中国独行菜族(十字花科)部分属种的分子系统学研究

利用叶绿体DNA的trnL内含子和trnL-F基因间隔区序列测定,对中国独行菜族部分属及相关属植物进行了分子系统学研究,结果表明:独行菜族是多系类群,在分子树中,所研究的中国独行菜族部分属植物被分别聚在了3个不同的并列系中,其中,荠属(Capsella)和亚麻荠属(Camelina)与南芥族的3个属聚在系Ⅰ,认为应将二者分别从独行菜族和大蒜芥族中移出,划入南芥族中;菥蓂属(Thlaspi)和菘蓝属(Isatis)与大蒜芥族的3个属聚成系Ⅱ,支持将二者移出独行菜族,划入大蒜芥族的观点;独行菜属(Lepidium)、臭荠属(Coronopus)和群心菜属(Cardaria)三者关系密切,组成系Ⅲ,其中臭荠嵌入独行菜属中,支持将臭荠属合并到独行菜属的处理意见.     

基于ITS和matK序列的兰科沼兰族分子系统研究及二新种（英文）

沼兰族是兰科植物的大族之一,约2 000种,除了极地和沙漠地区,全球均有分布。该族植物主要分布在热带地区,尤其在东南亚、热带美洲、非洲以及澳大利亚等地区种类非常丰富。目前,已有关于该族植物形态和分子系统的研究,但有关该族亚族和属间的系统关系尚不清楚,属的界定争议也较大。该文基于核基因片段ITS和叶绿体基因片段matK序列,采用最大简约法、最大似然法贝叶斯推理分析法,对现有沼兰族主要属的123种植物和10个外类群植物进行了分子系统学研究。结果表明:沼兰族主要分为3个亚族分支,包括附生的鸢尾兰亚族(Oberoniinae)、地生的羊耳蒜亚族(Liparidinae)和沼兰亚族分支(Crepidiumclade)。鸢尾兰亚族包括6个属、羊耳蒜亚族分支包括5个属、沼兰亚族分支包括4个属;丫瓣兰亚族(Ypsilorchidinae)应归并为鸢尾兰亚族;Disticholiparis属与Stichorkis属的模式标本相同,应并入Stichorkis属;沼兰属(Crepidium)和无耳沼兰属(Dienia)的唇瓣结构差异较大,但二者均为单系类群。此外,在收集野外实验材料过程中,发现了2种产自中国西南部和越南北部的沼兰族新种,分别命名为麻栗坡羊耳蒜(Platystyliparis malipoensis G.D.Tang,X.Y.ZhuangZ.J.Liu)和秉滔羊耳蒜(Cestichis pingtaoi G.D.Tang,X.Y.ZhuangZ.J.Liu)。     

欧亚大陆裸蝗亚科的分类研究（直翅目: 蝗亚目: 蝗总科）

本文对欧亚大陆裸蝗亚科(Conophyminae)进行了系统的分类研究, 将其分为4个族, 其中包括3个新族, 即贝氏蝗族(Bienkoini tribe nov.)、庚蝗族（Genimenini tribe nov.）和普乐氏蝗族 （Plotnikovini tribe nov.）, 记述了一新属--原无翅蝗属Eozubovskya gen. nov., 并附已知4族25属的检索表。将该亚科中原有3个具翅的属（Khayyamia Kocak, 1981, Conophymacris Willemse, 1933 和Zagrosia Descamps, 1967）移出, 归入秃蝗亚科（Podisminae）。     

