肠道细菌的分离鉴定及降解纤维素细菌的筛选

【目的】本研究旨在确定阿南原等跳Proisotoma ananevae成虫肠道细菌的组成,并筛选降解纤维素细菌。【方法】运用传统培养与16S rDNA测序相结合方法,分离鉴定阿南原等跳成虫肠道内可培养细菌;通过羧甲基纤维素钠筛选培养基(CMC)筛选能够降解纤维素的细菌,并采用3,5-二硝基水杨酸(DNS)法测定不同pH(5.0~9.0)下的纤维素酶活力。【结果】从阿南原等跳成虫肠道共分离到20种不同的菌株,隶属于厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Acinobacteria)3门的10属,即葡萄球菌属Staphylococcus,芽孢杆菌属Bacillus,Terribacillus,Advenella,赖氨酸芽孢杆菌属Lysinibacillus,节杆菌属Arthrobacter,肠杆菌属Enterobacter,Glutamicibacter,无色杆菌属Leucobacter和不动杆菌属Acinetobacte;另有1株未鉴别细菌。10株纤维素降解细菌分别隶属于厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Acinobacteria)2门的6属,即无色杆菌属Leucobacter,芽孢杆菌属Bacillus,Terribacillus,赖氨酸芽孢杆菌属Lysinibacillus,节杆菌属Arthrobacter和Glutamicibacter。酶活力测定结果显示所有纤维降解素菌株在pH 7.0~9.0之间纤维素酶活性均相对较高,且pH 8.0时酶活力最高。【结论】结果说明,阿南原等跳成虫肠道内存在复杂的细菌结构,在偏碱性条件下降解纤维素的细菌酶活力要高于酸性条件下的酶活力;跳虫作为生态系统中的分解者,其肠道内大量降解纤维素细菌的存在不仅有助于跳虫利用环境中的大分子有机物满足自身的营养等需要,同时对于饲料及工业生产也具有一定的应用价值。     

北欧海海水可培养细菌多样性

【目的】为了解北欧海表层海水可培养细菌多样性与所在水文环境的关系。【方法】利用2216E、R2A和海水培养基对该海域暖流区、寒流区、海盆区及交汇区等多个区域不同站位的表层海水样品中的可培养细菌进行分离培养,通过16S r RNA基因测序对分离的菌株进行分类鉴定,并构建系统发育树进行系统发育分析。【结果】从北欧海表层海水中共分离到407株细菌,通过RFLP分析选取其中154株进行测序,结果表明此154株细菌分属于3个门,18个属,27个种。3个门包括变形菌门、厚壁菌门和放线菌门,优势属为假交替单胞菌属、嗜冷杆菌属等,优势种为食琼脂假交替单胞菌、海雪嗜冷杆菌等,并分离到闪烁交替单胞菌等多株嗜冷菌。比较不同区域的微生物多样性可以看出,γ-变形菌纲的细菌在各个区域均占较高比例。交汇区的细菌多样性最高,分离到了10个不同属的细菌,而海盆区细菌多样性最低,只分离到了4种。除了海盆区外,其他3个区域的样品中都分离到了特有的类群。【结论】从以上结果可以看出,北欧海域有较为丰富的微生物资源,且交汇区微生物多样性较其他区域高。     

牛蒡根际可培养细菌多样性和镉耐性初步分析

从牛蒡根际土壤中分离可培养细菌,进行多样性分析,并对镉耐受性菌株进行筛选及其抗性和种群多样性进行了分析。限制性内切酶多态性分析显示,分离的菌株可分为9个操作分类单元(OUT),分别属于变形菌门、厚壁菌门和放线菌门,分属于6个科,9个属,其中隶属于肠杆菌属、芽胞杆菌属和假单胞菌属的是优势物种。分离到的耐镉菌株分别属于Bacillus subtilis、Enterobacter aerogenes、Enterobacter ludwigi、Klebsiellasp.、Pectobacterium carotovorum、Pseudomonassp.,而Pectobacterium carotovorumNP22、Enterobacter ludwigii NP23、Pseudomonassp.NP39三菌株可在Cd2+浓度为400 mg/L固体培养基上生长。     

橘小实蝇雌雄成虫生殖系统中可培养细菌的分离鉴定

本研究分离鉴定了来自赣南脐橙基地橘小实蝇Bactrocera dorsalis (Hendel)雌性和雄性成虫生殖系统中的可培养细菌.采用LB培养基分离纯化和菌株16S rRNA基因序列分析相结合的方法,从饲养10 d的橘小实蝇雌雄成虫生殖系统,获得15株具有不同表观特征的细菌,分属变形菌门Proteobacteria、拟杆菌门Bacteroidetes、放线菌门Actinobacteria和厚壁菌门Firmicutes.橘小实蝇雌雄成虫生殖系统共同拥有4个相同属,分别是不动杆菌属Acinetobacter、苍白杆菌属Ochrobactrum、金黄杆菌属Chryseobacterium和芽孢杆菌属Bacillus.雌性成虫特有无色杆菌属Achromobacter、剑菌属Ensifer、鞘脂杆菌属Sphingobacterium、微杆菌属Microbacterium和细球菌属Micrococcus;雄性成虫特有假单胞菌属Pseudomonas和拟杆菌属Bacteroides.其中,不动杆菌属菌株数量最多,分别占雌、雄成虫生殖系统菌株数量的35.00％和31.58％,为橘小实蝇生殖系统可培养的优势细菌属.橘小实蝇雌性和雄性成虫生殖系统的内生细菌存在差异,为研究橘小实蝇性别与内生细菌的协同进化提供信息,也为分析内生细菌在橘小实蝇生殖系统中的功能奠定基础.     

广东南岭森林土壤中可培养细菌多样性

广东南岭森林土壤中蕴藏着丰富的生物资源,但对其中的可培养细菌种类仍缺乏系统了解。本研究采用贫营养型的R2A培养基和富营养型的TSA培养基对南岭森林土壤中细菌进行了分离,获得细菌408株,分别从属于厚壁菌门、变形菌门、放线菌门和拟杆菌门的35属。其中的优势类群为厚壁菌门,占分离总数量的71%。在属水平,芽胞杆菌及其近缘属为优势类群。除芽胞杆菌外,假单胞菌、伯克霍尔德氏菌、草酸杆菌科Collimonas属和罗丹诺杆菌科Dyella属是分离获得的主要类群。R2A培养基在分离革兰氏阴性的变形菌门菌株方面表现出一定的偏好性,而TSA培养基分离得到的更多为快速生长的芽胞杆菌及其近缘的革兰氏阳性细菌。发现了15属的菌株具有一定的水解酶活性,大多表现出对淀粉和牛奶的水解活性,对有机磷的水解性能优于对无机磷的水解。降解纤维素的菌株则主要集中于芽胞杆菌及其近缘属中。发现了潜在新物种26株,分布于芽胞杆菌、Dyella、类芽孢杆菌等9属中。本研究仅使用了两种营养类型的培养基,进一步借助培养组学技术有望能更加全面反映南岭森林土壤中的可培养微生物多样性。