基于线粒体控制区序列探讨豹属分子系统发生关系

为探讨豹属Panthera物种间的系统发生关系,测定了虎Panthera tigris、豹Panthera pardus和雪豹Panthera uncia的线粒体控制区全序列,结合其它5种猫科动物的同源序列进行分析。分别采用最大似然法(Maximum Likelihood,ML)、邻接法(Neighbor-Joining,NJ)和贝叶斯法(Bayesian Inference,BI)重建了豹属物种的分子系统发生树。结果表明:豹属除由传统的物种狮Panthera leo、虎P.tigris、豹P.pardus、及美洲虎P.onca组成外,雪豹P.uncia应并归于豹属,不支持将雪豹另立为雪豹属Uncia的观点;云豹Neofelis nebulosa与豹属具有最近的亲缘关系而构成其姊妹群物种;云豹与豹属Panthera各物种间的系统发生关系为:云豹(豹(虎(狮(美洲豹、雪豹))))。     

中国狼蛛科娲蛛属(娲蛛亚科)分类地位的探讨

采用DNA测序方法,获得了中国狼蛛科Lycosidae4亚科6属26种mtDNA-16S rRNA基因的部分序列,比较来自北美狼蛛科豹蛛属2种豹蛛的同一基因序列,并选取漏斗蛛科1种蜘蛛作为外群,采用Bayesian方法和最大简约法(MP)构建分子系统树.两种建树方法均支持娲蛛属和豹蛛属形成一大的单系;这一结果与现行狼蛛科传统分类体系中娲蛛属的分类地位有差别.据此,作者认为:娲蛛属和豹蛛属可以归为同一个分类亚单位.狼蛛科6属间的分子系统关系为(Rirata(Hippasa(Trochsa Arctosa(Pardosa Wadicosa)))).     

中国蛛缘蝽科物种DNA条形码研究(英文)

【目的】本研究旨在探讨DNA条形码对中国蛛缘蝽科(半翅目：缘蝽总科)物种界定的适用性。【方法】对中国蛛缘蝽科13属23种207个样本的线粒体COI基因DNA条形码序列进行扩增,并扩增稻缘蝽属Leptocorisa 3个物种的31条内转录间隔区1(ITS-1)序列作为辅助标记。使用MEGA 11软件计算种间和种内遗传距离(Kimura 2-parameter, K2P);采用邻接法(neighbor-joining, NJ)进行物种聚类分析;利用中介邻接网络算法构建单倍型网络图。【结果】基于线粒体COI DNA条形码序列得出测试的中国蛛缘蝽科所有23个种的种内平均K2P距离在2%以下,种间K2P距离在0.98%~23.98%之间(平均17.50%)。多数物种彼此能够被较好地分开,且支持率较高。其中,中稻缘蝽Leptocorisa chinensis和大稻缘蝽L. oratoria共享部分COI单倍型,造成COI条形码无法区分二者,可通过ITS-1序列在单倍型网络分析中将二者区分。【结论】本研究得出的中国蛛缘蝽科中绝大部分物种的DNA条形码数据分析结果与基于形态特征的分类单元一致。然而,对于其中亲缘关系极近的物种,单靠线粒体数据尤其是COI条形码序列无法进行准确界定,需引入其他DNA序列或其他类型数据进行区分。     

由12S rDNA序列探讨中国狼蛛科主要类群的分子系统发育关系

将自测的我国蜘蛛目狼蛛科4属6个种和从互联网GenBank中检索到相关物种的线粒体基因组12SrDNA的序列进行同源性比较,计算核苷酸使用频率。然后据此进行分子分析,利用2个外群(漏斗蛛科的机敏漏斗蛛Agelena difficilis和缘漏斗蛛Agelena limbat)和2种建树方法(邻近法Neighbour Joining,NJ和最大简约法Maximum Parsimony,MP)分析我国狼蛛科内的亲缘关系。获得平均为291.6 bp的序列中,A T平均含量为78.13%,而G C含量只要21.87%,颠换取代(tranversion)的速度多数大于或接近转换取代(transition)的速度,其中161个核苷酸位点存在变异。研究结果表明:在蜘蛛目狼蛛科有差异的161 bp中,属内种间仅为1.08%,狼蛛科属间为6.85%~14.80%。所构建的分子系统树表明:科内的属和属内的种均优先聚在一起;狼蛛科现行分类系统中各亚科的演化关系顺序为:马蛛亚科→狼蛛亚科→豹蛛亚科;狼蛛科各属的演化关系顺序为:水狼蛛属→马蛛属(或水狼蛛属和马蛛属)→獾蛛属→狼蛛属→豹蛛属;水狼蛛属为最早分出的一支或者水狼蛛属和马蛛属...     

高鳍带鱼遗传变异及与近缘种间的系统进化关系

高鳍带鱼Trichiurus lepturusLinnaeus,1758分布广泛、形态多变,与近缘种间辨别困难,在其种群鉴别、物种分类及系统进化上争议较大。本项研究通过测定采自海南三亚外海高鳍带鱼疑似种11个个体的线粒体16S rRNA基因部分序列,结合已报道的该物种其它地理种群及其近缘种的同源序列,采用生物软件对碱基组成和序列变异进行分析,计算Kimura双参数净遗传距离和分歧时间,进行分子变异分析(AMOVA)和分化固定指数(FST)计算,并以小带鱼Eupleurogrammus muticus为外群构建NJ、ML系统树,综合探讨世界范围内高鳍带鱼的遗传变异及与近缘种间的系统进化关系。根据所得分子数据并结合形态学研究结果得出如下结论:1)采自海南三亚外海的带鱼是高鳍带鱼T.lepturusLinnaeus,1758,该物种在中国南海和东海南部有分布;2)海南三亚外海、非洲西岸和大西洋西岸的高鳍带鱼是同一个物种的3个地理种群,彼此间遗传分化显著;3)高鳍带鱼是带鱼属中最新演化的种类,与日本带鱼T.japonicus、带鱼未定种Trichiurussp.2具有较近的亲缘关系;短带鱼T.brevis则是比它们原...     