基于ITS和matK序列的兰科沼兰族分子系统研究及二新种

沼兰族是兰科植物的大族之一,约2000种,除了极地和沙漠地区,全球均有分布.该族植物主要分布在热带地区,尤其在东南亚、热带美洲、非洲以及澳大利亚等地区种类非常丰富.目前,已有关于该族植物形态和分子系统的研究,但有关该族亚族和属间的系统关系尚不清楚,属的界定争议也较大.该文基于核基因片段 ITS 和叶绿体基因片段 mat K 序列,采用最大简约法、最大似然法贝叶斯推理分析法,对现有沼兰族主要属的123种植物和10个外类群植物进行了分子系统学研究.结果表明：沼兰族主要分为3个亚族分支,包括附生的鸢尾兰亚族(Oberoniinae)、地生的羊耳蒜亚族(Liparidinae)和沼兰亚族分支(Crepidium clade).鸢尾兰亚族包括6个属、羊耳蒜亚族分支包括5个属、沼兰亚族分支包括4个属;丫瓣兰亚族(Ypsilorchidinae)应归并为鸢尾兰亚族;Disticholiparis 属与 Stichorkis 属的模式标本相同,应并入 Stichorkis 属;沼兰属(Cre-pidium )和无耳沼兰属(Dienia )的唇瓣结构差异较大,但二者均为单系类群.此外,在收集野外实验材料过程中,发现了2种产自中国西南部和越南北部的沼兰族新种,分别命名为麻栗坡羊耳蒜(Platystyliparis mali-poensis G．D．Tang,X．Y．Zhuang & Z．J．Liu)和秉滔羊耳蒜(Cestichis pingtaoi G．D．Tang,X．Y．Zhuang &Z．J．Liu).     

基于线粒体 COI 和 Cytb 基因的中国灰蝶三亚科主要类群间的系统发育关系分析

【目的】针对中国灰蝶科中亲缘关系较近的3个主要亚科［灰蝶亚科(Lycaeninae)、线灰蝶亚科(Theclinae)以及眼灰蝶亚科(Polyommatina)］,基于线粒体基因序列数据研究它们主要类群间的系统发育关系。【方法】对3亚科共53种灰蝶的线粒体 COI 和 Cytb 基因进行序列测定和序列变异分析,同时,基于最大似然法(maximum likelihood, ML)和贝叶斯法(bayesian inference, BI)等建树方法重建53种灰蝶的系统发育树。【结果】串联的2个基因共1 431 bp,其中保守位点855个,可变位点576个,简约信息位点488个;A+T的平均含量为74.5%,明显高于G+C的平均含量(25.5%)。系统树显示,灰蝶亚科以及眼灰蝶亚科均是单系发生,线灰蝶亚科则为并系群。全部灰蝶物种共分为三大支系：灰蝶亚科为第1支系;眼灰蝶亚科与线灰蝶亚科中的旖灰蝶族(Hypolycaenini)、富丽灰蝶族(Aphnaeini)分别构成单系群并互为姊妹群,它们共同构成第2支系;线灰蝶亚科中的美灰蝶族(Eumaeini)、玳灰蝶族(Deudorigini)、娆灰蝶族(Arhopalini)和线灰蝶族(Theclini)构成第3支系,其亲缘关系为：（（（线灰蝶族+娆灰蝶族）+玳灰蝶族）+美灰蝶族）。【结论】本研究涉及的3个灰蝶亚科中,灰蝶亚科是一个独立的支系,眼灰蝶亚科与线灰蝶亚科之间有较近的亲缘关系,但它们内部主要类群间的系统发育关系还需要进一步的研究。     

柏科的分类和分布:亚科、族和属

柏科Cupressaceae和杉科Taxcdiaceae有许多相似之处,近年来不少分类学家主张把两科合并成 广义的柏科。原杉科中的金松属Sciadopitys与两科其他屑的差异较大,被提升为单种科Sciadopity- aceae。本文根据球果可育种鳞的位置把柏科(狭义)分为2亚科,即上部种鳞不可育的柏木亚科Cupres- soideae和上部种鳞可育的澳洲柏亚科Callitroideae。综合其他形态学和解剖学证据,柏木亚科又分4族,即柏木族Cupresseae(包括：柏木属Cupressus、杂交柏属X Cupressocyparis、扁柏屑Chamaecyparis和福建柏属Fokeinia)、侧柏族Thujopsideae(包括：崖柏属Thuja、罗汉柏属Thujopsis和侧柏属laty-ladus)、圆柏族Junlpereae(包括：圆柏属Junzperus和海参威柏属Microbiota)以及香漆柏族Tetraclineae(包括：翠柏属Calt*edrus和香漆柏属Tetraclinis)。澳洲柏亚科又分3族,即澳洲柏族Actinostrobeae(包括：西澳柏属Actinostrobus、澳洲柏属Callitris、智利柏属Fitzroya和杉叶柏属Neocallitropsis)、南非柏族Widdringtoneae(包括：白智利柏属Pilgerodendron、塔斯曼柏属Diselma和南非柏属Widdringtonia)以及甜柏族Libocedreae(包括：甜柏属Libocedrus、巴布亚柏屑Papuacedrus和南美柏属Austrocedrus)。柏科21个属的地理分布可划分为5种类型,即：(1)杂交柏属系英国选出的属间杂交类型;(2)分布非洲、欧洲、亚洲和北美洲的属,有柏木属和圆柏属2个属;(3)东亚—北美洲际间断分布的属,有扁柏属、崖柏属和翠柏属3个属;(4)分布区较窄的属,包括西澳柏属,、澳洲柏属、甜柏屑、巴布亚柏属、南非柏属5个属;(5)单种屑,包括福建柏属、海参威柏属、罗汉柏属、侧柏属、香漆柏属、杉叶柏属、塔斯曼柏属、智利柏屑、南美柏属和白智利柏属等10个属。该科属的3个地理分布中心是：东亚(9属)、北美西南部(5属)、澳大利亚及其东部附近群岛(6属)。此外,地中海沿岸分布3属,智利南部和阿根廷分布3属。     

