川陕哲罗鲑Cyt b基因克隆及其在鲑亚科中的系统发育关系

采用聚合酶链式反应克隆川陕哲罗鲑Hucho bleekeri线粒体细胞色素b基因 (Cyt b),首次报道该基因的全长序列(1140 bp,GenBank 登录号FJ597623),并与鲑亚科中其他5属14个物种的Cyt b基因进行同源性比较,分析了碱基组成和变异情况,以白鲑亚科的白鲑Coregonus lavaretus作为外群构建了ML、NJ和MP系统发育树.遗传距离和分子系统学分析表明,川陕哲罗鲑与细鳞鲑属的细鳞鱼Brachymystax lenok之间的遗传距离相对较小(8.47%),在系统发育树上两者聚在一起,提示川陕哲罗鲑与细鳞鱼存在较近的亲缘关系,该结果与以往的形态学分类不相符.     

濒危物种川陕哲罗鲑在汉江上游太白河再发现

正川陕哲罗鲑(Hucho bleekeri)隶属于鲑形目(Salmoniformes)鲑科(Salmonidae)哲罗鲑属,是我国特有物种,主要分布在29°~33°N秦岭以南长江流域北侧一级支流岷江水系和汉江水系的上游山区激流环境中,是欧亚大陆鲑鳟鱼类中分布纬度最低的种类。20世纪60年代以前,川陕哲罗鲑资源还较丰富,在岷江上游的干流、大渡河、青衣江及其附属支流均有分布。20世纪60年代以后,受环境恶化、过度捕捞等影响,资源量锐减,分布区域不断缩     

以川陕哲罗鲑为目标物种的水样环境DNA分析流程的优化

水样环境DNA分析包括水样采集、DNA提取和分析等流程,已成为监测濒危水生生物种群分布调查的重要手段.为减少在监测目标物种尤其濒危物种中的不确定性,对水环境DNA分析流程的优化至关重要.本研究以川陕哲罗鲑为目标物种,采用滤膜法采集养殖池中的水样,设计了 250 mL、500 mL、1 L和2 L等4种水样采集量,分别采用 PoweWater DNA Isolation kit和DNeasy Tissue and Blood DNA extraction kit 提取水样环境DNA(eDNA),使用物种mtDNA D_loop区特异性引物进行PCR扩增,通过研究滤膜法、水样采集量和水样DNA提取方法对水样eDNA中目标基因检出率的影响,探索适宜的eDNA分析操作方案.结果表明: 使用DNeasy Tissue and Blood DNA extraction kit提取的水样DNA中目的基因的检出率为100%,效果明显优于PoweWater DNA Isolation kit(目标基因的检出率为0);目标基因扩增条带的亮度随水样采样量的增加而增加,其中2 L水样目标基因的扩增效果较理想;序列比对结果显示,本试验从水样DNA中成功扩增得到了川陕哲罗鲑mtDNA Dloop区部分序列.表明DNA提取方法和水样采集量对目标物种的检出率有显著的影响,滤膜法、2 L水样采集量、DNeasy Tissue and Blood DNA extraction kit更适宜进行水样的DNA分析,mtDNA D-loop区可作为川陕哲罗鲑识别的特异性分子标记.     

不同开口饵料对川陕哲罗鲑仔鱼生长和存活的影响

分别采用水丝蚓Limnodrilus sp.、丰年虫Artemia salina、鲫鱼Carassius auratus卵和2种不同配方的人工饲料饲养川陕哲罗鲑Hucho bleekeri开口仔鱼(20日龄),研究不同开口饵料对川陕哲罗鲑仔鱼生长和存活的影响。结果表明:在仔鱼开口后的0~10 d内,丰年虫投喂的川陕哲罗鲑仔鱼生长速度显著高于其他试验组,15~20 d丰年虫组仔鱼出现负增长(-0.38%),而10 d以后2个饲料组的生长速度迅速提升。在整个试验期内,水丝蚓组和鲫鱼卵组的生长较为平稳,特定生长率均介于丰年虫组和2个饲料组之间。试验结束时,丰年虫组的存活率最高,为(91.11±5.09)%,水丝蚓组的存活率最低,为(43.33±6.67)%。基于本试验的结果和川陕哲罗鲑的摄食特性,推荐最适的开口投喂方案为:0~10 d投喂丰年虫,10 d后逐步添加人工饲料进行转食。     

物种分布区特征及其对生物多样性保育的意义

物种分布区表征物种所能分布的最大面积和最大范围,是物种重要的生态学和进化学特征,是生态学和生物地理相关学科最基本和最重要的研究内容之一.近20年来,基于更精确的数据和更先进的分析技术,物种分布区研究非常繁荣.在不同尺度、区域和类群的研究发现,物种分布区差异巨大,小分布区的物种多于大分布区的物种,物种分布区特征受物种扩散能力、种群密度、个体大小、气候、地形及土壤等因子的影响.在将来的研究中,需要更精确的大尺度物种分布数据,以生物自然地理区为研究对象,来探索物种分布区的格局及成因.物种分布区可以作为物种濒危状况的一个指示特征,指导保育策略的制定,但是具体的应用方式还需要在典型物种和典型区域上进一步探索.     