基于线粒体ND2和ND4基因合并序列探讨豹属的分子系统关系

为了探讨豹属(Panthera)物种间的系统发生关系,测定了虎(Panthera agm)、豹(Panthera pardus)和雪豹(Panthera uncia)的线粒体ND2和ND4编码基因序列,结合来自Ganebank的其他7种猫科动物的同源序列进行合并分析(2 417 bp).在2 417 bp比对位点中,其中有948个变异位点,632个简约信息位点.以犬为外群,分别采用最大简约法(Maximum Parsimony,MP)、最大似然法(Maximum Likelihood,ML)和贝叶斯推论法(Bayesian In-ference,Bl)重建分子系统树.结果表明:豹属除包括传统的虎、豹、狮、美洲豹(Panthera onca)和雪豹外,云豹(Neofetis nebulosa)应并归于豹属,不支持将云豹另立为云豹属的观点;豹属各物种间的系统发生关系总结为:云豹(虎(美洲豹(豹(狮、雪豹))))     

Contracaecum ogmorhini复合种线粒体rrnL基因的多态性

本项目应用聚合酶链式反应单链构象多态性(PCR SSCP) 及DNA序列分析的方法, 研究了南半球Contracaecum ogmorhini两个不同种群和北半球C. margolisi一个种群在线粒体核糖体大亚基( rrnL) 基因部分序列的差异及种群遗传关系。结果显示: 南半球C. ogmorhini 两个种群在种群间及种群内的rrnL 序列相似性很高; 而北半球种群与南半球种群的rrnL序列相似性则相对较低, 它们之间rrnL 序列种间遗传差异大于种内遗传变异, 而且存在着可区分两个姊妹种的2个碱基差异。rrnL 序列分析结果支持北半球C. margolisi 相对于南半球C. ogmorhini而言, 的确是一个不同的物种。     

中国林蛙的分子系统关系

测定了 6种林蛙和用作外群的 2种侧褶蛙和 1种陆蛙的线粒体 12SrRNA基因序列 393bp。序列两两对位比较表明内外群间的位点替换率是 7 3%到 2 3 1% ,内群中物种间则为 0 0 %到 9 2 %。依据上述DNA序列 ,用距离法和最大简约法的系统发育分析表明 :①研究的 6种林蛙聚为一支 ,构成单系群 ,并有高的BPs值(90 %以上 )支持 ;② 6种林蛙可以分成 2个姐妹群 ,即中国林蛙、黑龙江林蛙和桓仁林蛙为一组 (BPs >94% ) ,峨眉林蛙、昭觉林蛙和镇海林蛙为一组 (BPs >5 0 % ) ;③昭觉林蛙与镇海林蛙有较近的亲缘关系 ;④中国林蛙的榆中种群与牡丹江种群间的遗传分化似乎达到了种级分化水平。     

基于线粒体16S rRNA基因对中国狼蛛科(Lycosidae)系统发育研究

将自测的中国狼蛛科Lycosidae4亚科6属26种和从GenBank中检索到的北美2种豹蛛的mtD-NA-16S rRNA序列进行比较;以漏斗蛛科1种蜘蛛作为外群,对碱基序列的组成和遗传距离进行了分析,采用Bayesian方法和最大简约法(MP)构建分子系统树。研究结果表明:16SrRNA基因的部分序列为340bp到360bp,A T含量平均为75%,存在较强的A T含量偏向性;序列共有157个碱基存在变异,其中79个简约信息位点。狼蛛科各属间的遗传距离介于0.026￣0.200之间。2种建树方法均表明:科内的属及属内的种优先聚在一起;水狼蛛属相对马蛛属是狼蛛科中较为原始的类群,分化较早;獾蛛属作为1个单系群与熊蛛属合为1个并系,属于狼蛛亚科。狼蛛科6属间的分子系统关系为(Pirata(Hippasa(Trochsa Arctosa(Pardosa Wadicosa))))。     

rRNA及MaSp1基因证据不支持圆网蛛类(蜘蛛目:妖面蛛总科+园蛛总科)的单系起源

圆网蛛类(妖面蛛总科 园蛛总科)是否为单系,圆网究竟经历一次进化还是多次进化,这是多年来有争论的、悬而未决的蛛形学难题之一。本文测定了包括妖面蛛总科、园蛛总科和非圆网蛛类等类群在内的9科10种蜘蛛线粒体12S rDNA、16S rDNA及核18S rDNA、28S rDNA等4个基因片段序列,并基于4个基因序列的整合数据,分别通过邻接(NJ)法、最大简约(MP)法、最大似然(ML)法和贝叶斯法(Bayesian)分析,对园蛛总科和妖面蛛总科蜘蛛之间的分子系统关系进行了探讨。系统发生结果表明:1)园蛛总科和妖面蛛总科蜘蛛不是姊妹群,从而支持这两个类群的圆网是平行演化而非同源演化的观点;2)筛器类蜘蛛并非单系发生而为多系发生。另外,依据编码大壶状腺丝蛋白-1(MaSp1)C末端非重复氨基酸序列区段的核酸序列重建的系统发生树也证实圆网蛛类并非单系发生。