质体系统发育基因组解析旋花科系统发育关系

旋花科是一个世界广布的类群,具有丰富的形态特征和重要的经济价值。然而,目前该科主要分支或族间的系统发育关系问题一直未解决。为解析旋花科内系统发育关系,该研究代表性选取旋花科内8个族40个物种,基于质体全基因组数据,使用最大似然法和贝叶斯推论进行系统发育分析。结果表明:(1)旋花科质体基因组均为四分体结构,质体基因组大小为113 273～164 112 bp,蛋白质编码基因数目为66～79个。(2)基于五种DNA矩阵(即WCG、CDS、LSC、IR、SSC)的系统发育分析结果显示,WCG矩阵和CDS矩阵的拓扑结构基本一致,仅少数分支的支持率略有差异; LSC矩阵和WCG矩阵的拓扑结构差异在于菟丝子族、马蹄金族和盐帚花族的系统位置; AU检验和SH检验结果显示,WCG矩阵和SSC矩阵与IR矩阵的拓扑结构有显著冲突。(3)所有系统发育分析结果均显示,菟丝子属和马蹄金族都包括在旋花亚科内,应处理为族等级。(4)基于WCG矩阵和CDS矩阵较好地解决了旋花科8个族之间的系统发育关系,即心被藤族和丁公藤族聚为一支,最先从旋花亚科分化出来,随后是菟丝子族,剩下的5个族分成2个分支。(5)系统发育基因组分析证实,由于鱼黄草族特别是鱼黄草属是一个多系类群,因此需重新修订该族的分类地位和鱼黄草属的划分。     

小腹茧蜂亚科的雄外生殖器及族级单元系统发育的研究

对分布在东洋区和古北区的小腹茧蜂亚科 (膜翅目: 茧蜂科)21个属的67个种及外群折脉茧蜂属 (膜翅目: 茧蜂科) 2个种的雄外生殖器的5个性状进行了比较研究。在形态学研究的基础上,通过选用头部、胸部和腹部(包括雌雄外生殖器的性状) 等34个性状,运用支序分析的方法探讨了分布在东洋区和古北区的小腹茧蜂亚科21个属以及它们所属的族间的系统发育关系,并对Mason (1981) 的分类系统进行了重新评价。雄外生殖器和支序分析基本上证实并恢复了由Mason (1981) 确定的2个主要分支,即绒茧蜂族Apantelini+小腹茧蜂族Microgastrini和拱茧蜂族Fornicini+盘绒茧蜂族Cotesiini+侧沟茧蜂族MicroplitinI。绒茧蜂族Apantelini、拱茧蜂族Fornicini和侧沟茧蜂族Microplitini为单系群也被支持,但小腹茧蜂族Microgastrini和盘绒茧蜂族Cotesiini是否为单系群尚难于在树形图中体现,而且族内各属间的分支关系有变动。因此,尽管Mason的族级分类单元有一些欠缺,但仍是可信、实用的,不同意Walker等 (1990) 认为不应再使用Mason分族系统的观点。     

