生物医学领域本体的构建、评估与应用

介绍了本体的概念和基本特点, 总结了领域本体的一般构建流程和评估方法, 并举例说明了生物医学领域本体在生物学对象注释、富集分析、数据整合、数据库构建、图书馆建设、文本挖掘等方面的实际应用情况, 整理了目前常用的生物医学领域本体数据库、本体描述语言和本体编辑软件, 最后探讨了目前生物医学领域本体研究中普遍存在的问题和该领域未来的发展方向.     

上海生科院(人口健康领域)生物医学大数据中心工程师招聘启事

正为了契合国家关于精准医学大数据的战略需求,提升我国生物医学大数据科学研究和应用开发能力,推动国家生物医学大数据基础设施建设,上海生命科学研究院(人口健康领域)整合各方资源,成立生物医学大数据中心,该中心聚焦于提升生物与医学大数据存储、管理、挖掘能力,立足上海生科院,服务上海、辐射全国。中心的主要任务包括:(1)为中科院上海生科院、上海地区乃至全国提供全方位的生物大数据产生、管理和分析     

建立在系统生物学基础上的精准医学

面对生命复杂性的巨大挑战,研究者提出了整合基因组、蛋白质组和代谢组等多组学数据,以及整合从分子到生理病理表型数据的系统生物学研究策略,利用该策略建立以个体为中心的多层级人类疾病知识整合数据库,并在此基础上形成可用于疾病精确分类的生物医学知识网络,进而发展出未来能够为每个个体提供最好医疗护理的精准医学。     

一种基于本体集成的生物医学数据库中语义映射维护方法研究

生物医学数据库到生物医学本体的语义映射是基于本体集成生物医学数据库系统的一个重要环节。而生物医学本体随着学科的发展不断演化,造成了集成系统不稳定。针对这个问题,本文在本体演化条件下,分析并发现了语义映射的变化规律,设计了对应的维护流程和维护方法,并通过计算维护收益率证明了该方法对映射的维护是有效性的,从而增强了集成系统在本体演化条件下的稳定性。     

一种基于本体集成的生物医学数据库中语义映射维护方法研究

生物医学数据库到生物医学本体的语义映射是基于本体集成生物医学数据库系统的一个重要环节.而生物医学本体随着学科的发展不断演化,造成了集成系统不稳定.针对这个问题,本文在本体演化条件下,分析并发现了语义映射的变化规律,设计了对应的维护流程和维护方法,并通过计算维护收益率证明了该方法对映射的维护是有效性的,从而增强了集成系统在本体演化条件下的稳定性.     

大数据时代的大型人群队列

大数据技术推动了生命组学数据的爆炸式增长，生命科学研究进入大数据时代。大型人群队列研究依托大数据技术获得了重要突破，为生命科学和精准医学研究提供了宝贵资源，推动着预防医学模式发生革命性变化。以大数据技术为导向，人群队列研究规模空前扩大、学科交叉创新层出不穷，如何充分高效地利用人群队列资源、实现队列间的互联互通与共享，也是队列研究亟待解决的难题。该文将重点分析大数据时代特征下国内大型人群队列研究的发展特点，并提出其未来发展趋势及面临的挑战。     

影像基因组学分析方法研究进展

在生物医学大数据背景下,精准医学的研究重点之一是基因型数据和表型数据的融合及关联分析,通过数据融合及关联分析,认识疾病表型特征与基因多态性及基因活动之间的关系。影像基因组学作为一个新兴研究领域,它将疾病影像数据和基因组数据整合,并挖掘两者之间的联系,从而发现能够反映基因多态或表达的影像特征,在此基础上建立基于影像特征的非侵入式疾病诊断方法,是目前生物医学最有前景的研究领域之一。综述了影像基因组学领域的研究方法,包括基因组数据分析、影像数据分析以及基因组数据-影像数据融合分析方法。在此基础上,介绍了影像基因组学目前在临床上的典型应用,包括疾病的辅助诊断、预后预测和疗效评估。最后,对影像基因组学的未来发展进行了展望。     

神经网络自编码器算法在癌症信息学研究中的应用

癌症已经被广泛认为是高度异质性的疾病,癌症的早期诊断、分型和预后已成为癌症研究的关注重点。在大数据时代,对海量癌症生物医学数据进行高效的数据挖掘是生物信息学面临的重要挑战。自编码器(Autoencoder)作为神经网络的一种典型模型,能够通过无监督的方式高效地学习输入数据的特征,进而对生物数据进行整合与挖掘。文中首先介绍了自编码器模型结构并阐述其工作流程,之后结合多种类型的生物医学数据总结自编码器在癌症信息学研究领域的进展,并展望其发展趋势及应用方向。     

古生物化石标本元数据标准*

基于古生物学的研究现状和各大科研机构对化石标本的收藏情况, 提出古生物化石标本元数据标准。古生物化石标本元数据标准包含十项元数据元素以及一项元数据实体, 即, 标题、数据标识符、许可证标识符、关键词、 描述、化石标本参数、数据链接地址、创建者、创建时间和访问限制, 以及作为元数据实体的数据提交机构。十项元数据元素之一的化石标本参数, 又可分为古生物化石标本的实物信息、古生物系统分类信息、地层信息和高维信息。建立古生物化石标本元数据标准旨在于完善古生物化石标本数据的规范化与标准化、利于化石标本数据的整理、汇交, 跨平台操作、检索、共享和使用, 促进数据驱动的古生物学与地层学新范式研究变革。     

