四个牦牛品种MC1R基因部分序列的多态性研究

为探索4个牦牛品种MC1R基因多态性的相关信息,选取甘南牦牛、天祝白牦牛、青海高原牦牛、大通牦牛4个品种共408头个体为研究对象,采用PCR-SSCP方法分析牦牛MC1R基因部分序列的基因多态性。结果表明,与GenBank中牛MCIR基因序列(登录号:AF445641.1)比对发现,该扩增片段在3 891 bp处发生C→G的突变,在3 912 bp处发生T→C的突变,共发现CC、DD、EE、CD、CE和DE 6种基因型。4个牦牛品种中CD、CE和DE 3种基因型在青海高原牦牛和大通牦牛中占主要优势,这3种基因型频率总和在青海高原牦牛和大通牦牛群体中分别是0.778和0.781。DD和CD两基因型是甘南牦牛群里中的优势基因型,其基因型频率分别是0.351和0.328。天祝白牦牛中优势基因型是DD,其基因型频率是0.500。D等位基因是4个地方品种牦牛中的优势等位基因。4个地方品种在该基因座上都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。青海高原牦牛和大通牦牛两个群体处于高度多态(PIC>0.5),甘南牦牛和天祝白牦牛处于中度多态(0.25相似文献   

三个绵羊群体MC4R基因多态性及生物信息学分析

旨在探讨绵羊黑素皮质素受体-4(melanocortin-4 receptor,MC4R)的分子机理,采用PCR-SSCP方法对3个绵羊群体(甘肃肉用绵羊新品种群、小尾寒羊和湖羊)的MC4R基因外显子进行多态性检测和生物信息学分析。结果表明,3个绵羊群体均存在3种基因型AA型、AB型和BB型,优势基因型为BB,其中优势等位基因为B;测序结果表明,野生型BB型和突变型AB型相比,AB型个体在该基因编码区第511位点发生G→A突变,第495位发生C→T突变;AA型个体在该基因编码区第511位点发生G→A突变,出现AA的纯合,第495位发生C→T突变,出现CC纯合;3个绵羊群体中小尾寒羊的多态信息含量属于中度多态(0.25PIC0.50),甘肃肉用绵羊新品种群羊和湖羊属于低度多态(PIC0.25);χ2适合性检验表明除湖羊之外,其余2个绵羊品种均处于Hardy-Weinberg平衡状态。生物信息学分析发现MC4R氨基酸序列有明显的疏水性区域,有7个跨膜螺旋区及信号肽,其编码蛋白主要的二级结构元件是α螺旋和无规则卷曲;同源性比对发现绵羊MC4R基因与山羊、牛、野猪、人类及大猩猩的相似度分别为97%、94%、81%、83%及83%,说明MC4R是一个非常保守的蛋白,在绵羊的生长发育中起着重要作用。     

西藏牦牛ADD1基因第2外显子的PCR-SSCP检测及序列分析

利用PCR-SSCP和DNA测序方法对帕里牦牛、工布江达牦牛、类乌齐牦牛、康布牦牛、桑日牦牛、巴青牦牛、江达牦牛、斯布牦牛、嘉黎牦牛、桑桑牦牛、丁青牦牛等西藏11个牦牛类群共483头牦牛的ADD1基因(被认为是极可能影响肉质的候选基因)第2外显子序列进行遗传多态性分析。结果表明,66 bp处碱基T缺失和256 bp处A→G突变,共有AA、AB、BB 3种基因型;其中帕里牦牛只有AA基因型,江达牦牛只有AB基因型,康布牦牛、嘉黎牦牛、巴青牦牛、桑日牦牛、斯布牦牛均缺少BB基因型,丁青牦牛、类乌齐牦牛缺少AB型,均存在严重偏态;桑桑牦牛、工布江达牦牛中存在AA、AB、BB 3种基因型。除江达牦牛外,其它10个牦牛类群中AA为优势基因型,A基因为优势等位基因,分布较高。除帕里牦牛、巴青牦牛外,其它9个牦牛类群均处于中度多态(0.25相似文献   