甘油磷酸二酯酶家族蛋白的分子进化

甘油磷酸二酯酶(glycerophosphodiesterrase,GDE)是原核和真核生物中高度保守的一类酶,然而不同物种存在不同数量的蛋白成员。本文以8种模式生物的甘油磷酸二酯酶家族蛋白为基础,通过邻接法构建该家族的进化树,以了解GDE家族成员的进化关系。采用多序列比对、RNA剪接位点(外显子/内含子)分析以及跨膜结构域预测对所建树进行信息挖掘。通过上述方法,提出并初步验证了GDE家族分为3个亚族的观点,即第一亚族为GDE5,第二亚族包括GDE4和GDE7,第三亚族含有GDE1、GDE2、GDE3、GDE6四个成员。     

玉米蚜线粒体基因组测序及蚜族系统发育分析

为探究玉米蚜(Rhopalosiphum maidis)线粒体基因组结构特征及蚜族(Aphidini)的系统发育关系,本研究利用高通量测序技术测定了玉米蚜线粒体基因组全序列。选择已知的蚜族18个物种线粒体基因组作为内群,选择长管蚜族(Macrosiphini)2个物种线粒体基因组作为外群,利用最大似然法(maximum likelihood method)和贝叶斯法(Bayesian inference method)重建蚜族的系统发育关系。玉米蚜的线粒体基因组全长为15 096 bp,呈环状,包括13个蛋白质编码基因(protein-coding genes)、 22个tRNA基因和2个rRNA基因,还有一段非编码控制区。13个蛋白质编码基因的起始密码子全为ATN; 3个蛋白质编码基因cox1、nad4和nad5具有不完整的终止密码子T或TA,其余10个蛋白质编码基因为完整的终止密码子TAA或TAG。本研究利用线粒体基因组数据重建了蚜族的系统发育关系,最大似然法和贝叶斯法构建的蚜族的系统发育关系是基本一致的。其中,色蚜属(Melanaphis)、桃粉蚜属(Hyalopterus)、蚜...     

龙胆族(龙胆科)分类与进化研究进展

龙胆是著名的高山植物,广布世界温带地区,不仅可作药用,也可用于园艺观赏。龙胆科分为6个族,其中龙胆族占龙胆科物种数的一半以上;龙胆族包括龙胆亚族和獐牙菜亚族,分类与进化方面的相关研究众多。随着分子生物学在龙胆族研究中的应用,近些年对多个类群进行了研究并发表了多个新属和新种。该文从属间和属内两个层次梳理了龙胆族近年来在分类和进化研究中的最新进展,总结了新发表的类群。并分析了现存的问题,重点强调在今后的研究中用特别注意以下几点:(1)形态性状的准确掌握对龙胆族的研究至关重要;(2)发表新类群应当谨慎;(3)单拷贝核基因有助于解析龙胆族复杂的系统发育关系;(4)关注杂交和多倍化等在龙胆族进化中的作用。     

基于Cytb和ND1基因序列的弄蝶亚科(鳞翅目:弄蝶科)族级系统发育关系分析

【目的】探讨中国弄蝶亚科各族之间的系统发育关系。【方法】对22属32种弄蝶亚科蝶类的Cytb和ND1基因部分序列进行了联合分析,分别采用最大似然法(maximum likelihood,ML)和贝叶斯法(Bayesian inference,BI)构建了系统发育树。【结果】测得的Cytb和ND1基因联合后,获得的序列总长为836 bp,包含保守位点450个,变异位点386个,简约信息位点304个;A+T的平均含量为76.9%,明显高于C+G的平均含量(23.1%)。基于Cytb和ND1基因联合序列的系统发育分析显示,钩弄蝶族(Ancistroidini)、刺胫弄蝶族(Baorini)、弄蝶族(Hesperiini)为单系群,且亲缘关系较近,其亲缘关系为:(弄蝶族Hesperiini+(刺胫弄蝶族Baorini+钩弄蝶族Ancistroidini));而锷弄蝶族Aeromachini(=酣弄蝶族Halpini)是一个复系群。【结论】本文支持钩弄蝶族(Ancistroidini)、刺胫弄蝶族(Baorini)、弄蝶族(Hesperiini)的族级地位,锷弄蝶族(Aeromachini)与Warren等研究结果矛盾,其他族有待补充样本后做进一步研究。     

