桂越边境地区蝙蝠病毒组研究

桂越地区包括越南和我国广西,地理位置的战略意义突出,该地区蝙蝠资源丰富,且越南境内的蝙蝠携带多种人兽共患病毒.为了监测桂越边境地区蝙蝠病毒的跨境传播,防范蝙蝠病毒引发新发传染病,掌握该地区蝙蝠携带病毒的病原本底和重要病毒遗传进化特征具有重要意义.本研究在桂越边境采集蝙蝠样本并对其进行病毒宏基因组学分析,结果发现了49个科的病毒,包括脊椎动物病毒、植物病毒、昆虫病毒和噬菌体.根据病毒宏基因组学结果,对注释到的嗜肝DNA病毒、博卡细小病毒、A型轮状病毒、星状病毒、弹状病毒和冠状病毒进行检测和进化分析,结果发现星状病毒广泛分布,且具有丰富的遗传多样性;其他病毒则呈局部分布,其中嗜肝DNA病毒、冠状病毒、轮状病毒与各自参考毒株进化关系较近,为这些病毒的变异毒株;而博卡细小病毒和弹状病毒与已知病毒具有很明显的遗传差异性,可能为病毒新种;值得注意的是,发现的蝙蝠轮状病毒与广西当地人轮状病毒具有很高的同源性,提示该病毒的跨种传播和基因重排.本研究获得了桂越边境地区蝙蝠携带病毒的本底数据以及部分重要病毒在该地区蝙蝠中的流行情况和遗传进化特征,为监测蝙蝠病毒的跨境传播、防范新发病毒病提供了重要的基础数据.     

中国部分地区蝙蝠携带病毒的宏基因组学分析

蝙蝠携带有60多种病毒,其中许多对人有高度致病性.为了解中国蝙蝠携带病毒的自然本底、蝙蝠病毒的多样性和挖掘潜在的病毒病原,通过基于Solexa高通量测序的病毒宏基因组学技术对从吉林、云南、湖南采集的蝙蝠组织进行病毒组学研究,获得了11 644 232条读长(Reads),并拼接出44 872条重叠序列(Contig).通过核酸序列注释发现,其中8.2％(4 002/44 872)的重叠序列与病毒相关,能进一步注释到36个病毒科,包括19种脊椎动物病毒、6种植物病毒、4种昆虫病毒和4种噬菌体.通过对重叠序列的遗传进化分析、多序列比对显示,被注释为细小病毒、腺联病毒、博卡病毒、腺病毒、小双节RNA病毒等的重叠序列与已知病毒相似,部分序列却又呈现出明显的序列差异.通过对腺病毒和博卡病毒进一步的PCR扩增证实了此研究方法可靠.旨在了解我国蝙蝠携带病毒组的构成,对建立高效的野生动物源人兽共患病的监测方法提供参考.     

中国广西龙虎山野生猕猴粪便的病毒宏基因组学分析

非人灵长类携带的病毒种类繁多,其中部分对人具有致病性。为深入了解我国野生猕猴携带病毒的状况,本研究应用MiSeq高通量测序及生物信息学分析技术,对从广西采集的280份猕猴粪便标本进行了病毒宏基因组学的分析。高通量测序共获得了233 726 79条读长(Reads),其中4641条序列与病毒相关,进一步注释到27个病毒科(包含细小病毒科中的细小病毒亚科和浓核病毒亚科),包括其中5种脊椎动物病毒(占78.2%)、6种昆虫病毒(占5.5%)、11种植物病毒(占10.4%)、其他的病毒(占9.8%);遗传进化分析结果显示,被注释为萨佩罗病毒、肠道病毒、细小病毒、腺相关病毒等序列与已知病毒相似,部分序列呈现明显的差异;应用PCR扩增进一步证实了病毒序列的真实存在。本研究初步确定了广西地区猕猴粪便中病毒的病毒谱,为深入分析和研究其中有潜在公共卫生意义的病毒奠定了基础。     