藏獒MC1R基因多态性与毛色表型的关联研究

目的:通过检测藏獒黑素皮质激素受体1(MC1R)基因的单链构象多态性(SSCP)在不同毛色群体中的分布,探讨MC1R基因多态性与毛色表型的相关性。方法:采用DNA测序技术,选择不同毛色藏獒的DNA为样本,根据GenBank发布的荷斯坦牛MC1R基因序列设计一对引物,采用PCR-SSCP技术分析MC1R基因在藏獒中的SSCP。结果:MC1R基因在藏獒中具有PCR-SSCP多态性,分别检测到3种基因型(AA、AB和BB);对MC1R基因多态性片段DNA克隆测序后发现,MC1R基因在编码区第313位存在单碱基突变(G→A),该突变导致第105位氨基酸发生由丙氨酸向苏氨酸的改变(T105A)。结论:MC1R基因的多态性与毛色性状不存在显著的相关性。     

奶牛β-Lg基因第1外显子PCR-SSCP多态性与泌乳性能的相关性

采用PCR-SSCP技术并结合测序对233头奶牛β乳球蛋白(β-Lg)基因5’端部分序列和外显子1全部序列进行了多态性研究,分析了该基因与奶牛泌乳性状的相关性。结果表明:β-Lg基因5’端和外显子1共存在2个等位基因3种基因型,BB型为优势基因型,B为优势等位基因。该群体在这一位点上偏离Hardy-Weinberg平衡状态,多态信息含量(PIC)为0.3548。测序结果显示,与普通牛该基因序列(X14710)相比,B等位基因在2073 bp、2202 bp和2206 bp处发生了G→C、C→T和A→G的碱基突变,其中2202 bp处的C→T突变导致第11位氨基酸由苏氨酸变为异亮氨酸,而A等位基因在3个位点上与X14710相同。最小二乘法分析表明,BB型305 d乳蛋白量显著高于AA型和AB型(P<0.05);AB型305 d乳脂量显著高于AA型(P<0.05),BB型与AB型之间差异不显著(P>0.05);等位基因B为高乳蛋白量和乳脂量的优势基因,可作为奶牛选育的分子遗传标记。     

五指山猪GH、IGFBP3基因SNPs检测及与生长性状的关联分析

以五指山猪为试验材料,采用PCR-SSCP和测序相结合技术,对GH基因和IGFBP3基因进行多态性检测,并分析其与生长性状(体质量,体高,体长和胸围)的相关性。结果表明,GH基因第2外显子存在一处G→A转换,属沉默突变,该位点与生长性状关联分析显示,BB基因型的体重显著高于AA基因型和AB基因型;IGFBP3基因第2外显子存在一处G→C颠换,属沉默突变,该位点与生长性状关联分析显示,AA基因型的体高显著高于BB基因型;IGFBP3基因第4内含子存在一处碱基C缺失,该位点与生长性状关联分析显示,AA基因型体重显著高于AB基因型和BB基因型。研究将为五指山猪生长发育规律、系统选育及矮小机制等方面研究提供了遗传学依据。     

MC4R、POU1F1基因对京海黄鸡生长性能的遗传效应

以MC4R和POU1F1基因为候选基因, 采用PCR-SSCP和DNA测序技术检测两个候选基因在京海黄鸡群体中的单核苷酸多态性(SNPs), 同时对候选基因与京海黄鸡生长性能的相关性进行了研究。结果表明, MC4R基因编码区第662 bp位置有G→C碱基的点突变, 在京海黄鸡中检测到AA、AB、BB 3种基因型, A等位基因频率为0.929, B等位基因频率为0.071; 在POU1F1基因exon3在序列的第5 231 bp位置有一个A→T碱基的点突变, 检测到CC、CD、DD 3种基因型, C等位基因频率为0.500, D等位基因频率为0.500。采用GLM模型分析基因型对生长性能的遗传效应, 结果表明, MC4R基因AA基因型个体的4、8、12周龄体重显著地高于BB型个体(P<0.05), 16周龄体重差异极显著(P<0.01); POU1F1基因CD基因型个体体重极显著高于CC型和DD型(P<0.01)。因此推测MC4R和POU1F1基因可能是影响鸡生长性状的主效基因或与主效基因紧密连锁的标记基因, 能够在分子标记辅助选择中用于对鸡生长性状的遗传改良。     