小拟南芥MKK基因家族全基因组鉴定及进化和表达分析

丝裂原活化蛋白激酶激酶(mitogen-activated protein kinase kinase,MAPKK或MKK)是丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activatedproteinkinase,MAPK)级联的重要组成部分,在植物的生长发育和胁迫应答过程中发挥重要作用。目前,已在多种植物中鉴定了MKK基因家族,但在十字花科植物小拟南芥(Arabidopsis pumila)中MKK基因家族的系统鉴定与分析尚未见报道。为了探索小拟南芥MKK基因家族的进化和功能,本研究通过全基因组分析鉴定了小拟南芥中16个MKK基因,散布于小拟南芥的10条染色体上。基于系统发育分析和多重序列比对,将这些基因分为5个亚族:A亚族(5个)、B亚族(2个)、C亚族(4个)、D亚族(3个)和E亚族(2个)。分子进化和共线性分析表明小拟南芥中存在7对复制基因,分别是ApMKK1-1/1-2、ApMKK2-1/2-2、ApMKK3-1/3-2、ApMKK4-1/4-2、ApMKK5-1/5-2、ApMKK9-1/9-2和ApMKK10-1/10-2,其中ApMKK1-1/1-2在复制事件之后发生了加速进化。结合ApMKKs启动子区的顺式元件分布和ApMKKs在成熟叶片、茎、花和果实以及盐胁迫下的表达模式,结果发现复制基因的表达具有组织特异性和功能多样性。部分复制基因在组织中的表达模式存在差异,但在盐胁迫下的表达模式却基本相同。本研究结果为解析MKK介导的小拟南芥发育过程和非生物胁迫信号转导通路的复杂机制奠定了基础。     

rDNA片段的序列分析在苦苣苔亚科系统学研究中的应用

本文测定了苦苣苔亚科4族、5属、5种植物的核糖体DNA中的内转录间隔区(ITS)序列及5．8s rRNA基因的3′端序列。这几种苦苣苔亚科植物的ITS-1的长度范围为234～258 bp,ITS-2的长度范 围为218～246bp。Whytockia bijieensis的ITS-1(258bP)和ITS-2(218 bp)在长度、序列及GC含量上 均与其它几个种有较大差异,其代表的尖舌苣苔族可能很早就自苦苣苔亚科的祖先沿单独的一个分支 演化。以w．bijieensis作为功能性外类群,运用PAUP软件分析仅得到一个最简约树。在简约树上, Cyrtandra umbelliferm、Briggsia longipes和Anna mollifolia形成一个单系群,bootstrap分析对该分支的 支持强度达97％,Chirita crasslfolia位于该分支的基部。由于系统树上Cyrtandra umbellifera代表的 浆果苣苔族和Anna mollifolid代表的芒毛苣苔族均起源于长蒴苣苔族,结合这3个族在形态上存在过渡系列,建议将浆果苣苔族和芒毛苣苔族均并入长蒴苣苔族。     

rDNA片段的序列分析在苦苣苔亚科系统学研究中的应用

本文测定了苦苣苔亚科4族、5属、5种植物的核糖体DNA中的内转录间隔区(ITS)序列及5．8s rRNA基因的3′端序列。这几种苦苣苔亚科植物的ITS-1的长度范围为234～258 bp,ITS-2的长度范 围为218～246bp。Whytockia bijieensis的ITS-1(258bP)和ITS-2(218 bp)在长度、序列及GC含量上 均与其它几个种有较大差异,其代表的尖舌苣苔族可能很早就自苦苣苔亚科的祖先沿单独的一个分支 演化。以w．bijieensis作为功能性外类群,运用PAUP软件分析仅得到一个最简约树。在简约树上, Cyrtandra umbelliferm、Briggsia longipes和Anna mollifolia形成一个单系群,bootstrap分析对该分支的 支持强度达97％,Chirita crasslfolia位于该分支的基部。由于系统树上Cyrtandra umbellifera代表的 浆果苣苔族和Anna mollifolid代表的芒毛苣苔族均起源于长蒴苣苔族,结合这3个族在形态上存在过渡系列,建议将浆果苣苔族和芒毛苣苔族均并入长蒴苣苔族。     