云南蝙蝠轮状病毒的分离与鉴定

蝙蝠是携带人兽共患病毒最多的一种哺乳动物,调查蝙蝠携带病毒的病原生态学本底对防范蝙蝠病毒威胁人类健康具有重要意义。本研究采集云南省部分地区蝙蝠进行病毒宏基因组学分析,在一组食虫蝙蝠样品中发现了A群轮状病毒(Group A rotaviruses,RVA)序列,经过进一步RT-PCR筛查验证及病毒的分离鉴定,最终从勐远县的1只三叶蹄蝠中分离出一株轮状病毒。扩增该毒株的VP7与VP4基因进行分型与系统进化分析,结果表明其VP7基因为G3型,与来自阿根廷的1株马轮状病毒的同源性最高,为93%;其VP4基因为P[10]型,与来自泰国的1株人轮状病毒同源性最高,为94.8%。通过与本实验室之前分离的首株蝙蝠G3P[3]型轮状病毒MSLH14的比较,确定该毒株为一株新的蝙蝠轮状病毒,命名为RVA/Bat-tc/MYAS33/2013/G3P[10],简称MYAS33。本研究结果进一步证明了蝙蝠轮状病毒的多样性,突显了蝙蝠作为轮状病毒潜在宿主的重要性。     

山东省嘉祥县鼠类肠道病毒组分析

鼠类是重要的病毒储存库和多种病毒的自然宿主,是对人类病毒传播极具威胁的野生动物之一,因此对鼠类携带病毒进行研究并挖掘其携带新病毒对于病毒病的防治具有重要意义。本研究于2016年在山东省嘉祥县采集99只褐家鼠、仓鼠和黑线姬鼠肠道内容物,通过高通量测序对其病毒组成进行研究。分析结果显示,采集的鼠类样本携带病毒主要包括冠状病毒科、呼肠孤病毒科、星状病毒科、小RNA病毒科、小双节病毒科、圆环病毒科、细小病毒科等。挑选可能与疾病相关的病毒进行进一步的序列分析和进化分析。分析结果显示,本研究中发现的冠状病毒为甲型冠状病毒属,与中国浙江发现的Lucheng-19病毒株和英国UKRn3病毒株具有共同祖先;本研究还发现包括Rosavirus、Rabovirus和Kobuvirus三个种在内的6株小RNA病毒科病毒,其中Rabovirus包含4株序列差异较大的病毒株,表明小RNA病毒在鼠类中具有丰富的基因多样性。研究发现该地区鼠类中同时流行多株星状病毒,表明极其丰富的基因多样性,系统发育分析显示,其中1株与猪的星状病毒4型聚在一起,提示可能的跨种传播。此外,样本中发现一株G3P[3]型A组轮状病毒,其VP4和VP7基因与猴的病毒株具有90%左右核苷酸同源性,而其余片段与鼠类的片段同源性最高,说明该病毒株可能是一株猴-鼠重配病毒株。本研究的鼠类病毒组数据为我国提供更丰富的本底资料,为我国应对相关的新发传染病提供了基础数据支持。     

家养动物体表蜱中发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒分离及鉴定

为了解发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒(SFTSV)的传播机制,采集了山东疫区家养牛、羊和狗等动物体表蜱,分类鉴定后,通过Real-time PCR筛查、病毒分离培养和基因组序列分析等方法分离鉴定蜱中的病毒。所采集的蜱,以长角血蜱为主,占91.4%。其中3头SFTSV核酸检测阳性,阳性率为2.14%,并在其中一份羊体表蜱标本中分离到SFTSV病毒,命名为SDLZTick12。序列分析显示与我国在不同省份患者标本中分离的病毒全基因序列具有高度同源性,且病毒的抗原性和生长特性与人源病毒相同。本研究首次在山东疫区蜱中分离到新型布尼亚病毒,并与人源病毒进行了系统比较研究,提示蜱可能为该新病原体的传播媒介,对疾病的防控具有重要的指导意义。     