海南岛泛树蛙属(两栖纲:无尾目:树蛙科)物种的形态特征鉴定及其多样性研究

泛树蛙属Polypedates物种形态特征较相似,分布范围广,分布区部分重叠,对该属物种的分类鉴定与分布一直存有疑议。海南岛有泛树蛙属物种分布,但目前尚无该区域泛树蛙属物种多样性及其分布的系统调查,是否具有隐存种尚不清楚。2015年7月—2017年7月,根据海南岛的地形,在全岛范围内选取了30个泛树蛙属物种地理种群,采集了256号标本。通过对115号成体标本形态特征的比较及分子系统发育关系的研究,确认海南岛泛树蛙属物种只有斑腿泛树蛙P. megacephalus和无声囊泛树蛙P. mutus,未发现隐存种。斑腿泛树蛙为全岛广布性物种,无声囊泛树蛙仅分布于海南岛中南部山区。此外,体型、体侧斑点及其后半部网纹、股后部斑点和胫跗关节前伸至眼/鼻/吻端的位置等特征可作为稳定且典型的鉴别特征。形态特征鉴定结果与分子数据鉴定结果一致,该特征可为其他分布区这2个物种的分类鉴定提供参考。     

神农架龙门河地区基于植被的GAP分析

基于MapInfoProfessional 6 .0软件和野外调查所积累的资料 ,首先找出最佳“投资 效益比”的珍稀濒危物种密集分布区。随后 ,利用GAP分析的方法 ,对龙门河地区现状植被类型图、管理规划图、珍稀濒危物种密集分布区图进行了叠加分析 ,结果表明 :该地区规划管理的gap主要由 3部分组成 ,即原管理方法中不限制人为干扰的区域、原保护区域内没有包含的自然植被类型所属分布区、珍稀濒危物种密集分布区中没有禁止人为干扰的区域。其总面积为 1 736hm2 ,占龙门河地区总面积的 36 .81 %。综合考虑对植物多样性的保护及当地居民的生活所需 ,为该地区今后的管理重点提出了合理化建议     

物种分布区研究进展

近 10年来 ,分布区已成为宏观生态学的一个重要概念 ,分布区不仅与物种绝灭、生态入侵、生态位幅度密切相关 ,而且还与地方种群密度以及物种多样性的纬度梯度有关。本文总结了近年来物种分布区研究的一些重要进展。研究表明 :1)物种的地理分布与地方种群密度呈正相关是具有普遍意义的生物地理现象 ,但这一关系受到物种的历史、物种的迁移特性和取样大小等因素的影响 ;2 )尽管物种分布区大小的纬度梯度———Rapoport规律有时并不成立 ,但依然具有重要的生物地理学意义 ,并被推广到山体海拔梯度和海洋深度梯度 ;3)分布区大小、地方种群密度、物种绝灭、生态位幅度、物种多样性的纬度梯度以及Rapoport规律是彼此相关和相互影响的 ,简单的正相关或者负相关不能描述彼此间真实的关系 ;4 )如何从理论上解释地理分布与地方种群的关系、Rapoport规律以及物种多样性的纬度梯度是目前生物地理学争论的焦点。     

康定市鱼类多样性野外调查与评估全文替换

2017年春季和夏季调查了康定市大渡河和立曲河水系鱼类多样性及分布,采用Margalef丰富度指数、Shannon-Wiener多样性指数、Pielou’s均匀度指数评估康定市鱼类多样性状况及主要威胁因素。调查结果表明,康定市域内共分布鱼类45种(亚种),隶属于3目8科22属,其中8种为外来种,37种为自然分布的土著鱼类。组成上以鲤形目Cypriniformes鲤科Cyprinidae的裂腹鱼亚科Schizothoracinae和条鳅科Nemacheilidae为主,占土著鱼类总物种数的78.37%。珍稀濒危鱼类共14种,川陕哲罗鲑Hucho bleekeri是国家一级重点保护野生鱼类。中国特有种25种。为加强康定市鱼类多样性保护与管理,建议加强流域层面的鱼类本底调查,建立重点物种栖息地保护区域,加强保护宣传,规范放生等。     