山羊生长激素基因5′调控区的多态性分析

以鲁北白山羊、引进波尔山羊、纯繁波尔山羊以及鲁北白山羊与波尔山羊的杂交一代、回交一代共计274个个体为研究材料,用两对引物分别扩增山羊生长激素(GH)基因5′区的26～239bp以及225～429bp片段,扩增产物经SSCP分析发现均存在多态性.在26～239bp片段上,波尔山羊及杂交后代以AA型个体占多数,而鲁北白山羊则BB型个体较多;在225～429bp片段上,所有种群均以CC型个体较多.对两个片段的纯合型(AA,BB;CC,DD)分别克隆测序发现:(1)26～239bp片段上AA型在第60位发生了C→T的突变,第211位发生碱基C的丢失,(2)225～429bp片段上,DD型存在3处突变,分别为264位由T→C,292位由T→A,372位由C→T.上述结果为首次实验证实山羊生长激素5′调控区存在序列多态性.     

TNF-α基因多态性及其与奶牛乳房炎的相关性分析

以417头中国荷斯坦奶牛为研究对象,根据体细胞评分(Somatic cell score,SCS)的大小将该奶牛群体划分为感染牛群(100头)和健康牛群(317头)。通过PCR-RFLP和CRS-RFLP方法检测了肿瘤坏死因子α(Tumor necrosis factor-alpha,TNF-α)基因在荷斯坦奶牛群体中的多态性,并分析这些多态位点和奶牛乳房炎的相关性。研究发现了3个单核苷酸多态位点(Single-nucleotide polymorphism,SNP):第2外显子39bp处G→A的突变;第4外显子293bp处C→T的突变;5′侧翼区(5′-flanking region,5′UTR)C→G的突变。这3个突变位点分别是DraⅠ、AfaⅠ和DdeⅠ限制性内切酶的酶切多态位点,其中DraⅠ为创造酶切位点。经过基因型分析与χ2检验表明:3个酶切多态位点在荷斯坦奶牛群中均未达到Hardy-Weinberg平衡状态。运用SPSS13.0软件,采用最小二乘拟合线性模型分析3个酶切多态位点与SCS的关系,结果表明:AA基因型个体在DraⅠ酶切位点中的SCS显著大于BB及AB基因型个体(P0.05),BB基因型表现出乳房炎抗性。AfaⅠ酶切位点中BB基因型个体的SCS显著大于AA及AB基因型个体(P0.05),AA基因型表现出乳房炎抗性。DdeⅠ酶切位点中,AB基因型个体的SCS显著低于AA基因型个体(P0.05),AB基因型为优良基因型。因此BB、AA、AB基因型分别为DraⅠ、AfaⅠ、DdeⅠ酶切位点中的优良基因型,可作为分子标记应用于奶牛乳房炎抗性筛选。     

山羊生长激素基因5调控区的多态性分析

以鲁北白山羊、引进波尔山羊、纯繁波尔山羊以及鲁北白山羊与波尔山羊的杂交一代、回交一代共计274个个体为研究材料,用两对引物分别扩增山羊生长激素(GH)基因5^'区的26－239bp以及225－429bp片段,扩增产物经SSCP分析发现均存在多态性。在26－239bp片段上,波尔山羊及杂交后代以 AA型个体占多数,而鲁北白山羊则BB型个体较多;在225－429bp片段上,所有种群均以 CC型个体较多。对两个片段的纯合型（AA,BB;CC,DD）分别克隆测序发现：（1）26－239bp片段上AA型在第60位发生了C→T的突变,第211位发生碱基C的丢失,（2）225－429bp片段上,DD型存在3处突变,分别为264位由T→C,292位由T→A,372位由C→T。上述结果为首次实验证实山羊生长激素5^'调控区存在序列多态性。     