江苏泰州地区HIV感染人群的血浆病毒群落研究

为探讨人类免疫缺陷病毒(Human immunodeficiency virus,HIV)感染人群血浆病毒群落组成,分析HIV感染人群血浆病毒群落的特点,研究病毒载量对HIV感染人群血浆病毒群落的影响,本研究通过Miseq高通量测序,对江苏泰州地区203份HIV感染人群的血浆样本进行了病毒宏基因组学分析。结果显示,高通量测序共得到243824条注释为病毒的序列,可注释到至少17个不同的病毒科(包括未分类病毒),包括12种哺乳动物类病毒(占99.87%),2种昆虫病毒(占0.05%),1种植物病毒(占不到0.01%),2种其他病毒(占0.02%)及未分类病毒;检出HIV病毒载量组的病毒群落中占据主导地位的是细小病毒科,其次是黄病毒科和指环病毒科,未检出病毒载量组中的主要病毒为黄病毒科,其次为指环病毒科和细小病毒科;系统进化分析显示,注释为细小病毒的序列与已知病毒的同源性较高,而注释为指环病毒和人佩吉病毒的序列中有部分序列与已知病毒同源性较高,另有部分序列与已知病毒的差异较大,疑似有新型病毒的存在;应用PCR扩增对部分病毒序列进行验证,将验证后的部分序列与原始序列进行比对,一致性达到近99%。     

广东沿海地区拟穴青蟹呼肠孤病毒和双顺反子病毒-1 的分子流行病学调查

运用双重巢式PCR 方法于2014 年10 月和11 月份对广东省阳江市、台山市、中山市、惠州市(大亚湾地区、惠东地区)、汕尾市(东涌地区、红海湾地区)等主要拟穴青蟹(Scylla paramamosain)养殖地区的青蟹呼肠孤病毒(mud crabreovirus, MCRV)和青蟹双顺反子病毒-1(mud crab discistrovirus-1, MCDV-1)流行情况进行检测调查和序列分析。结果表明在调查的地区中, 60%-100%的拟穴青蟹至少携带一种病毒。10 月份阳江地区、台山地区、中山地区、汕尾东涌和汕尾红海湾地区拟穴青蟹MCRV 携带率分别为71.42%、68.97%、70%、72.41%和64%, MCDV-1 携带率分别为61.29%、24.14%、63.33%、13.79%和12%; 各地区两种病毒双重感染率均在50%以下。11 月份阳江地区、台山地区、中山地区、惠州大亚湾地区和惠州惠东地区拟穴青蟹MCRV 携带率分别为50%、95.65%、100%、93.1%和82.76%, MCDV-1携带率分别为10%、100%、93.1%、37.93%和27.59%, 台山和中山地区地区两种病毒双重感染率均在90%以上, 惠州、汕尾地区以单独感染为主。五个地区获得的27 株MCRV 序列中, 各个地区内获得的核酸序列同源性均在99.2%-100%之间, MCRV 序列遗传进化基本无地域差异; 获得35 株MCDV-1 序列中, 各个地区内获得的核酸序列同源性均在91.4%-100%之间, MCDV-1 序列遗传进化出现一定的地域差异。     

新疆乌拉尔田鼠细环病毒的分析与鉴定

啮齿动物是当前种类最多和分布最广的哺乳动物,也是重要的人兽共患病原自然宿主之一。新疆作为我国畜牧业大省,啮齿动物种类繁多,鼠害不仅严重破坏该地区牧场,其携带的病毒也对人类健康造成了潜在威胁。掌握新疆啮齿动物携带未知病毒的种类,为防范啮齿动物源人兽共患病提供参考依据。对采集自新疆阿克苏市的12只乌拉尔田鼠的心、肝、脾、肺、肾等脏器进行病毒宏基因组学分析,根据其结果对细环病毒进行了PCR检测和全基因分析。从6只(50%)乌拉尔田鼠的不同脏器中检测到了细环病毒,包括两个基因型(A1和A2),全长为2 220~2 232nt,编码四个开放阅读框。遗传分析发现该病毒开放阅读框1与英国啮齿动物细环病毒1型同源性最高,为80%,而与其它已知指环病毒同源性低于42.3%。依据国际病毒分类委员会新种判断标准,本研究发现的病毒和啮齿动物细环病毒1型同为该病毒科的一个新种,且属于不同的两个亚种,本研究为了解细环病毒自然多样性和进化动态提供了基础数据。