普雄原鲵初步调查

普雄原鲵Pseudohynobius puxiongensis是依据1965年获得的单号标本描述订立的新种,目前仅见于我国大凉山极狭窄区域,是该高寒地区唯一的五趾小鲵科动物。调查小组根据相似分布区及访问线索,于2007—2014年间相继发现普雄原鲵个体(包括成体、幼体和卵袋)和3处栖息地。实地调查面积超过60 km2,其中潜在分布区约400 000 m2,发现普雄原鲵实际生存面积仅3425 m2。3处栖息地海拔2770~3000 m,地处彝族聚集区和牧区草场,主要生境是高山草甸和灌丛、高原山涧、小浸沟及其水坑、小水潭。栖息地分布有茂密的箭竹林、杜鹃丛和草丛等,较好地提供了荫蔽的环境。本次调查发现普雄原鲵成体20尾,幼体157尾,卵袋16对;3处栖息地的种群数量和种群密度相差较大。各栖息地受到不同程度的人为干扰和牲畜干扰。较之其他同类动物,普雄原鲵野外种群数量极其稀少。     

Estimating the inbreeding level and genetic relatedness in an isolated population of critically endangered Sichuan taimen (Hucho Bleekeri) using genome‐wide SNP markers

Sichuan taimen (Hucho bleekeri) is critically endangered fish listed in The Red List of Threatened Species compiled by the International Union for Conservation of Nature (IUCN). Specific locus amplified fragment sequencing (SLAF‐seq)‐based genotyping was performed for Sichuan taimen with 43 yearling individuals from three locations in Taibai River (a tributary of Yangtze River) that has been sequestered from its access to the ocean for more than 30 years since late 1980s. Applying the inbreeding level and genetic relatedness estimation using 15,396 genome‐wide SNP markers, we found that the inbreeding level of this whole isolated population was at a low level (2.6 × 10^?3 ± 0.079), and the means of coancestry coefficients within and between the three sampling locations were all very low (close to 0), too. Genomic differentiation was negatively correlated with the geographical distances between the sampling locations (p < .001), and the 43 individuals could be considered as genetically independent two groups. The low levels of genomic inbreeding and relatedness indicated a relatively large number of sexually mature individuals were involved in reproduction in Taibai River. This study suggested a genomic‐relatedness‐guided breeding and conservation strategy for wild fish species without pedigree information records.     

2006-2016年岷江上游植被覆盖度时空变化及驱动力

基于MODIS NDVI遥感数据,采用像元二分模型估算岷江上游植被覆盖度,运用一元线性回归分析和稳定性分析方法,研究2006-2016年岷江上游植被覆盖度时空变化格局及稳定性,并分段讨论2008年"5.12汶川地震"对岷江上游植被的破坏程度以及震后植被恢复情况,利用地理探测器模型对岷江上游植被覆盖度影响因子及影响力进行探测,分析岷江上游植被覆盖度变化驱动力。结果表明：（1）2006-2016年岷江上游植被覆盖整体状况良好,植被覆盖总体情况较为稳定,多年平均植被覆盖度为0.79,植被覆盖度大于0.8的区域占整个岷江上游地区面积的69%。（2）2008年"5.12汶川地震"给整个岷江上游植被造成了严重的破坏,植被覆盖度退化区域面积为14013.41 km²,占整个岷江上游面积的57%,2008-2016年岷江上游植被恢复状况良好,植被覆盖度改善区域面积为17390.69 km²,占整个岷江上游面积的71%,岷江上游植被覆盖度已经超过震前水平。（3）岷江上游植被覆盖度主要受海拔、气温、土壤类型、降水4个因子的影响,其解释力均在40%以上;地貌类型、植被类型的解释力在20%-40%之间;坡度、坡向的解释力均小于1%。     