牦牛MC1R基因的克隆测序及其分析研究

以麦洼牦牛、斯布牦牛、天祝牦牛和九龙牦牛为研究对象,对黑色素皮质素受体1(Melanocortin receptor I,MCIR)基因编码区进行了克隆测序及分析.结果表明,牦牛的MC1R基因编码区全长954 bp,编码317个氨基酸:4个牦牛品种间及与普通牛间在MC1R基因的编码区内共有13个碱基差异,无碱基的插入和缺失现象,编码蛋白共有9个氨基酸差异.MC1R蛋白为亲水性蛋白,无信号肽,有糖基化位点和7个跨膜区.系统进化分析显示,麦洼牦牛与斯布牦牛的MC1R基因相似性最近.本研究结果时今后开展MC1R基因与牦牛毛色性状的相关性分析以及牦牛的毛色遗传机理、基因定位、基因表达调控等研究具有重要的意义.     

麦洼牦牛和九龙牦牛FSHβ基因的PCR-SSCP分析

运用一对特异性引物对麦洼牦牛、九龙牦牛的FSHβ基因的5’端侧翼区进行了扩增,应用PCR-SSCP方法对其进行了多态性分析。结果表明:在麦洼牦牛的FSHβ基因的5’端侧翼区有AA型、AB型和BB型三种基因型,九龙牦牛的FSHβ基因的5’端侧翼区只检测到了AA型、AB型两种基因型。在两种牦牛品系中,AA基因型频率最高,A等位基因频率均明显高于B等位基因频率。麦洼牦牛和九龙牦牛群体中多态信息含量分别为0.3431、0.1411,麦洼牦牛多态性能高,遗传变异大。     

甘肃河西地区西门塔尔杂交类群NGB基因第3外显子的遗传变异研究

旨在对甘肃河西的临泽、甘州、武威、金昌、高台5个地区283头西门塔尔杂交类群NGB基因第3外显子的遗传多态性及变异特征进行系统分析,采用PCR-SSCP方法检测了283头西门塔尔杂交类群NGB基因第3外显子和部分内含子的多态性,且对群体内各等位基因进行了测序。结果显示,5个地区西门塔尔杂交类群共检测出5个等位基因(A、B、C、D、E),表现为5种基因型(AA、AB、AC、AD、AE)。其中甘州、武威、金昌西门塔尔杂交类群NGB基因均只检测到AA、AB 2种基因型,高台西门塔尔杂交类群检测到AA、AE 2种基因型,临泽西门塔尔杂交类群检测到AA、AB、AC、AD 4种基因型。A等位基因和AA基因型的频率在5个群体中最高,为优势基因和优势基因型。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,共发现6个核苷酸突变位点(75 bp C→T,78 bp C→G,128 bp G→A,214 bp G→A,232 bp C→T,233 bp G→A),其中第75 bp和第78 bp处的突变位点位于内含子区域,其余4处突变位点均位于外显子区域。第214 bp处的核苷酸突变导致甘氨酸(Gly)突变为丝氨酸(Ser),第232 bp处核苷酸突变导致精氨酸(Arg)突变为色氨酸(Trp),第233 bp处核苷酸突变导致精氨酸(Arg)突变为谷氨酰胺(Gln),经χ2检验结果显示,5个地区的西门塔尔杂交类群在此3个突变位点上都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。群体遗传学分析结果表明,临泽、甘州、武威、金昌、高台西门塔尔杂交类群的多态信息含量(PIC)分别为0.0582、0.0196、0.0196、0.0161、0.0159,均属于低度多态(PIC0.25)。     

中国美利奴羊H-FABP基因多态性及其与部分肉质性状相关性的研究

利用聚合酶链式反应-单链构象多态（PCR-SSCP）技术检测中国美利奴羊(Chinese Merino)心脏型脂肪酸结合蛋白基因（H-FABP）外显子2的单核苷酸多态性（SNPs）和遗传多态性,分析其与肌内脂肪（IMF）含量、肌纤维直径和肌纤维密度的相互关系,为该品种绵羊的分子标记辅助选择提供理论依据。结果显示,H-FABP基因外显子2有AA、AB和BB 3种基因型,AA型和BB型在778位均发生了C缺失,939位均发生了A→G转换,BB型还在789位发生了T→C转换,该突变导致所编码氨基酸发生了缬氨酸→丙氨酸的替换;BB型为IMF的优势基因型,与AB型相比差异显著(P<0.05),与AA型相比差异极显著（P<0.01);BB型对肌纤维直径存在负相关。结果提示,中国美利奴羊H-FABP基因外显子2具有多态性,该基因可能是中国美利奴羊肉质性状的主效基因,或者与控制这些性状的主效基因相连锁。     