AP2/EREBP 转录因子在植物发育和胁迫应答中的作用

AP2/EREBP (APETALA2/ethylene-res ponsive element binding proteins) 是一个起源古老的转录因子超家族, 它含有1个或2个由约60-70个氨基酸残基组成的非常保守的DNA结合域 (DNA-binding domain), 即AP2/ERF结构域。根据AP2/ERF结构域的数目, AP2/EREBP转录因子可以分为2个亚族: EREBP亚族(具有1个AP2/ERF结构域)和AP2亚族(具有2个AP2/ERF结构域)。AP2亚族转录因子有调控花、胚珠和种子发育的功能, 而EREBP亚族转录因子(包括DREB类和ERF类) 的主要功能是调节植物对激素(乙烯和ABA等)、病原和胁迫(低温、干旱及高盐)等的应答反应。本文讨论了AP2/EREBP转录因子在植物发育和胁迫应答中的研究进展。     

葫芦科赤瓟亚族植物的细胞学观察

赤瓟亚族包括藏瓜属(Indofevillea)、赤瓟属(Thladiantha)、罗汉果属(Siraitia s. l)和苦瓜属(Momordica)。最近的研究结果表明,广义的罗汉果属包含3个属,即白兼果属(BaijianiaA.M.Lu et J.Q.Li)、小球瓜属(Microlagenaria (C.Jeffrey) A.M.Lu et J.Q.Li)和罗汉果属(Siraitia Merr.)。 除苦瓜属外,赤瓟亚族植物的染色体数目报道极少。本文报道该亚族4属9种植物的染色体数目。并根据新的染色体数目的资料,讨论了赤瓟亚族中的某些分类学问题。     

高分辨裂解—气相色谱在前胡族系统分类中的应用

采用高分辨裂解－气相色谱法对前胡族（Peucedaneae Drude)20属35种植物的叶片成分进行分析,经过聚类分析得出以下结果：35种植物基本可分为3大类,对应于3个亚族。阿魏亚族（Ferulinae Drude)的球根阿魏属（Schumannia Kuntze)、伊犁芹属（Talassia Korov.)和簇花芹属（Soranthus Ledeb.)均应为独立属。环翅芹亚族（Tordyliinae Drude)的四带芹属[Tetrataenium(DC.)Manden.]和大瓣芹属（Semenovia Regel et Herd.)二者也作为独立属处理为宜,其中有争议的锐尖叶独活[Heracleum longilobum(Norman)Sheh et T.S.Wang]不应作为大瓣芹属成员,仍应保留于独活属。当归亚族（Angelicinae Drude)的山芎[Conioselinum chinense(L.)Britton]和东当归[Angelica acutiloba(Sieb.et Zucc.)Kitagawa]曾被作为阿米芹族（Ammineae Koch)的蛇床属（Cnidium Cuss.)或藁本属（Ligusticum L.)的成员,聚类图显示其属于前胡族的当归亚族是合适的。     

中国棍蓟马族种类及二新种记述(缨翅目:蓟马科)

棍蓟马族(Dendrothripini)是锥尾蓟马亚目、蓟马科植食性的类群,主要特征是:体型小而宽扁,具网状纹,后胸腹板内骨叉(furca)向前伸展达中胸(图3),腹部背板第Ⅱ—Ⅶ节中央有一对相靠近的粗鬃。本文记述本族在中国有分布的3个属共9种,其中2中国分布新记录和2新种。模式标本存华南农业大学昆虫标本室。 棍蓟马族在中国已知有3个属:     

朱鹮自然保护区(洋县)食蚜蝇生物区系分析及多样性研究

2013年4—5月通过对朱鹮自然保护区(洋县)食蚜蝇种类进行了系统调查,并进行分类鉴定,发现该保护区食蚜蝇昆虫有2亚科,4族,8属,11种。蚜蝇亚科种类较多包括墨蚜蝇族、小蚜蝇族、蚜蝇族3个族,墨蚜蝇族、小蚜蝇族和蚜蝇族分别为1种、2种和3种;迷蚜蝇亚科种类较少只有管蚜蝇族1个族共4种。灰带管蚜蝇是朱鹮保护区内的优势种;狭带条蚜蝇、长尾管蚜蝇、大灰优蚜蝇、黑带蚜蝇、印度细腹蚜蝇是常见种。文中给出了各种类名录及分布,分析了该地区蚜蝇科昆虫的多样性。反映了该地区食蚜蝇主要以古北区和东洋区共有种为主,东洋区种类和古北区种类也占有一定比例,说明洋县食蚜蝇的区系具有明显的过渡性。