华东中南部山区淡水鱼类物种多样性及动物地理区划

为摸清华东中南部山区淡水鱼类物种多样性、阐明其在动物地理区划中的位置, 研究先后5次对本地区所属长江下游、鄱阳湖、钱塘江、瓯江、闽江和韩江水系的132个河段作了实地调查, 采集鱼类标本13000余尾。结合标本和历史文献的综合分析, 发现华东中南部山区自然分布的纯淡水鱼类有5目22科99属255种, 其中有鲤形目182种、鲈形目40种、鲇形目27种、合鳃鱼目4种和胡瓜鱼目2种。特有鱼类多达58种, 包括鲤科20种、虾虎鱼科17种、腹吸鳅科16种、鳅科2种, 及沙鳅科、爬鳅科和钝头科各1种, 主要发现于韩江(20种)、闽江(20种)和瓯江(16种)等南部水系。6个水系之间的物种相似度在50.8%—79.8%, 全部9种拟腹吸鳅属及7种缨口鳅属中的6种集中分布于本地及邻近区域。区系分析显示, 江河平原鱼类所占比例, 从北面水系的50.0%逐渐下降到南部水系的40.0%, 暖水性鱼类则从南部水系的32.5%下降至北面水系的15.6%。文章认为: 南岭—武夷山—洞宫山山脉是东洋区南东亚亚区华南小区与华东小区的分界线, 南面的闽江和韩江水系属于华南小区, 此线以北属于华东小区; 鉴于区域内特有种多又是属级分化中心等特点, 将包括闽江、韩江在内的福建及广东南部水系定名为华南小区的闽粤分区, 瓯江、钱塘江至长江下游水系定名为华东小区的浙苏皖分区, 鄱阳湖水系则是华东小区赣湘分区的一部分。     

岷江干旱河谷植物群落物种周转速率与环境因子的关系

通过对岷江干旱河谷植被及其环境因子的系统取样调查 ,采用β多样性指数 - Cody指数 ,从海拔、样带、群系、地形以及土壤养分、水分梯度上研究了该地区植物群落的物种周转速率。结果表明 :随海拔的升高 ,物种周转速率表现出“高 -低 -高”的变化规律。在海拔 130 0～ 16 0 0 m和 190 0～ 2 2 0 0 m这两个海拔段 ,物种平均替代速率均较高 ;而在 16 0 0～ 190 0 m海拔段 ,物种平均替代速率较低。β多样性在样带梯度上的变化表现为干旱河谷核心区的样带较南部和北部过渡区的样带有较高的物种周转速率 ,这与样带所处的环境条件有关。群系之间的β多样性表现为 :华帚菊 -小黄素馨灌丛、金花小檗 -忍冬灌丛、黄花亚菊灌丛、子栎灌丛、小花滇紫草灌丛、莸灌丛、绣线菊灌丛与其它灌丛之间有着较高的物种周转速率。坡面不同地形上的物种周转速率 :不同坡向 ,阴坡 >半阴半阳坡 >阳坡 ;不同坡形 ,凹坡 >平坡 >凸坡 ;不同坡位 ,下坡位 >上坡位 >中坡位。β多样性在土壤水分和养分梯度上的变化表现为与土壤水解 N、速效 K、全 N含量、全 P含量以及土壤含水量成显著的二次曲线关系 ,与土壤有机质和全 K含量也呈现出二次曲线关系 ,但关系不显著 ,与 p H值和速效 P之间没有明显的规律     

岷江上游鱼类及保护问题

岷江上游的鱼类曾有过较多的报道,但有效种的认定及种类混淆的问题至今未澄清。经调查该江段有鱼类28种。对其中6个有争议的种进行了讨论,同时述及了鱼类资源状况、影响因素及保护对策等问题。     

长江上游支流南广河的鱼类多样性及资源现状

南广河是长江上游一级支流, 为全面了解该河流的鱼类多样性, 作者于2017年11月至2018年9月在南广河干流及支流28个采样点进行了6次调查, 共采集鱼类64种, 隶属于5目13科48属, 其中四川省重点保护鱼类有鲈鲤(Percocypris pingi)和岩原鲤(Procypris rabaudi) 2种, 长江上游特有鱼类17种, 列入《中国脊椎动物红色名录》的濒危和易危的鱼类有9种。南广河现有分布鱼类以小型种类为主, 宽鳍鱲(Zacco platypus)和鲤(Cyprinus carpio)为优势种。南广河鱼类多样性总体较高, Margalef丰富度指数、Shannon-Wiener多样性指数、Simpson优势度指数及Pielou均匀度指数分别为6.57、3.10、0.93、0.74; 中游河段的鱼类种类和数量较丰富, 分别占渔获物总种类和总数量的65.63%和28.98%; 支流镇舟河的鱼类种类和数量也较丰富, 分别占37.50%和20.48%。南广河不同河段的鱼类种类组成具有明显差异, 大坝建设和过度捕捞可能影响了鱼类分布并导致其资源量下降。     