合作猪SLA-DQA基因第4外显子多态性分析

合作猪的MHC-DQA基因的适应性变异,其抗原识别区域(即外显子4)通过PCR扩增和随后的单链构象多态性(SSCP)和序列分析,结果显示在439个合作猪个体,SLA-DQA第4外显子检出4个等位基因和6个基因型(AA、BB、DD、AB、AC和AD),其中A等位基因和AA基因型的频率最高,为优势基因和优势基因型。对不同型的PCR-SSCP条带测序分析,发现7个突变位点(5 068 bp T→C,5 109 bp和5 149 bp处缺失C,5 131 bp A→G导致丝氨酸变为甘氨酸,5 135 bp C→T,5 234 bp G→A,5 136 bp处插入A)。遗传学分析发现,合作猪多态信息含量(PIC)为0.240 1,属于低度多态,各种基因型的分布不显著。研究结果证实,合作猪SLA—DQA基因第4外显子为低度多态。     

犬MC1R基因R306ter与毛色性状相关性研究

目的　分析犬MC1R基因中R30 6ter位点多态性与犬毛色表型的相关性 ,为遗传育种 ,培育出更加优良的实验用犬奠定基础。方法　采用PCR SSCP技术 ,对MC1R基因R30 6ter位点进行基因多态性检测 ,分析位点多态性与毛色性状之间的相关性 ,并对该位点进行克隆测序。结果　PCR SSCP分析结果表明 ,R30 6ter位点序列具有多态性 ,表现为C、D二个等位基因和CC、CD及DD三种基因型。对R30 6ter多态性片段克隆测序发现 ,MC1R基因在编码第 30 6位氨基酸的密码子处存在一个由CGA到TGA的终止突变。结论　经统计分析结果表明在杂种犬中MC1R基因多态性与毛色性状不存在显著的相关性 ,这可能是由于外科手术学教学用犬是杂种犬 ,其遗传背景不同所致。由于MC1R基因的R30 6ter位点内存在碱基变异 ,因此在杂种犬中表现出明显的PCR SSCP多态性     

红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)MC4R基因的多态性分析

采用PCR-SSCP(single strand conformation polymorphism)技术和DNA测序方法分析红鳍东方鲀MC4R(Melanocortin-4receptor)基因编码区多态性。在MC4R基因编码区48 nt和264 nt均发生了碱基的转换突变(G→A),两个突变位点分别位于M1和M2引物扩增产物中。引物M1扩增产物SSCP分析得到两种基因型:AA基因型和AB基因型,并且AA基因型和A等位基因频率明显高于AB基因型和B等位基因。引物M2扩增产物也得到两种基因型:CC基因型和CD基因型,CC基因型和C等位基因频率明显高于CD基因型和D等位基因。遗传变异结果分析表明,两个突变位点均属于低度多态性,而且群体遗传杂合度较低,反映了该群体的遗传一致性较高。     

猪PRLR基因PCR—SSCP多态性与产仔性能的关联分析

采用PCR-SSCP技术分析了杜洛克猪、长白猪、大白猪、马身猪、山西黑猪和山西白猪等6个品种472个个体催乳素受体基因(PRLR)的多态性,检测到A、B、C 3个等位基因和AA、AB、AC、BB、CC 5种基因型.在马身猪中, B等位基因为优势基因,频率为0.55;其他品种中,优势基因为A等位基因,频率分布在0.79～0.89之间;C等位基因除在大白猪频率略高外(0.20),在其他品种中频率都很低,在0～0.09之间.对AA、BB、CC三种纯合子进行克隆测序和同源序列比较,发现在扩增片段内有6处SNP,都发生在PRLR基因的第8内含子,分别是内含子8第26位、54位和99位的C→T突变,47位和68位的A→G突变,63位的G→A突变.利用最小二乘分析研究了PRLR基因型对母猪头胎总产仔数和产活仔数的影响,结果表明PRLR基因不同基因型母猪的头胎总产仔数和产活仔数差异均不显著.     