现代生物医学研究中医学研究生“大数据”利用能力的培养

科研能力的水平是我国研究生教育质量的重要指标。现代生物医学研究中呈现的"大数据"特点给研究生科研能力培养提出了新的要求。本文在分析"大数据"基本特点和总结医学科研思维模式在"大数据"影响下发生的转变的基础上,对提高医学研究生获取和利用"大数据"信息的能力提出一些具体建议,希望能够推动医学研究生科研能力的培养。     

Curcuminoids as inhibitors of thioredoxin reductase: A receptor based pharmacophore study with distance mapping of the active site

Curcumin is the yellow pigment of turmeric that interacts irreversibly forming an adduct with thioredoxin reductase (TrxR), an enzyme responsible for redox control of cell and defence against oxidative stress. Docking at both the active sites of TrxR was performed to compare the potency of three naturally occurring curcuminoids, namely curcumin, demethoxy curcumin and bis-demethoxy curcumin. Results show that active sites of TrxR occur at the junction of E and F chains. Volume and area of both cavities is predicted. It has been concluded by distance mapping of the most active conformations that Se atom of catalytic residue SeCYS498, is at a distance of 3.56 from C13 of demethoxy curcumin at the E chain active site, whereas C13 carbon atom forms adduct with Se atom of SeCys 498. We report that at least one methoxy group in curcuminoids is necessary for interation with catalytic residues of thioredoxin. Pharmacophore of both active sites of the TrxR receptor for curcumin and demethoxy curcumin molecules has been drawn and proposed for design and synthesis of most probable potent antiproliferative synthetic drugs.     

A Unique Protease Cleavage Site Predicted in the Spike Protein of the Novel Pneumonia Coronavirus (2019-nCoV) Potentially Related to Viral Transmissibility

正Dear Editor,In December 2019, a novel human coronavirus caused an epidemic of severe pneumonia(Coronavirus Disease 2019,COVID-19) in Wuhan, Hubei, China(Wu et al. 2020; Zhu et al. 2020). So far, this virus has spread to all areas of China and even to other countries. The epidemic has caused 67,102 confirmed infections with 1526 fatal cases     

Comparative morphology of the carpel in the Liliaceae: Hewardieae, Petrosavieae, and Tricyrteae

The young pistils in the melanthioid tribes, Hewardieae, Petrosavieae and Tricyrteae, are uniformly tricarpellate and syncarpous. They lack raphide idioblasts. All are multiovulate, with bitegmic ovules. The Petrosavieae are marked by the presence of septal glands and incomplete syncarpy. Tepals and stamens adhere to the ovary in the Hewardieae and the Petrosavieae but not in the Tricyrteae. Two vascular bundles occur in the stamens of the Hewartlieae and Tricyrtis latifolia. Ventral bundles in the upper part of the ovary of the Hewardieae are continuous with compound septal bundles and placental bundles in the lower part. Putative ventral bundles occur in the alternate position in the Tricyrteae and putative placental bundles in the opposite. position in the Petrosavieae. The dichtomously branched stigma in each carpel of the Tricyrteae is supplied by a bifurcated dorsal bundle.     

Entwicklungsgeschichte und Ultrastruktur von Pollenkitt und Exine bei nahe verwandten entomophilen und anemophilen Angiospermensippen derAlismataceae,Liliaceae, Juncaceae,Cyperaceae, Poaceae undAraceae

Some closely related members of the monocotyledonous familiesAlismataceae, Liliaceae, Juncaceae, Cyperaceae, Poaceae andAraceae with variable modes of pollination (insect- and wind-pollination) were studied in relation to the ultrastructure of pollenkitt and exine (amount, consistency and distribution of pollenkitt on the surface of pollen grains). The character syndromes of pollen cementing in entomophilous, anemophilous and intermediate (ambophilous or amphiphilous) monocotyledons are the same in principal as in dicotyledons. Comparing present with former results one can summarize: 1) The pollenkitt is always produced in the same manner by the anther tapetum in all angiosperm sub-classes. 2) The variable stickiness of entomophilous and anemophilous pollen always depends on the particular distribution and consistency of the pollenkitt, but not its amount on the pollen surface. 3) The mostly dry and powdery pollen of anemophilous plants always contains a variable amount of inactive pollenkitt in its exine cavities. 4) A step-by step change of the pollen cementing syndrome can be observed from entomophily towards anemophily. 5) From the omnipresence of pollenkitt in all wind-pollinated angiosperms studied one can conclude that the ancestors of anemophilous angiosperms probably have been zoophilous (i.e. entomophilous) throughout.

     

Identification and Characterization of the First Equine Parainfluenza Virus 5

正Dear Editor,Parainfluenza virus 5 (PIV5), known as canine parainfluenza virus in the veterinary field, is a negative-sense,nonsegmented, single-stranded RNA virus belonging to the Paramyxoviridae family (Chen 2018). The virus was first reported in primary monkey kidney cells in 1954 (Hsiung1972), then it has been frequently discovered in various