Fish assemblage changes over half a century in the Yellow River,China

Riverine environments have been threatened by anthropogenic perturbations worldwide, whereby their fish assemblages have been modified by habitat changes and nonendemic species invasions. We assessed changes in fish assemblages by comparing the species presence in historical and contemporary fish data in the Yellow River from 1965 to 2015. The temporal change in species assemblages was found with increased nonendemic species and fewer natives. Fish species richness of the river declined 35.4% over the past fifty years. Moreover, the decreased mean Bray–Curtis dissimilarity among reaches suggested that the fish assemblages of different reaches in the Yellow River were becoming more similar over time. However, temporal patterns of fish assemblages varied among reaches. In the upper Yellow River, higher species richness and more invasive species were found than those in the historical record, while the lower reaches experienced significant species loss. Dam constructions, exotic fish invasions, and flow reductions played the vital role in structuring the temporal fish assemblages in the Yellow River. It is suggested that river basins which experienced different types and levels of stressors by anthropogenic perturbations can produce varied effects on their temporal trends of species assemblages.     

Analysis of genetic diversity on 9 wild stocks of taimen (Hucho taimen) by microsatellite markers

Taimen (Hucho taimen) is a native fish species in China and it is in the state of endangerment. To explain clearly the genetic diversity and genetic structure, 9 wild populations of taimen were investigated using 20 microsatellite markers. The results showed that their observed heterozygosity ranged from 0.0994 to 0.8882, the expected heterozygosity varied from 0.2005 to 0.8759, and the range of PIC index was from 0.3432 to 0.5261 while population from Huma River had low genetic diversity. Fst of matching group ranged from 0.0246 to 0.2333 (P <0.0001)and Nm varied among 0.8216 to 9.9292, which indicated that the genetic differentiation was remarkable among populations.The half/full-sib family tests detected a proportion of half/full-sib family groups varying among 27.78% to 90.91%, showing a high inbred pressure and a risk of bottlenecks experienced by most groups. The AMOVA results showed that the global Fst was 0.1081; the clustering result showed that individuals from Beiji tributary of Heilongjiang River clustered as one clade, all individuals from Huma River and Wusuli River clustered as one clade and all individuals from the upper reaches of the Heilongjiang River clustered as another clade. All these results indicated that the decrease of taimen resource has affected the gene exchange among their populations. In order to achieve full protection of taimen germplasm resources, we should put an end to the destructive fishing for taimen and promotegene exchange among their populations.     

长江流域鱼类物种多样性大尺度格局研究

作者以长江流域鱼类编目数据库为基础数据,研究了长江流域鱼类物种多样性的大尺度格局。长江流域内共记录了鱼类378种(亚种),隶属于14目32科144属。其中淡水鱼338种(亚种),以鲤形目为主,达到269种(亚种),洄游鱼类11种,河口鱼类29种;流域内特有种和受威胁物种分别有162种(亚种)和69种(亚种)。根据鱼类分布特点,按水系将长江流域分为19个区域,除了江源区和金沙江中上游外,物种数和G-F多样性指数上游高于中下游,但各区域内差异不大,然而特有种比例从上游到下游随海拔降低而逐渐降低。利用Jaccard物种相似性系数对19个区域进行聚类分析,将整个流域分成三部分:(1)江源区和金沙江中上游,地理上属于青藏高原东南部波状平原部分和横断山区,(2)上游其他流域,地理上属于川西高原、云贵高原、四川盆地及秦巴山区,(3)中下游流域,地理上属于淮阳山地、江南丘陵和长江中下游平原,基本反映了流域内自然地理环境及我国大陆地势三级台阶变化的特点。     

长江流域两栖动物物种多样性的大尺度格局

根据两栖动物分布依赖于水系的特点,依据主要水系将长江流域分为18个区域,共记录了两栖动物145种,隶属于2目10科30属,特有种和受威胁物种分别有49和69种。除了海拔最高的江源区和金沙江中上游流域外,两栖动物种类以及受威胁物种种类,从上游到下游逐渐降低,特有种比例同样从上游到下游随海拔降低逐渐降低;分析G-F多样性指数发现,G指数的分布与物种数分布规律相似,F指数与G-F指数相似,除了江源区、汉江和赣江较低外,其他区域内比较均匀。利用Jaccard物种相似性系数对流域内18个区域进行聚类分析,发现整个流域分成6部分江源区,横断山区,云贵高原,川西高原东缘、四川盆地和秦巴山区,洞庭湖水系、鄱阳湖流域和下游流域,以及赣江流域,基本反映了长江流域内自然地理环境及我国大陆地势三级台阶变化的特点。