北京黑猪FSHβ亚基基因的多态性与繁殖性状的关联分析

本研究以北京黑猪为研究对象,以FSHβ亚基基因为产仔性状的候选基因,分别采用PCR产物直接电泳和PCR-RFLP方法来检测FSHβ亚基基因2个位点的多态性.结合测序发现:FSHβ-1位点上,北京黑猪BB型的134与135 bp(D00621序列的6473与6474bp)之间插入273 bp的片段而产生多态,序列分析表明该插入片段为一典型的逆转座子,在插入片段中还发现了一个RNA聚合酶Ⅲ内部启动子;FSHβ-2位点上,由于扩增片段173 bp处存在C→T的突变,使得HaeⅢ酶切位点消失而产生多态;2个位点的A、B等位基因在北京黑猪群体中都有分布,且处于低度多态.x2适合性检验结果表明,该群体在这2个位点的突变都达到Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).用SAS 8.2软件最小二乘法拟合线性模型,将基因座不同基因型与繁殖性状总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)和出生重(WB)进行了关联分析,结果表明:就初产母猪而言,FSHβ-1位点上,AA型比AB和BB型个体的TNB分别多0.96头和1.85头(P＜0.05),AA和AB型比BB型个体的NBA分别多0.95头和1.69头(P＜0.05).FSHβ-2位点上,AA型比AB型和BB型个体的TNB分别多1.57头和2.15头(P＜0.05);AA和AB型比BB型个体的NBA分别多1.00头和0.94头(P＜0.05);就经产母猪而言,FSHβ-2位点上,AA型个体的WB比BB型的WB重0.25 kg(P＜0.05).全部群体的FSHβ-1位点的A等位基因和初产母猪FSHβ-2位点的A等位基因对TNB、NBA和WB表现为正效应.     

北京黑猪FSHb 亚基基因的多态性与繁殖性状的关联分析

本研究以北京黑猪为研究对象, 以FSHb 亚基基因为产仔性状的候选基因, 分别采用PCR产物直接电泳和PCR-RFLP方法来检测FSHβ亚基基因2个位点的多态性。结合测序发现: FSHb-1位点上, 北京黑猪BB型的134与135 bp (D00621序列的6 473与6 474 bp) 之间插入273 bp的片段而产生多态, 序列分析表明该插入片段为一典型的逆转座子, 在插入片段中还发现了一个RNA 聚合酶Ⅲ内部启动子; FSHb-2位点上, 由于扩增片段173 bp处存在C→T的突变, 使得HaeⅢ酶切位点消失而产生多态; 2个位点的A、B等位基因在北京黑猪群体中都有分布, 且处于低度多态。χ2适合性检验结果表明, 该群体在这2个位点的突变都达到Hardy-Weinberg平衡状态 (P>0.05)。用SAS 8.2 软件最小二乘法拟合线性模型, 将基因座不同基因型与繁殖性状总产仔数 (TNB)、产活仔数 (NBA) 和出生重 (WB) 进行了关联分析, 结果表明: 就初产母猪而言, FSHb-1位点上, AA型比AB和BB型个体的TNB分别多0.96头和1.85头 (P＜0.05), AA和AB型比BB型个体的NBA分别多0.95头和1.69头(P＜0.05)。FSHb-2位点上, AA型比AB型和BB型个体的TNB分别多1.57头和2.15头 (P＜0.05); AA和AB型比BB型个体的NBA分别多1.00头和0.94头 (P＜0.05); 就经产母猪而言, FSHb-2位点上, AA型个体的WB比BB型的WB重0.25 kg (P＜0.05)。全部群体的FSHb-1位点的A等位基因和初产母猪FSHb-2位点的A等位基因对TNB、NBA和WB表现为正效应。